View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9714_low_1 (Length: 898)

Name: NF9714_low_1
Description: NF9714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9714_low_1
NF9714_low_1
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (377-898)||(5215092-5215613)
chr4 (367-898)||(5196937-5197468)
chr4 (353-898)||(5161241-5161788)
chr4 (370-897)||(5174199-5174726)
chr4 (370-888)||(4855311-4855829)
chr4 (370-898)||(5183541-5184069)
chr4 (370-898)||(4840795-4841323)
chr4 (22-230)||(5160945-5161153)
chr4 (22-224)||(4855963-4856165)
chr4 (22-224)||(5214749-5214951)
chr4 (22-224)||(7143091-7143293)
chr4 (374-706)||(7143408-7143740)
chr4 (22-224)||(5183186-5183389)
chr4 (22-224)||(4841466-4841668)
chr4 (22-224)||(5173851-5174053)
chr4 (22-224)||(5196592-5196794)
chr4 (24-70)||(5203489-5203535)
chr4 (148-189)||(5203556-5203597)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 377 - 898
Target Start/End: Original strand, 5215092 - 5215613
Alignment:
Q  377 agttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggtatcatccc 476  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  5215092 agttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtctcatccc 5215191  T
Q  477 ttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaata 576  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5215192 ttctcaaattggtcaccttcaacaagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaata 5215291  T
Q  577 gagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacc 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||     
T  5215292 gagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttatcaaccttcaatgtatcatacaacaact 5215391  T
Q  677 tttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcggaagtg 776  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||    
T  5215392 tttctggaacaccacctagtacaggacagtttggaggttttgatgaggacagttacagaggtaatcccggtctttgtggaccactcctctatcaaaagtg 5215491  T
Q  777 tgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcacagcatct 876  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215492 tgaacgtgtcgagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcacagcatct 5215591  T
Q  877 tacataacaatattgttggcct 898  Q
    |||||||||||| | |||||||    
T  5215592 tacataacaatactattggcct 5215613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 367 - 898
Target Start/End: Original strand, 5196937 - 5197468
Alignment:
Q  367 ttggaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacag 466  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5196937 ttggaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacag 5197036  T
Q  467 gtatcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatct 566  Q
    || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5197037 gtgtcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatct 5197136  T
Q  567 taccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtca 666  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5197137 tacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtca 5197236  T
Q  667 tacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctca 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197237 tacaacaacctttctggaacaccacctagtataggccagtttgcaaactttgatgaggataactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctca 5197336  T
Q  767 atcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagttt 866  Q
     ||| ||||||||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||   ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  5197337 gtcgaaagtgtgaacgtgtcgagcctccaccatcatcccaatccaatgacaatgaagaagaggaaactggtgtggacatgataacattttattggagttt 5197436  T
Q  867 cacagcatcttacataacaatattgttggcct 898  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  5197437 cacagcatcttacataacaatactattggcct 5197468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 353 - 898
Target Start/End: Original strand, 5161241 - 5161788
Alignment:
Q  353 atggcgaactatacttggaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatg 452  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5161241 atggcgaactacacttggaagtggagttcagaacaaagcacaatgattacttttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatg 5161340  T
Q  453 caataagctaacaggtatcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaatt 552  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||  |||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  5161341 caacaagctaacaggtactatcccttctcaaattgggcacctgcaacaagttttagccttgaacctatcacataatcacttgtcgggtcctattccaatt 5161440  T
Q  553 actttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaa 652  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  5161441 acgttttcaaatcttaccgaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgagctaacccagttgacctttttatcaa 5161540  T
Q  653 cattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttg 752  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  5161541 ccttcaacgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacagtttgcaaccttcgttgaggacagctacagaggtaatcccggtctttg 5161640  T
Q  753 tggaccactcctcaatcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataaca 852  Q
    |||| |||||||| | || ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |    ||||| | |||||||    
T  5161641 tggatcactcctcgaccgaaagtgtgaaggtgtcaagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataaca 5161740  T
Q  853 ttttattgga-gtttc-acagcatcttacataacaatattgttggcct 898  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161741 ttttattggaggtttctacagcatcttacataacaatattgttggcct 5161788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 370 - 897
Target Start/End: Original strand, 5174199 - 5174726
Alignment:
Q  370 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 469  Q
    |||||| ||||||||||||||||  | || |||| |||||| |||| | | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5174199 gaagtggagttcagaacaaagcacaatgaatactcttacaagggtatagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtg 5174298  T
Q  470 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 569  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5174299 tcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtctggtcccattccaatcactttttcaaatcttac 5174398  T
Q  570 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 669  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  5174399 ccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatac 5174498  T
Q  670 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatc 769  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| || ||||||    
T  5174499 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcgtcaatc 5174598  T
Q  770 ggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcac 869  Q
    | |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |    ||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  5174599 gaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatcacaatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcac 5174698  T
Q  870 agcatcttacataacaatattgttggcc 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174699 agcatcttacataacaatattgttggcc 5174726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 370 - 888
Target Start/End: Complemental strand, 4855829 - 4855311
Alignment:
Q  370 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 469  Q
    |||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  4855829 gaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtg 4855730  T
Q  470 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 569  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855729 tcatcccttctcaaattggtcaccttcaaccagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttac 4855630  T
Q  570 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 669  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||  || ||||||||||||||||    
T  4855629 ccaaatagaaagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatattcaatgtgtcatac 4855530  T
Q  670 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatc 769  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||   |||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |    
T  4855529 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacagtttgcaaccttcattgaggacagctacagaggtaatcccgatctttgtggaccactcctcgacc 4855430  T
Q  770 ggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcac 869  Q
    | ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |    ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  4855429 gaaagtgtgaaggtgccaagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttattggagtttcac 4855330  T
Q  870 agcatcttacataacaata 888  Q
    | |||||||||||||||||    
T  4855329 accatcttacataacaata 4855311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 370 - 898
Target Start/End: Original strand, 5183541 - 5184069
Alignment:
Q  370 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 469  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| | | ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5183541 gaagtgcagtttagaacaaagcactatgattacttttacaagggtatagttctaaagatcatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtg 5183640  T
Q  470 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 569  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5183641 tcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattaaagccttgaatctatcacataattacttgtctggtcctattccaataactttttcaaaacttac 5183740  T
Q  570 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 669  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| || ||||  ||  |||||||||||||||    
T  5183741 ccaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagattccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatcttcaatgtgtcatac 5183840  T
Q  670 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatc 769  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||    
T  5183841 aacaacctttctggaacaccacctagcacaagacaatttgcaaactttgatgagtacaactacagaggtaatcccggtctttgcggacaactcctaaatc 5183940  T
Q  770 ggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcac 869  Q
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |    ||||| | |||||||||||||||||||||||     
T  5183941 aaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatggagaaaagcaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcat 5184040  T
Q  870 agcatcttacataacaatattgttggcct 898  Q
    | ||||||| || |||||| | |||||||    
T  5184041 aacatcttatattacaatactattggcct 5184069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 370 - 898
Target Start/End: Complemental strand, 4841323 - 4840795
Alignment:
Q  370 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 469  Q
    |||||| |||| |||||||||||  | || ||||||||||| |||||| | |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||     
T  4841323 gaagtggagtttagaacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataatttaacaggtg 4841224  T
Q  470 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 569  Q
    | |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  4841223 ttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttac 4841124  T
Q  570 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 669  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||    
T  4841123 ccaaatagagagtcttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttagaaatcttcaatgtgtcatac 4841024  T
Q  670 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatc 769  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  4841023 aacaacctctctggaacaccacctagtacaggacaatttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcctcaatc 4840924  T
Q  770 ggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcac 869  Q
    | |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |    ||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  4840923 gaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatcacaatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcac 4840824  T
Q  870 agcatcttacataacaatattgttggcct 898  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4840823 agcatcttacataacaatattgttagcct 4840795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 22 - 230
Target Start/End: Original strand, 5160945 - 5161153
Alignment:
Q  22 agggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattc 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||| |||| ||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||    
T  5160945 agggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataatctctcagagttgcgtgttcttttactaggatggaataacttggaaggagatattc 5161044  T
Q  122 caattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgg 221  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5161045 caattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcgcggaacatgttcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgacatttgg 5161144  T
Q  222 aataggaca 230  Q
     ||||||||    
T  5161145 tataggaca 5161153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4856165 - 4855963
Alignment:
Q  22 agggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattc 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || || | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4856165 agggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaacttggaaggagatattc 4856066  T
Q  122 caattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgg 221  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4856065 caattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttgg 4855966  T
Q  222 aat 224  Q
    |||    
T  4855965 aat 4855963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Original strand, 5214749 - 5214951
Alignment:
Q  22 agggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattc 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || || | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5214749 agggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagatattc 5214848  T
Q  122 caattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgg 221  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  5214849 caattcaattgtgtcggttaaaaaagatagacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttgg 5214948  T
Q  222 aat 224  Q
    |||    
T  5214949 aat 5214951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Original strand, 7143091 - 7143293
Alignment:
Q  22 agggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattc 121  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| || || | ||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7143091 agggagaacaaactttcaagtaaaattcccaactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttattaggaaggaacaatttggaaggagatattc 7143190  T
Q  122 caattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgg 221  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||  || ||||||||  | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  7143191 caattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacaaaatagacctatcagaaaacatgctcaatgcttcaataccaccttgcttccaaaatatgtcatttgg 7143290  T
Q  222 aat 224  Q
    |||    
T  7143291 aat 7143293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 374 - 706
Target Start/End: Original strand, 7143408 - 7143740
Alignment:
Q  374 tgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggtatcat 473  Q
    ||||||| ||||||||| | || || ||||||||| | | ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||  |  ||||    
T  7143408 tgcagtttagaacaaagaactatgagtacttttacgacgctaaaatcctagagatgatgactggattggatttatcatgcaatatcgtaactagagtcat 7143507  T
Q  474 cccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaa 573  Q
     |||||| || ||||| || | ||| |   | ||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  7143508 accttctgaacttggagacatgcaaaaccatcgagtcttgaatctataacataatcacttgtcaggtcctattccaatcactttttccaatcttacccaa 7143607  T
Q  574 atagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaaca 673  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||| || ||| | ||||||  || |||| |||| ||   |  ||||||||||| |||||||    
T  7143608 atagagagtcttgacttatcatagagtaacttgaatggtaaggtagcttctcaactaagtcacttgacctttatagatatcttcaatgtgtcttacaaca 7143707  T
Q  674 acctttctggaacaccacctagtacaggacaat 706  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7143708 acctttctggaacaccacctagtataggacaat 7143740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Original strand, 5183186 - 5183389
Alignment:
Q  22 agggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattc 121  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || | ||||||| | |  ||| || | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  5183186 agggacaacaaattttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctcagagttaagggtccttctattaggagggaacaattttgaaggagatattc 5183285  T
Q  122 caattcaattgtgtcggt-taacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttg 220  Q
    |||||||||||||||  | ||| |||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  5183286 caattcaattgtgtccttctaaaaaagatcaacataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttg 5183385  T
Q  221 gaat 224  Q
    ||||    
T  5183386 gaat 5183389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4841668 - 4841466
Alignment:
Q  22 agggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattc 121  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || || | ||||||| | | |||| || | |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  4841668 agggagaacaaactttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctcagagttaagggttcttctattaggagggaacaattttgaaggagaaattc 4841569  T
Q  122 caattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgg 221  Q
    |||||||||||||||   ||| ||| |||| ||| |||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4841568 caattcaattgtgtcatctaaaaaatatcaccataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatatgtcatttgg 4841469  T
Q  222 aat 224  Q
    |||    
T  4841468 aat 4841466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Original strand, 5173851 - 5174053
Alignment:
Q  22 agggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattc 121  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || || | ||||||  | | ||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5173851 agggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataagctctcagagttgagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattc 5173950  T
Q  122 caattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgg 221  Q
    |||||||||| ||| |||| | ||||||| |||| ||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  5173951 caattcaattttgttggttcaaaaagatcgacataatggatctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcctccaaaatatgtcatttgg 5174050  T
Q  222 aat 224  Q
    |||    
T  5174051 aat 5174053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Original strand, 5196592 - 5196794
Alignment:
Q  22 agggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattc 121  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||  | | ||| ||| | |  |||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5196592 agggagaacaaattttcaggaaaaattcccaactggatggataagttctcagaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattc 5196691  T
Q  122 caattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgg 221  Q
    |||| || ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| |  |||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||| ||| ||||||    
T  5196692 caatgcagttgtgtcggttaaaaaagatcaacataatggacttatcacgaaacatgctcaatgcttccataccatcttgctttcgaaatatgttatttgg 5196791  T
Q  222 aat 224  Q
    |||    
T  5196792 aat 5196794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 70
Target Start/End: Original strand, 5203489 - 5203535
Alignment:
Q  24 ggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttt 70  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  5203489 ggagaacaaattttcaggtaacattcccaactggatggataatcttt 5203535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 148 - 189
Target Start/End: Original strand, 5203556 - 5203597
Alignment:
Q  148 atcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttca 189  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  5203556 atcaacatgatggacctatcacggaacatgctcaatgcttca 5203597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University