View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9719_low_12 (Length: 394)

Name: NF9719_low_12
Description: NF9719
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9719_low_12
NF9719_low_12
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-375)||(1757816-1758192)
chr5 (1-272)||(29568425-29568707)
chr5 (1-272)||(29569756-29570015)
chr5 (1-156)||(29168141-29168299)
chr5 (1-112)||(27918583-27918694)
chr5 (9-106)||(29425232-29425332)
chr5 (164-281)||(27918459-27918573)
chr5 (150-308)||(29166788-29166929)
chr5 (153-207)||(29425182-29425236)
chr5 (242-310)||(29425109-29425176)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-374)||(27481807-27482183)
chr4 (1-360)||(27461673-27462044)
chr4 (1-271)||(18985872-18986144)
chr4 (1-219)||(27521391-27521609)
chr4 (242-304)||(27521609-27521671)
chr4 (301-359)||(27521694-27521752)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-183)||(25518343-25518528)
chr3 (228-308)||(25518264-25518344)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 1758192 - 1757816
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1758192 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagagtttttgtga 1758093  T
Q  101 gagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacaaggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1758092 gagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 1757993  T
Q  201 ttctgaactcttttc--ttttgtttttagatttgaatttgaactttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaagagttatgaacaaagagggatggtttg 298  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1757992 ttctgaactgttttcttttttgtttttagatttgaatttgaactttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaagagttatgaacaaagagggatggtttg 1757893  T
Q  299 agtatatatataggagatggtatatgatgatttgttgagattttcaagggtaactgatttttgtatgtaggatatat 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1757892 agtatatatataggagatggtatatgatgatttgttgagattttcaagggtaactgatttttgtatgtaggatatat 1757816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 29568425 - 29568707
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  29568425 attacgggtgagattgcttgcgtcgaaagaatgcttcttggatgatagttggtgagcagaagatgatgatggtgaatggcgtttgaaagagtttttgtga 29568524  T
Q  101 gagtgat---------gatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacaaggattcttgttgaatctgtaaat 191  Q
    | |||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  29568525 gtgtgatgatgatgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtagat 29568624  T
Q  192 cacccattcttctgaactcttttc--ttttgtttttagatttgaatttgaactttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaag 272  Q
    ||| |||| ||||||| |  ||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29568625 cactcatttttctgaattgctttcttttttgtttttggatttgaatttgaattttggttgtaaagtaagtgtgagtggcaaag 29568707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 29569756 - 29570015
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29569756 attacgggtgagattgcttgcgtcggaagaatgcttcttggatgatagttggtgagcagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagagttgttgtga 29569855  T
Q  101 gagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacaaggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 200  Q
    | |||||              |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | ||| | |||    
T  29569856 gtgtgat--------------gatgttggaataatcatggattgtttgtgtttgtgagggatcaaaatggattcttgttgaatctgtagaccactcgttc 29569941  T
Q  201 ttctgaactcttttc--ttttgtttttagatttgaatttgaactttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaag 272  Q
    ||||  | | |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  29569942 ttctagattgttttcttttttgtttttggatttgaatttgaactttggtagtaaagttagtgtgagtggcaaag 29570015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 29168299 - 29168141
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  29168299 attacgggtgagattgcttgcgttgaaagaatgcttattggatgatagttggtgagcagaagatgatgatggtgaacgacgtttgacagagttgttgtga 29168200  T
Q  101 gag---tgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtg 156  Q
    | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  29168199 gtgtgatgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatgctttgtttctgtttgtg 29168141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 27918694 - 27918583
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  27918694 attacgggtgagattgcttgcgccagaagaatgcttcttggatgatagttggtgagcagaagatgatgatggtgaactgcgtttgacagagttgttgtga 27918595  T
Q  101 gagtgatgatga 112  Q
    | ||||||||||    
T  27918594 gtgtgatgatga 27918583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 9 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 29425332 - 29425232
Alignment:
Q  9 tgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgat---ggtgaacagcgtttgacagagtttttgtgagagtg 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||    
T  29425332 tgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttggtgagcagatgatgatgatggtggtgaacggcgtttgacagagttgttgtgagtgtg 29425233  T
Q  106 a 106  Q
    |    
T  29425232 a 29425232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 164 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 27918573 - 27918459
Alignment:
Q  164 aacaaggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaactcttttcttttgtttttagatttgaatttgaactttggttgtaaagtaagtgtga 263  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| | ||| || ||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  27918573 aacatggattcttgttgaatctgtagatcactcattctgctgaattgttt-ctgtt--ttttggatttgaatttgaactttggttgcaaagtaagtctga 27918477  T
Q  264 gtcgcaaagagttatgaa 281  Q
    || |||||||||||||||    
T  27918476 gtggcaaagagttatgaa 27918459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 150 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 29166929 - 29166788
Alignment:
Q  150 gtttgtgagggatcaacaaggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaactcttttcttttgtttttagatttgaatttgaactttggttg 249  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || | ||||||||| | ||                 ||||||||    
T  29166929 gtttgtgagggatcatcatggattcttgttgaatctgtagatcactcattcttctcaattgttttcttttttgtt-----------------tttggttg 29166847  T
Q  250 taaagtaagtgtgagtcgcaaagagttatgaacaaagagggatggtttgagtatatata 308  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  29166846 taaagtaagtgtgagtggcaaagagttatgaaaaaagagggaaggttggagtatatata 29166788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 153 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 29425236 - 29425182
Alignment:
Q  153 tgtgagggatcaacaaggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaa 207  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29425236 tgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaa 29425182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 242 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 29425176 - 29425109
Alignment:
Q  242 tttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaagagttatgaacaaagagggatggtttgagtatatatata 310  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29425176 tttggttgtaaagtaagtgtgagtggcaaagagttatgaa-aaagagggaaggtttgattatatatata 29425109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 27482183 - 27481807
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  27482183 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttggtgataagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtga 27482084  T
Q  101 gagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacaaggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 200  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27482083 gtgtgatgatgaggcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 27481984  T
Q  201 ttctgaactcttt--tcttttgtttttagatttgaatttgaactttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaagagttatgaacaaagagggatggtttg 298  Q
    ||||||| | |||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  27481983 ttctgaattgttttgttttttgtttttagatttgaatttgagctttggttgtaaagtaagtgtgagtggcaaagagttatgaaaaaagaggtatggtttg 27481884  T
Q  299 agtatatatatag--gagatggtatatgatgatttgttgagattttcaagggtaactgatttttgtatgtaggatata 374  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27481883 agtatatatataggagagatggtatatgatgatttg-tgaggttttcaagggtaactgatttttgtaggtaggatata 27481807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 27462044 - 27461673
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  27462044 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttggtgataagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtga 27461945  T
Q  101 gagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacaaggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27461944 gtgtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 27461845  T
Q  201 ttctgaactcttt--tcttttgtttttagatttgaatttgaactttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaagagttatgaacaaagagggatggtttg 298  Q
    ||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27461844 ttctgaattgttttctcttttgtttttagatttgaatttgaactttgattgtaaagtaagtgtgagtggcaaagagttatgaaaaaagagggatggtttg 27461745  T
Q  299 ag----------tatatatataggagatggtatatgatgatttgttgagattttcaagggtaactgattttt 360  Q
    ||          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  27461744 agtgtatatatatatatatataggagatggtatatgatgatctgttgaggttttcaagggtaattgattttt 27461673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 18986144 - 18985872
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  18986144 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgacggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagagtttgacagtgttgttgtga 18986045  T
Q  101 gagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacaaggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18986044 gggtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaccatggattcttgttgaatttgtaaatcacccattc 18985945  T
Q  201 ttctgaactcttttc--ttttgtttttagatttgaatttgaactttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaa 271  Q
    ||||||| | |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  18985944 ttctgaattgttttcttttttctttttagatttgaatttgaactttggtcgtaaagtaagtgtgagtggcaaa 18985872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 27521391 - 27521609
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  27521391 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttggtgggcagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagagttgttgtga 27521490  T
Q  101 gagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacaaggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27521491 gtgtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattc 27521590  T
Q  201 ttctgaactcttttctttt 219  Q
    ||||||| | |||||||||    
T  27521591 ttctgaattgttttctttt 27521609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 242 - 304
Target Start/End: Original strand, 27521609 - 27521671
Alignment:
Q  242 tttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaagagttatgaacaaagagggatggtttgagtata 304  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27521609 tttgattgtaaagtaagtgtgagtggcaaagagttatgaaaaaagagggatggtttgagtata 27521671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 301 - 359
Target Start/End: Original strand, 27521694 - 27521752
Alignment:
Q  301 tatatatataggagatggtatatgatgatttgttgagattttcaagggtaactgatttt 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27521694 tatatatataggagatggtatatgatgatctgttgaggttttcaagggtaactgatttt 27521752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 136; Significance: 8e-71; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 25518528 - 25518343
Alignment:
Q  1 attacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagcgtttgacagagtttttgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  25518528 attacgggtgagattgcttgcgtcgaaagaatgcttcttggatgatggttggtgaggagaagatgatgatggtgaacggcgtttgacagagttgttgtga 25518429  T
Q  101 gagtgatgatg---aagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacaaggattcttgttgaat 183  Q
    | |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25518428 gtgtgatgatgaccaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaat 25518343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 228 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 25518344 - 25518264
Alignment:
Q  228 atttgaatttgaactttggttgtaaagtaagtgtgagtcgcaaagagttatgaacaaagagggatggtttgagtatatata 308  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  25518344 atttgaatttgaatttttgttgtaaagtaagtgtgagtggcaaagagttgtgaaaaaagagggaaggtttgagtatatata 25518264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University