View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9719_low_18 (Length: 336)

Name: NF9719_low_18
Description: NF9719
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9719_low_18
NF9719_low_18
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (12-326)||(3921868-3922179)
chr4 (13-327)||(3984983-3985291)
chr4 (10-326)||(4023056-4023366)
chr4 (12-326)||(3935216-3935539)
chr4 (84-326)||(4000211-4000450)
chr4 (13-326)||(4007901-4008208)
chr4 (14-326)||(3957323-3957636)
chr4 (9-156)||(3815653-3815800)
chr4 (78-327)||(3799923-3800161)
chr4 (9-156)||(3808079-3808226)
chr4 (53-304)||(3998936-3999181)
chr4 (227-326)||(3815805-3815904)
chr4 (227-326)||(3808231-3808330)
chr4 (10-111)||(4000101-4000202)
chr4 (229-327)||(3936853-3936950)
chr4 (25-147)||(4216825-4216939)
chr4 (195-327)||(4216997-4217134)
chr4 (80-150)||(4016406-4016476)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (270-326)||(13396080-13396136)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 12 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 3922179 - 3921868
Alignment:
Q  12 aaagcaaaaagcaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaaca 111  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3922179 aaagcaaaaaacaaaacccaacaaaggggagagatgaagtggagagagatcaacaatcatgccatccattgttgtcttgtactccaaccactttggaaca 3922080  T
Q  112 ctacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgttccagtgttgata 211  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  3922079 ctacttccaggatacacatacactgcttgataagaatcaaagttatctttgt---aatcaacataactttcagcatattcatcatgttccagtgttgata 3921983  T
Q  212 aatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaatcct 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  3921982 aatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgcagattcaacccaatatttatcagagaaagttcatccaagttgaagcaattccagaactcaaccct 3921883  T
Q  312 tttcttgttttcctt 326  Q
    |||||||||||||||    
T  3921882 tttcttgttttcctt 3921868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 13 - 327
Target Start/End: Original strand, 3984983 - 3985291
Alignment:
Q  13 aagcaaaaagcaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacac 112  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3984983 aagcagaaaacaaagcccaacaaaggggagagatgaggtggtgagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacac 3985082  T
Q  113 tacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgttccagtgttgataa 212  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| | |||||   |||||||||||||| ||||||||    | ||||||||||||||| |||||    
T  3985083 tacttccaggatatacatacactgcttgataagaatcaaggatatct---ttgtaatcaacatagctttcaac---tttatcatgttccagtgtcgataa 3985176  T
Q  213 atgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaatcctt 312  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  3985177 atgttgatatgcaaactccatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaacgttcatccaatttgaagcaattccagaactcaatcctt 3985276  T
Q  313 ttcttgttttccttt 327  Q
    |||||||||||||||    
T  3985277 ttcttgttttccttt 3985291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 10 - 326
Target Start/End: Original strand, 4023056 - 4023366
Alignment:
Q  10 acaaagcaaaaagcaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaa 109  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4023056 acaaagcaaaaaacaaagcccagcaaaggggagagataatgtggagagagatcaacaatcatgtcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctggaa 4023155  T
Q  110 cactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgttccagtgttga 209  Q
     ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||    
T  4023156 tactacttccaggataaacatacactgcttgataagaatcaaagttatct---ttgtaatcaacataactttcaac---gtgatcatgttccagtgtcga 4023249  T
Q  210 taaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaatc 309  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4023250 taaatgttgatatgtaaactttatcaaattcatttgcagattcaacccaatatttatgagagaatgttcatccaagttccagcaattccagaactcaatc 4023349  T
Q  310 cttttcttgttttcctt 326  Q
    |||||||||||||||||    
T  4023350 cttttcttgttttcctt 4023366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 12 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 3935539 - 3935216
Alignment:
Q  12 aaagcaaaaagcaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcat-----------tc-tttgttgtcttgtactccaac 99  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||           || ||||||||||||||||| |||    
T  3935539 aaagcaaaaaacaaaacccaacaaaggggagagatgaagtggagagagatcaacaatcatgtcatcgtttgttgtctcgtttgttgtcttgtactcaaac 3935440  T
Q  100 cactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgtt 199  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3935439 caatctggaacactacttccagaatacacatacaatgcttgataagaatcaaagttatctttgt---aatcaacataagtttcaacataatcatcatgtt 3935343  T
Q  200 ccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattcca 299  Q
    ||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  3935342 ccactgttgataaatcttgatatgcaaacttcatcaaattgatttgcagattcaacccaatatttatcagagaacgctcatccaagttcaagcaattcca 3935243  T
Q  300 gaactcaatccttttcttgttttcctt 326  Q
    ||||| ||    |||||||||||||||    
T  3935242 gaacttaacttctttcttgttttcctt 3935216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 84 - 326
Target Start/End: Original strand, 4000211 - 4000450
Alignment:
Q  84 tgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttca 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |  ||||| || ||   ||||| ||||||| |||    
T  4000211 tgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatatacatacaatgcttgataagaagaatggttatattcgt---aatcagcataactgtca 4000307  T
Q  184 acataatcatcatgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatcca 283  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||| || | ||||||||  | ||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  4000308 acataatcatcatgttccagtgtcaataaatgttgatatgcaaacttgattagattgattttcatattgaacccaatatttacgagagaatgttcatcca 4000407  T
Q  284 agttcaagcaattccagaactcaatccttttcttgttttcctt 326  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4000408 agttgaagcaattccagaactcaatccttttcttgttttcctt 4000450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 326
Target Start/End: Original strand, 4007901 - 4008208
Alignment:
Q  13 aagcaaaaagcaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacac 112  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    || ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||| |||||      
T  4007901 aagcaaaaaacaaagcccaacaaaggggggagatgatttggaaagagatcaacaatcatatcatcctgtgttgttttgtacgccaaccactcaggaacgg 4008000  T
Q  113 tacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgttccagtgttgataa 212  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| ||||  | | |||||   ||||||||| ||||||||||||    | |||||||||||| |||||    
T  4008001 tacttcctggatacacataaaatgcttgataagaaccaaacgtttgtttgt---aatcaacattactttcaacata---gttatgttccagtgtcgataa 4008094  T
Q  213 atgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaatcctt 312  Q
    |||||||| || ||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||| |||||||| |||  || ||||    
T  4008095 atgttgatatgcaaacttcattatattgatttgaatattcaactcaatatttataagagaacgtttatccaggttcaaacaattccataacagaaccctt 4008194  T
Q  313 ttcttgttttcctt 326  Q
    ||||||||||||||    
T  4008195 ttcttgttttcctt 4008208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 14 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 3957636 - 3957323
Alignment:
Q  14 agcaaaaagcaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacact 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||   |    |||||||||||| ||||||||||| || || |||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  3957636 agcaaaaaacaaagcccaacaaaggggagaggaaaaaaggagagagatcaataatcatatcatcctgtgctgtcctgtacttgaaccactctggaacact 3957537  T
Q  114 acttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataactttcaaca---taatcatcatgttccagtgttgat 210  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||   ||||| |||  ||||||      | | ||| ||||  |||||  | |    
T  3957536 acttccaggatacaaatacactgcttgataagaatcaaatttatctttgt---aatcagcattgctttcattgcttttagcatgatgtaacagtgccgct 3957440  T
Q  211 aaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaatcc 310  Q
     ||||| ||| || |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3957439 gaatgtcgatatgcaaacttcatcaaattgatctgcacattcaacccaatatttatgagagagcattcatccaagttcaagcaattccagaactcaatcc 3957340  T
Q  311 ttttc-ttgttttcctt 326  Q
    ||||| |||||||||||    
T  3957339 ttttctttgttttcctt 3957323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 156
Target Start/End: Original strand, 3815653 - 3815800
Alignment:
Q  9 aacaaagcaaaaagcaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctgga 108  Q
    ||||| ||||||  |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3815653 aacaatgcaaaagacaaagcccaataaaggtgagagacgaggctgagagagatcaataatcatatcatcctttgttgtcttgtactccaaccactctgga 3815752  T
Q  109 acactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagtta 156  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||    
T  3815753 atactacttccaggatacacatacattgcttcatcagaaccaaagtta 3815800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 78 - 327
Target Start/End: Original strand, 3799923 - 3800161
Alignment:
Q  78 ctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagttatctttgttgtaatcaacataa 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| |||| |||||| ||||||        ||||||||    
T  3799923 ctttgttgtcttgtactccaaccactatggaacactacttccagaataaacatacggtgcttgataagaagcaaagtaatcttt--------caacataa 3800014  T
Q  178 ctttcaacataatcatcatgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaacttt 277  Q
    |||||| |||| | ||   |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| || || |||||||||| | ||| ||||||||||  ||    
T  3800015 ctttcagcatacttat---gttccagtgtcgataaatgttgatatgcaaacttcatcaaattaatctgtagattcaaccaattatgtatgagagaaagtt 3800111  T
Q  278 catccaagttcaagcaattccagaactcaatccttttcttgttttccttt 327  Q
    | || ||||||||||||||||| || | |||| |||||||||||||||||    
T  3800112 cttcaaagttcaagcaattccaaaagttaatcattttcttgttttccttt 3800161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 156
Target Start/End: Original strand, 3808079 - 3808226
Alignment:
Q  9 aacaaagcaaaaagcaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctgga 108  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3808079 aacaaagcaaaaaacaaagcccaacaagggggagaggtgaggtggagagagatcaacaatcttgtcatcctttgttgtcttgtactcaaaccactctgga 3808178  T
Q  109 acactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaagtta 156  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||    
T  3808179 acattacttccaggatacacatacattgcttcatcagaaccaaagtta 3808226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 53 - 304
Target Start/End: Original strand, 3998936 - 3999181
Alignment:
Q  53 gagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatcaaa 152  Q
    |||||| ||||| |||| | |||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  3998936 gagagatatcaataatcctgtcatcctttgttgttttgtactccaacgactctgaaacactgcttcctggataaacatacaatgcttgataagaaccaaa 3999035  T
Q  153 gttatctttgttgtaatcaacataactttcaacataatcatcatgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattc 252  Q
     |||| |   ||||||||||||| ||||||||||||    | |||||||| ||| ||  ||||||||| || |||||| || | ||||||||||| ||||    
T  3999036 cttatgt---ttgtaatcaacattactttcaacata---gttatgttccaatgtcgaataatgttgatatgcaaactttattatattgatttgaatattc 3999129  T
Q  253 aacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaact 304  Q
    ||| ||| ||||||| |||||| || ||||| |||||| |||||||| ||||    
T  3999130 aactcaacatttatgtgagaacgtttatccaggttcaaacaattccataact 3999181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 227 - 326
Target Start/End: Original strand, 3815805 - 3815904
Alignment:
Q  227 acttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaatccttttcttgttttcctt 326  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  3815805 acttcattaaattgatttgaacattcaacccaacatttatgagagaactttcatccaagttctcgcaattccagaactcaacacttttcttgttttcctt 3815904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 227 - 326
Target Start/End: Original strand, 3808231 - 3808330
Alignment:
Q  227 acttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaatccttttcttgttttcctt 326  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||    
T  3808231 acttcattaaattgatttgaacattcaacccaacatttatgagagaactttcatccaagttcttgcaatgccagaactcaacacttttcttgttttcctt 3808330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 111
Target Start/End: Original strand, 4000101 - 4000202
Alignment:
Q  10 acaaagcaaaaagcaaagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaa 109  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |  |||||| || ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4000101 acaaagcaaaaaacaaagcccaacaaagaggagagatgaagtggagagatattaacaatcatgtcatcctctgttgtcttgtactccaaccactctcgaa 4000200  T
Q  110 ca 111  Q
    ||    
T  4000201 ca 4000202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 229 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 3936950 - 3936853
Alignment:
Q  229 ttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaatccttttcttgttttccttt 327  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  3936950 ttcattaaattgatttgaacattcaacccaatatttatgagagaacatttaatcaagttccagcaattccagaactcaactctttt-ttgttttccttt 3936853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 147
Target Start/End: Original strand, 4216825 - 4216939
Alignment:
Q  25 aagcccaacaaaggggagagatgaggctgagagagatcaacaatcatatcattctttgttgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggat 124  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  | || ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  4216825 aagcccaacaaagggcagagatgaggtggggaaagatcaacaatc--------ctttgttgtcttgtactccaaccactatggaacactacttccagaat 4216916  T
Q  125 acacatacaatgcttgatgagaa 147  Q
    | ||||||  |||||||| ||||    
T  4216917 aaacatacggtgcttgataagaa 4216939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 195 - 327
Target Start/End: Original strand, 4216997 - 4217134
Alignment:
Q  195 atgttccagtgttgataaatgttgatgtgtaaacttcatcaaattgatttgaagattcaacccaatatttatgagagaactttcatccaag-----ttca 289  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||| |||| || || |||||||||| ||||| ||||||||||  ||| || |||     ||||    
T  4216997 atgttccagtgtcgataaatgttgatatgcaaacatcatctaattaatctgtagattcaaccaaatatgtatgagagaaagttcttcaaagttcaattca 4217096  T
Q  290 agcaattccagaactcaatccttttcttgttttccttt 327  Q
    |||||||||| || | |||| |||||||||||||||||    
T  4217097 agcaattccaaaagttaatcattttcttgttttccttt 4217134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 150
Target Start/End: Original strand, 4016406 - 4016476
Alignment:
Q  80 ttgttgtcttgtactccaaccactctggaacactacttccaggatacacatacaatgcttgatgagaatca 150  Q
    |||||||||| || || ||||| ||||||||||  || || ||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  4016406 ttgttgtcttatattcaaaccaatctggaacacagctccctggatacacataaagtgcttgatgagaatca 4016476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 270 - 326
Target Start/End: Original strand, 13396080 - 13396136
Alignment:
Q  270 agaactttcatccaagttcaagcaattccagaactcaatccttttcttgttttcctt 326  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  13396080 agaacgttcatccaagttcaagcaattccaaaactctatccttttcttgttttcctt 13396136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University