View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9720_3 (Length: 432)

Name: NF9720_3
Description: NF9720
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9720_3
NF9720_3
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (25-403)||(36403710-36404088)
chr4 (26-403)||(36373039-36373413)
chr4 (25-403)||(36396777-36397155)
chr4 (35-403)||(36387004-36387372)
chr4 (25-403)||(36411027-36411402)
chr4 (25-403)||(36416358-36416733)
chr4 (25-401)||(36425193-36425566)
chr4 (26-403)||(36368423-36368797)
chr4 (26-399)||(36433051-36433421)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (26-74)||(34712339-34712387)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 403
Target Start/End: Original strand, 36403710 - 36404088
Alignment:
Q  25 catcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccataaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttca 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403710 catcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccacaaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttca 36403809  T
Q  125 ttaccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatct 224  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403810 tttccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaaccttgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatct 36403909  T
Q  225 gggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagac 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403910 gggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagac 36404009  T
Q  325 agatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaaccat 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404010 agatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaaccat 36404088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 26 - 403
Target Start/End: Original strand, 36373039 - 36373413
Alignment:
Q  26 atcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccataaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttcat 125  Q
    ||||| || |||||||| ||| |||| || || ||||||| |||||||||| |  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373039 atcaacgatacttctggaattctatcaatcgatccaaatgaaaatctagtactcaaccacaaccgtagcaccattcccatttggtctaccgatgtttcat 36373138  T
Q  126 taccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatctg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |   |||||||  ||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||    
T  36373139 taccacaatcacaaagaaatagcaccaggg---ttatagctcaattatcggatgtagcaaaccttgttctgatgataaacaacaccaaaactgtattatg 36373235  T
Q  226 ggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagaca 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373236 ggaaagctttgatcatccaacagacaccttgcttccatatctaaagattgggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagaca 36373335  T
Q  326 gatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaaccat 403  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  36373336 gatgatgaccctggaaatggtgcattcacagtgaaattcaacagcattgtcaaacctcagttgtttatgtacaaccat 36373413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 25 - 403
Target Start/End: Original strand, 36396777 - 36397155
Alignment:
Q  25 catcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccataaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttca 124  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||  ||| |||||| ||||||| | | ||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||  ||||||||    
T  36396777 catcaatgacacttctggaattctatcaatcaaccaaaatgggaatctagaactccaccacaaccttagcaccattccaatttggtccactaatgtttca 36396876  T
Q  125 ttaccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatct 224  Q
    ||| ||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36396877 ttaacactatcacaaagaaatatcactagtgctgttatagcaaaattaacagacaaagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcattt 36396976  T
Q  225 gggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagac 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | | || ||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  36396977 gggaaagctttgatcatcccacagacaccttccttccatatcaaaggtttggttttgatagaaaaactaatcaaagttggccccttcaatcctggaagac 36397076  T
Q  325 agatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaaccat 403  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36397077 agaagatgaccctggaaaaggtgcattcacggtgaaattcagcagcataggtatacctcagttgtttatgtacaaccat 36397155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 35 - 403
Target Start/End: Original strand, 36387004 - 36387372
Alignment:
Q  35 acttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccataaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttcattaccacaat 134  Q
    ||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||    
T  36387004 acttccggaattttatc-atcgacccaaatggaaatctagtactccaccacaacctaagcaccattcccatttggtctaccaatgtttcattcccgcaat 36387102  T
Q  135 cacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatctgggaaagctt 234  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||  || |||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||    
T  36387103 cacaaagaaatagcactagtgctgttatagctcaactatcggatatagcaaaccttgttttgatgataaacaacaccaaaactgtattatgggaaagctt 36387202  T
Q  235 tgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaat-agaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagacagatgatga 333  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | || ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36387203 tgatcatccaacagacaccttgcttccatatctaaggcttggttttgataaaaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagacggatgatga 36387302  T
Q  334 ccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaaccat 403  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||    
T  36387303 ccctggaaatggtgcattcacagtgaaattcagcaccattggcaaacctcaagtgttaatgtacaaccat 36387372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 25 - 403
Target Start/End: Original strand, 36411027 - 36411402
Alignment:
Q  25 catcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccataaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttca 124  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||  ||| |||||| ||||||| | | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36411027 catcaatgacacttctggaattctatcaatcaaccaaaatgggaatctagaactccaccacaaccttagcaccattcccatttggtctaccaatgtttca 36411126  T
Q  125 ttaccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatct 224  Q
    ||| |||| ||||||||||||| ||||||||   |||||||  || |||  || |||| |||| ||||||||| | ||||| ||||  |||||| |||||    
T  36411127 ttaacacagtcacaaagaaataacaccaatg---ttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacgacaccgaaactgccatct 36411223  T
Q  225 gggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagac 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||| || ||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  36411224 gggaaagctttgatcatcccacagacacaatgcttccgtatcaaaagattggttttgatagaaaaattaatcaaagttgggtccttcaatcctggaagac 36411323  T
Q  325 agatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaaccat 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  36411324 agatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcaccattggcaaaccacaattgtttatgtacaaccat 36411402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 25 - 403
Target Start/End: Original strand, 36416358 - 36416733
Alignment:
Q  25 catcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccataaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttca 124  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||  ||| |||||| ||||||| | | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36416358 catcaatgacacttctggaattctatcaatcaaccaaaatgggaatctagaactccaccacaaccttagcaccattcccatttggtctaccaatgtttca 36416457  T
Q  125 ttaccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatct 224  Q
    ||| |||| ||||||||||||| ||||||||   |||||||  || |||  || |||| |||| ||||||||| | ||||| ||||  |||||| |||||    
T  36416458 ttaacacagtcacaaagaaataacaccaatg---ttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacgacaccgaaactgccatct 36416554  T
Q  225 gggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagac 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||| || ||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  36416555 gggaaagctttgatcatcccacagacacaatgcttccgtatcaaaagattggttttgatagaaaaattaatcaaagttgggtccttcaatcctggaagac 36416654  T
Q  325 agatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaaccat 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  36416655 agatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcaccattggcaaaccacaattgtttatgtacaaccat 36416733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 25 - 401
Target Start/End: Original strand, 36425193 - 36425566
Alignment:
Q  25 catcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccataaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttca 124  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||| | | ||||| || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36425193 catcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattcccatttggtctaccaatgtttca 36425292  T
Q  125 ttaccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatct 224  Q
    ||| |||| ||||||||||||| ||||||||   |||||||  || |||  || |||| |||| ||||||||| | ||||| ||||  |||||| |||||    
T  36425293 ttaacacattcacaaagaaataacaccaatg---ttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacgacaccgaaactgccatct 36425389  T
Q  225 gggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagac 324  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| | || ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  36425390 gggaaagcttggatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttggttccttcaatcatggaagac 36425489  T
Q  325 agatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaacc 401  Q
     || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  36425490 cgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcaccgtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaacc 36425566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 26 - 403
Target Start/End: Original strand, 36368423 - 36368797
Alignment:
Q  26 atcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccataaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttcat 125  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| || || | |||||||||||||||  |  |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||     
T  36368423 atcaatgacacttctggaattctatcaatcgatcgaaatggaaatctagttctcaaccacaaccttagcaacattcccatttggtctaccgctgtttcac 36368522  T
Q  126 taccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatctg 225  Q
    |||  || ||||| | |||||||||||| |   |||||||  || |||| || |||| |||| ||||| ||||| |||| | | | ||||||||||| ||    
T  36368523 tactgcagtcacagataaatagcaccaacg---ttatagctcaactatcggatataggaaaccttgttttgatgctaaaaagctccaaaactgtcatatg 36368619  T
Q  226 ggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagaca 325  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  36368620 ggaaagttttgatcatcctacagataccttgcttccatatctcaaggttggttttgatagaaaaactaatcaaagctggtttctccaatcatggaagaca 36368719  T
Q  326 gatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaaccat 403  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||  || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36368720 gatgatgaccctggaaaaggcgcattcacattgaaattcagcagcattggaaaacctcagttgtttatgtacaaccat 36368797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 26 - 399
Target Start/End: Original strand, 36433051 - 36433421
Alignment:
Q  26 atcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccataaccatagcaccattcccatttggtctaccgatgtttcat 125  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||  |||||||||||||||||||  |  || | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36433051 atcaatgacacttctggaattctatcaatcaacccaaatggaaatctagttctcaacaacaaccttagcaccattcccatttggtctaccgatgtttcac 36433150  T
Q  126 taccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaacattgttctgatgataaacaacacaaaaactgtcatctg 225  Q
    | |  |||||||| | ||||||||||   |  ||||||||  || |||| || |||| |||| ||||| ||||| ||||||  || ||||||||||| ||    
T  36433151 tccagcaatcacagataaatagcacc---gacgttatagctcaactatctgatataggaaactttgttttgatgttaaacagaaccaaaactgtcatatg 36433247  T
Q  226 ggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagaca 325  Q
    ||| ||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||| || | | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36433248 ggatagctttgattatcccacggacacttggcttccatatcaaaggcttggttttgatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagaca 36433347  T
Q  326 gatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaa 399  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||    
T  36433348 gaggatgaccctggaaaaggtgccttcacgttgaaattcagcaccgttggtaaaactcagctttttatgtacaa 36433421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 74
Target Start/End: Original strand, 34712339 - 34712387
Alignment:
Q  26 atcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctag 74  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  34712339 atcaatgacacttctggaattctatcaattgaccaaaatggaaatctag 34712387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University