View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9730_low_1 (Length: 1064)

Name: NF9730_low_1
Description: NF9730
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9730_low_1
NF9730_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (14-1050)||(16421217-16422271)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (493-567)||(27203139-27203213)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 842; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 842; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 1050
Target Start/End: Original strand, 16421217 - 16422271
Alignment:
Q  14 aaaatctgcattatgaaattttatgcagcatttaccatatttccctctattttgaaatgttgcatgttccattcaattggcaccatgttggacaaatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16421217 aaaatctgcattatgaaattttatgcagcatttaccatatttccctctattttgaaatgttgcatgttccattcaattagcaccatgttggacaaatgaa 16421316  T
Q  114 attagaagtctgatgtggcacgttaattaatattaagggtcatgatgaccttcccatgtgaatccatttcttctatataagttgtcataggaaagaggac 213  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  16421317 attagaagtttggtgtggcacgttaattaatattaaggatcatgatgaccttcccatgtgaatccatttcttctatataggttgtcataggaaagacgac 16421416  T
Q  214 tcaactacactatttcatttactcatatcaaaagctcttagtagaaccatcacaccttcaagtgaggtactaatggcgcgagtggagaaattcaacatgt 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16421417 tcaactacaccatttcatttactcagatcaaaagctcttagtagaaccatcacaccttcaagtgaggtattaatggcgcaagtggagaaattcaacatgt 16421516  T
Q  314 attccaatgacagttcttatgcttctagattcgtttcagttaaaggtatgttaatcaacaagtttctgtcaatgttttgttttgaaaaagaaaaattatt 413  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16421517 attccaatgacaattcttatgcttctagattcgtttcagttaaaggtatgttaatcaacaagtttctgtcaatgttttgttttgaaaaagaaaaattatt 16421616  T
Q  414 gtgttaattatttagga--tgcatctcatctagtagttgtttctaatgtgatgacagtccaagaaaatgttggccatgcaattgatgctgctgtgaaaag 511  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  16421617 gtgttaattatttaggatgtgcatctcatctagtagttgtttctgttgtgaacacagtccaaggaaatgttggtcatgcaattgatgctgttgtgaaaag 16421716  T
Q  512 ggatttggttgacttgaggacgtttcacatggaatttgatgcatgctgtgtgagttgttatttctttgaagtgcatgctattagttttctgctatgagat 611  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16421717 ggatttggttaacttgaggacgtttcacatggaatttgatgcatgcagtgtgagttgttatttctttgaagtgcatgctattagttttctgctatgagat 16421816  T
Q  612 gtaattaatttttgttccttttgtctcatcaaaatatattgtagaaaaaggggagacttcttgcttgcttttcaagtctgtttggattagaagtgtcacc 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16421817 gtaattaatttttgttccttttgtctcatcaaaatatattgtagaaaaaggggagacttcctgcttacttttcaagtttgtttggattagaagtgtcacc 16421916  T
Q  712 tttcacc---------tttcaaaatat-------attgagatggctgtagaaaagaaaaatgggaaagtctattttgcaaaagtatgggaagttcttggg 795  Q
    ||||  |          ||| ||||||       |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16421917 tttcgtcatgattcgtgttccaaatatgaatgagattgagatggttgtagaaaagaaaaatggaaaagtctattttgcaaaagtatgggaagttcttggg 16422016  T
Q  796 agtttttacaagatgttggaagatgcatagatgaccttggtgtatgtcaatagtcacattttcctatttgagcttcgcaacatgcatggacaagaattga 895  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  16422017 agtttttacaagatattggaagatgcataaatgaccttggtgtatgtcaatagtcacattttcctatttgaggttcgcaacatgcatggacaagaactga 16422116  T
Q  896 tatatcctcaattcatccctcctcagcgaattttactacaagaacataatgcacaagactaccgaaattcattctttcggtatggatcaaatgcagatta 995  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422117 tgtatcctcaattcatcactcctcagcgaattttactacaagaacataatgcacaagactaccgaaattcattctttcggtatggatcaaatgcagatta 16422216  T
Q  996 tcttcccacaaagttcactcatctacttgcgaaagagttgacttaagctgatgtc 1050  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16422217 tcttcccacaaagttcactcatctacttgcgaaagagttgacttaagttgatgtc 16422271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 493 - 567
Target Start/End: Original strand, 27203139 - 27203213
Alignment:
Q  493 ttgatgctgctgtgaaaagggatttggttgacttgaggacgtttcacatggaatttgatgcatgctgtgtgagtt 567  Q
    ||||||||||||| ||  | ||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  27203139 ttgatgctgctgttaagggcgatttggttaacatgaggacttttcacatggaatatgattcatgcagtgtgagtt 27203213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University