View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9730_low_11 (Length: 501)

Name: NF9730_low_11
Description: NF9730
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9730_low_11
NF9730_low_11
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (18-435)||(30167545-30167962)
chr3 (22-454)||(49732113-49732543)
chr3 (78-454)||(9378679-9379056)
chr3 (29-303)||(13448016-13448286)
chr3 (22-288)||(32004510-32004773)
chr3 (33-434)||(6176679-6177080)
chr3 (75-435)||(23601353-23601713)
chr3 (88-444)||(28675119-28675476)
chr3 (75-454)||(2813681-2814060)
chr3 (75-454)||(7146621-7147000)
chr3 (75-410)||(25873336-25873672)
chr3 (75-454)||(29308987-29309367)
chr3 (88-298)||(24227408-24227617)
chr3 (65-116)||(6517892-6517943)
chr3 (214-366)||(9163398-9163550)
chr3 (214-329)||(19824101-19824216)
chr3 (135-173)||(51144705-51144743)
chr3 (307-340)||(13797767-13797800)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (22-454)||(15653886-15654318)
chr7 (22-454)||(46623231-46623664)
chr7 (75-446)||(12378914-12379285)
chr7 (22-229)||(21277457-21277663)
chr7 (79-452)||(3104487-3104861)
chr7 (78-454)||(13439636-13440012)
chr7 (75-442)||(43104891-43105258)
chr7 (79-454)||(45235534-45235909)
chr7 (75-298)||(28326936-28327159)
chr7 (28-179)||(9546273-9546421)
chr7 (75-329)||(30385780-30386033)
chr7 (214-442)||(45942570-45942798)
chr7 (77-181)||(3632385-3632489)
chr7 (75-281)||(26714095-26714304)
chr7 (42-113)||(37675787-37675857)
chr7 (131-209)||(13775861-13775939)
chr7 (199-257)||(968182-968240)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (22-454)||(7202-7634)
[»] chr4 (22 HSPs)
chr4 (22-454)||(7663420-7663851)
chr4 (22-454)||(47540455-47540884)
chr4 (22-454)||(3130160-3130589)
chr4 (28-454)||(8655254-8655677)
chr4 (75-446)||(23279187-23279558)
chr4 (75-434)||(8487182-8487541)
chr4 (78-434)||(23873677-23874033)
chr4 (75-435)||(2630978-2631338)
chr4 (83-266)||(1121013-1121196)
chr4 (78-454)||(55298206-55298579)
chr4 (29-298)||(20673243-20673512)
chr4 (28-201)||(5817615-5817785)
chr4 (29-166)||(12776676-12776814)
chr4 (76-181)||(33312980-33313085)
chr4 (75-196)||(25875129-25875249)
chr4 (358-454)||(20674885-20674981)
chr4 (216-275)||(13159132-13159191)
chr4 (135-173)||(7473047-7473085)
chr4 (135-173)||(8934742-8934780)
chr4 (143-173)||(19114084-19114114)
chr4 (143-173)||(30310094-30310124)
chr4 (75-103)||(42072807-42072835)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (22-416)||(45421045-45421439)
chr2 (74-452)||(31085820-31086198)
chr2 (75-454)||(13549704-13550083)
chr2 (75-454)||(22052207-22052586)
chr2 (78-454)||(33547455-33547831)
chr2 (75-454)||(9949445-9949824)
chr2 (75-454)||(43627078-43627458)
chr2 (151-452)||(26180109-26180409)
chr2 (75-284)||(26681461-26681670)
chr2 (75-275)||(31594134-31594334)
chr2 (75-338)||(31774264-31774527)
chr2 (75-278)||(35694213-35694416)
chr2 (460-501)||(34493936-34493977)
chr2 (18-143)||(32145426-32145550)
chr2 (172-224)||(25784588-25784640)
chr2 (77-116)||(558655-558694)
chr2 (135-173)||(10978466-10978504)
chr2 (75-219)||(38233126-38233270)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (28-454)||(21527697-21528120)
chr1 (22-453)||(36305312-36305742)
chr1 (30-454)||(36928703-36929126)
chr1 (28-454)||(48265899-48266322)
chr1 (22-446)||(4644542-4644963)
chr1 (22-327)||(47115817-47116120)
chr1 (22-224)||(25639874-25640076)
chr1 (28-303)||(14365957-14366228)
chr1 (78-454)||(48073612-48073989)
chr1 (75-454)||(14119344-14119729)
chr1 (75-435)||(32353497-32353857)
chr1 (75-454)||(37530144-37530525)
chr1 (75-454)||(3692207-3692586)
chr1 (28-225)||(52336198-52336392)
chr1 (75-323)||(38231267-38231515)
chr1 (28-162)||(9528226-9528357)
chr1 (198-292)||(30970951-30971045)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (22-454)||(33629628-33630056)
chr6 (22-454)||(1682570-1682999)
chr6 (75-454)||(25317434-25317813)
chr6 (75-454)||(26204928-26205307)
chr6 (75-454)||(15673405-15673784)
chr6 (75-454)||(23347647-23348026)
chr6 (75-454)||(8873007-8873386)
chr6 (75-391)||(13755045-13755361)
chr6 (109-446)||(19256659-19256995)
chr6 (75-442)||(19348854-19349214)
chr6 (149-328)||(4406666-4406845)
chr6 (198-298)||(33745798-33745898)
chr6 (75-115)||(4596466-4596506)
chr6 (231-277)||(14528109-14528155)
chr6 (142-171)||(5086487-5086516)
chr6 (136-173)||(8263887-8263924)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (30-454)||(7451888-7452311)
chr8 (30-454)||(19384891-19385312)
chr8 (75-454)||(2871771-2872149)
chr8 (77-454)||(16421191-16421567)
chr8 (72-234)||(12218418-12218580)
chr8 (250-454)||(35405460-35405664)
chr8 (89-454)||(412543-412911)
chr8 (75-209)||(28542583-28542717)
chr8 (207-272)||(30501680-30501745)
chr8 (18-70)||(12531140-12531192)
chr8 (149-292)||(31216834-31216977)
chr8 (80-173)||(35405329-35405422)
chr8 (253-365)||(39482972-39483084)
chr8 (143-245)||(39483130-39483232)
chr8 (307-344)||(39903523-39903560)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (32-454)||(10487101-10487506)
chr5 (75-454)||(32917897-32918277)
chr5 (75-454)||(6264379-6264758)
chr5 (75-454)||(15499827-15500206)
chr5 (77-451)||(34480538-34480912)
chr5 (135-446)||(6020378-6020689)
chr5 (76-298)||(587097-587319)
chr5 (78-270)||(34858058-34858250)
chr5 (131-365)||(31862229-31862463)
chr5 (138-173)||(22095712-22095747)
chr5 (373-442)||(587394-587463)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (33-454)||(134817-135235)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (33-454)||(312644-313062)
scaffold0002 (33-454)||(328098-328516)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (28-234)||(22614-22817)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (140-229)||(12276-12365)
[»] scaffold0287 (1 HSPs)
scaffold0287 (77-181)||(13596-13700)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 30167962 - 30167545
Alignment:
Q  18 agaaactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccac 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30167962 agaaactactacacgaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccac 30167863  T
Q  118 tgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacat 217  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30167862 tgccgggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgagagttattacat 30167763  T
Q  218 tattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||    
T  30167762 tattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacccgtcaa 30167663  T
Q  318 ataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgtta 417  Q
    ||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  30167662 ataagtaaactgaagaaaatgatcggaaatattatctgcatccacccccgcacaaccaatccaatcacgcaccaaatgccaaagcgaaccaaaagtgtta 30167563  T
Q  418 cacaacaaaaagagatgt 435  Q
    || |||||||| ||||||    
T  30167562 caaaacaaaaaaagatgt 30167545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 22 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 49732543 - 49732113
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49732543 actacaacaggaatcaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgct 49732447  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    | ||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49732446 gagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 49732347  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    ||||||||||||||| || || ||| |||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49732346 aaacagacgattatttcgctcgttccacacaacccgggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 49732247  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  49732246 gtaaactgaagaaaatggtcggatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgtaccacatgccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 49732147  T
Q  422 acaaaaagagatgttgggccg-tttccggatgac 454  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49732146 acaaaaagagatgttgggccgttttccggatgac 49732113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 78 - 454
Target Start/End: Original strand, 9378679 - 9379056
Alignment:
Q  78 ttagccaatacccaaacaaacaagagggc-atgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 176  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||| || ||||||| || || ||| ||  |||||| ||||||||| || |||| | ||||||||| ||||||||    
T  9378679 ttagcctattcccaaacaaaagagagggctataaccaccattgttgtgtaccaataacaaaggtagcttttttaacttttagccaacctaaagacaacat 9378778  T
Q  177 cttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatata 276  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||  || | ||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||     
T  9378779 cttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattaaacagacgatagtttcattcattccaaacaacccaggcacacagaagtcatatg 9378878  T
Q  277 agttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaa 376  Q
    ||||||||||||||||| |||   ||| |||||| ||||| || ||||||||| |  |||||||| || |||||||| || ||||||||   ||||||||    
T  9378879 agttgcataaaagaacgactatcattaccaccacttgtcatatgagtaaactgtaacaaatggtcggaaatattatccgcgtccaccccattgcaaccaa 9378978  T
Q  377 tccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  9378979 tccaatcacgcaccatatgccaaatcgaaccaaaagtgttacacaataaaaagaggtgttgtgccgtttcaggatgac 9379056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 29 - 303
Target Start/End: Original strand, 13448016 - 13448286
Alignment:
Q  29 caggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatc 128  Q
    ||||||||||||||||||| |||   | |||||||||||||   |||||| | || |||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||| || ||| |    
T  13448016 caggaaccaagagttacaataaa---acaaccaacccaacagagctacatcaacctatactcaaacacacaagagagcaagaccaccactgttgagtacc 13448112  T
Q  129 ataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaga 228  Q
    | | |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||  || || ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448113 aaacacaaaagtagttttt-tagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgcctaacaagcgggaaatgggagttattacattattaaacaga 13448211  T
Q  229 cgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagactta 303  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448212 cgattatttcgttcattccacacaactcaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagactta 13448286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 22 - 288
Target Start/End: Original strand, 32004510 - 32004773
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32004510 actacaacaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacatacaagagggcatgaccaccactgct 32004606  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    | ||| || | |||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  32004607 gagtaccaaacacaaaagtagttcttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattgcattatt 32004706  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaa 288  Q
    ||||||||||||||| || ||  || |||||| |||  || | ||||| || |||||||||||||||    
T  32004707 aaacagacgattatttcgctctatccacacaatccaaacaaagagaaggcaaataagttgcataaaa 32004773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 33 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 6177080 - 6176679
Alignment:
Q  33 aaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataa 132  Q
    |||||||||||||||||| ||||||   ||| || ||  |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||    
T  6177080 aaccaagagttacaacaattacaaacaaaacacaccagaaaaacattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaa 6176981  T
Q  133 acaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgat 232  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||  || ||||  ||||  |  ||| | || |  |||| |||||||| ||| |    
T  6176980 acaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatctagtaaacaagagatgagggtaacaacatgattaaacatacggt 6176881  T
Q  233 tattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaag 332  Q
    |||| ||||||||| | |||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| |     
T  6176880 tattacgttcattccaaacaacccaggcacataaaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaa 6176781  T
Q  333 aaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagaga 432  Q
    |||||| || || |||||||| | |||||||||  |||||||||||||||| ||||||| || ||| || |||| |||||| | |||||| ||||| |||    
T  6176780 aaaatgatctgaaatattatctgtatccaccccatagcaaccaatccaatctcgcaccaaatgccacagagaactaaaagtatcacacaataaaaataga 6176681  T
Q  433 tg 434  Q
    ||    
T  6176680 tg 6176679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 75 - 435
Target Start/End: Original strand, 23601353 - 23601713
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||  || |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  23601353 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgagtcccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 23601452  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |    
T  23601453 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccaga 23601552  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | |||||||| |||||| ||| ||||| | |||||| || || ||||||||||  ||||||||  |||||||    
T  23601553 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatcagtgtccaccccaaagcaacc 23601652  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgt 435  Q
     |||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| ||||||    
T  23601653 gatccaatctcgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgt 23601713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 88 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 28675476 - 28675119
Alignment:
Q  88 cccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgt 187  Q
    ||||||||||| | ||| |  |||||||||| ||| ||| |  ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  28675476 cccaaacaaactaaaggactcgaccaccactactgcgtaccgaaaacaaaagtagcttttttaactttcaaccagcctaaagacaacatcttaaccttgt 28675377  T
Q  188 ctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaa 287  Q
    ||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||| || |||||||| |||| |||| ||||||| ||  |||| ||||| || || |||||||||||    
T  28675376 ctaacaatcgaggaatgggagtaacaacattattaaataggcgattatttcgttaattccacacaacacagacacacagaagtcaaatgagttgcataaa 28675277  T
Q  288 agaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgc 387  Q
    |||||||||||  ||| || ||||| ||| || |||||| || |  |||||||| || ||||||| || ||||||||   | ||||||||||| ||||||    
T  28675276 agaacgtctagctttaccatcacctatcatatgagtaaattgcaataaatggtccgaaatattataagtatccaccctgaaacaaccaatccagtcacgc 28675177  T
Q  388 accatataccaaagcgaaccaaaag-tgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtt 444  Q
    || || | |||||  |||||||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  28675176 acaatctgccaaaatgaaccaaaggttgttacacaataaaaagagatgttgtgccgtt 28675119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 2814060 - 2813681
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  2814060 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccattgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 2813961  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | || ||||| ||||| ||||| ||||    
T  2813960 aacttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccagactacccaggcacatagaagtcata 2813861  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||| ||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| |  || |||||||| | |||||||||  | || ||    
T  2813860 ttagttgcataaacgaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatttgaaatattatctgtatccaccccatatcaccc 2813761  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| || ||| ||||||| |  ||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  2813760 aatccaatcgcgcaccaaatgccacagagaatcaaaagtatcgcacaataaaaatagatgtcgtgccgattcaggatgac 2813681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 7146621 - 7147000
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  7146621 acattagcaaatacccaaacaaacaagggggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacatc 7146720  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  7146721 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccata 7146820  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    | |||||||| |||||| ||| ||||| | |||||| || || |||||||| |  ||||||||  ||||| |    
T  7146821 taagttgcaaaaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatctgtgtccaccccaaagcaatc 7146920  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
     ||||| |||||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  7146921 gatccagtcacgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgagccgattcaggatgac 7147000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 75 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 25873672 - 25873336
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || |||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |    
T  25873672 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaagatagcttttttagctttcagccaacctaaagacatc 25873573  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  25873572 aacttaaccttatcaagtaaacacgggatgggggtaacaacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 25873473  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactg-aagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaac 373  Q
    | ||||||||||||||||| ||||    | ||||||||| ||||| ||| ||||| || |||||| || || |||||||| || ||||||||  |||| |    
T  25873472 tgagttgcataaaagaacgcctagcagcaccaccacctgccaaatgagtgaactgtaaaaaaatgatcggaaatattatctgcgtccaccccatagcatc 25873373  T
Q  374 caatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaa 410  Q
    |||||||||| ||||||| || ||| | |||||||||    
T  25873372 caatccaatctcgcaccaaatgccacatcgaaccaaa 25873336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 29308987 - 29309367
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  29308987 acattacccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 29309086  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttatta-cattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccat 273  Q
    | |||||  ||  |||  ||||  |  ||||| | ||  | ||| |||||||| ||| || || || |||||| ||||||||||  |||| ||||| |||    
T  29309087 agcttaatcttagctagtaaacaagagatggggggtaacaacatgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacccagacacatagaagtcat 29309186  T
Q  274 ataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaac 373  Q
    || ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| || ||||||||||  |  ||||||||  ||||||    
T  29309187 attagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgatatattatttgtgtccaccccacagcaac 29309286  T
Q  374 caatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||| | ||||||| ||  || || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  29309287 caatccaagctcgcaccaaatgtcacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgtgccgattcaggatgac 29309367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 88 - 298
Target Start/End: Original strand, 24227408 - 24227617
Alignment:
Q  88 cccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgt 187  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||| ||||| |||  | |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24227408 cccaaacagacaaaagggcacgaccaccattgctgagtactaaaaacaaaagtaatttttttagctttcaaccaacctaacgacaacatcttaactttgt 24227507  T
Q  188 ctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaa 287  Q
    |||| || | |||||||||||| |  | |||  |||| || |||||||| ||||||||  | |||||||| ||||| |||| ||| || |||||||| ||    
T  24227508 ctaataagctgggaatgggagtaacaatatttctaaagaggcgattattacgttcatttcatacaacccaagcacacagaa-ccaaatgagttgcatgaa 24227606  T
Q  288 agaacgtctag 298  Q
    ||  |||||||    
T  24227607 agggcgtctag 24227617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 65 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 6517943 - 6517892
Alignment:
Q  65 caacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccacca 116  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  6517943 caacaagaaaacattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgaccacca 6517892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 9163550 - 9163398
Alignment:
Q  214 acattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctg 313  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||| ||| | |||||||| ||| || || || | ||| | |||| |||  ||| || ||||||    
T  9163550 acattattaaacaggcggttattacgttcattccacacaatccaagtacaaagaatccagattagctgtagaaaggcacgtttagctttaccaacacctg 9163451  T
Q  314 tcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccaccccc 366  Q
     ||||||||||||||| |  ||||| ||||  | ||||| || ||||||||||    
T  9163450 ccaaataagtaaactgcaccaaatgatcaggaagattattaggatccaccccc 9163398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 19824216 - 19824101
Alignment:
Q  214 acattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctg 313  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||||| ||| | ||| ||||  || || ||||| | ||| |||||| |||  ||| || ||||||    
T  19824216 acattattaaacaggcggttattacgttcgttccacacaatccaagtacatagaattcagattagttgtaaaaaggaacgtttagctttaccaacacctg 19824117  T
Q  314 tcaaataagtaaactg 329  Q
    ||||||||||||||||    
T  19824116 tcaaataagtaaactg 19824101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 173
Target Start/End: Original strand, 51144705 - 51144743
Alignment:
Q  135 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51144705 aaaagtagtttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 51144743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 307 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 13797800 - 13797767
Alignment:
Q  307 ccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggt 340  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13797800 ccacctgtcgaataagtaaactgaagaaaatggt 13797767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 15654318 - 15653886
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  15654318 actactacaggaaccaagagttacaacaattacaaaaccaacccaacatgactacattagccaatacccaagcaaacaagagggcatgaccatcactgct 15654219  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    ||||| || |||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654218 gggtaccaaaaacaaaagtagttttattagctttcaaccatcctaaagacaacatctttaccttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 15654119  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||    
T  15654118 aaacagacgattatttcgttcattccacacaactcatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctatcaaataa 15654019  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15654018 gtaaactgaagaaaatggtcggaaatattatcagcatccacccccgcacaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 15653919  T
Q  422 acaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  15653918 acaaaaagagatgttgagccgtttcaggatgac 15653886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 22 - 454
Target Start/End: Original strand, 46623231 - 46623664
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46623231 actactacaggaatcaagagttacaacaaatacaaaatcaacccaacatgactacattaaccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactact 46623330  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46623331 gggtaccaaaaacaaaagtagcttttttagctttcaaccatcctaaggacaacatcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 46623430  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||    
T  46623431 aaacagacgattatttcgttcatttcacacgacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacaacaccacctgtcaaataa 46623530  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |    
T  46623531 gtaaactgaagaaaatggtcgaaaatattatcagcatccacccccgcacaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagtgaaccaaaagtgttacata 46623630  T
Q  422 ac-aaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    || ||||| |||||||| |||| ||| |||||||    
T  46623631 acaaaaaaaagatgttgagccgattcaggatgac 46623664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 75 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 12379285 - 12378914
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||  ||||||||| ||||| ||  || |||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  12379285 acattagcctatgcccaaacaaacaagcgggtttgaccaccattgctgtgttccaaaaacaaagttagcttttttagctttcagccaacctaaagacaac 12379186  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||| |||||||| |||| ||| |||||||| | ||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||    
T  12379185 aacttaacattgtctaataaacaggggatgggagtaactacattattaaacaggcatttatttcgttcattccacacaacgcaggcacacagaagccata 12379086  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
      ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||| || |  ||||||||||| ||||||||  |||| ||    
T  12379085 cgagttgcataaaagaacgtctagctttaccaccacctgtaaaataagtaaactgtaaaaaatgttcgggaatattatcagcttccaccccatagcaccc 12378986  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttc 446  Q
     ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  12378985 tatccaatcacgcaccatatgccaaattgaaccaaaagtgttacacaataaaaagaggtgttgcgccgtttc 12378914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 22 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 21277663 - 21277457
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21277663 actaccacaggaaccaagagttacaacaattacaaa-ccgtcccaaccggactacgttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 21277565  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    ||||| || |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  21277564 gggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacggaggataggagttattacattatt 21277465  T
Q  222 aaacagac 229  Q
    ||||||||    
T  21277464 aaacagac 21277457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 79 - 452
Target Start/End: Original strand, 3104487 - 3104861
Alignment:
Q  79 tagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatct 178  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||   |||||||| || || ||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  3104487 tagcctatatccaaacaaacaagagggttagaccaccattgttgtgtaccatgaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacaacatct 3104586  T
Q  179 taactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataag 278  Q
    |||| ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| |||||| || ||||| || ||||||||| | ||||| || ||||| | ||| ||||  ||    
T  3104587 taaccttgtctagcaaacatggaatgggagttataacatcattaaataggcgattgtttcgttcattccaaacaacacaggcacacataagacataatag 3104686  T
Q  279 ttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactg--aagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaa 376  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| | |||||||  || ||||||||| || |||||| |||  ||||||||  |||| ||||    
T  3104687 ttgcataaaagaacgtctagcattagcaccacttgtcaaatgaataaactgtaaaaaaaatggtcggaaatattaccagtgtccaccccatagcagccaa 3104786  T
Q  377 tccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatg 452  Q
    ||||||| || | ||||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||    
T  3104787 tccaatcgcg-aacatatgccaaagggaaccaaaagtattacacaataaaaagaggtgttgtcccgtttcaggatg 3104861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 78 - 454
Target Start/End: Original strand, 13439636 - 13440012
Alignment:
Q  78 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  13439636 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaacactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 13439735  T
Q  178 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 277  Q
    ||||| || || |  |||| ||| ||||| || |  || | |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  13439736 ttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 13439835  T
Q  278 gttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaat 377  Q
    |||||||||||||||||||||    | |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||  | || |||||||| |  ||||||||  ||||||| ||    
T  13439836 gttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatattatctgtgtccaccccaaagcaaccgat 13439935  T
Q  378 ccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  13439936 ccaatcacgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgagccgattcaggatgac 13440012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 75 - 442
Target Start/End: Original strand, 43104891 - 43105258
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||  |   || ||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||| || |||    
T  43104891 acattaaccaatacccaaacaaacaagagggtttgactaccactgctcagagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagaaaac 43104990  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||  |||||||| | |||| ||| || || | |||||| |    
T  43104991 atcttaaccttgtctaataaacggggaatgggagtaaccacattattaaacaggcgattgttttgttcattccaaacaagccaagcgcacaaaagccaaa 43105090  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | |||| ||||||||  |||| ||   || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |  || ||  | ||  |    
T  43105091 tgagttacataaaagcccgtcgagctctaccaccacctgtcaaatgagtaaactgcagaaaatggtcagatatattatcagtgttgactccacaacactc 43105190  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccg 442  Q
    ||||||||| |||||||  | |||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  43105191 aatccaatcccgcaccaagtgccaaagtgaaccaaaagagttgcacaataaaaagagatgttgcgccg 43105258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 79 - 454
Target Start/End: Original strand, 45235534 - 45235909
Alignment:
Q  79 tagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatct 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||  || ||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| |||| | |||    
T  45235534 tagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccacgactgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagcattcagccaacctaaagacatcgtct 45235633  T
Q  179 taactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataag 278  Q
    |||  || ||||| ||||  || |||||  | |  |||| |||||||| ||| ||||| | ||||||| | ||||||||  ||||  |||||||||| ||    
T  45235634 taatcttttctaataaacaagggatggggataacaacatgattaaacaaacggttatttcattcattccaaacaacccagacacatggaagccatattag 45235733  T
Q  279 ttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatc 378  Q
    ||||||||||||||||||||   |  ||||||||||||||| |||||||||   |||||  ||||| |||||||| || ||||||||  |||||||||||    
T  45235734 ttgcataaaagaacgtctagcaattccaccacctgtcaaatgagtaaactgtcaaaaattatcagaaatattatccgcgtccaccccatagcaaccaatc 45235833  T
Q  379 caatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||| ||||||| ||  || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||    
T  45235834 caatctcgcaccaaatgtcacagagaaccaaaagtattacacaataaaaagagatgttgtactgtttcaggatgac 45235909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 75 - 298
Target Start/End: Original strand, 28326936 - 28327159
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||  || |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  28326936 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccgccactgctgagtcccaaaaacaaatatagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 28327035  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |    
T  28327036 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacattcggttattacgttcattccaaacaacccaagcacaaagaagccaaa 28327135  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctag 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  28327136 taagttgcataaaagaacgtctag 28327159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 28 - 179
Target Start/End: Original strand, 9546273 - 9546421
Alignment:
Q  28 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||     
T  9546273 acaggaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtac 9546369  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatctt 179  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9546370 caaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatctt 9546421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 75 - 329
Target Start/End: Original strand, 30385780 - 30386033
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||  |  || ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  30385780 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccgcccctgctgaatcccaaaaacaaatgtagcatttttagctttcaaccaacctagagacaac 30385879  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  |||||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  30385880 aacttaatcttgtctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 30385979  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactg 329  Q
    |||||||||| |||||| ||||||    | ||||||||||||||| ||| |||||    
T  30385980 taagttgcat-aaagaatgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactg 30386033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 214 - 442
Target Start/End: Original strand, 45942570 - 45942798
Alignment:
Q  214 acattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctg 313  Q
    |||| |||||||| | | ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||    | |||||||||    
T  45942570 acatgattaaacaaatggttatttcgttcattccacacaacccagacacaaagaagccaaattagttgcataaaagaatgtgtagcaacaccaccacctg 45942669  T
Q  314 tcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagt 413  Q
    |||||| ||||||||| | |||||| || || |||||||  |  ||||||||  ||||||||||| |||| ||||||| ||  || || || ||||||||    
T  45942670 tcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattatttgtgtccaccccatagcaaccaatcaaatctcgcaccagatggcacagagagccaaaagt 45942769  T
Q  414 gttacacaacaaaaagagatgttgggccg 442  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  45942770 attacacaataaaaagagatgttgcgccg 45942798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 181
Target Start/End: Original strand, 3632385 - 3632489
Alignment:
Q  77 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 176  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || |||||||  || ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||     
T  3632385 attagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaactaacctaaagacaacag 3632484  T
Q  177 cttaa 181  Q
    |||||    
T  3632485 cttaa 3632489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 75 - 281
Target Start/End: Original strand, 26714095 - 26714304
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||| | || ||||||||||| |  ||||  ||||||||| |||| ||| |  |||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||| | |||       
T  26714095 acattagtctatgcccaaacaaactaaggggctcgaccaccacagctgtgtaccgaaaacaaaaataggttttttagctttcaaccatcctgaagaccgt 26714194  T
Q  175 atctta---actttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagcc 271  Q
    ||||||   | |||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| | ||  |    
T  26714195 atcttataaattttgtctaacaatcggggaattggagtaacaacattattaaacagacgattatttcgttctttcgacacaacccaaacacacaaaaagc 26714294  T
Q  272 atataagttg 281  Q
    ||||||||||    
T  26714295 atataagttg 26714304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 113
Target Start/End: Original strand, 37675787 - 37675857
Alignment:
Q  42 ttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgacca 113  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37675787 ttacaacaattataaaatcaacccaacatgactacattagccaata-ccaaacaaacaagagggcatgacca 37675857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 13775939 - 13775861
Alignment:
Q  131 aaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagt 209  Q
    |||||||| || ||| | |||||||| |||| |||||  ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  13775939 aaacaaaattatcttatttagctttcgaccaccctaaatacaacatcttaaccttgtctaataagcggggaatgggagt 13775861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 199 - 257
Target Start/End: Original strand, 968182 - 968240
Alignment:
Q  199 ggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaaccca 257  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||  ||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  968182 ggaatgggagtgattacatttttaaacaagcgactattgcgctcattccacacaaccca 968240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 22 - 454
Target Start/End: Original strand, 7202 - 7634
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  7202 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgat 7301  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7302 gggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 7401  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||||||||||||||||    
T  7402 aaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacaaaaccacctgtcaaataa 7501  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    ||||| |||| |||||| || || |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  7502 gtaaaatgaataaaatgatcggaaatattatctgcatccacccccgcacaaccaatccaatcacgcaccaaatgccaaagcgaaccaaaagtgttgcaca 7601  T
Q  422 acaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    | ||||| | |||||| |||| ||| |||||||    
T  7602 aaaaaaaaaaatgttgagccgattcaggatgac 7634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 22)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 22 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 7663851 - 7663420
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  7663851 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgat 7663752  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7663751 gggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 7663652  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||||||||||||||||    
T  7663651 aaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacaaaaccacctgtcaaataa 7663552  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    ||||| |||| |||||| || || |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  7663551 gtaaaatgaataaaatgatcggaaatattatctgcatccacccccgcacaaccaatccaatcacgcaccaaatgccaaagcgaaccaaaagtgttgcaca 7663452  T
Q  422 acaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    | ||||| | |||||| |||| ||| |||||||    
T  7663451 a-aaaaaaaaatgttgagccgattcaggatgac 7663420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 22 - 454
Target Start/End: Original strand, 47540455 - 47540884
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||    ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47540455 actacaacaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagttacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgct 47540551  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    | ||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  47540552 gagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagttaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacgggaaatgagagttattacattatt 47540651  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47540652 aaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 47540751  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47540752 gtaaactgaagaaaatggtcagataaattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaaccacgcaccatatgccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 47540851  T
Q  422 acaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  47540852 acaagaatagatgttgggccgtttccggatgac 47540884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 22 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 3130589 - 3130160
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  3130589 actacaacaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcaagaccaccactgtt 3130493  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    | |||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||  || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  3130492 gagtatcaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgtctaacaagcggggaatgagagttattacattatt 3130393  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    |||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3130392 aaacagacgattattttgttcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaactaa 3130293  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3130292 gtaaactgaagaaaatggtcagataaattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 3130193  T
Q  422 acaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3130192 acaaaaagagatgttgggccgtttctggatgac 3130160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 28 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 8655677 - 8655254
Alignment:
Q  28 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||| |  |||||| | |||||||||||||| |||     
T  8655677 acaggaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacataactacatcagcctatacccaaacacatgagagggtaagaccaccactgctgagtac 8655581  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 227  Q
    || | ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8655580 caaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 8655481  T
Q  228 acgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaac 327  Q
     |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||| ||||| | |||||    
T  8655480 gcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgccttgactttgcatcacctgccaaatgaataaac 8655381  T
Q  328 tgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaa 427  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  8655380 tgaagaaaatggtcatatatattatcagcatccactcccgagcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaaagtgttacacgataaaa 8655281  T
Q  428 agagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  8655280 agagatgttgagccgtttccagatgac 8655254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 75 - 446
Target Start/End: Original strand, 23279187 - 23279558
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| || |||| | ||| ||||| |  |||    
T  23279187 acattaacctatacccaaacaaacaagagggcaagaccaccactgttgggtaccgaaaacaaaagtagcttttttaccttttagccaccctaaaggaaac 23279286  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  23279287 atcttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattaaacagacgattatttcgttcgttccacacaacccacacacaaagaagccata 23279386  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    |||||||||||||||| | |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||  | |||||    
T  23279387 taagttgcataaaagagcatctagagtgagcactacctgtcaaataagtaaactgtaaaaaatggtcagaaatattatcaacattcaccccacaacaacc 23279486  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttc 446  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  23279487 aatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaacttaaagagttacacaataaaaagagatgttgtgtcgtttc 23279558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 75 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 8487541 - 8487182
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  8487541 acattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 8487442  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| |||||| || | |||||||| ||||| | ||||||||    
T  8487441 agcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcagtccaaacaacccaggcacataaaagccata 8487342  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| || || |||||||| | |||||||||  |||||||    
T  8487341 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaataagtgaactgtaagaaatgatctgaaatattatctgtatccaccccatagcaacc 8487242  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatg 434  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||    
T  8487241 aatccaatctcgcaccaaataccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatg 8487182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 78 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 23874033 - 23873677
Alignment:
Q  78 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  23874033 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 23873934  T
Q  178 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 277  Q
    ||||  || || |  |||| ||| ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  23873933 ttaatcttatcaagtaaacaggggatgggggtcacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 23873834  T
Q  278 gttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaat 377  Q
    |||||||||||||||||||||    | | |||||| |||||| ||| ||||| | |||||| || || |||||||| |  ||||||||  ||||||| ||    
T  23873833 gttgcataaaagaacgtctagcagcacctccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatctgtgtccaccccaaagcaaccgat 23873734  T
Q  378 ccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatg 434  Q
    |||||||||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||    
T  23873733 ccaatcacgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatg 23873677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 75 - 435
Target Start/End: Original strand, 2630978 - 2631338
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||   | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  2630978 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcctaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 2631077  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| || || || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  2631078 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccatgcacatagaagccata 2631177  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| || ||||||||||| |  ||||||||  | |||||    
T  2631178 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatatattatcggtgtccaccccacaacaacc 2631277  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgt 435  Q
    ||||||| | ||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| ||||||    
T  2631278 aatccaagctcgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgt 2631338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 83 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 1121196 - 1121013
Alignment:
Q  83 caatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaac 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||  |||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  1121196 caatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttaattttcaatcaacctaaggacaacatctttac 1121097  T
Q  183 tttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaag 266  Q
     ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||    
T  1121096 cttgtctaacaaacgggggatgtgagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaatccaggcacaaag 1121013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 78 - 454
Target Start/End: Original strand, 55298206 - 55298579
Alignment:
Q  78 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  55298206 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaac 55298305  T
Q  178 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 277  Q
    ||||  || || |  |||| ||| || || || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  55298306 ttaatcttatcaagtaaacaggggataggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 55298405  T
Q  278 gttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaat 377  Q
    |||||||||||||||||  ||    | |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||  | || |||||||| |  ||||||||  ||||||| ||    
T  55298406 gttgcataaaagaacgtgcag---caccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatattatctgtgtccaccccaaagcaaccgat 55298502  T
Q  378 ccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  55298503 ccaatcacgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgagccgattcaggatgac 55298579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 29 - 298
Target Start/End: Original strand, 20673243 - 20673512
Alignment:
Q  29 caggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatc 128  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||   ||| |||||  |  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||  |    
T  20673243 caggaaccaagagttacaacgattacaaacaaaacacaacataaaaacattagcaaatacccaaacaaacaagagagcttgaccaccactgctgagtccc 20673342  T
Q  129 ataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaga 228  Q
    | ||||||| | ||||||| |||||||  |||||||||  |||| || |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| |    
T  20673343 aaaaacaaaggaagcttttttagctttataccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacata 20673442  T
Q  229 cgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 298  Q
    || |||||  |||||||| | |||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20673443 cggttattatgttcattccaaacaacctaggcacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 20673512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 28 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 5817785 - 5817615
Alignment:
Q  28 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||||  ||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||     
T  5817785 acaggaaccaagaattaaaacaaa-acaaa--caacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtac 5817689  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacgggga 201  Q
    || | |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||| ||||||    
T  5817688 caaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaagcgggga 5817615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 12776814 - 12776676
Alignment:
Q  29 caggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacc-caacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||  || | |||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||      
T  12776814 caggaaccaagagttacaacgattacaaaaaaaaacacaacagaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcc 12776715  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaaccta 166  Q
    || ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||    
T  12776714 caaaaacaaaggtagctcttttagctttcaaccaaccta 12776676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 76 - 181
Target Start/End: Original strand, 33312980 - 33313085
Alignment:
Q  76 cattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaaca 175  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||| ||    
T  33312980 cattagccaatgcccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaagtaacttttttaactttcaaccaacctaaagacagca 33313079  T
Q  176 tcttaa 181  Q
     |||||    
T  33313080 gcttaa 33313085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 75 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 25875249 - 25875129
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||| || |||||||||| ||||  |||||||||||| || ||  || ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  25875249 acattagccaattcc-aaacaaacaaaagggtttgaccaccactgatgcgtgccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcaaccaacctaaagacaac 25875151  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaac 196  Q
    |||||||| |||||||| ||||    
T  25875150 atcttaaccttgtctaataaac 25875129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 358 - 454
Target Start/End: Original strand, 20674885 - 20674981
Alignment:
Q  358 tccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  20674885 tccaccccatagcaaccaatccaatctcgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgtgccgattcaggatgac 20674981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 216 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 13159191 - 13159132
Alignment:
Q  216 attattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatat 275  Q
    |||||||||||  |||||||| || |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  13159191 attattaaacattcgattatttcgctcattctacacaacccaggcaaaaagaagccatat 13159132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 173
Target Start/End: Original strand, 7473047 - 7473085
Alignment:
Q  135 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7473047 aaaagaagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 7473085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 173
Target Start/End: Original strand, 8934742 - 8934780
Alignment:
Q  135 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8934742 aaaagaagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 8934780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 173
Target Start/End: Original strand, 19114084 - 19114114
Alignment:
Q  143 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19114084 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 19114114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 173
Target Start/End: Original strand, 30310094 - 30310124
Alignment:
Q  143 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30310094 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 30310124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 42072835 - 42072807
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagag 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42072835 acattagccaatacccaaacaaacaagag 42072807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 22 - 416
Target Start/End: Original strand, 45421045 - 45421439
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45421045 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 45421144  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  45421145 gggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacgtggaatgtgagttattacattatt 45421244  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||||||||||||||||    
T  45421245 aaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacattaccacctgtcaaataa 45421344  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgtt 416  Q
    ||||| |||| |||||| ||  | |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||    
T  45421345 gtaaattgaataaaatgatcgtaaatattatctgcatccacccccgcacaaccaatccaatcactctccaaatgccaaagcgaaccaaaagtgtt 45421439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 74 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 31086198 - 31085820
Alignment:
Q  74 tacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||  || || ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  31086198 tacattagcctatatccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgtataccaaaaacaaatgtagcttttttagctttcaactaacctaaagacaa 31086099  T
Q  174 catcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccat 273  Q
    | ||||||  |||||||| ||||  || |||||||| |  |||||||||||||  || ||||| |||| |||| | |||||||| ||||| | ||| |||    
T  31086098 cgtcttaatcttgtctaataaacacgggatgggagtaacaacattattaaacatgcggttatttcgttaattccaaacaacccaggcacacaaaaggcat 31085999  T
Q  274 ataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaac 373  Q
    || ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||| | |||||| ||||| |||||||| || ||||||||  ||||||    
T  31085998 atgagttgcataaaagaacgtctagcattaccaccacctgacaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcagaaatattatccgcgtccaccccatagcaac 31085899  T
Q  374 caatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatg 452  Q
    | |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  31085898 cgatccaatcactcaccaaatgccaaagcgaaccaaaagtatttcacaataaaaagagatgttgtgccgtttcaggatg 31085820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 13549704 - 13550083
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| || |||| |  |||||||| ||||||    
T  13549704 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactttaagtcaacctaaagacaac 13549803  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |||||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |    
T  13549804 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaa 13549903  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||||||||| | |||||| || || |||||||  |  ||||||||  |||||||    
T  13549904 taagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattatatgtgtccaccccatagcaacc 13550003  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||||||||||| || ||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||| ||| |||||||    
T  13550004 aatccaatcacgcaccagatgccacagagagccaaaagtattacacaataaaaagagatgttgcaccgattcaggatgac 13550083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 22052207 - 22052586
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||    
T  22052207 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaagacaac 22052306  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||| ||||   | ||||| || |  |||| ||||||| |||| ||||| ||||||||| | | ||||||  |||| |||||||| |    
T  22052307 aacttaatcttatctaataaacaatggatgggggtaacaacatgattaaactgacggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaagccaaa 22052406  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||| |||||| |||||||    | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || || |||||||  |  || |||||  |||||||    
T  22052407 tgagttgcaaaaaagaccgtctagcaacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatcggaaatattatttgtgtctaccccacagcaacc 22052506  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  22052507 aatccaatcacgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtattacacaataaaaagagatgttgcgccgattcaggatgac 22052586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 78 - 454
Target Start/End: Original strand, 33547455 - 33547831
Alignment:
Q  78 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  33547455 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 33547554  T
Q  178 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 277  Q
    ||||| || || |  |||| ||| ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  33547555 ttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 33547654  T
Q  278 gttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaat 377  Q
    |||||||||||||||||||||    | |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||  | || |||||||  |  ||||||||  ||||||| ||    
T  33547655 gttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatattatttgtgtccaccccaaagcaaccgat 33547754  T
Q  378 ccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  33547755 ccaatcacgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgagccgattcaggatgac 33547831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 9949824 - 9949445
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||| |||| |    
T  9949824 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtgtcaaaaacaaaggtagcttttttagcttttagccaacctaaagacatc 9949725  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  9949724 aacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 9949625  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||    | ||||||| | ||||  ||| ||||| | |||||| || || |||||||| |  ||||||||  |||||||    
T  9949624 taagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccaccagccaaaagagtgaactgtaaaaaatgatcggaaatattatctgtgtccaccccatagcaacc 9949525  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| | ||||||||| || | |||| | || || || |||||||||| ||| |||||||    
T  9949524 aatccaatctcgcaccaaatgccacatcgaaccaaaggtatcacacgataagaaaaggtgttgggccgattcaggatgac 9949445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 43627078 - 43627458
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttct-agctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||||    
T  43627078 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaatgtagctttttttagctttcaaccaacctagagacaa 43627177  T
Q  174 catcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccat 273  Q
    || |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  43627178 cagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccat 43627277  T
Q  274 ataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaac 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||    | |||||||| |||||| ||| ||||| | |||||| |  || |||||||| |  ||||||||  ||||||    
T  43627278 ataagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatatgaaatattatctgtgtccaccccaaagcaac 43627377  T
Q  374 caatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    | ||||| |||||||||| || ||| |  ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  43627378 cgatccagtcacgcaccaaatgccacaaagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgagccgattcaggatgac 43627458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 151 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 26180409 - 26180109
Alignment:
Q  151 gctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgaca 250  Q
    ||||||| | ||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||| | || |||||||| |||| |||  | |    
T  26180409 gctttcagctaacctaaagacatcatcttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattataaaggcgattatttcgtttatttcata 26180310  T
Q  251 caacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatatt 350  Q
    |||| || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||| ||||||| || | ||||||||  || |||||    
T  26180309 caactcaggcacacagaagccatatgagttgcagaaaagaacgcctagcattaccaccacctgccaaaaaagtaaattgtaaaaaatggt-ggaaatatt 26180211  T
Q  351 atcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccgga 450  Q
    |||||| ||||||||  | || || ||||||||||| ||||| | ||||||||||||| | || |||||||| |||||||| ||||| | |||||| |||    
T  26180210 atcagcgtccaccccacaacatccgatccaatcacgaaccatctgccaaagcgaaccacatgtattacacaataaaaagaggtgttgtgtcgtttcagga 26180111  T
Q  451 tg 452  Q
    ||    
T  26180110 tg 26180109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 75 - 284
Target Start/End: Original strand, 26681461 - 26681670
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  26681461 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacaac 26681560  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  26681561 aacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 26681660  T
Q  275 taagttgcat 284  Q
    | ||||||||    
T  26681661 ttagttgcat 26681670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 75 - 275
Target Start/End: Original strand, 31594134 - 31594334
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |    
T  31594134 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatc 31594233  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |  ||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  31594234 aatttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 31594333  T
Q  275 t 275  Q
    |    
T  31594334 t 31594334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 75 - 338
Target Start/End: Original strand, 31774264 - 31774527
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||||| |||||||| |||   | |||||  |||||||||||||| ||  |||||  |||| | || ||| ||||||||| | | ||||| ||||||    
T  31774264 acattagcctatacccaagcaagttaaagggctagaccaccactgctgagttccataagtaaaaatggcatttttagctttcagcaatcctaaagacaac 31774363  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |||||||| || || | ||||| |||||||||||| || ||||| |||||||  ||| ||||||  |||||| ||||||| || ||||||||||| || |    
T  31774364 atcttaaccttatcaagcaaacagggaatgggagtaataacatttttaaacaagcgactattgccctcattccacacaactcaagcacaaagaagtcaga 31774463  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatg 338  Q
    | |||||||| ||||||| | |||  ||| | |||||||||| || ||| ||||| | ||||||    
T  31774464 tgagttgcatgaaagaacatttagctttaccgccacctgtcatatgagtgaactgcaaaaaatg 31774527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 278
Target Start/End: Original strand, 35694213 - 35694416
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| |||| |||| ||||||||| | ||||||| |||| |    
T  35694213 acattagccaatatccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcagctaacctaaagacagc 35694312  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
     ||||||  || ||||  ||||  || |||||  | |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || ||||  |||||||||     
T  35694313 gtcttaatcttatctagtaaacaagggatggggataacaacatgattaaacacacggttatttcgttcattccaaacaactcaagcacgtagaagccatg 35694412  T
Q  275 taag 278  Q
    ||||    
T  35694413 taag 35694416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 460 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 34493977 - 34493936
Alignment:
Q  460 ttctcttatacttagaatttcctgcacactttggcacacatt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34493977 ttctcttatacttagaatttcctgcacactttagcacacatt 34493936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 143
Target Start/End: Original strand, 32145426 - 32145550
Alignment:
Q  18 agaaactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccac 117  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||||| || |||   | | || ||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  32145426 agaaactactgcagaaatcaagagttacaacaattagaaatagagcacagcagaacaacattagcctatacccaaacaaacaagagggctagacca-cac 32145524  T
Q  118 tgctgggtatcataaacaaaagtagc 143  Q
    ||||| ||| || ||||||| |||||    
T  32145525 tgctgtgtaccaaaaacaaaggtagc 32145550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 224
Target Start/End: Original strand, 25784588 - 25784640
Alignment:
Q  172 aacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaa 224  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25784588 aacatcttgaccttatctaacaatcggggaatgagagttattacattattaaa 25784640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 77 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 558694 - 558655
Alignment:
Q  77 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccacca 116  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  558694 attaaccaatacctaaacaaacaagagggcatgaccacca 558655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 10978504 - 10978466
Alignment:
Q  135 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10978504 aaaagaagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 10978466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 38233270 - 38233126
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||||| |||||||||||||  | |||||  || ||||||||||| ||  |||||| |||| | || ||| || |||||| ||| || || |||||     
T  38233270 acattagcctatacccaaacaaattaaagggctagagcaccactgctgagttccataaataaaaatggcatttttaactttcagccatcccaaagacaat 38233171  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacatta 219  Q
    |||||||| || || | ||||| |||||||| ||| || ||||||    
T  38233170 atcttaaccttatcaagcaaacagggaatggaagtaataacatta 38233126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 28 - 454
Target Start/End: Original strand, 21527697 - 21528120
Alignment:
Q  28 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||     
T  21527697 acaggaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtac 21527793  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 227  Q
    || | ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21527794 caaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggataacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 21527893  T
Q  228 acgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaac 327  Q
     |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  21527894 tcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaatgaataaac 21527993  T
Q  328 tgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaa 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21527994 tgaagaaaatggtcagatatattatcagcatgcacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaa 21528093  T
Q  428 agagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  21528094 agagatgttgggccgtttccggatgac 21528120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 22 - 453
Target Start/End: Original strand, 36305312 - 36305742
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36305312 actaccacaggaaccaagagttacaacaattacaaa-ccatcccaacaggactacattagccaatagccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgtt 36305410  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    |||||    |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36305411 gggtactgaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacggagaatgggagttattacattatt 36305510  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  36305511 aaacagacgattatttcgttcattccacacaacccagacacaaagtagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataa 36305610  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  36305611 gtaaattgaagaaaatgatctgaaatattatcggcatccacccccgtgcaaccaatccaatcacgcagcatatgccaaagcaaaccaaaagtgttacaca 36305710  T
Q  422 acaaaaagagatgttgggccgtttccggatga 453  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  36305711 acaaaaagagatgttgagccgtttcaggatga 36305742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 30 - 454
Target Start/End: Original strand, 36928703 - 36929126
Alignment:
Q  30 aggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatca 129  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||    
T  36928703 aggaaccaagagttacaacaattacaaa-ccaacccaatcggactacgttagccaatacccaaacaaacaagagggcttaaccaccactgttgggtacca 36928801  T
Q  130 taaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagac 229  Q
     |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36928802 aaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgagggatgggagttataacattattaaacagac 36928901  T
Q  230 gattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactg 329  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||    
T  36928902 gattatttcgttcattccacacaacccaagcacaaagtagccaaataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaattg 36929001  T
Q  330 aagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaag 429  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36929002 aagaaaatgatctgaaatattatcggcatccacccccgtgcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaag 36929101  T
Q  430 agatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||    
T  36929102 agatgttgagccatttcaggatgac 36929126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 28 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 48266322 - 48265899
Alignment:
Q  28 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | ||||||| |||||   |||||| | || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||    
T  48266322 acaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacacaacagagctacatcaacctatacccaaacacacaagagggtatgaccaccactgctaagtat 48266226  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 227  Q
    || | |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  48266225 caaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgcctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacag 48266126  T
Q  228 acgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaac 327  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48266125 acgattatttcgctcattccacacaacccagacacagagaagccaaataagttgcataaaataacatctagacttagcatcacctgtcaaataagtaaac 48266026  T
Q  328 tgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaa 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48266025 tgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccaaatgccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaa 48265926  T
Q  428 agagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    | |||| |||||||||||| |||||||    
T  48265925 aaagatattgggccgtttctggatgac 48265899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 22 - 446
Target Start/End: Original strand, 4644542 - 4644963
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4644542 actacaacaagaaccaagagttacaacaaaaacaa--ccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcacgaccaccactgct 4644639  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    | ||| || | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4644640 gagtaccaaacacaaaagtagctttttttgctttcaaccaacctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaactgggaatggaagttattacattatt 4644739  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  4644740 aaacagatgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaacaagttgcataaaagaacgtctagaattagcaccatctgtcaaataa 4644839  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4644840 gtaaactgtagaaaatggtaagaaatattatcagtatcca-ccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 4644938  T
Q  422 acaaaaagagatgttgggccgtttc 446  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||    
T  4644939 acaaaaaaaaatgttgagccgtttc 4644963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 22 - 327
Target Start/End: Original strand, 47115817 - 47116120
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47115817 actacaacagaaaccaagagttacaacaaatacaa--ccaacccaacaaagctacattagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgct 47115914  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    ||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  47115915 gggtaccaaaagcaaaaatagcttttttagctttcaaccattctaaggacaacatctttaccttgtctgacaaacagggaatgagagttattacattatt 47116014  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||| || ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  47116015 aaacagacgattattttgttcattccacacaactcaggcacaaaaaagtcatataaattgcataaaagaacgtctagaattaacaccacctgtcaaataa 47116114  T
Q  322 gtaaac 327  Q
    ||||||    
T  47116115 gtaaac 47116120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 25640076 - 25639874
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25640076 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaggactacattagtcaatacccaaacaaacaagagggtatgaccaccactgct 25639977  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25639976 gggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaactaacttaaggacaacatcttaaccttatctaacaaacggggaatgagagttattacattatt 25639877  T
Q  222 aaa 224  Q
    |||    
T  25639876 aaa 25639874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 28 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 14366228 - 14365957
Alignment:
Q  28 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  14366228 acaggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtac 14366132  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 227  Q
    || | |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14366131 caaacacaaaa-tagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacag 14366033  T
Q  228 acgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagactta 303  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14366032 acgattatttcgctcattccacacaacccaagcacagagaagctaaataagttgcataaaagaacgtctagactta 14365957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 78 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 48073989 - 48073612
Alignment:
Q  78 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  48073989 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 48073890  T
Q  178 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 277  Q
    ||||| || || |  |||| ||| ||||| || |  || | |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |    
T  48073889 ttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagatta 48073790  T
Q  278 gttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactg-aagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaa 376  Q
    ||||||||||||||||||||     | |||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||  | || |||||||| |  ||||||||  ||||||| |    
T  48073789 gttgcataaaagaacgtctaacagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaaatgagctgaaatattatctgtgtccaccccaaagcaaccga 48073690  T
Q  377 tccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  48073689 tccaatcacgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgagccgattcaggatgac 48073612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 14119344 - 14119729
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaag-gacaa 173  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  ||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||  |||||    
T  14119344 acattacccaatattcaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtttcgaaaacaaaggtaacttttttagctttcagccaacctaaaagacaa 14119443  T
Q  174 catcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccat 273  Q
    ||||||||  || ||||  ||||  || | ||| || |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||| | |||||||    
T  14119444 catcttaatcttatctagtaaacaagggacgggggtaacaacatgattaaacagacgattatttcgttcattccaaacaacccagacacataaaagccat 14119543  T
Q  274 ataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaa- 372  Q
    || |||||||||||||| |||||||    | ||||||||||||||| ||||||||| | |||||| || || |||||||| || ||||||||  |||||     
T  14119544 attagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattatctgcgtccaccccatagcaac 14119643  T
Q  373 ----ccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
        ||||||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  14119644 caatccaatccaatctcgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtattacacaataaaaagagatgttgcgccgattcaggatgac 14119729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 75 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 32353857 - 32353497
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  32353857 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 32353758  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |    
T  32353757 agcttaatcttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacataattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccaga 32353658  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | |||||||| |||||| ||| ||||  | |||||| || || |||||||| |  ||||||||  |||||||    
T  32353657 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactataaaaaatgatctgaaatattatctgtgtccaccccaaagcaacc 32353558  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgt 435  Q
     |||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||  ||||| ||||||    
T  32353557 gatccaatctcgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacattaaaaatagatgt 32353497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 37530144 - 37530525
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |    
T  37530144 acattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatc 37530243  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| |||||||||  |||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  37530244 aacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacgattattaagttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 37530343  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctag----acttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagc 370  Q
    | ||||||||||||||||||||||    ||  | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| ||  | |||||||| || ||||||||  |||    
T  37530344 ttagttgcataaaagaacgtctagcagaac--accaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatctgcgtccaccccatagc 37530441  T
Q  371 aaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    | ||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||| || | |||||| ||||| || ||||| |||| ||| |||||||    
T  37530442 atccaatccaatctcgcaccaaatgccacagcgaaccaaaggtatcacacaataaaaaaaggtgttgtgccgattcaggatgac 37530525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 3692207 - 3692586
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  3692207 acattagccaatactcaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 3692306  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||  | || |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  3692307 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgctacgctcattccacacaacccaggcacatagaagccata 3692406  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| |  ||||||||||| |  ||||||||  |||||||    
T  3692407 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatatgatatattatcggtgtccaccccacagcaacc 3692506  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||| | ||||||| || ||| || ||  ||||||| | || ||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  3692507 aatccaagctcgcaccaaatgccacagagagtcaaaagtatcacgcaataaaaatagatgtcgtgccgattcaggatgac 3692586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 225
Target Start/End: Original strand, 52336198 - 52336392
Alignment:
Q  28 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    |||||| ||||||||| |||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  52336198 acaggagccaagagttgcaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtac 52336294  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaac 225  Q
    || | |||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  52336295 caaacacaaaaatagcttttttatctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacggggaatgaaagttattacattattaaac 52336392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 75 - 323
Target Start/End: Original strand, 38231267 - 38231515
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||  || |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  38231267 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgatgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 38231366  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  38231367 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaactcaggcacatagaagtcata 38231466  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagt 323  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||| ||||    
T  38231467 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaaaaagt 38231515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 9528357 - 9528226
Alignment:
Q  28 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||    ||||| |||| ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| |||     
T  9528357 acaggaaccaagagttacaccaaa-acaaa--caacccaacagagttacatcagcctatacccaaacacataagaggacaagaccaccactgctgagtac 9528261  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaa 162  Q
    || | |||||||||| |||| || |||||||||||    
T  9528260 caaacacaaaagtagattttttaactttcaaccaa 9528226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 198 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 30971045 - 30970951
Alignment:
Q  198 gggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaac 292  Q
    |||||||||||| |  ||||| |||||||  ||| ||||||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  30971045 gggaatgggagtaaaaacattgttaaacaatcgactattgcgctcatgccacacaacccaagcacaaaggagccagatgagttgcatgaaagaac 30970951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 22 - 454
Target Start/End: Original strand, 33629628 - 33630056
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  33629628 actacaacaagaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatactcaaacacacaagagggcatgaccaccactgtt 33629724  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattatt 221  Q
    | ||| || | |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33629725 gagtaccaaacacaaaagtagttttt-tagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgtctaacaaacggggaatgggagttattatattatt 33629823  T
Q  222 aaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataa 321  Q
    |||||| |||||||| |||| |||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33629824 aaacaggcgattatttcgttaattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccatctgtcaaataa 33629923  T
Q  322 gtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33629924 gtaaactgaagaaaatggtcagataaattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaaagtgttacaca 33630023  T
Q  422 acaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33630024 acaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 33630056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 454
Target Start/End: Original strand, 1682570 - 1682999
Alignment:
Q  22 actactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgct 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||   | |||||| ||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  1682570 actactacaagaaccaagagttacaacaaa---acaaccaatccaacagagctacatgagcctatacccaaacacacaagaggacatgaccaccactgtt 1682666  T
Q  122 gggtatcataaacaaaagta-----gct-tttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattac 215  Q
    | ||| || | |||||||||     | | ||| |||||||||||||| ||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1682667 gagtaccaaacacaaaagtaaagtagttatttttagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattac 1682766  T
Q  216 attattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtc 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||      |||||||||||    
T  1682767 attattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag------caccacctgtc 1682860  T
Q  316 aaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  1682861 aaataagtaaactgaagaaaatggtcagataaattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatatgtcaaagcgaaccaaaagtgt 1682960  T
Q  416 tacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1682961 tacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccgaatgac 1682999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 25317434 - 25317813
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||  || ||||||| |||| |||| || |||| | ||||||||| ||||||    
T  25317434 acattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaac 25317533  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |||||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  || | |||||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  25317534 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaa 25317633  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||  | |||||||| |  ||||||||  |||| ||    
T  25317634 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatctgtgtccaccccatagcagcc 25317733  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  25317734 aatccaatctcgcaccagatgccacagagaaccaaaagtattacacaataaaaagagatgttgcgccgattcaggatgac 25317813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 26204928 - 26205307
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||  || ||||||| |||| |||| || |||| | ||||||||| ||||||    
T  26204928 acattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaac 26205027  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |||||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  || | |||||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  26205028 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaa 26205127  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||  | |||||||| |  ||||||||  |||| ||    
T  26205128 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatctgtgtccaccccatagcagcc 26205227  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  26205228 aatccaatctcgcaccagatgccacagagaaccaaaagtattacacaataaaaagagatgttgcgccgattcaggatgac 26205307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 15673405 - 15673784
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  15673405 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 15673504  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  | || |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| |    
T  15673505 agcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaaaatgattaaacaaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaa 15673604  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| || || |||||||| |  ||||||||  |||||||    
T  15673605 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatctgtgtccaccccatagcaacc 15673704  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| | |||| | |||| ||| |||||||    
T  15673705 aatccaatctcgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaataaatgtcgtgccgattcaggatgac 15673784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 23348026 - 23347647
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  23348026 acattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaac 23347927  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || |||   ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| | ||||||||    
T  23347926 aacttaatcttatctggtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacataaaagccata 23347827  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | |||| |||||||||| ||| ||||| | |||||| || || |||||||| | |||||||||  |||| ||    
T  23347826 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccgcctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatctgtatccaccccatagcatcc 23347727  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  23347726 aatccaatctcgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgtgccgattcaggatgac 23347647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 8873386 - 8873007
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |    
T  8873386 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatc 8873287  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  8873286 aacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 8873187  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | |||||||||||||||||||||     | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| ||  | |||||||| || ||||||||  ||||| |    
T  8873186 ttagttgcataaaagaacgtctaacagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatctgcgtccaccccatagcaagc 8873087  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||| ||||||| ||  || || ||||||||||||| |||||| |||||  |||| || |||| ||| |||||||    
T  8873086 aatccaatctcgcaccaaatgtcacagagaaccaaaagtgtcacacaataaaaaaggatgatgtgccgattcgggatgac 8873007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 75 - 391
Target Start/End: Original strand, 13755045 - 13755361
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  13755045 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 13755144  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |  ||||  || ||||  ||||   | ||||| || |  || | |||||||| ||| || || || |||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||    
T  13755145 agtttaatcttatctagtaaacaatggatgggggtaacaacctgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacccagacacatagaagtcata 13755244  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| || ||||||||||| |  |||||||   |||||||    
T  13755245 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgatatattatctgtgtccaccctacagcaacc 13755344  T
Q  375 aatccaatcacgcacca 391  Q
    ||||||| | |||||||    
T  13755345 aatccaaactcgcacca 13755361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 109 - 446
Target Start/End: Original strand, 19256659 - 19256995
Alignment:
Q  109 gaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggag 208  Q
    ||||||||| | || ||| |||| |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |  |    
T  19256659 gaccaccacggttgagtaccatacacaaaaataggttttatagctttcaaccatcctaaagacaacatattaaccttgtctaataaacggggaatagacg 19256758  T
Q  209 ttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcacc 308  Q
    | |  ||||||||||| || | |||||| ||||||||| | |||||| |  |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||  ||| || |    
T  19256759 taacaacattattaaagaggcaattatttcgttcattccaaacaacctagacacacagaagccaaatgagttgcataaaagagcgtctagctttaccagc 19256858  T
Q  309 acctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaacca 408  Q
     ||||||| |  |||| | || | |||||| || || || |||| |  ||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||    
T  19256859 ccctgtcagaagagtacattgcaaaaaatgatctgaaatgttatgattatctaccccgcaacaaccaatccaatcacgcaccatatgccataaagaacca 19256958  T
Q  409 aaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttc 446  Q
    ||||| |||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  19256959 aaagtattacac-acaaaaaaaggtgttgtgccgtttc 19256995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 75 - 442
Target Start/End: Original strand, 19348854 - 19349214
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||          | ||||||||| ||||||    
T  19348854 acattagccaatacccatacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttta---------agccaacctaaagacaac 19348944  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |||||||  || ||||  ||||  || ||||| || |   ||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||    
T  19348945 atcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaccatgattaaacatacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacagagaagccata 19349044  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaa--ctgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaa 372  Q
    | |||||||||||||| |||||||    | ||||||||||||||| ||||||   || | |||||| || || |||||||| |  | ||||||  |||||    
T  19349045 ttagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaattgtgtaaaaaatgatcggaaatattatccgtgtacaccccatagcaa 19349144  T
Q  373 ccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccg 442  Q
    ||||| ||||| | ||||| || ||| ||  ||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19349145 ccaattcaatctcacaccaaatgccacagaaaaccaaatgtattacacaataaaaagagatgttgcgccg 19349214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 149 - 328
Target Start/End: Original strand, 4406666 - 4406845
Alignment:
Q  149 tagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcga 248  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||| | ||||||    ||||||||||||||||||| || ||||||||| |    
T  4406666 tagctttcagccaacctaaagacaacattttaaccttatccaacaaccggggagtaggagttgcatcattattaaacagacgattgtttcgttcattcca 4406765  T
Q  249 cacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaact 328  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||||||||  ||| |||||||| ||| || ||||||||    
T  4406766 cacaacccaggcacaaagaagtcatattagctgcagaaacgaacgtctagctttaccaccacctatcatatgagtaaact 4406845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 198 - 298
Target Start/End: Original strand, 33745798 - 33745898
Alignment:
Q  198 gggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtcta 297  Q
    ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||| |||||||||    
T  33745798 gggaatgggagttacataattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaagcacaaagaagccatatgagctgaagaaatgaacgtcta 33745897  T
Q  298 g 298  Q
    |    
T  33745898 g 33745898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 115
Target Start/End: Original strand, 4596466 - 4596506
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccacc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  4596466 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccacc 4596506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 231 - 277
Target Start/End: Original strand, 14528109 - 14528155
Alignment:
Q  231 attattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataa 277  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  14528109 attattacgttcattccacacaaccaaggcacaaagaagccatataa 14528155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 5086516 - 5086487
Alignment:
Q  142 gcttttctagctttcaaccaacctaaggac 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5086516 gcttttctagctttcaaccaacctaaggac 5086487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 136 - 173
Target Start/End: Original strand, 8263887 - 8263924
Alignment:
Q  136 aaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8263887 aaagaagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 8263924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 30 - 454
Target Start/End: Original strand, 7451888 - 7452311
Alignment:
Q  30 aggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatca 129  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  7451888 aggaaccaagagttacaacaattacaaa-ccaacccaaccggactacgttagccaatacccaaataaacaagagggcttgaccaccactgttgggtacca 7451986  T
Q  130 taaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagac 229  Q
     |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7451987 aaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgggggatgggagttataacattattaaacagac 7452086  T
Q  230 gattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactg 329  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  7452087 gattattttgttcattccacacaacccagtcacaaagtagccatataagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactg 7452186  T
Q  330 aagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaag 429  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7452187 aagaaaatgatctgaaatattatcggcatccacccccgtgcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacagaaag 7452286  T
Q  430 agatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||| |||||||| |||||||    
T  7452287 agatgttgagccgtttcaggatgac 7452311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 30 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19385312 - 19384891
Alignment:
Q  30 aggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  19385312 aggaaccaagagttacaacaaa---acaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccg 19385216  T
Q  130 taaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagac 229  Q
     | ||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19385215 aacacaaaagtagcttttttagcttttaaccaagataaggacaacatcttgaccttgtctaagaaacggggaatgagagttattacattattaaacagac 19385116  T
Q  230 gattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactg 329  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19385115 gattatttcgttcattccacacaacacaggcacagataagctaaataagttgcataaaagaacgtctggacttagcaccacctgtcaaataagtaaactg 19385016  T
Q  330 aagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaag 429  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  19385015 aagaaaatggtcagataaattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaaagtattacacaacaagaat 19384916  T
Q  430 agatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  19384915 agatgttgggccgtttccggatgac 19384891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 2871771 - 2872149
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | |    
T  2871771 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagatagc 2871870  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||   ||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  2871871 agcttaatcttatctagtaaacaaggtatggg-gtaacaacatgattaaacatctgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccata 2871969  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    ||||||||||||||||||||| ||    | |||||||| |||||| ||| ||||| | |||||| || || |||||||| |  ||||||||  |||||||    
T  2871970 taagttgcataaaagaacgtccagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatattatctgtgtccaccccaaagcaacc 2872069  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
     ||||| |||||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||    
T  2872070 gatccagtcacgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaataaaaatagatgtcgagccgattcaggatgac 2872149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 77 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 16421567 - 16421191
Alignment:
Q  77 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  || | ||     
T  16421567 attagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagatagcag 16421468  T
Q  177 cttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatata 276  Q
    |||||  || ||||  ||||  || ||||| || |  | || |||||||| ||| || || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||     
T  16421467 cttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaatatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaaacacatagaagccatatt 16421368  T
Q  277 agttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaa 376  Q
    ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| || ||||||||||| |  ||||||||  | |||||||    
T  16421367 agttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgga-aaaatgatctgatatattatcggtgtccaccccacaacaaccaa 16421269  T
Q  377 tccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||| | ||||||| || ||| || ||||||||||| | |||||||||||| ||| || | |||| ||| |||||||    
T  16421268 tccaagctcgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtatcacacaacaaaaatagacgtcgtgccgattcaggatgac 16421191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 72 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 12218580 - 12218418
Alignment:
Q  72 actacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggac 171  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12218580 actacgttagccaatacccagacaaagaaaagggcatgaccaccactgctgagtaccaaaaataaagatagcttttctagctttcaaccaacctaaggac 12218481  T
Q  172 aacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgatta 234  Q
    || |||||  | |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12218480 aatatcttttccttgtctaataaacgggaaatgagagttattacattattaaacagtcgatta 12218418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 250 - 454
Target Start/End: Original strand, 35405460 - 35405664
Alignment:
Q  250 acaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatat 349  Q
    ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || || ||||    
T  35405460 acaacccagacacatagaaaccatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgaaaaaaatgatcggaaatat 35405559  T
Q  350 tatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccgg 449  Q
    |||| || ||||||||  ||||||||||||||||  |||||| || ||| || ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||    
T  35405560 tatctgcgtccaccccatagcaaccaatccaatcctgcaccaaatgccacagagaaccaaaaatattacacaataaaaagagatgttgtgccgtttcagg 35405659  T
Q  450 atgac 454  Q
    |||||    
T  35405660 atgac 35405664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 89 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 412911 - 412543
Alignment:
Q  89 ccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtc 188  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  || ||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| |||| || |||||  || ||    
T  412911 ccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgaattccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcagccaacctaaagacagcaacttaatcttatc 412812  T
Q  189 taacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaa 288  Q
    ||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  412811 tagtaaacaagggatggg-gtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacaaagaagcaatattagttgcataaaa 412713  T
Q  289 gaacgtctagac-ttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgc 387  Q
    || ||| | |||   | |||||||| |||||| ||| ||||| | |||||| || || ||||||||  | ||||||||  |||||||||||||||| |||    
T  412712 gaccgt-ttgacaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcggaaatattatctacgtccaccccatagcaaccaatccaatctcgc 412614  T
Q  388 accatataccaaagcgaaccaa----aagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||| || ||| || || ||||    |||| | |||||| ||| |||||||||| |||| ||| |||||||    
T  412613 accaaatgccacagagagccaaaattaagtatcacacaataaatagagatgttgagccgattcaggatgac 412543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 209
Target Start/End: Original strand, 28542583 - 28542717
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||     || ||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  28542583 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgaaagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagacaac 28542682  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagt 209  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  28542683 atcgtaaccttgtctaataaacggggaatgagagt 28542717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 207 - 272
Target Start/End: Original strand, 30501680 - 30501745
Alignment:
Q  207 agttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagcca 272  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  30501680 agttataacattattaaacagacggttattacgttcattccacaaaacccaagcacaaagaagcca 30501745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 12531192 - 12531140
Alignment:
Q  18 agaaactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaa 70  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  12531192 agaaactattacaggaaccaagagttacaacaattacaaaaccaactcaacaa 12531140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 31216977 - 31216834
Alignment:
Q  149 tagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcga 248  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||||||||| || || || | ||||| || ||||||| | |||||||| | |||||  ||| ||||||| |||||| |    
T  31216977 tagcttttagccaacctaaagacaacatcttgaccttttcaagcaaacaggaaatgggaataattacattttaaaacaagcgactattgcgctcattcca 31216878  T
Q  249 cacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaac 292  Q
    ||||||||| ||| |||| ||| | || |||||||| |||||||    
T  31216877 cacaacccaagcataaaggagcgaaatgagttgcatgaaagaac 31216834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 173
Target Start/End: Original strand, 35405329 - 35405422
Alignment:
Q  80 agccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||  |  || ||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||    
T  35405329 agccaatactcaaacaaacaagagggtttgatcaccactgctgaattccaaaaacaaaggtagcttttttagcttttagccaacctaaagacaa 35405422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 253 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 39483084 - 39482972
Alignment:
Q  253 acccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattat 352  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||  ||  |||||| ||||| || ||||||||| |  ||||| ||| | |||||||    
T  39483084 acccatgcacaaagaagccatattagttgcatgaaagaccctctagctttgccaccacttgtcatatgagtaaactgcaataaatgatcataaatattat 39482985  T
Q  353 cagcatccacccc 365  Q
     || |||||||||    
T  39482984 gagaatccacccc 39482972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 39483232 - 39483130
Alignment:
Q  143 cttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttc 242  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||  |||| || |||||||||||| ||||| |||| ||||| | ||   | || |||||||||||||||||| |||||    
T  39483232 cttttttagctttcagccaccctagagacatcaacttaactttgtccaacaaccgggaaatggaaattgcaatatcattaaacagacgattattacgttc 39483133  T
Q  243 att 245  Q
    |||    
T  39483132 att 39483130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 307 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 39903560 - 39903523
Alignment:
Q  307 ccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcaga 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  39903560 ccacctgtcaaataagtaaactgaagaaagtgatcaga 39903523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 32 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 10487506 - 10487101
Alignment:
Q  32 gaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcata 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||| || |    
T  10487506 gaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgttgagtaccaaa 10487410  T
Q  132 aacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacga 231  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10487409 cacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggagaatggaagttattacattattaaacagacga 10487310  T
Q  232 ttattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaa 331  Q
    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  10487309 ttatttcgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataaataaattgaa 10487210  T
Q  332 gaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagag 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10487209 gaaaatggtcagatatattatcagcat--------------ccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagag 10487124  T
Q  432 atgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  10487123 atgttgggccgtttccggatgac 10487101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Original strand, 32917897 - 32918277
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| || |||| | ||||||||| ||||||    
T  32917897 acattagccaatacccaaacaaacaagaggacttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactttaagccaacctaaagacaac 32917996  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    |||||||  || ||||| ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| |    
T  32917997 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaa 32918096  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | |||||||||||||| |||||||    | ||||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||| |||||||| |  ||||||||  |||||||    
T  32918097 ttagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcagaaatattatctgtgtccaccccatagcaacc 32918196  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaa-gtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||| ||||||| ||  || |  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  32918197 aatccaatctcgcaccaaatggcacatagaaccaaaaggtattacacaataaaaagagatgttgcgccgattcaggatgac 32918277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 6264758 - 6264379
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  6264758 acattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttcaaccaacctaaagacaac 6264659  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||| || |  |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||    
T  6264658 aacttaaccttataaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 6264559  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | |||||||||||||||||| |||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| ||  | |||||||| || ||||||||  |||||||    
T  6264558 ttagttgcataaaagaacgtttagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcgaaaatattatcggcgtccaccccatagcaacc 6264459  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||| ||||| ||||||| || ||| || ||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||| |||| ||| |||||||    
T  6264458 aatacaatctcgcaccaaatgccatagagaatcaaaagtatcacacaataaaaaaagatgttgtgccgattcgggatgac 6264379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 75 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 15500206 - 15499827
Alignment:
Q  75 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 174  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||     
T  15500206 acattagccaatactcaaataaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaagacaat 15500107  T
Q  175 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccata 274  Q
    | |||||  || ||||| ||||     ||||| || |  |||| |||||||||| | ||||| ||||||||| | | ||||||  |||| |||||||| |    
T  15500106 aacttaatcttatctaataaacaattgatgggggtaacaacatgattaaacagatggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaagccaaa 15500007  T
Q  275 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaacc 374  Q
    | ||||||| |||||| |||||||    | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || || |||||||  |  ||||||||  |||||||    
T  15500006 tgagttgcaaaaaagaccgtctagcaacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatcggaaatattatttgtgtccaccccacagcaacc 15499907  T
Q  375 aatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  15499906 aatccaatcacgcaccaaatgccacagagaaccaaaagtattacacaataaaaagagatgttgcgccgattcaggatgac 15499827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 77 - 451
Target Start/End: Original strand, 34480538 - 34480912
Alignment:
Q  77 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||     
T  34480538 attagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtgccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatcaa 34480637  T
Q  177 cttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatata 276  Q
    |||||| || || |  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||| ||||||||||||    
T  34480638 cttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatata 34480737  T
Q  277 agttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaa 376  Q
    ||||||||||||||||||||||    | ||||||||| ||||  ||| ||||| | |||||| |  || |||||||| |  ||||||||  |||||||||    
T  34480738 agttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgccaaaagagtgaactgtaaaaaatgattggaaatattatctgtgtccaccccatagcaaccaa 34480837  T
Q  377 tccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccgtttccggat 451  Q
    ||||||| ||||||| || ||| | ||||||||| || | |||| | || || || |||||||||| ||| ||||    
T  34480838 tccaatctcgcaccaaatgccacatcgaaccaaaggtatcacacgataagaaaaggtgttgggccgattcaggat 34480912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 135 - 446
Target Start/End: Original strand, 6020378 - 6020689
Alignment:
Q  135 aaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgatta 234  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||  ||||||    
T  6020378 aaaagtagattttttagctttcagccaacctaaagacaacatcttaactttgttgagcaaacggggtatgtgagtgattatattattaaacaagcgatta 6020477  T
Q  235 ttgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaa 334  Q
    || || |||||| ||||||||||  || |||| |||||||||||||||  |||||||| |||||  ||| | |||||||||| || ||| |||||  | |    
T  6020478 ttacgctcattccacacaacccagacataaaggagccatataagttgctgaaaagaacatctagctttacctccacctgtcatatgagtgaactgctgta 6020577  T
Q  335 aatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatg 434  Q
    |||| ||||| |||| |||    ||||||||  |  ||||||||||||||||  | |    |||||  |||||||| |||| |||| | |||||||||||    
T  6020578 aatgatcagaaatatcatcgaagtccaccccgtaaaaaccaatccaatcacgtgcaagccgccaaatagaaccaaaggtgtcacacgaaaaaaagagatg 6020677  T
Q  435 ttgggccgtttc 446  Q
    ||||||||||||    
T  6020678 ttgggccgtttc 6020689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 76 - 298
Target Start/End: Original strand, 587097 - 587319
Alignment:
Q  76 cattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaaca 175  Q
    |||||||| ||  |||||||||||| |||||| ||| |||| || || ||| || |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||    
T  587097 cattagccgatgtccaaacaaacaaaagggcacgactaccattgttgtgtaccaaaaacaaaagtagtttttttaggtttcaaccaacctaatgacaaca 587196  T
Q  176 tcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatat 275  Q
    |||||||||||||||| ||  | ||||||||||| |  |||||  |||| || |||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||| | |||||| ||    
T  587197 tcttaactttgtctaataagagaggaatgggagtaacaacatttctaaagaggcgattattacgttcgttccatacaactcaagcacacaaaagccaaat 587296  T
Q  276 aagttgcataaaagaacgtctag 298  Q
     |||||||| ||||| |||||||    
T  587297 gagttgcatgaaagagcgtctag 587319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 78 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 34858250 - 34858058
Alignment:
Q  78 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatc 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  34858250 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagc 34858151  T
Q  178 ttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagc 270  Q
    ||||  || || |  |||| ||| || || || |  ||||  ||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  34858150 ttaatcttatcaagtaaacaggggataggggtaacaacatggttaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagc 34858058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 131 - 365
Target Start/End: Original strand, 31862229 - 31862463
Alignment:
Q  131 aaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacg 230  Q
    ||||||||||  | ||| ||||||||| ||| ||||| |||| ||  ||||||||||| ||||| |||||||||| | ||   | || ||||||||   |    
T  31862229 aaacaaaagtgacatttttagctttcagccatcctaaagacatcaatttaactttgtccaacaatcggggaatggaaattgcaatatcattaaacaagtg 31862328  T
Q  231 attattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactga 330  Q
    ||||||  |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||  ||  |||||||||||| || |||||||||     
T  31862329 attattatgttcattccacaaaacccagacacaaagaagccatattagttgcatgaaagaccgtctagctttgccaccacctgtcatatgagtaaactgc 31862428  T
Q  331 agaaaatggtcagatatattatcagcatccacccc 365  Q
    |  ||||| ||| | ||||||| || |||||||||    
T  31862429 aataaatgatcaaaaatattatgagaatccacccc 31862463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 22095747 - 22095712
Alignment:
Q  138 agtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaa 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22095747 agtagcttttctagctttcaaccaacctaaagacaa 22095712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 373 - 442
Target Start/End: Original strand, 587394 - 587463
Alignment:
Q  373 ccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagagatgttgggccg 442  Q
    |||||||| ||||||||||  | ||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  587394 ccaatccagtcacgcaccagctcccataacgatccaaaagtgttacacaacagaaagaggtgttgagccg 587463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 33 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 135235 - 134817
Alignment:
Q  33 aaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataa 132  Q
    |||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| ||| || |     
T  135235 aaccaaaagttacaacaaa-acaaa--caacccaacataattacatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaac 135139  T
Q  133 acaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgat 232  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  135138 acaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgat 135039  T
Q  233 tattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaag 332  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| | |||||||| |    
T  135038 tatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtcttgactttgcaccacctgccaaatgaataaactgacg 134939  T
Q  333 aaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagaga 432  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  134938 aaaatggtcacatatattatcatcatccactcccgagcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaacgtgttacacaataaaaagaga 134839  T
Q  433 tgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  134838 tgttgagccgtttccggatgac 134817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 33 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 313062 - 312644
Alignment:
Q  33 aaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataa 132  Q
    |||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| ||| || |     
T  313062 aaccaaaagttacaacaaa-acaaa--caacccaacataattacatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaac 312966  T
Q  133 acaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgat 232  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  312965 acaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgat 312866  T
Q  233 tattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaag 332  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| | |||||||| |    
T  312865 tatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtcttgactttgcaccacctgccaaatgaataaactgacg 312766  T
Q  333 aaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagaga 432  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  312765 aaaatggtcacatatattatcatcatccactcccgagcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaacgtgttacacaataaaaagaga 312666  T
Q  433 tgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  312665 tgttgagccgtttccggatgac 312644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 33 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 328516 - 328098
Alignment:
Q  33 aaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataa 132  Q
    |||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| ||| || |     
T  328516 aaccaaaagttacaacaaa-acaaa--caacccaacataattacatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaac 328420  T
Q  133 acaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgat 232  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  328419 acaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgat 328320  T
Q  233 tattgcgttcattcgacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaag 332  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| | |||||||| |    
T  328319 tatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtcttgactttgcaccacctgccaaatgaataaactgacg 328220  T
Q  333 aaaatggtcagatatattatcagcatccacccccgagcaaccaatccaatcacgcaccatataccaaagcgaaccaaaagtgttacacaacaaaaagaga 432  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  328219 aaaatggtcacatatattatcatcatccactcccgagcaaccaatccaatcacgcaccatatgccaaagcgaaccaaacgtgttacacaataaaaagaga 328120  T
Q  433 tgttgggccgtttccggatgac 454  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  328119 tgttgagccgtttccggatgac 328098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 22817 - 22614
Alignment:
Q  28 acaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||  |||| || |||| ||||||||| | | ||||||||| |||||||||||||| |||     
T  22817 acaggaaccaagagttacaacaaa-acaaa--caacccaacagaactatatcagcctatacccaaatacataagagggcaagaccaccactgctgagtac 22721  T
Q  128 cataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacag 227  Q
    || | |||||||| | |||| |||||||||| ||| |||| |||||||| || || |  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  22720 caaacacaaaagtggtttttttagctttcaatcaagctaaagacaacattttgacctaatctaacaaacggagaatgagagttattacattattaaagag 22621  T
Q  228 acgatta 234  Q
    |||||||    
T  22620 acgatta 22614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 140 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 12365 - 12276
Alignment:
Q  140 tagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagac 229  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  12365 tagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgggggataggagttattacattattaaacagac 12276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0287 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0287
Description:

Target: scaffold0287; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 13700 - 13596
Alignment:
Q  77 attagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtatcataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacat 176  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  || |||||||  || ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||     
T  13700 attagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaactaacctaaagacaacag 13601  T
Q  177 cttaa 181  Q
    |||||    
T  13600 cttaa 13596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University