View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9730_low_2 (Length: 740)

Name: NF9730_low_2
Description: NF9730
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9730_low_2
NF9730_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-730)||(46450045-46450759)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 666; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 666; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 730
Target Start/End: Original strand, 46450045 - 46450759
Alignment:
Q  16 atattgacctttacttactattttcagctgattttggttgctttaattacaatgactgtctttttccgaacaactatgcaccatgatacaattgatgatg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46450045 atattgacctttacttactattttcagctgattttggttgctttaattacaatgactgtctttttccgaacaacgatgcaccatgatacaattgatgatg 46450144  T
Q  116 gaggcttataccttggagcactgtatttttctatgattactattcttttcaatggttttacggaagtgtcaatgttagttgcaaagcttccagttcttta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46450145 gaggcttataccttggagcactgtatttttctatgattactattcttttcaatggttttacggaagtgtccatgttagttgcaaagcttccagttcttta 46450244  T
Q  216 caaacacagagactttcatttctatcctagctttgcatatgcactctcgtcttggttcctcagtatcccaacttctctcatggaggctggatgctgggta 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46450245 caaacacagagactttcatttctatcctagctgggcatatacactcccttcttggttcctcagtatcccaacttctctcatggaggctggatgctgggta 46450344  T
Q  316 ctggtatcgtactatgccagtggatacgatcctgcatttactaggtaattaatcttatgttcacgtagtgttttcatgtattctaagagtttctcttgag 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46450345 ctggtatcgtactatgccagtggatacgatcctgcatttactaggtaattaatcttatgttcacgtagtgttttcatgtattctaagagtttctcttgag 46450444  T
Q  416 taactatttttgtgtctatcttgatctgcagatttcttcggcaattcttgcnnnnnnnctttctgcatcagatgtccataggtttgtttcgcttgatagg 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46450445 taactatttttgtgtctatcttgatctgcagatttcttcggcaattcttgctttttttctttctgcatcagatgtccataggtttgtttcgcttgatagg 46450544  T
Q  516 atccttgggtcggaatatgatagtagccaatacctttggatcatttgccatgttggttgtaatggctcttggcggatatataatttcaaaaggttaactg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46450545 atccttgggtcggaatatgatagtagccaatacctttggatcatttgccatgttggttgtaatggctcttggcggatatataatttcaaaaggttaactg 46450644  T
Q  616 caatctctgaatgtttcaaaattcgttttggtaaactaattttctgactgtaacttattttgaggcagaccgtataccaagttggtggatatggggcttt 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46450645 caatctctgaatgtttcaaaattcgttttggtaaactaattttctgactgtaacttattttgaggcagaccgtataccaagttggtggatatggggcttt 46450744  T
Q  716 tgggtttctcctttg 730  Q
    |||||||||||||||    
T  46450745 tgggtttctcctttg 46450759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University