View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9730_low_31 (Length: 317)

Name: NF9730_low_31
Description: NF9730
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9730_low_31
NF9730_low_31
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (14-301)||(453951-454235)
chr8 (15-232)||(29822683-29822899)
chr8 (15-247)||(7093993-7094225)
chr8 (15-247)||(7097726-7097958)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (35-236)||(19215546-19215752)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (35-138)||(58833-58936)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (41-201)||(41313835-41313992)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (15-236)||(19632778-19632997)
chr7 (15-232)||(2187911-2188126)
chr7 (79-232)||(1608750-1608900)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-201)||(11991989-11992171)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (35-232)||(37806392-37806590)
chr5 (16-125)||(33614526-33614635)
chr5 (73-232)||(37627322-37627480)
chr5 (14-193)||(14276172-14276344)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (53-236)||(5187393-5187574)
chr3 (15-247)||(8377576-8377808)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 301
Target Start/End: Original strand, 453951 - 454235
Alignment:
14 agattacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
453951 agattacaccgacaatagctccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcatacatgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaa 454050  T
114 gttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgttaaaacatcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggag 213  Q
    |||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
454051 gttcacatagtatgaaagcagggta---cactatataaacatgttaaaacatcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaataaaaaaatggag 454147  T
214 cgccctttcccttaccttaacaacagtagctcttctaaaagaatgcggagttgtccggctcgnnnnnnnnggcttgtgaggttaaggt 301  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||    
454148 cgccctttcccgtaccttaacaacagtagcttttctgaaagaaggtggagttgtccggctcgaaaaaaaaggcttgtgaggttaaggt 454235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 29822899 - 29822683
Alignment:
15 gattacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaag 114  Q
    ||||||||||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
29822899 gattacaccgacagtaactccgactaacaaaatatgcaagaccacaatccaagcatgaaa-caacaagtcatactcacaaccaagcaatacaaaatcaag 29822801  T
115 ttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcatttt--aacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntgg 211  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||   || || ||||||||||| |||||| |||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||       |||    
29822800 ttcacatagtatgtaagcatgata---caatacataaacatgttaaaaacaccatccttttaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatgg 29822704  T
212 agcgccctttcccttacctta 232  Q
    |||||||||||||||||||||    
29822703 agcgccctttcccttacctta 29822683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Original strand, 7093993 - 7094225
Alignment:
15 gattacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaag 114  Q
    ||||||||||||| || |   |||| |||||| |||||||||| |||| || || ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
7093993 gattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatgaaa-caacaatttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaag 7094091  T
115 ttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcatttt---aacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntg 210  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||   || || ||||||||||| ||||||||||| ||||   || ||||||||| ||||||||||||||       ||    
7094092 ttcacctagtatgtaagcatgata---caatacataaacatgttaaaaacatcatccttttaaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatg 7094188  T
211 gagcgccctttcccttaccttaacaacagtagctctt 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
7094189 gagcgccctttcccttaccttaacaatagcagctctt 7094225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Original strand, 7097726 - 7097958
Alignment:
15 gattacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaag 114  Q
    ||||||||||||| || |   |||| |||||| |||||||||| |||| || || ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
7097726 gattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatgaaa-caacaatttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaag 7097824  T
115 ttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcatttt---aacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntg 210  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||   || || ||||||||||| ||||||||||| ||||   || ||||||||| ||||||||||||||       ||    
7097825 ttcacctagtatgtaagcatgata---caatacataaacatgttaaaaacatcatccttttaaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatg 7097921  T
211 gagcgccctttcccttaccttaacaacagtagctctt 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
7097922 gagcgccctttcccttaccttaacaatagcagctctt 7097958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 35 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 19215752 - 19215546
Alignment:
35 cgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcac-------atagtatg 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||       ||||||||    
19215752 cgacttacaaaatatgcaagaccacaattcagacatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaagttcacatagcacatagtatg 19215653  T
128 aaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttccctt 226  Q
     ||||||||||||  |||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
19215652 taagcatggtacaatact---taaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacaagtaaatacatatataaaatagaaaaatggagcgccctttccctt 19215556  T
227 accttaacaa 236  Q
    ||||||||||    
19215555 accttaacaa 19215546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 35 - 138
Target Start/End: Original strand, 58833 - 58936
Alignment:
35 cgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcacatagtatgaaagcat 134  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
58833 cgacttacaaaatatgcaagaccacaattcatgcatgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcacataatatgaaagcag 58932  T
135 ggta 138  Q
    ||||    
58933 ggta 58936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 41 - 201
Target Start/End: Original strand, 41313835 - 41313992
Alignment:
41 acaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcacatagtatgaaagcatggtaca 140  Q
    |||||| |||||||||| |||| || || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |    
41313835 acaaaatatgcaagacctcaatccaggcatgaaa-caacaagttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaagttcacatagtatgtaagcatggtaaa 41313933  T
141 tcactatataaacatgtt-aaaacatcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaat 201  Q
      |||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41313934 atact---taaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaat 41313992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 236
Target Start/End: Original strand, 19632778 - 19632997
Alignment:
15 gattacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaag 114  Q
    ||||||||||||| || | | |||| |||||| |||||||||| |||| || || ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
19632778 gattacaccgacagtaacgttgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaagcatgaaa-caacaagttatactcacaacgaagcaatacaaaatcaag 19632876  T
115 ttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcattt--taacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntgg 211  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||   || |||||||||||||| ||||||||||| |||   || ||||||||| ||||||||||||||       |||    
19632877 ttcacatagtatgtaagcatgata---caatatataaacatgttaaaaacatcatcctttaaaaaaaacaagtaaatacatatataaaat-aaaaaatgg 19632972  T
212 agcgccctttcccttaccttaacaa 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
19632973 agcgccctttcccttaccttaacaa 19632997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 2188126 - 2187911
Alignment:
15 gattacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaag 114  Q
    ||||||||||||| || |   |||| |||||| |||||||||| |||| || || ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||    
2188126 gattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaagcatgaaa-caacaagttatactcacaaccaatcaatacaaaatcaag 2188028  T
115 ttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcatttt--aacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntgg 211  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||   || || ||||||||||| ||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||||||||||||       |||    
2188027 ttcacatagtatgtaagcatgata---caatacataaacatgttaaaaacatcacccttttaaaaaaacaagtaaatacatatataaaat-aaaaaatgg 2187932  T
212 agcgccctttcccttacctta 232  Q
    |||||||||||||||||||||    
2187931 agcgccctttcccttacctta 2187911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 79 - 232
Target Start/End: Original strand, 1608750 - 1608900
Alignment:
79 caagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcattttaac 177  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||   || || ||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
1608750 caagttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaaattcacatagtatgtaagcatgata---caatacataaacatgttaaaaacatcatcctttaaac 1608846  T
178 aacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttacctta 232  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||    
1608847 aaccagtaaatacatatataaaat-aaaaaatggagcgcccttttccttacctta 1608900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 201
Target Start/End: Original strand, 11991989 - 11992171
Alignment:
15 gattacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaag 114  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||| |||||||  | |||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
11991989 gattacaccgacaataactcggacttacaaaatatgcaagaccgcaattcagacatgaaaacaacgaattatactcacagccaagcaatacaaaatcaag 11992088  T
115 ttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaat 201  Q
    ||| ||||||||| | ||||||||   || || ||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
11992089 ttc-catagtatgtatgcatggta---caatacataaatatgttaaaaacattatc-ttttaacaacaagtaaatacatatataaaat 11992171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 35 - 232
Target Start/End: Original strand, 37806392 - 37806590
Alignment:
35 cgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcacatagtatgaaagcat 134  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||| || || |||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
37806392 cgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatgaaat-aacaagttatactcacaacaaagcaatacaaaatcaagttcacatagtatgtaagcat 37806490  T
135 ggtacatcactatataaacatgt-taaaacatcatcatttt----aacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttacc 229  Q
    | ||   || || ||||||||||  ||||||||||| ||||    || ||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
37806491 gata---caatacataaacatgtcaaaaacatcatccttttaaaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccttacc 37806587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 125
Target Start/End: Original strand, 33614526 - 33614635
Alignment:
16 attacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagt 115  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| |||||    
33614526 attacaccaacaataatttcgacttacaaaatatgcaagaccacaattcacgcataaaaacaacaaattatactcacaaccaaacaatacaaaatcaagt 33614625  T
116 tcacatagta 125  Q
    ||| ||||||    
33614626 tcatatagta 33614635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 73 - 232
Target Start/End: Original strand, 37627322 - 37627480
Alignment:
73 aaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcat 171  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||   || || ||||||||||| ||||||||||| |    
37627322 aaacaacaatttatactcacaaccaagcaatataaaatcaagttcacatagtatgtaagcatgata---caatacataaacatgttaaaaacatcatcct 37627418  T
172 ttt--aacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttacctta 232  Q
    |||  || ||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
37627419 tttaaaaaaacaagtaaatacatatataaaat-aaaaaatggagcgccctttcccttacctta 37627480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 193
Target Start/End: Original strand, 14276172 - 14276344
Alignment:
14 agattacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaa 113  Q
    |||||||| |||||||| ||  ||||||||||  ||||||| || |||||||    |||||||||||| ||||  ||||| ||||    |||||||||||    
14276172 agattacatcgacaataactctgacttacaaat-atgcaagtccgcaattcagatatgaaaacaacaaattatgctcacagccaa----tacaaaagcaa 14276266  T
114 gttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcattttaacaacaagtaactacata 193  Q
    |||||||||||||| ||||||||||   || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
14276267 gttcacatagtatgtaagcatggta---caatacataaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacaagtaaatacata 14276344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 53 - 236
Target Start/End: Original strand, 5187393 - 5187574
Alignment:
53 agaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaa 152  Q
    |||| ||||| || || |||||| || || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||  ||   |||||    
5187393 agactacaatccaggcatgaaaataaaaaattatactcacaaccaagcaatccaaaagcaagttcacgtagtaagtaagcatgttacaatac---ataaa 5187489  T
153 catgttaaaa-catcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttaccttaacaa 236  Q
    ||||  |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||| ||||    
5187490 catgacaaaaacgtcatcattttaacaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgacctttcccttaccttgacaa 5187574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 15 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8377808 - 8377576
Alignment:
15 gattacaccgacaatagcttcgacttacaaaagatgcaagaccacaattcatgcctgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaag 114  Q
    ||||||||||||| || |   |||| |||||| |||||||||| |||| || || ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||     
8377808 gattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatgaaa-caacaatttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaat 8377710  T
115 tt-cacatagtatgaaagcatggtacatcactatataaacatgtt-aaaacatcatcattt--taacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntg 210  Q
    ||  ||  |  |   ||||||| ||   || || ||||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||| ||||||||||||||       ||    
8377709 ttatactaacaaaataagcatgata---caatacataaacatgttaaaaacatcatccttttataaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatg 8377613  T
211 gagcgccctttcccttaccttaacaacagtagctctt 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
8377612 gagcgccctttcccttaccttaacaacagcagctctt 8377576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University