View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9731_high_4 (Length: 590)

Name: NF9731_high_4
Description: NF9731
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9731_high_4
NF9731_high_4
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (19-571)||(47264482-47265032)
chr7 (86-533)||(47300787-47301234)
chr7 (86-491)||(47275115-47275520)
chr7 (86-521)||(47296207-47296642)
chr7 (95-533)||(47255512-47255950)
chr7 (95-533)||(47281862-47282303)
chr7 (86-219)||(47240681-47240814)
chr7 (355-533)||(47240820-47240998)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (86-533)||(32729216-32729663)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (110-540)||(20511577-20512007)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 526; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 571
Target Start/End: Original strand, 47264482 - 47265032
Alignment:
Q  19 cacagacttcaggtttacgtacacaagtcatttttattaactcacacaacacttattttctcatatcatatcatgacttcagcaccattattgttcacag 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47264482 cacagacttcaggtttacgtacacaagtcattt--attaactcacacaacacttattttctcatatcatatcatgacttcagcaccattattgttcacag 47264579  T
Q  119 tgcggaggagccaaccagtgttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtctgacatagatgatcaagaaggcttacgtttcaa 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47264580 tgcggaggagccaaccagagttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtctgacatagatgaccaagaaggcttacgtttcaa 47264679  T
Q  219 tattcctatgatgtttatctatcgtcatgaaccgtcaatgaaagaaaaagatcctgttaaagttcttagacatgcactctcacaagcacttgtttattac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47264680 tattcctatgatgtttatctatcgtcatgaaccgtcaatgaaagaaaaagatcctgttaaagttcttagacatgcactctcacaagcacttgtttattac 47264779  T
Q  319 tatccatttgcaggaaggattagggagggtgctggacgcaagttgatggtcgattgtactggtgagggagttatgttcgttgaagctgaagctgatgtaa 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47264780 tatccatttgcaggaaggattagggagggtgctggacgcaagttgatggtcgattgtactggcgagggagttatgttcgttgaagctgaagctgatgtaa 47264879  T
Q  419 cacttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccactcccatgcttcgaagaacttctatacgatgttccaggatcggaactaattattgaccgtcccat 518  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47264880 cccttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccactcccatgcttcgaagaacttctatacgatgttccaggatcggaactaattattgaccgtcccat 47264979  T
Q  519 tcgactcatacaggtaaagttacgctagtagatgatcaagaaggcctacgttt 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47264980 tcgactcatacaggtaaagttacgctagtagatgatcaagaaggcctacgttt 47265032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 86 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 47301234 - 47300787
Alignment:
Q  86 atatcatgacttcagcaccattattgttcacagtgcggaggagccaaccagtgttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtc 185  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||    
T  47301234 atatcatgacttcatcaccattgttgttcacagtgcggaggtgccaaccagagttggtgccaccagctgcacccactccttgtgaagttaaactattatc 47301135  T
Q  186 tgacatagatgatcaagaaggcttacgtttcaatattcctatgatgtttatctatcgtcatgaaccgtcaatgaaagaaaaagatcctgttaaagttctt 285  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||  ||| ||||| |||||||| |||||     
T  47301134 tgacatagatgatcaagaaggtttgcgcttcaatattcctatgatctttatctatcatcacgaaccatcaatggcagagaaagaccctgttaaggttctg 47301035  T
Q  286 agacatgcactctcacaagcacttgtttattactatccatttgcaggaaggattagggagggtgctggacgcaagttgatggtcgattgtactggtgagg 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  47301034 agacatgcactctcacaagcacttgtttattactatccatttgcgggaaggattagggagggagctagtcgcaagttgatggtggattgtactggcgagg 47300935  T
Q  386 gagttatgttcgttgaagctgaagctgatgtaacacttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccactcccatgcttcgaagaacttctatacgatgt 485  Q
    | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||| ||| |||| |||||| |  |||| ||||| |||||    
T  47300934 gtgtcatgttcattgaagctgaagctgatgtaacacttgatcaatttggtgatgccctgcatcctccattcccttgcttccatcaactcctatatgatgt 47300835  T
Q  486 tccaggatcggaactaattattgaccgtcccattcgactcatacaggt 533  Q
    || ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47300834 tcgaggctcggaacaaattatggaccgtcccattcgactcatacaggt 47300787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 86 - 491
Target Start/End: Original strand, 47275115 - 47275520
Alignment:
Q  86 atatcatgacttcagcaccattattgttcacagtgcggaggagccaaccagtgttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtc 185  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47275115 atatcatgacttcatcaccattgttgttcacagtgcggaggtgccaaccagagttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattatc 47275214  T
Q  186 tgacatagatgatcaagaaggcttacgtttcaatattcctatgatgtttatctatcgtcatgaaccgtcaatgaaagaaaaagatcctgttaaagttctt 285  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||| ||| ||||||    
T  47275215 tgacatagatgatcaagaatgcttgcgtttcaatatgcctatcatatttatctatcgtcatgaaccatcaatgatagagaaagaccctgctaaggttctt 47275314  T
Q  286 agacatgcactctcacaagcacttgtttattactatccatttgcaggaaggattagggagggtgctggacgcaagttgatggtcgattgtactggtgagg 385  Q
    | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| |   |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  47275315 aaacgtgcactctcacaaacacttgtttattattatccacttgcgggaagaattagggagggagctagggacaagttgatggtggattgtaccggtgagg 47275414  T
Q  386 gagttatgttcgttgaagctgaagctgatgtaacacttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccactcccatgcttcgaagaacttctatacgatgt 485  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||| |||| |||||| |||||||  ||||||||||    
T  47275415 gagtcatgttcattgaagctgaaactgatgttacacttgatgaatttggtgatgcactgcatcccccattcccttgcttccaagaactcatatacgatgt 47275514  T
Q  486 tccagg 491  Q
    ||||||    
T  47275515 tccagg 47275520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 86 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 47296642 - 47296207
Alignment:
Q  86 atatcatgacttcagcaccattattgttcacagtgcggaggagccaaccagtgttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtc 185  Q
    |||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  47296642 atatcatgacttcatcatcgttaatgttcacagtgcggaggtgccaaccagagttggtgccaccagctgcacccactcctcgtgaagttaaactattatc 47296543  T
Q  186 tgacatagatgatcaagaaggcttacgtttcaatattcctatgatgtttatctatcgtcatgaaccgtcaatgaaagaaaaagatcctgttaaagttctt 285  Q
    |||||||||||||||||||||  | || ||||||| |||| | || ||||||||||| ||  |||| ||||||  ||| ||||| ||| |||| || |||    
T  47296542 tgacatagatgatcaagaaggtatgcgattcaatagtcctgtcatatttatctatcgccacaaaccatcaatggtagagaaagaccctcttaaggtgctt 47296443  T
Q  286 agacatgcactctcacaagcacttgtttattactatccatttgcaggaaggattagggagggtgctggacgcaagttgatggtcgattgtactggtgagg 385  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  47296442 agacatgcactctcacgaacacttgtgtattactatccacttgcgggaagaattagggagggagctgggcgcaagttgatggtggattgtactggtgaag 47296343  T
Q  386 gagttatgttcgttgaagctgaagctgatgtaacacttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccactcccatgcttcgaagaacttctatacgatgt 485  Q
    | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||| ||| |||| |||||| || |||| ||||| |||||    
T  47296342 gtgtcatgttcattgaagctgaagctgatgtaacacttgatcaatttggtgatgccctgcatcctccattcccttgcttccaacaactcctatatgatgt 47296243  T
Q  486 tccaggatcggaactaattattgaccgtcccattcg 521  Q
    |||||| ||   || |||||| ||||||||||||||    
T  47296242 tccaggctcaacacaaattatcgaccgtcccattcg 47296207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 95 - 533
Target Start/End: Original strand, 47255512 - 47255950
Alignment:
Q  95 cttcagcaccattattgttcacagtgcggaggagccaaccagtgttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtctgacataga 194  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||  |||||||||||  | |||||||| ||    
T  47255512 cttcatcaccattattgttcacagtgcggaggtcccaaccagagttggtacttccagctgcacccactcctcatgaagttaaactcctctctgacattga 47255611  T
Q  195 tgatcaagaaggcttacgtttcaatattcctatgatgtttatctatcgtcatgaaccgtcaatgaaagaaaaagatcctgttaaagttcttagacatgca 294  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| ||||| | || ||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  47255612 tgatcaagaaggccttcgtttcaatcttcctgtcatatttgtctttcgtcatgaaccttcaatgaaagagaaagaccctgttaaggttcttaaacatgca 47255711  T
Q  295 ctctcacaagcacttgtttattactatccatttgcaggaaggattagggagggtgctggacgcaagttgatggtcgattgtactggtgagggagttatgt 394  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| || ||||    
T  47255712 ctctcacgaacacttgtttattactatccaggtgcaggaaggattagggagggtgctgggcgcaagttgatggtggattgcaccggggagggtgtcatgt 47255811  T
Q  395 tcgttgaagctgaagctgatgtaacacttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccactcccatgcttcgaagaacttctatacgatgttccaggatc 494  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||| |||| || ||| | || |||||| ||||| ||||||  ||||||||||| ||    
T  47255812 tcattgaagctgaagctgatataacacttgatcaatttggtgatgctctgcaacctccatttccttgcttccaagaaattctatgtgatgttccaggctc 47255911  T
Q  495 ggaactaattattgaccgtcccattcgactcatacaggt 533  Q
     |||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  47255912 agaatatattattgaccgtcccatccgacttatacaggt 47255950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 95 - 533
Target Start/End: Original strand, 47281862 - 47282303
Alignment:
Q  95 cttcagcaccattattgttcacagtgcggaggagccaaccagtgttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtctgacataga 194  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47281862 cttcatcaccattattgttgacagtgcggaggtgccaaccagagttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattatctgacataga 47281961  T
Q  195 tgatcaagaaggcttacgtttcaatattcctatgatgtttatctatcgtcatgaaccgtcaatgaaagaaaaagatcctgttaaagttcttagacatgca 294  Q
    |||||||||| | || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||  | | ||||| |||||||| ||||||| |  ||||    
T  47281962 tgatcaagaatgtttgcgtttcaatatgcctatcatatttatctatcgtcacgaaccatcaatggtaaagaaagaccctgttaaggttcttaaatgtgca 47282061  T
Q  295 ctctcacaagcacttgtttattactatccatttgcaggaaggattagggagggtgctggacgcaagttgatggtcgattgtactggtg---agggagtta 391  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| |   ||| |||||||| |||||||||||||   | || || |    
T  47282062 ctctcaaaaacacttgtttattactatccacttgcgggaagaattagggagggagctagggacaaattgatggtggattgtactggtggtgaaggtgtca 47282161  T
Q  392 tgttcgttgaagctgaagctgatgtaacacttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccactcccatgcttcgaagaacttctatacgatgttccagg 491  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||||||||| |||| |||||| |||||||  |||| ||||||||| |    
T  47282162 tgttcattgaagctgaagctgatgtaacacttaatgaatttggtgatgctcttcatcccccattcccttgcttccaagaactcatatatgatgttccaag 47282261  T
Q  492 atcggaactaattattgaccgtcccattcgactcatacaggt 533  Q
      || ||| ||| ||||| | ||| ||||  |||||||||||    
T  47282262 cacgaaacaaatcattgatcatcctattctgctcatacaggt 47282303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 86 - 219
Target Start/End: Original strand, 47240681 - 47240814
Alignment:
Q  86 atatcatgacttcagcaccattattgttcacagtgcggaggagccaaccagtgttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtc 185  Q
    |||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47240681 atatcatgacttcatcatcgttaatgttcacagtgcggaggtgccaaccagagttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattatc 47240780  T
Q  186 tgacatagatgatcaagaaggcttacgtttcaat 219  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  47240781 tgacatagatgatcaagaaggtttgcgattcaat 47240814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 355 - 533
Target Start/End: Original strand, 47240820 - 47240998
Alignment:
Q  355 cgcaagttgatggtcgattgtactggtgagggagttatgttcgttgaagctgaagctgatgtaacacttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccac 454  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| |||     
T  47240820 cgcaagttgatggtggattgtactggtgaaggtgtcatgttcattgaagctgaagctgatgtaacacttgatcaatttggtgatgctctgcatcctccat 47240919  T
Q  455 tcccatgcttcgaagaacttctatacgatgttccaggatcggaactaattattgaccgtcccattcgactcatacaggt 533  Q
    |||| |||||| || ||||  |||||||||||||||| || ||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  47240920 tcccttgcttccaacaactcttatacgatgttccaggctcagaacatattattgaccgtaccatttgactcatacaggt 47240998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 86 - 533
Target Start/End: Original strand, 32729216 - 32729663
Alignment:
Q  86 atatcatgacttcagcaccattattgttcacagtgcggaggagccaaccagtgttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtc 185  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32729216 atatcatgacttcatcaccattgttgttcacagtgcggaggtgccaaccagagttggtgccaccagttgcacccactcctcgcgaagttaaactattatc 32729315  T
Q  186 tgacatagatgatcaagaaggcttacgtttcaatattcctatgatgtttatctatcgtcatgaaccgtcaatgaaagaaaaagatcctgttaaagttctt 285  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | || |||||||||||||  ||||| ||||||  ||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  32729316 tgatatagatgatcaagaaggtttgcgtttcaatgttcctgtcatatttatctatcgtcgcgaaccatcaatggcagagaaagaccctattaaggttctt 32729415  T
Q  286 agacatgcactctcacaagcacttgtttattactatccatttgcaggaaggattagggagggtgctggacgcaagttgatggtcgattgtactggtgagg 385  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32729416 agacatgcactctcacgaacacttgtgtattactacccatttgcgggaaggattagggagggtgctaggcgcaagttgatggtggattgtactggtgagg 32729515  T
Q  386 gagttatgttcgttgaagctgaagctgatgtaacacttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccactcccatgcttcgaagaacttctatacgatgt 485  Q
    | ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||| |||| |||||| || ||||  ||||||||||    
T  32729516 gtgtcgtgttcattgaagctgaagctgatgtaacacttgatcaatttggtgatgctctgcatcctccattcccttgcttccaacaactcttatacgatgt 32729615  T
Q  486 tccaggatcggaactaattattgaccgtcccattcgactcatacaggt 533  Q
    |||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32729616 tccaggctcagaacatattattgaccgtcccattcgactcatacaggt 32729663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 110 - 540
Target Start/End: Original strand, 20511577 - 20512007
Alignment:
Q  110 tgttcacagtgcggaggagccaaccagtgttggtgccaccagctgcacccactcctcgcgaagttaaactattgtctgacatagatgatcaagaaggctt 209  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||||  | |||| || |||||||||||||||||||| ||| ||||| || | |||||||||||||||||| || |  |    
T  20511577 tgttcactgtgcgaaggtgccaaccacagctggtacctccagctgcacccactcctcgtgaatttaaaatactatctgacatagatgatcaaaaaagtct 20511676  T
Q  210 acgtttcaatattcctatgatgtttatctatcgtcatgaaccgtcaatgaaagaaaaagatcctgttaaagttcttagacatgcactctcacaagcactt 309  Q
     |||| |||||||| | | || |||||||||| ||||||||| | ||||| | | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20511677 ccgttgcaatattcttctcatctttatctatcatcatgaaccattaatgacaaagaaagaccctgttaaggttcttagacatgcactctcacaagtactt 20511776  T
Q  310 gtttattactatccatttgcaggaaggattagggagggtgctggacgcaagttgatggtcgattgtactggtgagggagttatgttcgttgaagctgaag 409  Q
    ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||    
T  20511777 gtgcattactatccatttgcgggaaggattagggaaggagttggacaaaagttaatggtggattgtactggtgagggtgtcatgttcattgaagctgaag 20511876  T
Q  410 ctgatgtaacacttgatgaattcggtgacgctttgcatcccccactcccatgcttcgaagaacttctatacgatgttccaggatcggaactaattattga 509  Q
    || |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||    
T  20511877 ctaatgtaacacttgatgactttggtgacggtttgcatcccccattcccatgcgtcgatgaacttctatacgatgttccagattcggtactaaatattga 20511976  T
Q  510 ccgtcccattcgactcatacaggtaaagtta 540  Q
     |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  20511977 tcgtcccattcgacttatacaggtcaagtta 20512007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University