View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9731_low_30 (Length: 302)

Name: NF9731_low_30
Description: NF9731
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9731_low_30
NF9731_low_30
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-286)||(16662-16947)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (1-286)||(10686617-10686902)
chr8 (1-286)||(35742838-35743123)
chr8 (1-285)||(18868023-18868307)
chr8 (1-286)||(26298831-26299107)
chr8 (185-287)||(26400887-26400989)
chr8 (55-110)||(4814904-4814959)
chr8 (55-110)||(16754938-16754993)
chr8 (55-110)||(28893212-28893267)
chr8 (55-110)||(28330343-28330398)
chr8 (55-100)||(25682760-25682805)
chr8 (55-110)||(15947111-15947166)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-286)||(24263676-24263961)
chr7 (1-286)||(21986369-21986654)
chr7 (1-286)||(16882376-16882661)
chr7 (1-286)||(18411106-18411391)
chr7 (1-286)||(24272253-24272538)
chr7 (1-286)||(9187498-9187783)
chr7 (1-286)||(21642139-21642421)
chr7 (55-110)||(3322466-3322521)
chr7 (55-110)||(44012209-44012264)
chr7 (55-110)||(25407862-25407917)
chr7 (55-108)||(7072499-7072552)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (1-286)||(18858025-18858310)
chr4 (1-286)||(9226754-9227039)
chr4 (1-286)||(5145357-5145642)
chr4 (2-286)||(16626347-16626630)
chr4 (55-109)||(4567787-4567841)
chr4 (63-110)||(16634929-16634976)
chr4 (55-113)||(15314765-15314823)
chr4 (55-101)||(36770038-36770084)
chr4 (55-110)||(47565161-47565216)
chr4 (134-162)||(33655986-33656014)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (1-286)||(22170661-22170946)
chr3 (1-286)||(2674573-2674858)
chr3 (1-286)||(8514543-8514828)
chr3 (1-286)||(32477789-32478074)
chr3 (1-286)||(1308320-1308605)
chr3 (1-286)||(3325891-3326164)
chr3 (1-155)||(18144876-18145030)
chr3 (55-110)||(6305759-6305814)
chr3 (55-110)||(10096484-10096539)
chr3 (55-110)||(10610451-10610506)
chr3 (55-110)||(10899457-10899512)
chr3 (55-110)||(16459912-16459967)
chr3 (55-110)||(29911631-29911686)
chr3 (55-110)||(54190956-54191011)
chr3 (61-110)||(10203370-10203419)
chr3 (55-108)||(22623659-22623712)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-286)||(28805075-28805360)
chr5 (1-286)||(31399345-31399630)
chr5 (1-286)||(33788805-33789090)
chr5 (1-286)||(43594570-43594855)
chr5 (1-286)||(43627364-43627649)
chr5 (1-286)||(27447272-27447557)
chr5 (1-286)||(37558955-37559231)
chr5 (3-286)||(28835751-28836034)
chr5 (1-286)||(24557937-24558222)
chr5 (1-286)||(24598969-24599254)
chr5 (55-110)||(25447936-25447991)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-286)||(14739925-14740210)
chr6 (1-286)||(33333429-33333714)
chr6 (1-286)||(24433673-24433958)
chr6 (55-110)||(13881187-13881242)
chr6 (62-113)||(17692527-17692578)
chr6 (55-110)||(22348653-22348708)
chr6 (55-110)||(25944117-25944172)
chr6 (55-110)||(35203741-35203796)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-286)||(19346727-19347012)
chr2 (1-285)||(31058408-31058692)
chr2 (1-286)||(39485574-39485849)
chr2 (4-286)||(39485198-39485468)
chr2 (1-117)||(25393504-25393620)
chr2 (10-171)||(31133939-31134100)
chr2 (55-110)||(17934532-17934587)
chr2 (55-110)||(2738653-2738708)
chr2 (55-110)||(20052439-20052494)
chr2 (55-110)||(22714912-22714967)
chr2 (55-110)||(39684695-39684750)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-286)||(41395700-41395985)
chr1 (1-286)||(19369038-19369323)
chr1 (55-110)||(2396933-2396988)
chr1 (55-110)||(9524176-9524231)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (1-242)||(1-242)
scaffold0006 (1-286)||(8113-8398)
[»] scaffold0078 (2 HSPs)
scaffold0078 (79-285)||(34489-34697)
scaffold0078 (1-40)||(34705-34744)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (55-110)||(18774-18829)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (63-110)||(822-869)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 16662 - 16947
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16662 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 16761  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16762 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 16861  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16862 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 16947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 10686617 - 10686902
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10686617 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 10686716  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686717 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 10686816  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10686817 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 10686902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 35743123 - 35742838
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35743123 gtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagtggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgaatggggatgaagt 35743024  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743023 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 35742924  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35742923 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 35742838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 18868023 - 18868307
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868023 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 18868122  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868123 gtaaagacctagagactttagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 18868222  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacg 285  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||    
T  18868223 ttcaacatcagatacaagtggaactcaaccagtagtggatccggagtatctcttggctagagatagagagagaaggaccattacg 18868307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 26299107 - 26298831
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299107 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 26299008  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||    
T  26299007 gtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggataaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaa---------gatgaagc 26298917  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  26298916 ttcaacatcgaatacaagtggaacacaaccggtagtggatccggattatctcttggctagagatagagaaaggaggaccattacgg 26298831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 185 - 287
Target Start/End: Original strand, 26400887 - 26400989
Alignment:
Q  185 atgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattac 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  26400887 atgtagaagatgaagcttcgacatcgaatacaagtggaactcaaccagtagtggatcctgattatcttttggctagagatagagaaaggaggaccattac 26400986  T
Q  285 ggt 287  Q
    |||    
T  26400987 ggt 26400989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 4814959 - 4814904
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4814959 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 4814904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 16754993 - 16754938
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  16754993 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgaatggggatgaagtgcaaagacct 16754938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 28893212 - 28893267
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  28893212 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 28893267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 28330343 - 28330398
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  28330343 ataagcagggatgttacttttaatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 28330398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 55 - 100
Target Start/End: Original strand, 25682760 - 25682805
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  25682760 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagt 25682805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 15947111 - 15947166
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||    
T  15947111 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgtatgagtatgaagtgcaaaaacct 15947166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 24263676 - 24263961
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24263676 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 24263775  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263776 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 24263875  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24263876 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 24263961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 21986654 - 21986369
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21986654 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagactcggatggggatgaagt 21986555  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986554 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 21986455  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21986454 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccgatagtggatcctgagtatgtattggctagagatagagaaagaaggaccattacgg 21986369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 16882661 - 16882376
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  16882661 gtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatgagacccagatggggatgaagt 16882562  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882561 gtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatggtggagagaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 16882462  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16882461 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 16882376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 18411391 - 18411106
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411391 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 18411292  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411291 gtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggagaaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 18411192  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18411191 ttcgacattggatacaagtggaactcaacccgtagtggatccggattatctcttggctagagatagagaaagaaggaccattacgg 18411106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 24272253 - 24272538
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272253 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagttgaggattaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 24272352  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24272353 gtaaagacctaaagacttaagtaccggaaacaatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagatgatgtagaagatgaagc 24272452  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| | | |||||||||| |||||||||||||    
T  24272453 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcttgattatctcttggctaaagatagagaaaggaggaccattacgg 24272538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 9187498 - 9187783
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9187498 gtgaagggttacaagctgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtatggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaaga 9187597  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9187598 gtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggagaaaactcagtttgaggtagagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 9187697  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9187698 ttcgacgtcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatccggattatctcttgactagagatagagaaagaaggaccattacgg 9187783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 21642421 - 21642139
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  21642421 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctattggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttaccttcgatgagacccgtatggggatgatgt 21642322  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642321 gtaaagacctagagactttagtaccggaaa--atggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 21642224  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| || ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21642223 ttcaacatc-gatacaaatgaaactcaaccggtagtgaatccggattatctcttggctagagatagagaaagaaggaccattacgg 21642139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 3322521 - 3322466
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  3322521 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 3322466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 44012264 - 44012209
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  44012264 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 44012209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 25407862 - 25407917
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  25407862 ataagcagggatgttacttttgatgagacccacatggggatgaagtgcaaagacct 25407917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 55 - 108
Target Start/End: Original strand, 7072499 - 7072552
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagac 108  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  7072499 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggagatgaagtgcaaagac 7072552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 18858310 - 18858025
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18858310 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 18858211  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858210 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 18858111  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18858110 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 18858025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 9226754 - 9227039
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226754 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 9226853  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9226854 gtaaagacctagagacccaagtaccggaaactatggtggagaaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaagaagaaaaagatgtagaagatgaagc 9226953  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9226954 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggctagagatagagaaagaaggaccattacgg 9227039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 5145642 - 5145357
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5145642 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatattacctttgatgagacccgtatagggatgaagt 5145543  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5145542 gtaaagacctagagactttggtaccggaaacaatggtggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaagtgaagaagaagatgatgtagaagatgaagc 5145443  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  5145442 ttcgacatcagatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgattctctcttggctagagatagagaaaggaggaccattacgg 5145357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 2 - 286
Target Start/End: Original strand, 16626347 - 16626630
Alignment:
Q  2 tgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtg 101  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626347 tgaagggttacgagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtg 16626446  T
Q  102 taaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagct 201  Q
     |||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16626447 -aaagacctagagactctagtactgtaaacaatggtggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagatgatgtagaagatgaagct 16626545  T
Q  202 tcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  16626546 tcaacatcggatactagtggaactcaaccggtagtggatcctgattatctcttggctagagatagagaaaggaggaccattacgg 16626630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 55 - 109
Target Start/End: Original strand, 4567787 - 4567841
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacc 109  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  4567787 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacc 4567841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 110
Target Start/End: Original strand, 16634929 - 16634976
Alignment:
Q  63 ggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16634929 ggatgttacttttgatgaggcccgtatggggatgaagtgcaaagacct 16634976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 113
Target Start/End: Original strand, 15314765 - 15314823
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctaga 113  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  15314765 ataagcagggatgttatttttgatgagacccacatggggatgaagtgcaaagacctaga 15314823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 101
Target Start/End: Original strand, 36770038 - 36770084
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtg 101  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36770038 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtg 36770084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 47565161 - 47565216
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||    
T  47565161 ataagtagagatgttacttttgatgagacccgcatgtgaatgaagtgcaaagacct 47565216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 134 - 162
Target Start/End: Original strand, 33655986 - 33656014
Alignment:
Q  134 tggtggagaaaactcagtttgaggtggag 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33655986 tggtggagaaaactcagtttgaggtggag 33656014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 22170661 - 22170946
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170661 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 22170760  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170761 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaattaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 22170860  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  22170861 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaaaagatagagaaagaaggaccattacgg 22170946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 2674573 - 2674858
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  2674573 gtgaagggataagagttgtggaaattggaatctagtggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatgagacccgaatggggatgaagt 2674672  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674673 gtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 2674772  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2674773 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 2674858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 8514828 - 8514543
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  8514828 gtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatgagacccggatggggatgaagt 8514729  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514728 gtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatggtggagagaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 8514629  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8514628 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 8514543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 32478074 - 32477789
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  32478074 gtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatgagacccggatggggatgaagt 32477975  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477974 gtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatggtggagagaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 32477875  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32477874 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 32477789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 1308605 - 1308320
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308605 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 1308506  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308505 gtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 1308406  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  1308405 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatccggattatctcttggctagagatagagaaaggaggaccattacgg 1308320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 3325891 - 3326164
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325891 gtgaagggttacaagttgtgaaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 3325990  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||           ||||||||||    
T  3325991 gtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggagaaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaag-aga-----------aagatgaagc 3326078  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  3326079 ttcaacatcagatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgactatcttttagctagagataaagaaaggaggaccattacgg 3326164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 18145030 - 18144876
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | |||||||    
T  18145030 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggtggaggatcaaatgtcttgataagtagggacgttacctttgatgatacacgtatgagaatgaagt 18144931  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttga 155  Q
    ||||||| |||||||||  || |||| |||| | || |||| ||||| |||||||    
T  18144930 gtaaagatctagagactttagcaccgaaaacaagggaggaggaaacttagtttga 18144876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 6305759 - 6305814
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  6305759 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 6305814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 10096539 - 10096484
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10096539 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 10096484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 10610506 - 10610451
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10610506 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 10610451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 10899457 - 10899512
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10899457 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 10899512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 16459912 - 16459967
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  16459912 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 16459967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 29911686 - 29911631
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  29911686 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 29911631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 54190956 - 54191011
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  54190956 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 54191011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 10203419 - 10203370
Alignment:
Q  61 agggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10203419 agggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 10203370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 22623712 - 22623659
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagac 108  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  22623712 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgaatggggatgaagtgcaaagac 22623659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 28805075 - 28805360
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  28805075 gtgaaggggtacaagttgtggaaattgaaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatgaggatgaagt 28805174  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805175 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 28805274  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28805275 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 28805360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 31399345 - 31399630
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31399345 gtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 31399444  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399445 gtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 31399544  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31399545 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 31399630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 33789090 - 33788805
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33789090 gtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagtggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 33788991  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33788990 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 33788891  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33788890 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 33788805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 43594855 - 43594570
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594855 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 43594756  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594755 gcaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 43594656  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  43594655 ttcgacatcggatactagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggctagagatagagaaagaatgaccattacgg 43594570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 43627649 - 43627364
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627649 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 43627550  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627549 gcaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 43627450  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  43627449 ttcgacatcggatactagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggctagagatagagaaagaatgaccattacgg 43627364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 27447557 - 27447272
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27447557 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagccttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatgaggatgaagt 27447458  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447457 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 27447358  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27447357 ttcaacatcggatactagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggctagagatagagaaagaaggaccattacgg 27447272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 37558955 - 37559231
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37558955 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcgtgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 37559054  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||    
T  37559055 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaaga---------agaagatgaagc 37559145  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37559146 ttcgatatcggatacaagtggaactcaaccggtggtggatcctaagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 37559231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 3 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 28836034 - 28835751
Alignment:
Q  3 gaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgt 102  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28836034 gaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgt 28835935  T
Q  103 aaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagctt 202  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  28835934 aaagacctagagactttagtaccgaaaacaatggtggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaaaaaaatgatgtagaagatgaagctt 28835835  T
Q  203 cgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  28835834 cgacatcggatacaagtgaaactcaaccggtagtggatcctgattatcttttggctagagatagagaaaggaggaccattacgg 28835751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 24557937 - 24558222
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24557937 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacctttgatgagactcgtatggggatgaagt 24558036  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||    
T  24558037 gtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggaggaaaatcattttgaggtggagcttccaaatgaagataaagatgatgaagaagatgaagc 24558136  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  24558137 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgattatcttttggatagagatagagaaaggaggaccattacgg 24558222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 24598969 - 24599254
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24598969 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacctttgatgagactcgtatggggatgaagt 24599068  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||    
T  24599069 gtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggaggaaaatcattttgaggtggagcttccaaatgaagataaagatgatgaagaagatgaagc 24599168  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  24599169 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgattatcttttggatagagatagagaaaggaggaccattacgg 24599254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 25447936 - 25447991
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  25447936 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 25447991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 14739925 - 14740210
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739925 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 14740024  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14740025 gtaaagacctaaagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgacgc 14740124  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14740125 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtacctattggctagagatagagaaagaaggaccattacgg 14740210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 33333429 - 33333714
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33333429 gtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 33333528  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333529 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagagaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 33333628  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33333629 ttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 33333714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 24433673 - 24433958
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24433673 gtgaagggttacaagttgtgtaaatttgaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 24433772  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
     ||||||||||||||||  ||||||||||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  || | || |  |||||||||||    
T  24433773 ctaaagacctagagactttagtaccggaaacatgggtggaggaaactcaatttgaggtggagcttccacatgaagagaaaaatgacgaggaagatgaagc 24433872  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  | | |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  24433873 ttcaacatcgaatacaagtggaactcaactggtagtggatcctgattatcttcttggaagagatagagaaaggaggaccattacgg 24433958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 13881187 - 13881242
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  13881187 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 13881242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 17692578 - 17692527
Alignment:
Q  62 gggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctaga 113  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  17692578 gggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacctaga 17692527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 22348708 - 22348653
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22348708 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 22348653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 25944117 - 25944172
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  25944117 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 25944172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 35203796 - 35203741
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  35203796 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 35203741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 19347012 - 19346727
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19347012 gtgaagggatataagttgtgaaaattggaatctagtggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 19346913  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346912 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 19346813  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19346812 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagagatagagaaagaaggaccattacgg 19346727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 31058692 - 31058408
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31058692 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggagggtcaaaagtcttgattagtaggtatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 31058593  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  || | | ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  31058592 gtaaagacctagagactttagcatcagaaacaatggtggaggaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaagaaaaagatgatgtagaagatgaagc 31058493  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacg 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  31058492 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgattatcttttggctagagatagagaaaggaggaccattacg 31058408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 39485574 - 39485849
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||          |||||| ||||||| |||||||||    
T  39485574 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattaatagagat----------atgagaaccgtatgaggatgaagt 39485663  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    | |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39485664 gcaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggaggaaactcagtttgagatggagcttcgaaatgaagaagaagatgatgtagaagatgaagc 39485763  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  39485764 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgattatctcttggctagagatagagaaaggaggaccattacgg 39485849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 4 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 39485468 - 39485198
Alignment:
Q  4 aaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgta 103  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  39485468 aagggttacaagttgtggaaattggaatctagtgaaggatcaaaaatcttgattagtagagatgttacctttgatgagacatgtatgggaatgaagtgta 39485369  T
Q  104 aagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttc 203  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||    
T  39485368 aagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggagaaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaagaag------------aagatgaagcttc 39485281  T
Q  204 gacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  39485280 gacatcggatacaagtggaactcaactggtagtggatcctgattatctcttggctagagatagagaaaggaggaccattacgg 39485198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 25393620 - 25393504
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393620 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 25393521  T
Q  101 gtaaagacctagagact 117  Q
    |||||||||||||||||    
T  25393520 gtaaagacctagagact 25393504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 171
Target Start/End: Original strand, 31133939 - 31134100
Alignment:
Q  10 tacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||   ||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||    
T  31133939 tacaagttgtggaaattggaatctatatgaggatcaagagcgatgataagcaaggacgttacttttgatgagacccgtatgaggataaagttaaaagacc 31134038  T
Q  110 tagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaat 171  Q
    ||||||||| ||  ||  |||| |  || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  31134039 tagagactctagagccacaaacaagtgtagaggaaactcaatttgaggcggagcttccaaat 31134100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 17934532 - 17934587
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17934532 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgtatggggatgaagtgcaaagacct 17934587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 2738653 - 2738708
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2738653 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 2738708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 20052494 - 20052439
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  20052494 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 20052439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 22714967 - 22714912
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22714967 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 22714912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 39684695 - 39684750
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  39684695 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 39684750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 41395985 - 41395700
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41395985 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagttgaggatcaagagtcttagttagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagt 41395886  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41395885 gtaaagacctagagactcaagtaccagaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtggaagatgaagc 41395786  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  41395785 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggctagagatagagaaagaaggacaattacgg 41395700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 19369038 - 19369323
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19369038 gtgaaggggtacaagttgtggaaattagaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggattaagt 19369137  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19369138 gtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagatgaagatgtagaagatgaagc 19369237  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  19369238 ttcgacatcggatacaagtgaaactcaaccggtagtggatccggattatctcttggctagagatagagaaaggaggaccattacgg 19369323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 2396988 - 2396933
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2396988 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 2396933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 9524176 - 9524231
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9524176 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 9524231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 242 - 1
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  242 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 143  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  142 gtaaagacctagagactttagtaccagaaacaatggtggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagatgatgtagaagatgaagc 43  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcc 242  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42 ttcaacattggatacaattggaactcaaccggtagtggatcc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 8398 - 8113
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8398 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttaattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 8299  T
Q  101 gtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagc 200  Q
    ||||||||||||| |||  | ||||  |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8298 gtaaagacctagaaactttaataccaaaaaaaatggtggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagatgatgtagaagatgaagc 8199  T
Q  201 ttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaaggaccattacgg 286  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  8198 ttcaacattggatacaattggaactcaaccggtagtggatcctgatcatctcttggctagagatagagaaaggaggaccattacgg 8113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 104; Significance: 7e-52; HSPs: 2)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 79 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 34697 - 34489
Alignment:
Q  79 gagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaa---atgaag 175  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||  || ||||||||| | ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||   |||| |    
T  34697 gagacacgtatggggataaagtgtacagacctatagactttagcaccggaaacaagggtggagtaaactaagtgtgaggtggagcttccaattgatgatg 34598  T
Q  176 aagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtatctattggcaagatatagagaaagaag 275  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  34597 aagaagaagatgtggaggatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccaatagtggatcctgactatcttttggctagatatagagaaaggag 34498  T
Q  276 gaccattacg 285  Q
    | ||||||||    
T  34497 g-ccattacg 34489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 40
Target Start/End: Complemental strand, 34744 - 34705
Alignment:
Q  1 gtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggag 40  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34744 gtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggtggag 34705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 110
Target Start/End: Original strand, 18774 - 18829
Alignment:
Q  55 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18774 ataagcagggatgtcacttttgatgagacccgtatggggatgaagtgcaaagacct 18829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 869 - 822
Alignment:
Q  63 ggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 110  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  869 ggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University