View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9737_low_3 (Length: 676)

Name: NF9737_low_3
Description: NF9737
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9737_low_3
NF9737_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-668)||(54472236-54472899)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 668
Target Start/End: Original strand, 54472236 - 54472899
Alignment:
Q  18 acaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttatatatctcctatttcnnnnnnnaata 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||    
T  54472236 acaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttatatatctcctatttctttttttaata 54472335  T
Q  118 ggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatggaggaag------------ttaattaattaatgattcatagcctattcttannnnn 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  54472336 ggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatgggggaagctaattaattaattaattaattaatgattcatagcctattcttattttt 54472435  T
Q  206 nngatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgttgca 305  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472436 ttgatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgttgca 54472535  T
Q  306 aatgtagaaaccgttagatatnnnnnnnnnn-gttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggc 404  Q
    ||||||||||| || ||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472536 aatgtagaaactgtaagatataaaaaaaaaatgttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggc 54472635  T
Q  405 tagttgtatatgttgagtatgtcttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacg 504  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472636 tagttgtatatgttgagtatgtgttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacg 54472735  T
Q  505 aaggtaagttgcgtggggtgattaggggcgcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaatttaaatcctaatcttttaagatga 604  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54472736 aaggtaagttgcgaggggtgattagggacgcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaatttaaatcctattcttttaagatga 54472835  T
Q  605 cgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactttgttaccaaacatatgtgttctctgctt 668  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472836 cgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactttgttaccaaacatatgtgttctctgctt 54472899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University