View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9750_low_2 (Length: 730)

Name: NF9750_low_2
Description: NF9750
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9750_low_2
NF9750_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (91-708)||(38677688-38678317)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 91 - 708
Target Start/End: Original strand, 38677688 - 38678317
Alignment:
Q  91 cgttttttgctctagtgagaaacatgcgtgagacacgtgaccgttggaagaacaaaatgagtgaaaatattaaggaagaaaatagagttgttggtgtttg 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38677688 cgttttttgctctagtgagaaacatgcgtgagacacgtgaccgttggaggaacaaaatgagtgaaaatattaaggaagaaaatagagttgttggtgtttg 38677787  T
Q  191 gaagcctacgtttaaacttgaagatttcgctgaagagggtgcatctaagagcaataata------------atattattaaggaagatgacacagaaaaa 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38677788 gaagcctacgtttaaacttgaagatttcgctgaagagggtgcatctaagagcaataatattaactgtgctaatattattaaggaagatgacacagaaaaa 38677887  T
Q  279 ggtattaacttgaagctctcactttgaaattgttgctacatgcatcaagatatcgtagctggaacttatgttgtgtgttgtaaatttgcaatggatcatt 378  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38677888 ggtattaacttgaagctctcactttgaaattgttgctacatgcatcaagatatcgtagcttgatcttatgttgtgtgttgtaaatttgtaatggatcatt 38677987  T
Q  379 ttcatgatttctttccctaacttattagttgccaatatgagcaacaagtagatttatagtttaatttaatcatatgatttatatgtgtgcactgtgcagt 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38677988 ttcatgatttctttccctaacttattagttgccaatatgagcaacaagtagatttatagtttaatttaatcatatgatttatatgtgtgcactgtgcagt 38678087  T
Q  479 atgctattgtagtactttagcatcgcatcctatataattttcttcaactaattaacagttgtttatgctcttagttcaaaaaatactccttcaaaattca 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38678088 atgctattgtagtactttagcatcgcatcctatataattttcttcaactaattaacagttgtttatgctcttagttcaaaaaatactccttcaaaattca 38678187  T
Q  579 tagttaacgaagctagagttgtcactccgtcgcatattgaagttatttaaacaatttcatatagatcaatataagtagttaaatttgtatggtgaagaga 678  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38678188 tagttaacgaagctagagttgtcactccgtcgcatattgaagttatttaaacaatttcatatagatcaatacaagtagttaaatttgtatggtgaagaga 38678287  T
Q  679 aattatgagtaactttatagaattatcatt 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38678288 aattatgagtaactttatagaattatcatt 38678317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University