View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9751_low_17 (Length: 441)
Name: NF9751_low_17
Description: NF9751
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9751_low_17 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 25003324 - 25002909
Alignment:
| Q |
14 |
ggaataatatttggtaagcaataatattatctcttactaatttatttcatgcttatcaacgtgtcaatcgttagtaaacagaatttcctattattttccg |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25003324 |
ggaataatatctggtaagcaataatattatctcttactaatttctttcatgcttatcaacgtgtcaatcgttagtaaacagaatttcctattattttccg |
25003225 |
T |
|
| Q |
114 |
tgatacagaacaaaattgttaagtggttactaatttgtttcatgtgtttcttccttatcaatatgtcaatctttagtaaacagattgtcctattttttga |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |
|
|
| T |
25003224 |
tgatacagaacaaaattgttaaatgattactaatttgtttcatgtgtttcatccttatcaatatgtcaatctttagtaaacagactgtcctatcttttga |
25003125 |
T |
|
| Q |
214 |
tatgcttagcactatgtcaatctttagtaaacaaaaagacctagtttttatggagagaagtaaacacaacatgcataacaaattaagctatttttaatgc |
313 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25003124 |
tatgcttatcactatgtcaatctttagtaaacaaaaagacctattttttatggagagaagtaaacacaacgtgcataacaaattaagctatttttaatgc |
25003025 |
T |
|
| Q |
314 |
aaagcagtaaacaagtcgtttcctatatcatcataccctgttaagagctgtccctctgttctataaatacatcacaacctaccaccaatataatctcatt |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25003024 |
aaagcagtaaacaagtcgtttcctatatcatcataccctgttaagagctgtccctctggtctataaatacatcacaacctaccaccaatataatctcatt |
25002925 |
T |
|
| Q |
414 |
ctaaacaagcatattc |
429 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
25002924 |
ctaaacaagcatattc |
25002909 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 47 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 6399393 - 6399013
Alignment:
| Q |
47 |
ttactaatttatttcatgcttatcaacgtgtcaatcgttagtaaacagaatttcctattattttccgtgatacagaacaaaattgttaagtggttactaa |
146 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |
|
|
| T |
6399393 |
ttactaatttctttcatgcttatcaacatgtcaatcattagtaaatagaatctcctattattttccgtgatacacaacaaaattgctaaatggttactaa |
6399294 |
T |
|
| Q |
147 |
tttgtttcatgtgtttcttccttatcaatatgtcaatctttagtaaacagattgtcctattttttgatatgcttagcactatgtcaatctttagtaaaca |
246 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6399293 |
tttgtttcatgtgtttcatccttatcaatatgtcaatctttagtaaacagactgtcctatttttt--catgcttatcgctatctcaatctttagtaaaca |
6399196 |
T |
|
| Q |
247 |
aaaagacctagtttttatggagagaagtaaacacaacatgcataacaaattaagctatttttaatgcaaagcagtaaacaagtcgtttcctatatcatca |
346 |
Q |
| |
|
||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
6399195 |
aaatgacctattttttatgcagagaagtaaacagaacgtgcataacaaattaagctatttttaacgcaaagcagtaaacaaatcgtttcctaaatcatca |
6399096 |
T |
|
| Q |
347 |
taccctgttaagagct----gtccctctgttctataaatacatcacaacctaccaccaatataatctcattctaaacaagcat |
425 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6399095 |
taccctgctaagagcttatcgtccctttgttctataaatacatcacaacttaacaccaatataatctcattctaaacaagcat |
6399013 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 47 - 123
Target Start/End: Original strand, 25000916 - 25000992
Alignment:
| Q |
47 |
ttactaatttatttcatgcttatcaacgtgtcaatcgttagtaaacagaatttcctattattttccgtgatacagaa |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25000916 |
ttactaatttttttcatgcttatcaacatgtcaatcgttagtaaacagaatctcctattattttccgtgatacagaa |
25000992 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 47 - 123
Target Start/End: Original strand, 25001206 - 25001282
Alignment:
| Q |
47 |
ttactaatttatttcatgcttatcaacgtgtcaatcgttagtaaacagaatttcctattattttccgtgatacagaa |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25001206 |
ttactaatttctttcatgcttatcaacatgtcaatcgttagtaaacagaatctcctattattttccgtgatacagaa |
25001282 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 16473458 - 16473043
Alignment:
| Q |
14 |
ggaataatatttggtaagcaataatattatctcttactaatttatttcatgcttatcaacgtgtcaatcgttagtaaacagaatttcctattattttccg |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16473458 |
ggaataatatctggtaagcaataatattatctcttactaatttctttcatgcttatcaacgtgtcaatcgttagtaaacagaatttcctattattttccg |
16473359 |
T |
|
| Q |
114 |
tgatacagaacaaaattgttaagtggttactaatttgtttcatgtgtttcttccttatcaatatgtcaatctttagtaaacagattgtcctattttttga |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |
|
|
| T |
16473358 |
tgatacagaacaaaattgttaaatgattactaatttgtttcatgtgtttcatccttatcaatatgtcaatctttagtaaacagactgtcctatcttttga |
16473259 |
T |
|
| Q |
214 |
tatgcttagcactatgtcaatctttagtaaacaaaaagacctagtttttatggagagaagtaaacacaacatgcataacaaattaagctatttttaatgc |
313 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16473258 |
tatgcttatcactatgtcaatctttagtaaacaaaaagacctattttttatggagagaagtaaacacaacgtgcataacaaattaagctatttttaatgc |
16473159 |
T |
|
| Q |
314 |
aaagcagtaaacaagtcgtttcctatatcatcataccctgttaagagctgtccctctgttctataaatacatcacaacctaccaccaatataatctcatt |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16473158 |
aaagcagtaaacaagtcgtttcctatatcatcataccctgttaagagctgtccctctggtctataaatacatcacaacctaccaccaatataatctcatt |
16473059 |
T |
|
| Q |
414 |
ctaaacaagcatattc |
429 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
16473058 |
ctaaacaagcatattc |
16473043 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University