View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9753_1D_low_3 (Length: 510)

Name: NF9753_1D_low_3
Description: NF9753_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9753_1D_low_3
NF9753_1D_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-510)||(91397-91894)
chr4 (13-510)||(94704-95201)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (13-506)||(37154309-37154802)
chr1 (13-510)||(37150575-37151072)
chr1 (13-510)||(37159400-37159897)
chr1 (20-194)||(37162365-37162539)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-239)||(46315773-46315990)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 91894 - 91397
Alignment:
Q  13 gatggacatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaat 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91894 gatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaat 91795  T
Q  113 cggtattccaaaactgcaaattcgtggtccaaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaataactgcaccatcagc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91794 cggtattccaaaactgcaaattcgtggtccgaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaataactgcaccatcagc 91695  T
Q  213 aataatcatccaaggaggctctattgttgctgaccctgagttctatccagtcaggtttgaccacaagtcctacctagcccgtccatggaagaacttctca 312  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91694 aatagtcatccaaggaggctctattgttgctgaccctgagttctatccagtcaggtttgaccacaagtcctacctagcccgtccatggaagaacttctca 91595  T
Q  313 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggttttttgccatggcatacagaagaggggcctattaatatggacacttgct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  91594 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggttttttgccatggcatacagaagagggacctattaatatggacacttgct 91495  T
Q  413 actatgctgaataccataactatggccctggttcagacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaatacaaaggctgcacaaaag 510  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91494 actatgttgaataccataactatggccctggttcagacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaatacaaaggctgcacaaaag 91397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 95201 - 94704
Alignment:
Q  13 gatggacatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaat 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  95201 gatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaat 95102  T
Q  113 cggtattccaaaactgcaaattcgtggtccaaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaataactgcaccatcagc 212  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  95101 cggtatttcaaaactgcaaattcgtggtccgaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaataactgcaccatcagc 95002  T
Q  213 aataatcatccaaggaggctctattgttgctgaccctgagttctatccagtcaggtttgaccacaagtcctacctagcccgtccatggaagaacttctca 312  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  95001 aatagtcatccaaggaggctctattgttgctgaccctgagttctatccagtcaggtttgaccacaagtcctacctagcctgtccatggaagaacttctca 94902  T
Q  313 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggttttttgccatggcatacagaagaggggcctattaatatggacacttgct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  94901 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggttttttgccatggcatacagaagagggacctattaatatggacacttgct 94802  T
Q  413 actatgctgaataccataactatggccctggttcagacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaatacaaaggctgcacaaaag 510  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94801 actatgttgaataccataactatggccctggttcagacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaatacaaaggctgcacaaaag 94704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 37154802 - 37154309
Alignment:
Q  13 gatggacatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaat 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37154802 gatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgtgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaat 37154703  T
Q  113 cggtattccaaaactgcaaattcgtggtccaaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaataactgcaccatcagc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37154702 cggtattccaaaactgcaaattcgtggtccgaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaataactggaccatcagc 37154603  T
Q  213 aataatcatccaaggaggctctattgttgctgaccctgagttctatccagtcaggtttgaccacaagtcctacctagcccgtccatggaagaacttctca 312  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  37154602 aatagtcatccaaggaggctctattgttgctgaccctgagttctatccagtcaggtttgaccacaagtcctacctagcccgtccatggaagaatttctct 37154503  T
Q  313 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggttttttgccatggcatacagaagaggggcctattaatatggacacttgct 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  37154502 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggtttttttccatggcatacagaagtggggcctattaacatggacacttgct 37154403  T
Q  413 actatgctgaataccataactatggccctggttcagacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaatacaaaggctgcaca 506  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37154402 tctatgctgaataccataactatggccctggttcaaacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaattcaaaggctgcaca 37154309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 510
Target Start/End: Original strand, 37150575 - 37151072
Alignment:
Q  13 gatggacatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaat 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37150575 gatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattctaccgtgactgcaccatttcaggtaccatcgactttgtctttggcaatgcagaat 37150674  T
Q  113 cggtattccaaaactgcaaattcgtggtccaaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaataactgcaccatcagc 212  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  37150675 cagtattccaaaactgcaaatttgtggtccgaaagcctatgtcagaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaagaacggcaccatcagc 37150774  T
Q  213 aataatcatccaaggaggctctattgttgctgaccctgagttctatccagtcaggtttgaccacaagtcctacctagcccgtccatggaagaacttctca 312  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37150775 aatagtcatcgaaggaggctctattgttgccgaccctgagttctatccagtcaggtttgaccacaagtcctacctagcccgtccatggaagaacttctca 37150874  T
Q  313 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggttttttgccatggcatacagaagaggggcctattaatatggacacttgct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37150875 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggttttttgccatggcatacagaagaggggcctattaatatggacacttgct 37150974  T
Q  413 actatgctgaataccataactatggccctggttcagacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaatacaaaggctgcacaaaag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37150975 actatgctgaataccataactatggccctggttcagacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaatacaaaggctgcacaaaag 37151072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 510
Target Start/End: Original strand, 37159400 - 37159897
Alignment:
Q  13 gatggacatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaat 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37159400 gatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattctaccgtgactgcaccatttcaggtaccatcgactttgtctttggcaatgcagaat 37159499  T
Q  113 cggtattccaaaactgcaaattcgtggtccaaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaataactgcaccatcagc 212  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  37159500 cagtattccaaaactgcaaatttgtggtccgaaagcctatgtcagaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaagaacggcaccatcagc 37159599  T
Q  213 aataatcatccaaggaggctctattgttgctgaccctgagttctatccagtcaggtttgaccacaagtcctacctagcccgtccatggaagaacttctca 312  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37159600 aatagtcatcgaaggaggctctattgttgccgaccctgagttctatccagtcaggtttgatcacaagtcctacctagcccgtccatggaagaacttctca 37159699  T
Q  313 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggttttttgccatggcatacagaagaggggcctattaatatggacacttgct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37159700 aggactatcatcatggatacattcatcgatgatttgattcatcccgatggttttttgccatggcatacagaagaggggcctattaatatggacacttgct 37159799  T
Q  413 actatgctgaataccataactatggccctggttcagacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaatacaaaggctgcacaaaag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37159800 actatgctgaataccataactatggccctggttcagacaaatcaaagcgtgtgaaatgggctggaatctataacatcaatacaaaggctgcacaaaag 37159897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 37162539 - 37162365
Alignment:
Q  20 atcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaatcggtatt 119  Q
    ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||  |||||  ||| || ||    
T  37162539 atcaagacacattatatgtacacaccatgcgtcaattttatcgtgattgtacaatttcaggcaccattgacttcatctttggcgatgcaatatctgtttt 37162440  T
Q  120 ccaaaactgcaaattcgtggtccaaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaaga 194  Q
    ||||||||||| |||| | ||  |||| ||  |   |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  37162439 ccaaaactgcacattcttagttaaaaaaccattagaaaaccaacaatgcattgtaactgcacaaggtagaaaaga 37162365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 239
Target Start/End: Original strand, 46315773 - 46315990
Alignment:
Q  22 caagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcaggtaccatcgactttgtctttggtaatgcagaatcggtattcc 121  Q
    |||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||| || |     | ||  |||    
T  46315773 caagacacactttacgctcacaccatgcgtcaattctaccgtgattgtattatctcaggtaccattgacttcgtctttggtgattccattgctgttctcc 46315872  T
Q  122 aaaactgcaaattcgtggtccaaaagcctatgtcaaaccaacaatgcattgtgaccgcacaaggaagaaaagaaataactgcaccatcagcaataatcat 221  Q
    |||| ||||  || || |||| ||||||  ||  ||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||| ||    |||| ||| | |||||||    
T  46315873 aaaattgcacttttgtcgtccgaaagccattggaaaaccaacaatgcattgtgactgcacaaggtaggaaggaaaaaaaccaaccaacaggattaatcat 46315972  T
Q  222 ccaaggaggctctattgt 239  Q
    ||||||||| || |||||    
T  46315973 ccaaggaggttcaattgt 46315990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University