View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9753_2D_low_3 (Length: 887)

Name: NF9753_2D_low_3
Description: NF9753_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9753_2D_low_3
NF9753_2D_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (20-823)||(11886040-11886843)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 727; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 727; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 823
Target Start/End: Original strand, 11886040 - 11886843
Alignment:
Q  20 ttatagtgacggagactatcatccaccacacctgtaatttaaagtatatatattccttcgattnnnnnnntgagtgaaaagctatttgtccattatagtg 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11886040 ttatactgacggagactatcatccaccacacctgtaatttaaagtatatatattcctttgattaaaaaaatgagtgaaaagctatttgtccattatagtg 11886139  T
Q  120 aaggaaacgaatgtgatagtcaaaaaatcgaagtatacttataatagggaaaagaaattgaagaaatgtgtatttgtttgtagcttaaaacaatgtctat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11886140 aaggaaacgaatgtgatagtcaaaaaatcgaagtatacttataatagggaaaagaaattgaagaaatgtgtatttgtttgtagcttaaaacaatgtctat 11886239  T
Q  220 gtatatgtttgtagcgtaaaaatgcttatgcatgctttgtgtccattaaaataattgaatgtaccctcttatgaaaatataactatgaaccctctgaact 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11886240 gtatatgtttgtagcgtaaaaatgcttatgcatgctttgtgtccactaaaataattgaatgtaccctcttatgaaaatataactatgaaccctctgaact 11886339  T
Q  320 agttcctttgcacataatgcggaattctctctcactatcagcactatcaggaggtgcagtgtaatgttgcttctctcttacccccataacattcttaaaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11886340 agttcctttgcacataatgcggaattctctctcactatcagcactatcaggaggtgcagtgtaatgttgcttctctcttacccccataacattcttaaaa 11886439  T
Q  420 tcaaggtagttcaatttcagatagaagaaagtcaaatttcagatgggaaattgtgagtttgaattcgccttccaaccaatttaataatattacaagcttt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11886440 tcaaggtagttcaatttcagatagaagaaagtcaaatttcagatgggaaattgtgagtttgaattcgccttccaaccaatttaataatattacaagcttt 11886539  T
Q  520 taatcttgtgttttgttcaattgagatcttaaatttagagatgataaaaggagtacacttatatttagtaataaaagatctcttnnnnnnnnttgttgaa 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||    
T  11886540 taatcttgtgttttgttcaattgagatcataaatttagagatgataaaaggagtacacttatatttagtaataaaagatctcttaaaaaattttgttgaa 11886639  T
Q  620 actaaaagacgtgatttatccgttagtgtatcaactattgaagttgacaatgaagatattgaaaattggaatgcgtaaacaaccgttgaaaacgatcctt 719  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11886640 actaaaagacgtgatttatccattagtgtatcaactattgaagttgacaatgaagatattgaaaattggaatgcgtaaacaaccgttgaaaacgatcctt 11886739  T
Q  720 ttatactatgaagatattgaagattagaatgtgtaaacaatgatgaacgattatctcgtgacttatattaaaagaaatatgttaataatattgataataa 819  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11886740 ttttgctatgaagatattgaagattagaatgcgtaaacaatgatgaacgattatctcgtgacttatattaaaagaaatatgttaataatattgataataa 11886839  T
Q  820 gttg 823  Q
    ||||    
T  11886840 gttg 11886843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University