View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9753_2D_low_6 (Length: 700)

Name: NF9753_2D_low_6
Description: NF9753_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9753_2D_low_6
NF9753_2D_low_6
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-700)||(51909229-51909911)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 51909911 - 51909229
Alignment:
Q  19 tgtagaagggtcaagcttgaaagtgctaaacttgggaagcaacaatatctcaggttcaatcccagattctatttcaaatttgattgaactagagatgttg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51909911 tgtagaagggtcaagcttgaaagtgctaaacttgggaagcaacaatatctcaggttcaatcccagattcaatttcaaatttgattgaactagagatgttg 51909812  T
Q  119 gatatttcaagaaatcacataatgggaaaaatcccttcgagtctaggtcagttgcagaaactacagtggcttgatgtatcaataaatggaataacaggtc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51909811 gatatttcaagaaatcacataatgggaaaaatcccttcgagtctaggtcagttgcagaaactacagtggcttgatgtatcaataaatggaataacaggtc 51909712  T
Q  219 aaatcccaggtagcttatcacagataactaatctaaagcatgcaagtttcagggcaaacaggctgtgtggagaaataccacaaactagaccattcaacat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51909711 aaatcccaggtagcttatcacagataactaatctaaagcatgcaagtttcagggcaaacaggctgtgtggagaaataccacaaactagaccattcaacat 51909612  T
Q  319 ctttccaccagttgcttatgcccacaacttgtgcttatgtggcaaacctttggggccatgcaagggatagaaataagggacaattggtcagtgagatgct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51909611 ctttccaccagttgcttatgcccacaacttgtgcttatgtggcaaacctttggggccatgcaagggatagaaataagggacaattggtcagtgagatgct 51909512  T
Q  419 gactaaactataatatattttcatgccttatgaccattgttacacgagatagattaggctccacctatattaattatctttcatttccagctagagcagc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51909511 gactaaactataatatattttcatgccttatgaccattgttacacgagatagattaggctccacctatattaattatctttcatttccagctagagcagc 51909412  T
Q  519 acaatgcttattgtttagttcaatttattcacaattcaatatta-tttgaataataatgtattgatttttatttttacatgttatatttgaagtaaagat 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51909411 acaatgcttattgtttagttcaatttattcacaattcaatattattttgaataataatgtattgatttttatttttacatgttatatttgaagtaaagat 51909312  T
Q  618 agtcctacccatgtttgattcatactttgtataatgcgtggtcacactgaactgcagcaaactggccactggcacatgtgtgg 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51909311 agtcctacccatgtttgattcatactttgtataatgcgtggtcacactgaactgcagcaaactggccactggcacatgtgtgg 51909229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University