View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9753_high_2 (Length: 602)

Name: NF9753_high_2
Description: NF9753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9753_high_2
NF9753_high_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-583)||(46549457-46550027)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (13-583)||(1026013-1026578)
chr7 (56-573)||(40827760-40828277)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 543; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 46550027 - 46549457
Alignment:
Q  13 tttggagtttaagcataaataacttaaaaagaatgtaccacatgtaattcaaacacacatcacacggcaaataacttgccatagacttcagaaaatgtct 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46550027 tttggagtttaagcataaataacttaaaaagaatgtaccacatgtaattcaaacacacatcacacggcaaataacttgccctagacttcagaaaatgtct 46549928  T
Q  113 ggtggtgaagcaacgaaaacaaaggttcaaccaaatttgtgctggctaatacttaaaacgcaaagttgcatataatatgcattaaattaaattcatacca 212  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46549927 ggtggtgaagtaacgaaaacaaaggttcaaccaaatttttgctggctaatacttaaaacgcaaagttgcatataatatgcattaaattaaattcatacca 46549828  T
Q  213 gtgataaattgtagacgacaaaatgaacataaataaatagattgtctgagattaggtcacaataatagctaatgaaatattgcaacccaaccaaaagttt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46549827 gtgataaattgtagacgacaaaatgaacataaataaatagattgtctgagattaggtcacaataatagctaatgaaatattgcaacccaaccaaaagttt 46549728  T
Q  313 gccgattttgtgatacctgaggcagttgaaaaatgtgactcaatattgtgatatgtaatttggactttaggttggtcaatcaacaccgtatcttgaatct 412  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  46549727 gccgagtttgtgatacctgaggcagttgaaaaatgtgactcaatattgtgatatgtaatttggactttaggttggtcaatcaacgccgtatcttgaatcg 46549628  T
Q  413 aaacatctggaccatttggtaagaattctggtttgattgtgtataacattctccatagagaagacatccagggatcaagagtaccttcgtagctacaaat 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46549627 aaacatctggaccatttggtaagaattctggtttgattgtgtataacattctccatagagaagacagccagggatcaagagtaccttcgtagctacaaat 46549528  T
Q  513 aattataccatcattagtcacttaaataaaatatctacatttcaatattaaagaagaagaaagtattaaag 583  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46549527 aattataccatcattagtcacttaaataaaatatctacatttcaatattaaagaagaagaaagtattaaag 46549457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 1026578 - 1026013
Alignment:
Q  13 tttggagtttaagcataaataacttaaaaagaatgtaccacatgtaattcaaacacacatcacacggcaaataactt-gccata--gacttcagaaaatg 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  1026578 tttggagtttaagcatcaataacttaaaaggaatgtaccatatgtaattcaaacacaca-------gcaaataactttgccatatagacttcagaaaatg 1026486  T
Q  110 tctggtggtgaagcaacgaaaacaaaggttcaaccaaatttgtgctggctaatacttaaaacgcaaagttgcatataatatgcattaaattaaattcata 209  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  1026485 tctggtggtgaagtaacgaaaacaaaggttcaaccaaatttgtgttgtctaatacttaatacgcaaagttgcatataatatgcatcat-ttaaattcata 1026387  T
Q  210 ccagtgataaattgtagacgacaaaatgaacataaataaatagattgtctgagattaggtcacaataatagctaatgaaatattgcaacccaaccaaaag 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| |     
T  1026386 ccagtgataaattgtagacgacaaaataaacatacataaatagattgtctgagattaggtcacaataacagctaatggaatattgcaagccaaccaagaa 1026287  T
Q  310 tttgccgattttgtgatacctgaggcagttgaaaaatgtgactcaatattgtgatatgtaatttggactttaggttggtcaatcaacaccgtatcttgaa 409  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1026286 tttaccgagtttgtgatacctgaggcagttgaaaaatgtgactcgatattgtgatatgtaatttggactttaggttggtcaatcaacactgtatcttgaa 1026187  T
Q  410 tctaaacatctggaccatttggtaagaattctggtttgattgtgtataacattctccatagagaagacatccagggatcaagagtaccttcgtagctaca 509  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1026186 tcgaaacatctggaccatttggtaagaattctggtttgatcgtgtttaaaattctccatagagaagacatccagggatcaagagtaccttcatagctaca 1026087  T
Q  510 aataattataccatcattagtcacttaaataaaatatctacatttcaatattaaagaagaagaaagtattaaag 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1026086 aataattataccatcattagtcacttaaataaaatatctacatttcaatattaaagaagaagaaattattaaag 1026013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 56 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 40828277 - 40827760
Alignment:
Q  56 gtaattcaaacacacatcacacggcaaataacttgccatagacttcagaaaatgtctg--gtggtgaagcaacgaaaacaaaggttcaaccaaatttgtg 153  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| || | ||||||||||| ||||| | ||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |     
T  40828277 gtaatccaaacaaacatcgcacagccattaacttgccatcgactttacaaaatgtctgtggtggtgaagtaatgaaaacaaaggttcaaccaatttttta 40828178  T
Q  154 ctggctaatacttaaaacgcaaagttgcatataatatgcattaaatt---aaattcataccagtgataaattgtagacgacaaaatgaacataaataaat 250  Q
    |   |||||||||   |  |||| ||||| |||||||||||   |||   | |||||||  |||| || ||| ||||| ||||||  |||||| ||||||    
T  40828177 caacctaatacttggtatacaaaattgcaaataatatgcatcgtatttttatattcatataagtggtagattatagacaacaaaagaaacatacataaat 40828078  T
Q  251 agattgtctgagattaggtcacaataatagctaatgaaatattgcaacccaaccaaaagtttgccgattttgtgatacctgaggcagttgaaaaatgtga 350  Q
    ||| ||||||||     |||||||||||  || ||| || ||||||| |||||||| |  || | || |||||||||||||||| |  ||| | | |  |    
T  40828077 agactgtctgag-----gtcacaataattactgatggaacattgcaagccaaccaagaaattactgagtttgtgatacctgaggaa--tgagacacgaca 40827985  T
Q  351 ct--caatattgtgatatgtaatttggactttaggttggtcaatcaacaccgtatcttgaatctaaacatctggaccatttggtaagaattctggtttga 448  Q
     |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  40827984 ttttcaatattgtgatatgtgatttggactttaggttggtcaatcaacgttgtatcttgaatcaaaacatctggaccactaggtaagagttctggtttga 40827885  T
Q  449 ttgtgtataacattctccatagagaagacatccagggatcaagagtaccttcgtagctacaaataattataccatcattagtcacttaaataaaatatct 548  Q
    |  ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  40827884 tcatgtttaacattctccatagagaagacagccaaggatcaagagtaccttcatagctgcaaatagttataccatctttagtcccttaaataaaatctct 40827785  T
Q  549 acatttcaatattaaagaagaagaa 573  Q
    | | | |||||| ||||||||||||    
T  40827784 ataatccaatatcaaagaagaagaa 40827760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University