View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9760_2 (Length: 683)

Name: NF9760_2
Description: NF9760
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9760_2
NF9760_2
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (4-664)||(13861145-13861808)
chr6 (4-412)||(14016167-14016575)
chr6 (4-574)||(14026281-14026851)
chr6 (369-664)||(14016685-14016980)
chr6 (4-406)||(13471573-13471975)
chr6 (369-663)||(13942669-13942963)
chr6 (381-664)||(14086284-14086567)
chr6 (382-664)||(14112094-14112376)
chr6 (12-343)||(14048388-14048720)
chr6 (2-266)||(14111561-14111825)
chr6 (382-653)||(13891180-13891451)
chr6 (369-661)||(13471165-13471457)
chr6 (116-406)||(13942263-13942553)
chr6 (2-442)||(14085752-14086192)
chr6 (1-406)||(13891580-13891985)
chr6 (14-404)||(13873878-13874268)
chr6 (508-663)||(14048917-14049072)
chr6 (384-664)||(13873453-13873733)
chr6 (382-468)||(14048832-14048918)
chr6 (622-662)||(14026857-14026897)
chr6 (366-406)||(14111925-14111965)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 302; Significance: 1e-169; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 4 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 13861808 - 13861145
Alignment:
Q  4 tccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcaactgattatcattaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggtcgg 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||  |  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13861808 tccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccacttagttgattagaagaaagatccaatgttttcaatgatgtgaatatagaaaggtcgg 13861709  T
Q  104 gtagagttccagtgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtcttc 203  Q
    | | |||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||  ||||||||||||    
T  13861708 gcaaagttccagcgatttcattataactgatatctaacacttggagtgagtttctaacacaaccactagacaaattttgaagaattatttgaaggtcttc 13861609  T
Q  204 ggtaaaattgttttctttaatg---tctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccatccccttcaatttattatttgataggtca 300  Q
     || ||||||||||    | |    |||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||  ||   ||||||||| |||||  ||||||| ||    
T  13861608 tgttaaattgttttgacgactcagatctaaagaacttaaggtgcatacattcatgaaggatttaaacaccccacccttcaatctattacctgataggcca 13861509  T
Q  301 agtacctgaagcgagttcatcagtgtgccataaccatacgatgggagagccacaaagaggttgttagaaaggtgaagctcaacaagattggaacttatgt 400  Q
    |||  || ||| || ||||||| | |||||||  ||   |||||  ||||| | ||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13861508 agtctctcaagagaattcatcactatgccatagtcaattgatggaggagcctccaagtggttgaaagaaaggtcaagctcaacaagattggaacttatgt 13861409  T
Q  401 ttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaagtggaaaagttgaacttggattgactcaagga 500  Q
    |||||| | ||  ||| |||| ||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13861408 ttgacaacaacgggaatatcatggatgacacaaagttgttcacagagagatcaaggatagaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatga 13861309  T
Q  501 atggataaaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaaccatttgcaaccaactattggatttgtcaaga 600  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||| ||||||    
T  13861308 atggataaaatgatcagaaaggtcacaatttcttaaacttagttctcttagttttggtaacttaccaaccatttttaaccaactattaaatttatcaaga 13861209  T
Q  601 ttagatataaacaacaggtgaagatgtgttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccac 664  Q
    ||||||||  ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13861208 ttagatattgacatcagatgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccac 13861145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 4 - 412
Target Start/End: Original strand, 14016167 - 14016575
Alignment:
Q  4 tccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcaactgattatcattaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggtcgg 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14016167 tccaactgaaatggcaatctactaccttcaggaatctttccactcaacttattataagaaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggtcgg 14016266  T
Q  104 gtagagttccagtgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtcttc 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  14016267 gtatagttccagtgattccattagaacggaggtctaacacttgaagtgagtttctaacacaagtactagacaaatagtgaaaaattaattgaaggtcttc 14016366  T
Q  204 ggtaaaattgttttctttaatgtctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccatccccttcaatttattatttgataggtcaagt 303  Q
     || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14016367 tgtgaaattgttttcttcaatatctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccacgcccttcaatttattatttgataggtcaagt 14016466  T
Q  304 acctgaagcgagttcatcagtgtgccataaccatacgatgggagagccacaaagaggttgttagaaaggtgaagctcaacaagattggaacttatgtttg 403  Q
    |||||||| || ||||||| | ||||||||||||| ||||| ||| || | || |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  14016467 acctgaagggacttcatcactatgccataaccatatgatggaagaacctccaaaaggttgttagaaaggtcaagctcaataagattggaactcatgtttg 14016566  T
Q  404 acacccact 412  Q
    |||||||||    
T  14016567 acacccact 14016575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 4 - 574
Target Start/End: Original strand, 14026281 - 14026851
Alignment:
Q  4 tccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcaactgattatcattaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggtcgg 103  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||  |||| |||| |||||| |  |||||   |  |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |    
T  14026281 tccaactgatatggcaggctactacccccagggatctctccacttagttgattggaagaaagatccaatgttttcaatgatgtgaatgcagaaaggtcag 14026380  T
Q  104 gtagagttccagtgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtcttc 203  Q
    |||| |||||||||||||  |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || || |||||| |||||    
T  14026381 gtagtgttccagtgattctgttatcactgaggtctaacacttgaagtgagtttctaacacaacctccagacaaattgtgaagaactgtttgaagttcttc 14026480  T
Q  204 ggtaaaattgttttctttaatgtctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccatccccttcaatttattatttgataggtcaagt 303  Q
      | ||||||||| | |  |   |||| ||||||||||  |||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||||| |||||| | |||||||||||      
T  14026481 tttgaaattgtttgcatacaaaactaatgaacgtaaggtgcatacattcatgaaggacttaaacgccacacccttcagtttattgtatgataggtcaatc 14026580  T
Q  304 acctgaagcgagttcatcagtgtgccataaccatacgatgggagagccacaaagaggttgttagaaaggtgaagctcaacaagattggaacttatgtttg 403  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  || || | || |||||  ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  14026581 tcctgaagcgagttcatcactgtgccataaccatatgatggaggatcctccaaaaggttcatagaaaggtcaagctttacaagattggaacttatgtttg 14026680  T
Q  404 acacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaagtggaaaagttgaacttggattgactcaaggaatg 503  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14026681 acacccaatggaatatcaaggatgatgcaaagtggttatcagatagatcaaggatagaaagggaagtggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatg 14026780  T
Q  504 gataaaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaaccattt 574  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14026781 gataaaatgatcagaaaggccacaattttgtaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaaccattt 14026851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 369 - 664
Target Start/End: Original strand, 14016685 - 14016980
Alignment:
Q  369 aaggtgaagctcaacaagattggaacttatgtttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaa 468  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14016685 aaggtcaagctcaacaagattagcacttatgtttgacacccaatggaatatcaaggatgatgcaaagttgttatcggagagatcaaggatagaaagagaa 14016784  T
Q  469 gtggaaaagttgaacttggattgactcaaggaatggataaaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaa 568  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14016785 gtggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaa 14016884  T
Q  569 ccatttgcaaccaactattggatttgtcaagattagatataaacaacaggtgaagatgtgttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccac 664  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  || ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14016885 ccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatcgacgacatgtgaagatgggttaaagaattaagattagacaaccactgacctccac 14016980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 4 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 13471975 - 13471573
Alignment:
Q  4 tccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcaactgattatcattaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggtcgg 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||  |||    
T  13471975 tccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcagcttattataagaaagatccaatgttttcattgatgtgaatagagaaagaccgg 13471876  T
Q  104 gtagagttccagtgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtcttc 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||  ||| ||| | || ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  13471875 gtaaagttccagtgattccattccaaccgaggtttagcacttcaagtgaatttctaacacaaccactagacaaattgtgaataattaattgcaggtcttc 13471776  T
Q  204 ggtaaaattgttttctttaatgtctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccatccccttcaatttattatttgataggtcaagt 303  Q
     || |||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13471775 agttaaattgttttcttccatatctaaagaacgtaaggcgcataaattcatgaaggatttaaatgccacacccttcaatttattatatgataggtcaagt 13471676  T
Q  304 acctgaagcgagttcatcagtgtgccataaccatacgatgggagagccacaaagaggttgttagaaaggtgaagctcaacaagattggaacttatgtttg 403  Q
    |||||||| || |  |||| ||||||||||||||  |||||| ||||| | | ||||||   || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13471675 acctgaagagactgtatcactgtgccataaccatgtgatgggggagcctccaggaggtttccagcaaggttaagctcaacaagattggaacttatatttg 13471576  T
Q  404 aca 406  Q
    |||    
T  13471575 aca 13471573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 369 - 663
Target Start/End: Original strand, 13942669 - 13942963
Alignment:
Q  369 aaggtgaagctcaacaagattggaacttatgtttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaa 468  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  13942669 aaggtcaagctcaacaagattagaacttatgtttgacacccattggaatatcaaggatgatgcaaagttgttccaagagagatcaaggatagaaagagaa 13942768  T
Q  469 gtggaaaagttgaacttggattgactcaaggaatggataaaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaa 568  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  13942769 gttgaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggtcacaatatcttaaacttagttctcttagatttggtaacttaccaa 13942868  T
Q  569 ccatttgcaaccaactattggatttgtcaagattagatataaacaacaggtgaagatgtgttaaagaagtaagattagacaaccactgacctcca 663  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||  || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13942869 ccattttcaaccaactattagatttattaagattagatatcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacctcca 13942963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 381 - 664
Target Start/End: Original strand, 14086284 - 14086567
Alignment:
Q  381 aacaagattggaacttatgtttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaagtggaaaagttg 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14086284 aacaagattggaacttatgtttgacacccactggaatatcaaagatgaagcaaagctgttccaagagagatcgaggatagaaagagaagtggaaaagttg 14086383  T
Q  481 aacttggattgactcaaggaatggataaaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaaccatttgcaacc 580  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  14086384 aacttggattgactcagggaatggatgaaatgataagaaaggtcacaatttcttaaacttagttctcttagttttgttaacttaccaaccatttgaaacc 14086483  T
Q  581 aactattggatttgtcaagattagatataaacaacaggtgaagatgtgttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccac 664  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14086484 aactattaaatttatcaagattagatattcacatcaggcgaagatgggttaaagaagttagattagacaaccactgacctccac 14086567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 382 - 664
Target Start/End: Original strand, 14112094 - 14112376
Alignment:
Q  382 acaagattggaacttatgtttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaagtggaaaagttga 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| | ||||| |||   ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  14112094 acaagattggaacttatgtttgacacccactcaaatatcaaagatgacgtaaagtagttcaaagaaagatcaaggattgaaagagaattggaaaagttga 14112193  T
Q  482 acttggattgactcaaggaatggataaaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaaccatttgcaacca 581  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14112194 acttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggtcacaatttcttaaacttagttctcttagttttggtaacttaccaaccatttgaaacca 14112293  T
Q  582 actattggatttgtcaagattagatataaacaacaggtgaagatgtgttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccac 664  Q
    ||||||  |||| ||||||||||||||  ||| ||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  14112294 actattaaatttatcaagattagatattgacatcagatgaagatgggttaaagaggttagattagacaaccactgacctccac 14112376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 12 - 343
Target Start/End: Original strand, 14048388 - 14048720
Alignment:
Q  12 aaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcaactgattatcattaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggtcgggtagagtt 111  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| || ||||| |  |||||| |||||||  |||||||| ||| |||||| ||||| || | ||    
T  14048388 aaatggcaagctaccaccttcagtaatttttccactcagcttattataagaaagatctaatgtttttaatgatgtaaatgtagaaaagtcggctaaattt 14048487  T
Q  112 ccagtgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtcttcggtaaaat 211  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||    
T  14048488 ccagtgatttcattaaaactgagatctaacacttgaaacgagtttctaacacaaccactagacaaattgtgaataattgattaaaggtcttcagggaaat 14048587  T
Q  212 tg-ttttctttaatgtctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccatccccttcaatttattatttgataggtcaagtacctgaa 310  Q
    || |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  14048588 tgtttttttttaatatctaaagaacgtaaggcgcataaattcatgaaggatttaaatgccccacccttcaatttattatgtgataggtcaagcacctgaa 14048687  T
Q  311 gcgagttcatcagtgtgccataaccatacgatg 343  Q
    | || ||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  14048688 gggacttcatcactgtgccataactatatgatg 14048720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 266
Target Start/End: Original strand, 14111561 - 14111825
Alignment:
Q  2 tctccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcaactgattatcattaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggtc 101  Q
    |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| |||||   |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14111561 tctccaactgaaatggcaaggtagtaacttcaggaatctttccactcaattgattggaagaaagatgcaatgttttcaatgatgtgaatatagaaaggtc 14111660  T
Q  102 gggtagagttccagtgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtct 201  Q
     ||||| |||||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14111661 aggtagtgttccagtgattccattgaaactaaggtctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactagacaaattgtgaataattgattgaaggtct 14111760  T
Q  202 tcggtaaaattgttttctttaatgtctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaa 266  Q
    || || |  | |||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14111761 tcagtgacttcgttgaatttaatatctaaagaacgtaaggcacataaattcacgaaggatttaaa 14111825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 382 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 13891451 - 13891180
Alignment:
Q  382 acaagattggaacttatgtttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaagtggaaaagttga 481  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13891451 acaagattgggactaatgtttgacacccactggaatatcaaagatgatgcgaagttgttcgaagagagatcaaggatagaaagagatgtggaaaaattga 13891352  T
Q  482 acttggattgactcaaggaatggataaaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaaccatttgcaacca 581  Q
    |||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||   |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  13891351 acttcgatttactcaaagaatggataaaatgatcagaaaggccacaacttattaactctagttctctcagttttagtagcttaccaaccatttgcaacca 13891252  T
Q  582 actattggatttgtcaagattagatataaacaacaggtgaagatgtgttaaagaagtaagattagacaacca 653  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  13891251 actattggatttatcaagactagatattgacaacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagataacca 13891180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 369 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 13471457 - 13471165
Alignment:
Q  369 aaggtgaagctcaacaagattggaacttatgtttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaa 468  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  || ||||| |||||  |||| |||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  13471457 aaggtcaagctcaacaagattggaacttatgtttgacaccatatgaaatatcaatgatgacacaaatttgttccgagagagatcaaggatagaaagagaa 13471358  T
Q  469 gtggaaaagttgaacttggattgactcaaggaatggataaaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaa 568  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  13471357 gtggaaaatttgaacttggattgactcaaggaatggacaaaatgatcagaaaggccacaatttcttaaacttagttctatcagttttggtagcttaccaa 13471258  T
Q  569 ccatttgcaaccaactattggatttgtcaagattagatataaacaacaggtgaagatgtgttaaagaagtaagattagacaaccactgacctc 661  Q
    |  ||| ||||||||||||  || | | |||||| |||||  || ||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  13471257 ctgtttccaaccaactattaaatctataaagatttgatatcgacgacatgtgaagatgggttaaagaggtaaaattagacagccactgacctc 13471165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 143; E-Value: 9e-75
Query Start/End: Original strand, 116 - 406
Target Start/End: Original strand, 13942263 - 13942553
Alignment:
Q  116 tgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtcttcggtaaaattgtt 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| || ||||||||    
T  13942263 tgattccattagaactgaggtctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccgctagacaaattgcgaagaattgtttgaaggtcttctgtgaaattgtt 13942362  T
Q  216 ttctttaatgtctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccatccccttcaatttattatttgataggtcaagtacctgaagcgag 315  Q
    ||   | |  | ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | |||||||||||   |||||||||||    
T  13942363 ttgaatcagatttaaagaacgtaaggtgcatacattcatgaaggatttaaatgccacacccttcaatttattgtatgataggtcaatctcctgaagcgag 13942462  T
Q  316 ttcatcagtgtgccataaccatacgatgggagagccacaaagaggttgttagaaaggtgaagctcaacaagattggaacttatgtttgaca 406  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||  || || | ||  |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13942463 ttcatcactgtgccataaccatatgatggaggatcctccaaacggttctgagaaaggtcaagctcaacaagattggaacttatgtttgaca 13942553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 442
Target Start/End: Original strand, 14085752 - 14086192
Alignment:
Q  2 tctccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcaactgattatcattaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggtc 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||  ||| |||||||||| |||||||||||||   ||||||||    
T  14085752 tctccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcagcttattttcagaaaggtccaatgttttcaatgatgtgaatgcggaaaggtc 14085851  T
Q  102 gggtagagttccagtgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtct 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  14085852 gggtaaagttccagtgattccattataactgaggtctaacacttgaagtgagtttctgacacaaccactagacaaattttgaagaattgtttgaaggtct 14085951  T
Q  202 tcggtaaaattgttttctttaatgtctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccatccccttc-aatttattatttgataggtca 300  Q
    ||  | |||||||||  ||  | ||||||||| |||| ||  |||| |||||| | ||||||||| | |  | ||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  14085952 tctatgaaattgtttgtttgcaagtctaaagagcgtagggtgcatacattcataagggatttaaa-gaccccaccttctaatctattattagataggtca 14086050  T
Q  301 agtacctgaagcgagttcatcagtgtgccataaccatacgatgggagagccacaaagaggttgttagaaaggtgaagctcaacaagattggaacttatgt 400  Q
    ||| ||| ||| || ||||| | | |||||||  |||| |||||  || ||   ||| ||||    |||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  14086051 agttcctcaagagacttcataactatgccatagtcatatgatggaggatccttcaagtggttaaatgaaatgtcaagcttaacaagattggaacttatgt 14086150  T
Q  401 ttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttat 442  Q
    |||||||| | | ||| |||| | |||| || ||||||||||    
T  14086151 ttgacaccaattggaatatcatgaatgatgcgaagttgttat 14086192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 13891985 - 13891580
Alignment:
Q  1 ttctccaactgaaatggcaagctactaccttcaggaatctttccactcaactgattatcattaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||   | ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  13891985 ttctccaactgaaatggcaagctacttccttcaagaatttttccactcaattgatttaaagtaagatccaatgttttcaatgatgtgaatgcagaaaggt 13891886  T
Q  101 cgggtagagttccagtgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtc 200  Q
    |||||||   |||||||||||||||  |||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13891885 cgggtagtcctccagtgattccattccaaccaaggtctaacacttgaagtgagtttctaacacatccaccagacaaattgtgaataattgattgaaggtc 13891786  T
Q  201 ttcggtaaaattgttttctttaatgtctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccatccccttcaatttattatttgataggtca 300  Q
    ||| || ||||||||||   | |   |||||||  ||| || ||||| |||||||||| |||||||  ||   ||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  13891785 ttctgttaaattgttttgactcaaacctaaagattgtatggtacatacattcatgaagaatttaaacaccccacccttcaatctattttctgacaggtca 13891686  T
Q  301 agtacctgaagcgagttcatcagtgtgccataaccatacgatgggagagccacaaagaggttgttagaaaggtgaagctcaacaagattggaacttatgt 400  Q
    ||||||| ||| || ||||||| |  ||||||  |||  |||||  ||||| | |||| |||   |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  13891685 agtacctcaagagacttcatcactaagccatagacattggatggaggagcctccaagaagtttaaagaaaggtcaagtttaacaagattggaacttatgt 13891586  T
Q  401 ttgaca 406  Q
    ||||||    
T  13891585 ttgaca 13891580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 13874268 - 13873878
Alignment:
Q  14 atggcaagctactaccttcaggaatctttccactcaactgattatcattaagatccaatgtttgcaatgatgtgaatatagaaaggtcgggtagagttcc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |  |||||||||   ||  ||||||||||| |||||||| || |||| ||||||    
T  13874268 atggcaagctactaccttcaggaatctttccactcagtagattattagaaagatccaaaaattttaatgatgtgaacatagaaagatcaggtacagttcc 13874169  T
Q  114 agtgattccattagaactgagatctaacacttgaagtgagtttctaacacaaccactggacaaattgtgaataattgattgaaggtcttcggtaaaattg 213  Q
    |||||||  | |||||   |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  13874168 agtgattttactagaataaagatttaaccattgaagtgagtttctaacacaaccactagacaaatcatgaataattgattgaaggccttgggtgaaattg 13874069  T
Q  214 ttttctttaatgtctaaagaacgtaaggcacataaattcatgaaggatttaaatgccatccccttcaatttattatttgataggtcaagtacctgaagcg 313  Q
    |||   || |  ||||||||||||||||  |||| |||  ||| |||||||||   |   ||||||||  |||| | ||||||||||||| ||| ||| |    
T  13874068 tttaaattcagatctaaagaacgtaaggtgcatatatttctgatggatttaaacatcccacccttcaaactattttgtgataggtcaagttcctcaagag 13873969  T
Q  314 agttcatcagtgtgccataaccatacgatgggagagccacaaagaggttgttagaaaggtgaagctcaacaagattggaacttatgtttga 404  Q
    |  |||| | | || ||||  |||| |||||   | || | ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13873968 acctcataactatgtcatagtcatatgatggagaatcctccaagaggttgttggaaaggtcaagcttaacaagattggaacttatgtttga 13873878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 508 - 663
Target Start/End: Original strand, 14048917 - 14049072
Alignment:
Q  508 aaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaaccatttgcaaccaactattggatttgtcaagattagata 607  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||  || | ||||||||  |||    
T  14048917 aaatgatcagaaaggtcacaatctgttaaatttagttctcccaattttggtagcttaccaaccatttccaacaaactattaaatctatcaagattcaata 14049016  T
Q  608 taaacaacaggtgaagatgtgttaaagaagtaagattagacaaccactgacctcca 663  Q
    |  || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14049017 ttgacgacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacctcca 14049072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 384 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 13873733 - 13873453
Alignment:
Q  384 aagattggaacttatgtttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaagtggaaaagttgaac 483  Q
    |||||||| ||| || || ||||||||||| |||||   | ||||  ||||||||||   |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |      
T  13873733 aagattgggactaattttcgacacccactcaaaaatactgaatgacacaaagttgttccgagagaggtcaaggatagagagagaactggaaaagttaaga 13873634  T
Q  484 ttggattgactcaaggaatggataaaataatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttggtaacttaccaaccatttgcaaccaac 583  Q
    ||  |  ||||| | ||| |  ||| || ||||||||| ||||||  |  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13873633 tttaaaggactcgatgaaagagtaatatgatcagaaagaccacaactttctaaacttagttctttcagttttggtagcttaccaaccaattgcaaccaac 13873534  T
Q  584 tattggatttgtcaagattagatataaacaacaggtgaagatgtgttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccac 664  Q
    ||||  || | ||||||||||||||  ||||||  |||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||    
T  13873533 tattaaatctatcaagattagatattgacaacatctgaagatgggttaaagaagttagattcaacaaccacttacctccac 13873453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 382 - 468
Target Start/End: Original strand, 14048832 - 14048918
Alignment:
Q  382 acaagattggaacttatgtttgacacccactcgaaaatcaaggatgaagcaaagttgttatcagagagatcaaggatagaaagagaa 468  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| | ||| ||| ||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  14048832 acaagattgggactaatgtttgacacccaatggaatatcgaggatgacgcaaagttgttccaagagagatcaaggatagaaagagaa 14048918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 622 - 662
Target Start/End: Original strand, 14026857 - 14026897
Alignment:
Q  622 agatgtgttaaagaagtaagattagacaaccactgacctcc 662  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14026857 agatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacctcc 14026897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 406
Target Start/End: Original strand, 14111925 - 14111965
Alignment:
Q  366 agaaaggtgaagctcaacaagattggaacttatgtttgaca 406  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  14111925 agaaaggtcaagctcaacaagattataacttatgtttgaca 14111965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University