View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9766_high_4 (Length: 392)

Name: NF9766_high_4
Description: NF9766
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9766_high_4
NF9766_high_4
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (18-392)||(2838652-2839026)
chr3 (25-309)||(2759012-2759293)
chr3 (18-392)||(2768781-2769155)
chr3 (18-392)||(2818269-2818643)
chr3 (46-392)||(2855890-2856236)
chr3 (19-392)||(2748710-2749080)
chr3 (28-307)||(2807070-2807343)
chr3 (25-392)||(2797073-2797440)
chr3 (18-392)||(5412619-5412972)
chr3 (25-310)||(2790164-2790446)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (28-392)||(6214-6578)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 392
Target Start/End: Original strand, 2838652 - 2839026
Alignment:
Q  18 tgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838652 tgatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 2838751  T
Q  118 gaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838752 gaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttat 2838851  T
Q  218 acctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttgg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838852 acctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttgg 2838951  T
Q  318 agtcatgcataaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838952 agtcatgcataaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 2839026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 25 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 2759293 - 2759012
Alignment:
Q  25 actgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagaca 124  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759293 actgtgcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagaca 2759194  T
Q  125 gtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctc 224  Q
    ||||||| ||  |||||||||||||||||  |||| | | | ||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2759193 gtcgaggatcacgccatcttccattttctttctcttcggtagtg---ttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcac 2759097  T
Q  225 gcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatt 309  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759096 gcttctttccttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatt 2759012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 2769155 - 2768781
Alignment:
Q  18 tgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 117  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  2769155 tgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagg 2769056  T
Q  118 gaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttat 217  Q
    |||||||  ||||| ||  ||||||||||| |||||| ||||||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||    
T  2769055 gaagacatccgaggatcacgccatcttccactttctgactctcc---actactgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctat 2768959  T
Q  218 acctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttgg 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  || ||| || ||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||     
T  2768958 acctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgc 2768859  T
Q  318 agtcatgca---taaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 392  Q
    | || || |   |||||||| || ||  ||| |||||||||||||  | |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  2768858 aatcttgaagattaaagatccgcgtctgggacgattggccctatgggtcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttc 2768781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 2818643 - 2818269
Alignment:
Q  18 tgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 117  Q
    |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  2818643 tgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaaga 2818544  T
Q  118 gaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttat 217  Q
    |||||||||||||| ||  |||||| |||  | |||| |||||||   |  | ||||||   ||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  2818543 gaagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtctgactctcca---catccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaatttggaagttat 2818447  T
Q  218 acctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttgg 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  || ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||| || ||||| |||||    
T  2818446 acctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaatttcataacggggagtcaaagtcttcattaatcttgg 2818347  T
Q  318 agtcatgcat---aaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 392  Q
    | || |||||   |||||||||||||| |||| ||||| |||||| || |   |||||||||||||||||||||||||    
T  2818346 aatcttgcataccaaagatctgcatcctggagaattggtcctatggatcaaaagaaggtattcatcaatgacatcttc 2818269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 46 - 392
Target Start/End: Original strand, 2855890 - 2856236
Alignment:
Q  46 tccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttc 145  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  2855890 tccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttc 2855989  T
Q  146 cattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtg 245  Q
    ||||||||| |||||||   |||| ||| ||   ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |    
T  2855990 cattttctgtctctcca---ctgcggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacg 2856086  T
Q  246 agttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttgga---gtcatgcataaagatctgcatcca 342  Q
    | ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||   |||| |    |  ||  ||||||||  | ||||    
T  2856087 aattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgattcggcttgtaaccttgttgactaaagatccacgtcca 2856186  T
Q  343 ggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 392  Q
     |||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  2856187 tgaggattggccctatgtatcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttc 2856236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 2749080 - 2748710
Alignment:
Q  19 gatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaaggg 118  Q
    ||||| || ||||||||| || |||| ||||||||||||||| | | ||||||| ||||| ||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  2749080 gatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagag 2748981  T
Q  119 aagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttata 218  Q
    ||||||||||||| || |||||| |||||||||||  ||||||        || |  |||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2748980 aagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctctcc------tatgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttata 2748887  T
Q  219 cctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttgga 318  Q
    |||||| ||||||| |||||||||  || |||  |  || ||||| ||||| || ||||| || |  ||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  2748886 cctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgca 2748787  T
Q  319 gtcatgc---ataaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 392  Q
     || |||    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2748786 atcttgccgactaaagatccgcatctaggaggattggccctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttc 2748710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 28 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 2807343 - 2807070
Alignment:
Q  28 gtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtc 127  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2807343 gtgcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtc 2807244  T
Q  128 gagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgct 227  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||| ||||| ||   ||||||   ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||    
T  2807243 gaggatcacgccatcttccattttctgtctctctag---tgctgt---tgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcact 2807150  T
Q  228 tcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttga 307  Q
    ||||| |||||||||| ||   | || ||| |||||| | ||||  ||||| || |  ||||||||||||||||||||||    
T  2807149 tctttccttgattccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttga 2807070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 25 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 2797440 - 2797073
Alignment:
Q  25 actgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagaca 124  Q
    |||||||||||| |||  ||||| | |||||||||| | | |||||| || |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  2797440 actgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagaca 2797341  T
Q  125 gtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctc 224  Q
    ||||||| ||   |||||||| ||| || | |||||    |||||||||| |||||||||| |||||| ||   | ||||||||||||||||||||||||    
T  2797340 gtcgaggatcacaccatcttctattatccgtctctc---tactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctc 2797244  T
Q  225 gcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatg 324  Q
     ||||||| |||||||||  || |||  | ||| ||||  | |||||| ||||| || | |||| ||| |||||| ||||||||||  |||| | || ||    
T  2797243 acttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttg 2797144  T
Q  325 ca---taaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 392  Q
    ||   |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  2797143 cagactaaagatccgcatcccggaggataggccctatgcatcagctgaaggtattcatcaatgacatcttc 2797073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 5412972 - 5412619
Alignment:
Q  18 tgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagg 117  Q
    |||||||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| |||    
T  5412972 tgatatgactgtacgttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagg 5412873  T
Q  118 gaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttat 217  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||| |   ||||||||||||||                     |||||||||||||||||    
T  5412872 gaagacagtcgaggatctcgccatcttccattttctgtctctcta---ctgctgttgctgct---------------------tgaaatttgaaagttat 5412797  T
Q  218 acctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttgg 317  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||  || ||| || ||| ||||| |||||||| ||||| || |  ||| ||||||||||||||||||| || ||||     
T  5412796 acctctcacttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatcaagcttgc 5412697  T
Q  318 agtcatgca---taaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 392  Q
    | || ||||   |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  5412696 aatcttgcagactaaagatctgcatccaagaggattgaccctatgcattagccgatggtattcgtcaatgacatcttc 5412619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 25 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 2790446 - 2790164
Alignment:
Q  25 actgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagaca 124  Q
    |||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | | |||||| || |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  2790446 actgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagaca 2790347  T
Q  125 gtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctc 224  Q
      ||||| || |||||||||| ||| || | |||||    ||||||||||||||||||||| |||||| ||   | ||||||||||||||||||||||||    
T  2790346 accgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctc---tactgctgttgctgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctc 2790250  T
Q  225 gcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgatta 310  Q
     ||||||| |||||||||  || |||  | ||| |||| || |||||| ||||| || |  ||| |||||||||||||||||||||    
T  2790249 acttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatta 2790164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 28 - 392
Target Start/End: Original strand, 6214 - 6578
Alignment:
Q  28 gtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtc 127  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||| | ||    
T  6214 gtgcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatc 6313  T
Q  128 gagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgct 227  Q
    |||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||   ||||| |||||  |||||| | ||||||||||||||||||| || ||    
T  6314 gaggatcacgccatcttccattttctgcctctcctg---tgctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcact 6410  T
Q  228 tcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgca- 326  Q
    ||| | |||||||||  || ||| |||||| ||||| |||||||| ||||| || |  ||  | | |||||||||||||||||  |||  | || ||||     
T  6411 tctgtccttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcag 6510  T
Q  327 --taaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttc 392  Q
      ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  6511 actaatgatccgcatccaggagggttggccctatggatcagccgaaggtattcatcaataacatcttc 6578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University