View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9769_low_5 (Length: 217)

Name: NF9769_low_5
Description: NF9769
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9769_low_5
NF9769_low_5
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-217)||(26082271-26082487)
chr7 (1-217)||(26106058-26106274)
chr7 (67-217)||(26178690-26178840)
chr7 (36-217)||(19103937-19104118)
chr7 (78-217)||(26301429-26301568)
chr7 (1-196)||(26184814-26185008)
chr7 (67-217)||(26154810-26154960)
chr7 (90-217)||(26128197-26128324)
chr7 (110-217)||(26203544-26203651)
chr7 (78-217)||(26190883-26191022)
chr7 (110-217)||(26223182-26223289)
chr7 (67-217)||(26297052-26297202)
chr7 (78-217)||(26250463-26250602)
chr7 (110-217)||(26207085-26207192)
chr7 (67-217)||(26242004-26242154)
chr7 (80-162)||(26186290-26186372)
chr7 (108-217)||(26259547-26259656)
chr7 (125-217)||(26226635-26226727)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (34-214)||(44902814-44902995)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 26082271 - 26082487
Alignment:
Q  1 actaaaatttaaatatcaattctcaaaggaataaaaaccacacatccacctcatagattcctaaaccaacaatggagtctcaacaatctcataaccaact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26082271 actaaaatttaaatatcaattctcaaaggaataaaaaccacacatccacctcatagattcctaacccaacaatggagtctcaacaatctcataaccaact 26082370  T
Q  101 tcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatc 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26082371 tcagataatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatccaatgatagccacagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttaccatcatc 26082470  T
Q  201 actacacatgccaatgc 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  26082471 actacacatgccaatgc 26082487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 26106058 - 26106274
Alignment:
Q  1 actaaaatttaaatatcaattctcaaaggaataaaaaccacacatccacctcatagattcctaaaccaacaatggagtctcaacaatctcataaccaact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26106058 actaaaatttaaatatcaattctcaaaggaataaaaaccacacatccacctcatagattcctaacccaacaatggagtctcaacaatctcataaccaact 26106157  T
Q  101 tcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatc 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26106158 tcagataatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatccaatgatagccacagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttaccatcatc 26106257  T
Q  201 actacacatgccaatgc 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  26106258 actacacatgccaatgc 26106274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Original strand, 26178690 - 26178840
Alignment:
Q  67 caacaatggagtctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagact 166  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26178690 caacaatggagtctcaacaatcccataacaaacttcatgttgtttttcttccatttccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagact 26178789  T
Q  167 attcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26178790 attcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcgctacacatgccaatgc 26178840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 36 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 19104118 - 19103937
Alignment:
Q  36 aaccacacatccacctcatagattcctaaaccaacaatggagtctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtc 135  Q
    ||||| || ||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  19104118 aaccaaacttccacctcatagatttcaaaaacaacaatggaatctcaacaatcccataaccaacttcatgtaacttttcttccatatccaactccaggcc 19104019  T
Q  136 atatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||    
T  19104018 atatgattcctatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttacaatcattgctactcatgccaatgc 19103937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 78 - 217
Target Start/End: Original strand, 26301429 - 26301568
Alignment:
Q  78 tctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgc 177  Q
    |||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  26301429 tctcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggtcatatgaatcctatgatagacacagcaagactatttgccaaac 26301528  T
Q  178 atggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26301529 atggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 26301568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 26184814 - 26185008
Alignment:
Q  1 actaaaatttaaatatcaattctcaaaggaataaaaaccacacatccacctcatagattcctaaaccaacaatggagtctcaacaatctcataaccaact 100  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||| |||| |||||| ||||    
T  26184814 actaaaacttaaatatcaactctccaagaaataaaa-ccacacatccacctcatagattccaaaagcaacaatggactcccaataatcccataacaaact 26184912  T
Q  101 tcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccat 196  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||| || | ||||||||||||||| |||||    
T  26184913 tcatgtaatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatcccatgatagccacatcaagactatttgcaaagcatggtgttaatgtcaccat 26185008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Original strand, 26154810 - 26154960
Alignment:
Q  67 caacaatggagtctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagact 166  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  26154810 caacaatggagtctcaacaatcccataaccaacttcatgtaacttttcttccacatccaagtcctggccatatgaatcctatgattgacacagctagact 26154909  T
Q  167 attcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    ||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  26154910 atttgcaaagcatggtgttaatgtgaccatcatcactacgcatgctaatgc 26154960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 90 - 217
Target Start/End: Original strand, 26128197 - 26128324
Alignment:
Q  90 cataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatg 189  Q
    ||||||||||||||  |  |||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26128197 cataaccaacttcatgttgtttttctttcatatccaagtcctggccatatgaatcctatgattgacacagcaagactatttgccatgcatggtgttaatg 26128296  T
Q  190 ttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  26128297 ttaccatcatcactacacatgctaatgc 26128324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 110 - 217
Target Start/End: Original strand, 26203544 - 26203651
Alignment:
Q  110 ttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacat 209  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26203544 ttttcttccatttccaactcctggccatatgattcctatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccatcatcactacacat 26203643  T
Q  210 gccaatgc 217  Q
    || |||||    
T  26203644 gctaatgc 26203651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 78 - 217
Target Start/End: Original strand, 26190883 - 26191022
Alignment:
Q  78 tctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgc 177  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |    
T  26190883 tctcaacaatcccataacccacttcatgtaacttttcttccatttccatctcctggccatatgattcctatgattgacactgcaagactattagccaaac 26190982  T
Q  178 atggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  26190983 atggtgttaatgtaaccatcattactacacatgccaatgc 26191022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 110 - 217
Target Start/End: Original strand, 26223182 - 26223289
Alignment:
Q  110 ttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacat 209  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26223182 ttttcttccatttccaactcctggtcatatgatttcaatgattgacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccatcatcactacacat 26223281  T
Q  210 gccaatgc 217  Q
    ||||||||    
T  26223282 gccaatgc 26223289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Original strand, 26297052 - 26297202
Alignment:
Q  67 caacaatggagtctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagact 166  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||  |  | ||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  26297052 caacaatggagtctcaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagact 26297151  T
Q  167 attcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    ||| || | |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26297152 atttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaatgc 26297202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 78 - 217
Target Start/End: Original strand, 26250463 - 26250602
Alignment:
Q  78 tctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgc 177  Q
    |||||||||||  |||||||||||||  |  ||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||| || |  |    
T  26250463 tctcaacaatccaataaccaacttcatgttgtttttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacactgcaagactatttgctaaac 26250562  T
Q  178 atggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26250563 atggtgttaatgttaccatcatcactacacatgctaatgc 26250602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 110 - 217
Target Start/End: Original strand, 26207085 - 26207192
Alignment:
Q  110 ttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacat 209  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26207085 ttttctaccatatccaactcctggccatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttaatgttaccatcatcactacacaa 26207184  T
Q  210 gccaatgc 217  Q
    || |||||    
T  26207185 gcaaatgc 26207192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Original strand, 26242004 - 26242154
Alignment:
Q  67 caacaatggagtctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagact 166  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||  |  ||||||||||||||||| ||  ||| |||||||  |||||||| ||||| ||||||||    
T  26242004 caacaatggaatctcaacaatcccataacaaacttcatgttgtttttcttccatatccagctattggccatatgaaccctatgattgacactgcaagact 26242103  T
Q  167 attcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  26242104 atttgcaaagcatggtgttaatgttaccatcatacttacacatgccaatgc 26242154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 80 - 162
Target Start/End: Original strand, 26186290 - 26186372
Alignment:
Q  80 tcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaa 162  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  26186290 tcaacaatctcacaaccaacttcatataatttttcttccatttccaactcctggtcatatgattcctaggatagacgcagcaa 26186372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 108 - 217
Target Start/End: Original strand, 26259547 - 26259656
Alignment:
Q  108 atttttcttccatatccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacac 207  Q
    |||||||| || |||| ||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  26259547 atttttctaccttatctaactcctggccatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtattaatgttaccattatcactacac 26259646  T
Q  208 atgccaatgc 217  Q
    ||||||||||    
T  26259647 atgccaatgc 26259656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 125 - 217
Target Start/End: Original strand, 26226635 - 26226727
Alignment:
Q  125 aactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgc 217  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||    
T  26226635 aactcctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaaggctatttgcaaagcatggtgttgatgttaccatcatcactacacaagcaaatgc 26226727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 34 - 214
Target Start/End: Original strand, 44902814 - 44902995
Alignment:
Q  34 aaaaccacacatccacctcatagattcctaaaccaa-caatggagtctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttcttccatatccaactcctg 132  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  44902814 aaaaccacacatccacctcaaagatttcaaaagcaaacaatggattctcaacaatccaataaccaacttcatgtagtttttcttccatatccaactcctg 44902913  T
Q  133 gtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaa 214  Q
    | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44902914 gccatatgattcccatggtagacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaa 44902995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University