View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9771_low_1 (Length: 809)

Name: NF9771_low_1
Description: NF9771
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9771_low_1
NF9771_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-793)||(38124497-38125278)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 793
Target Start/End: Original strand, 38124497 - 38125278
Alignment:
Q  1 gggctttgtcaccagggaggtcagagttttcgagccccacgaaggcaaaacgagttgaagaactactcaattttggttttgatttcttcaagagtaaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124497 gggctttgtcaccagggaggtcagagttttcgagccccacgaaggcaaaacgagttgaaaaactactcaattttggttttgatttcttcaagagtaaaaa 38124596  T
Q  101 atctgttggccttaattcaccgtcgaatggttttggaaataatgaagacgttcataagcttcgtttgcttgataaccgtttgattcagtggcgatatgca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124597 atctgttggccttaattcaccgtcgaatggttttggaaacaatgaagacgttcataagcttcgtttgcttgataaccgtttgattcagtggcgatatgca 38124696  T
Q  201 aacgctagagcacaaattgtgaatgcaaacatttctcgccacaccaaggtacacttgtttgtctcacatatttaatgaacttttatcgaataagcatttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124697 aacgctagagcacaaattgtgaatgcaaacatttctcgccacaccgaggtacacttgtttgtctcacatatttaatgaacttttatcgaataagcatttc 38124796  T
Q  301 tgtaagttgtttacataagttgtccggaacacttgttgaaataaacggaaactaggttactaagatgtcatggcattaactatttttataaccttgttaa 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38124797 tgtaagttgtttgcataagttgtccggaacacttgttgaaataaactgaaactaggttactaagatgtcatgtcattaactatttttataaccttgttaa 38124896  T
Q  401 aacaaagtttatgctataagacaagataagtggtaaataagctaattctaaatgcattatgtctcctttctttatgtgatctttatagctaatgagaaat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||    
T  38124897 aacaaagtttatgctataagacaagataagtggtaaataagctaattctaaatgcattatgtctcctt-----------tctttatagctaatgagaaat 38124985  T
Q  501 tgaattaacattatcttggtttatgaatgtttttagagcaatttgatatgtgtctgggatggtctcaccaagtccagaaatactgttatgaaaaagaaga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124986 tgaattaacattatcttggtttatgaatgtttttagagcaatttgatatgtgtctgggatggtctcaccaagtccagaaatactgttatgaaaaagaaga 38125085  T
Q  601 tacagtttgcaagagaaaagcttgaaatgaaaaaagcttttatattatattaccaagtaagaagtaaacctaattttgattaatatctaccaaannnnnn 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  38125086 tacagtttgcaagagaaaagcttgaaatgaaaaaagcttttatattatattaccaagtaagaagtaaacctaattttgattaatatctaccaaaattttt 38125185  T
Q  701 nnngtaattaattcaatattcttgactgatgtattgttgtttttgatagttaaagttattagaagcttggggaagcatggaaaggcaacatgt 793  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38125186 tttgtaattaattcaatattcttgactgatgtattgttgtttttgatagttaaagttattagaagcttggggaagcatggaaaggcaacatgt 38125278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University