View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9772_high_1 (Length: 552)

Name: NF9772_high_1
Description: NF9772
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9772_high_1
NF9772_high_1
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (15-542)||(39476210-39476737)
chr5 (18-542)||(39483961-39484487)
chr5 (15-519)||(39487186-39487690)
chr5 (44-501)||(39451739-39452196)
chr5 (10-523)||(39463500-39464013)
chr5 (15-504)||(39457243-39457732)
chr5 (15-504)||(39472766-39473255)
chr5 (16-504)||(39455363-39455852)
chr5 (15-504)||(39460986-39461478)
chr5 (45-501)||(43311508-43311964)
chr5 (245-504)||(39469938-39470196)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (164-197)||(33005103-33005136)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 524; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 524; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 39476737 - 39476210
Alignment:
Q  15 cagttacaagatagttaggcctgccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagc 114  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476737 cagttacaagatagttaggcctaccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagc 39476638  T
Q  115 ctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476637 ctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatg 39476538  T
Q  215 gctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaat 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476537 gctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaat 39476438  T
Q  315 cataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476437 cataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgc 39476338  T
Q  415 gatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccacttcattacatca 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476337 gatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccacttcattacatca 39476238  T
Q  515 tcagaatcagcgtcaacagtgccctttg 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39476237 tcagaatcagcgtcaacagtgccctttg 39476210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 39484487 - 39483961
Alignment:
Q  18 ttacaagatagttaggcctgccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacac--ctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagcc 115  Q
    ||||||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484487 ttacaagatagttagactcaccactaaactccatcctataatccaatgcaatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcc 39484388  T
Q  116 tgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatgg 215  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39484387 tgttgttcaacaaagagtggccatgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccataatgtgaaacaaatcctcctatgg 39484288  T
Q  216 ctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaatc 315  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39484287 ctgggtgggctagtatttgggcttgttgggcccatctaattatccttccaatctcggcagttcgatctaagaatccttcaggtaaaaccggacccaaatc 39484188  T
Q  316 ataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgcg 415  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39484187 ataaagagagtaatcagagggtgcagccatggtgccctttactagaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacaacatgtgcg 39484088  T
Q  416 atctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccacttcattacatcat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  39484087 atctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccaaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgattatgaagccacttcattatatcat 39483988  T
Q  516 cagaatcagcgtcaacagtgccctttg 542  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  39483987 cagaatcagcgtcaacagtgccctttg 39483961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 15 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 39487690 - 39487186
Alignment:
Q  15 cagttacaagatagttaggcctgccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagc 114  Q
    |||||||||||||||||||||   || | ||| ||||| |||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39487690 cagttacaagatagttaggcccttcattaaaccccaccttataatccaaagcaatttccacacctattttcagttcacacaccaattcaaaagcattagc 39487591  T
Q  115 ctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatg 214  Q
    |||||| |||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  39487590 ctgttgctcagcatagagtggccacgcggcaataggcacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgcgaaacaaatcctccagtg 39487491  T
Q  215 gctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaat 314  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  39487490 gctggatgagctagtatttgggcctgttgggcccatccaattacccttccaatccctgttgttcgatctaagaatccttcaggtaaaaccgattccaaat 39487391  T
Q  315 cataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgc 414  Q
    || ||||||||||||| ||||||| | ||||  | ||||| | ||  |||||||||||||||||||| || || || |||| |||||||| |||||||||    
T  39487390 cagaaagagggtaatcagagggtgaaaccatgattcccttcggtgagggtttacgcagagaccacacaaaacgggctccacaattctcaatagcatgtgc 39487291  T
Q  415 gatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccacttcattacatca 514  Q
     ||||| ||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||    
T  39487290 aatctctttaacctgatcctcatcgaaagagcccctgctcccgaagcagaggaaaactaccgaggaaggaggttgatcatcaagccacttgatgatatca 39487191  T
Q  515 tcaga 519  Q
    |||||    
T  39487190 tcaga 39487186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 44 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 39452196 - 39451739
Alignment:
Q  44 aactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgttcagcaaagagtggccatgcgg 143  Q
    ||||||||||||||||| || || || |||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||  |    
T  39452196 aactccaccctataatctaacgcaatctccacggaaatcttcaactcacacaccaattcaaaagcattaacctgttgctcagcaaagagcggccatgttg 39452097  T
Q  144 caattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcctgttg 243  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |    
T  39452096 caatgggcacaccaaaatatatgctctcgagtgtggaattccagccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctggatgtgctagtatttgggcttgtgg 39451997  T
Q  244 ggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaatcataaagagggtaatccgagggtgcagcc 343  Q
    |||||| ||||  | ||||||||||||  | |||| ||||||||||||||| |||||||||  || || |||| |||||| |||||| || |||||||||    
T  39451996 ggcccaaccaatcacccttccaatctcttccgttcgatctaagaatccttctggtaaaaccgaacacagatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagcc 39451897  T
Q  344 atagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgcgatctccttaacctgatcttcatcaaaat 443  Q
    || | |||||||| ||  |||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||     
T  39451896 atggcgccctttggtgctggtttacggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctggtcctcatcgaaac 39451797  T
Q  444 aacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagcca 501  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||    
T  39451796 aacccctgctcccaaagcagaggaaaacaacagaagaaagaggttgatcatcaagcca 39451739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 10 - 523
Target Start/End: Original strand, 39463500 - 39464013
Alignment:
Q  10 atcatcagttacaagatagttaggcctgccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagca 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||   |||||||| || ||||||||||  || |||||  | ||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  39463500 atcagcagttacaagatagttaggctcgccaagaaactccactctgtaatccaatgaaatctccaccgccatctttaactcacacaccagttcaaaagca 39463599  T
Q  110 ttagcctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctc 209  Q
    || | |||||||||||||||||  ||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  39463600 tttgtctgttgttcagcaaagatcggccaagtggcaagtggaacaccaaaatatatgctctccagtgtcgaattccagccacaatgtgagacaaatcctc 39463699  T
Q  210 ctatggctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacc 309  Q
    |  |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||  | ||||||||||||  |||| | || |||||||||||| ||||||||   |||    
T  39463700 ccgtggccgggtgggctagtatttgggcctgtggagcccaaccaatcacccttccaatctctacagtccgatataagaatccttcgggtaaaacggaacc 39463799  T
Q  310 caaatcataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagca 409  Q
     |||||| ||||||||||||| || || |||  ||| | |||||||| ||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  39463800 taaatcagaaagagggtaatcagatggcgcaatcatggcgccctttggtgggggtttacgtagagaccaaacaaagcgagccccactattctcaatagca 39463899  T
Q  410 tgtgcgatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccacttcatta 509  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  39463900 agtgcaatctccttaacctgatcttcatcgaaagaacctctgctcccgaagcagaggaaaactactgaggaaggaggttgatcatcaagccacttgatga 39463999  T
Q  510 catcatcagaatca 523  Q
     ||||||| |||||    
T  39464000 tatcatcataatca 39464013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 15 - 504
Target Start/End: Original strand, 39457243 - 39457732
Alignment:
Q  15 cagttacaagatagttaggcctgccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagc 114  Q
    |||||| ||||||||||| |  |||| | ||||| | ||||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |     
T  39457243 cagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaatgcaatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgt 39457342  T
Q  115 ctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatg 214  Q
    ||| || ||||||||||| ||||| | |||||  || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||    
T  39457343 ctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatatatgttctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtg 39457442  T
Q  215 gctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaat 314  Q
    ||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||  | |||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||  || |||||    
T  39457443 gctgggtgggctagtatgtgcgtctgtggggcccatccaataacccttccaatctctgctgtcctatctaagaatccttctggtaaaaccgaactcaaat 39457542  T
Q  315 cataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgc 414  Q
    || |||||| |||||| || || |||  ||| ||| |||| | ||| |||||||| ||||||||||| || ||  ||||| ||||||| |||||| | ||    
T  39457543 cagaaagagtgtaatcagatggcgcattcatggtgtccttcggtggtggtttacgtagagaccacacaaatcggaccccagtattctctacagcaagggc 39457642  T
Q  415 gatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccactt 504  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39457643 gatctccttaacctgatcctcatcgaaaaaccccctgctcccgaagcagaggaaaacttccgaggaaggaggttgatcatcaagccactt 39457732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 15 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 39473255 - 39472766
Alignment:
Q  15 cagttacaagatagttaggcctgccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagc 114  Q
    ||||||||||||||||||||   ||| | |||||| ||||||||||||| |  || || || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  39473255 cagttacaagatagttaggcgcaccattaaactccgccctataatccaacgaaatttcaactcctattttcaactcacacaccaattcaaaagcattagt 39473156  T
Q  115 ctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatg 214  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||    
T  39473155 ctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatgctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaagcaaatcctccaatg 39473056  T
Q  215 gctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaat 314  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| | |||||||||||| || || |  ||||| |||||||| ||||||     ||||||||    
T  39473055 gctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacaacccttccaatctctgctgtccgctctaaaaatccttcgggtaaacttgaacccaaat 39472956  T
Q  315 cataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgc 414  Q
    || ||||||||||||| ||||| |  ||||| |||||||  | |||||||||||| |||||||| | ||| || |||||||||||||||| |||   |||    
T  39472955 caaaaagagggtaatcagagggcgaggccatggtgccctccggtggaggtttacgaagagaccatatgaaccgggccccactattctcaatagcgcatgc 39472856  T
Q  415 gatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccactt 504  Q
     |||| | |||||||||| || || ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  39472855 aatctgcgtaacctgatcctcgtcgaaagaacccatacttccgaagcagaggaaaactactgaggatgcaggttgatcatcaagccactt 39472766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 16 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 39455852 - 39455363
Alignment:
Q  16 agttacaagatagttaggcctgccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagcc 115  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||  |||||||||||||||| |  || || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  39455852 agttaaaagatagttaggcccactactatactccaccctataatctagcgcaatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacc 39455753  T
Q  116 tgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatgg 215  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||| || |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39455752 tgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatgccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtgg 39455653  T
Q  216 ctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaatc 315  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||| | ||||| ||||  | |||||||||||| || || | ||||||||||||||| ||||||| |  || ||||||    
T  39455652 ctggatgggctagtatttgggtttgtggagcccaaccaatcacccttccaatctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatc 39455553  T
Q  316 ataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtg-ccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgc 414  Q
    | |||||| |||||| || ||||||||| | | | ||||| | |  ||||||||| |||||||| | |||| | | |  ||||||||||| ||||  |||    
T  39455552 agaaagagtgtaatcagaaggtgcagccctggcgccccttcggtacaggtttacggagagaccatatgaagtgggacttactattctcaatagcacatgc 39455453  T
Q  415 gatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccactt 504  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | || |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39455452 gatctccttaacctgatcctcatcaaaacaacctttgcttccgaagcaaaggaaaacgacggaggaaagaggttgatcatcaagccactt 39455363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 39461478 - 39460986
Alignment:
Q  15 cagttacaagatagttaggcctgccacttaactccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagc 114  Q
    ||||||||||||||||||||   ||| | |||||||| |||||||| ||  | || |||||| | ||||||||||||  |||||| | |||||||||||     
T  39461478 cagttacaagatagttaggctcaccattgaactccactctataatctaacacaatctccacagccatcttcagctcatgcaccaactgaaaagcattagt 39461379  T
Q  115 ctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatg 214  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  ||    
T  39461378 ctgttgttcagcaaagagcggccacgtggcaatgggcacaccaaaatacatgctctcgagtattgaattccagccacaatgggaaacgaatcctcccgtg 39461279  T
Q  215 gctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaat 314  Q
    ||||||||||| | |||||| | |||  | ||||||||||  | |||||||||| | || || | ||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |    
T  39461278 gctgggtgggccaatatttgagtctgcggagcccatccaatgacccttccaatccctgctgtccgatctaagaacccttcgggtaaaaccaagcccaatt 39461179  T
Q  315 cataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtg---ccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatg 411  Q
    ||  ||||| |||||| ||||||||| |||| | |   ||||| | |   |||||||| |||||||| | |||  |  | ||||||| |||||  |||||    
T  39461178 cagtaagagagtaatcagagggtgcaaccatggcgacacccttcggtttgggtttacgaagagaccatatgaaatggacgccactatcctcaatggcatg 39461079  T
Q  412 tgcgatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccactt 504  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| ||   ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39461078 tgcgatctccttaatctgatcctcatcgaaggtacccctagtcccaaagcagaggaaaactacggaggaaagaggttgatcatcaagccactt 39460986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 45 - 501
Target Start/End: Original strand, 43311508 - 43311964
Alignment:
Q  45 actccaccctataatccaatgcgatatccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgttcagcaaagagtggccatgcggc 144  Q
    |||||| ||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||| |||| | || ||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  43311508 actccatcctataatccactgcaatctccacacccatcttcagctcagacacaagttgaaaagcattggtttgttgatcagcaaagagtggccatgtggc 43311607  T
Q  145 aattggtacaccaaaatatatgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcctgttgg 244  Q
    ||| || |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || || |||| |||| ||||  |     
T  43311608 aataggcacaccataatatatgctctcgagagtcgaattccaaccacaatgtgaaacaaagcctcctgttgctggatgagcgagtacttggacctgagga 43311707  T
Q  245 gcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaatcataaagagggtaatccgagggtgcagcca 344  Q
    ||||||||||  | ||||||| ||  ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||     |||||||| |||||| |||||| || |   || |||    
T  43311708 gcccatccaatgacccttccagtcctagctgttcgatctaagaacccttcaggtaaaactgcgaccaaatcagaaagagagtaatcagatgtctcaccca 43311807  T
Q  345 tagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgcgatctccttaacctgatcttcatcaaaata 444  Q
    | || ||||| | ||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||  || |||||| |||  ||||| ||||| ||| |    
T  43311808 tggttcccttcggtgggggttttcgcagagaccacaggaagcgagcctcacttttctcaatagcatacgcaatctccctaatttgatcctcatcgaaaga 43311907  T
Q  445 acccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagcca 501  Q
    |||| | ||||| ||||| ||  |||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||    
T  43311908 acccttgctcccaaagcaaagataaactacggacgaaagaggttggtcatcgagcca 43311964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 245 - 504
Target Start/End: Original strand, 39469938 - 39470196
Alignment:
Q  245 gcccatccaactatccttccaatctcagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaatcataaagagggtaatccgagggtgcagcca 344  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||  | || ||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||| ||||||||||||| || || ||| |||    
T  39469938 gcccatccaataacccttccaatctcttctgtcctatctaagaatccttctggtaaaaccgaactcaaatcagaaagagggtaatcagatggcgcaacca 39470037  T
Q  345 tagtgccctttgctggaggtttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgcgatctccttaacctgatcttcatcaaaata 444  Q
    | |||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| |  ||  ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |    
T  39470038 tggtgcccttaggtggtggtttacgtagagaccacacaatacggaccccagtattctctacagcaagtgcgatccccttaacctgatcctcatcgaaa-a 39470136  T
Q  445 acccctactcccgaagcagaggaaaactacggaggaaggaggttgatcatcaagccactt 504  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39470137 aaccctgctcccgaagcagaggaaaactaccgaggaaggaggctgatcatcaagccactt 39470196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 164 - 197
Target Start/End: Original strand, 33005103 - 33005136
Alignment:
Q  164 atgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtg 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33005103 atgctctcgagtgttgaattccaaccacaatgtg 33005136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University