View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9775_low_1 (Length: 767)

Name: NF9775_low_1
Description: NF9775
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9775_low_1
NF9775_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (23-760)||(11695948-11696685)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 726; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 726; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 760
Target Start/End: Original strand, 11695948 - 11696685
Alignment:
Q  23 tcactgaaaggatgactgggacaattgtccttagccaaactcatttttcatcactaccaaataatcaaccctatagcattgaattgagcaatagtttcaa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11695948 tcactgaaaggatgactgggacaattgtccttagccaaactcatttttcatcactaccaaataatcaaccctatagcattgaattgtgcaatagtttcaa 11696047  T
Q  123 tgaaaaaagatggttatgtttactcaaaagatgcaatagtatggaagaatttaagcaagttcatgcccatgttttgaaatgtggtattttctttgataca 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696048 tgaaaaaagatggttatgtttactcaaaagatgcaatagtatggaagaatttaagcaagttcatgcccatgttttgaaatgtggtattttctttgataca 11696147  T
Q  223 ttttgtatgagcaatcttgttgcaacttgtgctctaacaaaatggggtagcatggattatgcttgttcaatcttcactcagatcgatggaccgagtagtt 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11696148 ttttgtatgagcaatcttgttgcaacttgtgctctaacaaaatggggtagcatggattatgcttgttcaatcttcactcagatcgatgaaccgagtagtt 11696247  T
Q  323 ttgactataacacaatgattagaggaaatgttaatgacatgaaactagaagaagctttgttgctttatgttgatatgattgaaagaggtgttgagcctga 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696248 ttgactataacacaatgattagaggaaatgttaatgacatgaaactagaagaagctttgttgctttatgttgatatgattgaaagaggtgttgagcctga 11696347  T
Q  423 taaattcacttatccttttgttttaaaggcttgttctttattaggcgtggtcgatgaaggaattcaagttcatggtcatgtttttaagatgggtcttgaa 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696348 taaattcacttatccttttgttttaaaggcttgttctttattaggcgtggtcgatgaaggaattcaagttcatggtcatgtttttaagatgggtcttgaa 11696447  T
Q  523 ggtgatgtcattgtgcaaaatagtttgatcaacatgtatggtaagtgtggggagataaagaatgcttgtgatgtgtttaatggaatggatgaaaagagtg 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696448 ggtgatgtcattgtgcaaaatagtttgatcaacatgtatggtaagtgtggggagataaagaatgcttgtgatgtgtttaatggaatggatgaaaagagtg 11696547  T
Q  623 ttgcttcatggagtgctattattggtgctcatgcttgtgtggaaatgtggaatgaatgtgtaatgcttcttgggaaaatgagtagtgaaggaaggtgtag 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696548 ttgcttcatggagtgctattattggtgctcatgcttgtgtggaaatgtggaatgaatgtctaatgcttcttgggaaaatgagtagtgaaggaaggtgtag 11696647  T
Q  723 ggttgaagaaagcacacttgttaatgtgctctctgctt 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696648 ggttgaagaaagcacacttgttaatgtgctctctgctt 11696685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University