View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9780_low_1 (Length: 744)

Name: NF9780_low_1
Description: NF9780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9780_low_1
NF9780_low_1
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (92-738)||(18933593-18934237)
chr4 (404-735)||(18946091-18946419)
chr4 (379-738)||(18929207-18929563)
chr4 (376-738)||(18938562-18938921)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 738
Target Start/End: Original strand, 18933593 - 18934237
Alignment:
Q  92 tttctcactaatcaaacacttcgaatataggagtataccaagttaccaagagccagactcacaacatgatgaactaacgttcaaattctaattgagagaa 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18933593 tttctcactaatcaaacacttcgaatataggagtataccaagttaccaagagccagactcacaacatgatgaactaacgttcaaattctaattgagagaa 18933692  T
Q  192 gttcccgtattcaatgttgatacaactaataaattgaaaatagtttgaatatcgaaccattaccttatcatcatttatatacggtcgatcttatcttata 291  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18933693 gttcccgt--tcaatgttgatacaactaataaattgaaaatagtttgaatatggaaccattaccttatcatcatttatatacggtcgatcttatcttata 18933790  T
Q  292 tcaactatgaactaacttatcaatgcgaatgcacaagtattttgctagttatcaatgaatagataaatacttatacgtacgtaacacatatttagacaga 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18933791 tcaactatgaactaacttatcaatgcgaatgcacaagtattttgctagttatgaatgaatagataaatacttatacgtacgtaacacatatttagacaga 18933890  T
Q  392 ttctccaaacacacaaaacccattatttacaaccgtgaatcctccatcgatgacaagattgtgaccactaacatacttagactcatcacttcccaagtat 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18933891 ttctccaaacacacaaaacccattatttacaaccgtgaatcctccatcgatgacaagattgtgaccactaacatacttagactcatcacttcccaagtat 18933990  T
Q  492 agagcagcttcagccacatcttttggcacaagattagcaccctttaggttagaataaacatctagaacatcatcatcatcatcgagcttaaagtatttct 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18933991 agagcagcttcagccacatcttttggcacaagattagcaccctttaggttagaataaacatctaaaacatcatcatcatcatcgagcttaaaatatttct 18934090  T
Q  592 taaccaacggagttgcaacaatataaggtgacacacaattcacccgaataccaaaccgtccaagctcgatggccgtgttcctcatcagcccaacaacggc 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18934091 taaccaacggagttgcaacaatataaggtgacacacaattcacccgaataccaaaccgtccaagctcgatggccgtgtttctcatcagcccaacaacggc 18934190  T
Q  692 gtgctttgcacttgtgtaggcatgtggagcgacaccacctatgcttc 738  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18934191 gtgctttgcacttgtgtaggcatgtggagcgacaccacctatgcttc 18934237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 404 - 735
Target Start/End: Original strand, 18946091 - 18946419
Alignment:
Q  404 acaaaacccattatttacaaccgtgaatcctccatcgatgacaagattgtgaccactaacatacttagactcatcacttcccaagtatagagcagcttca 503  Q
    |||||| ||||||||| | ||||| | ||| ||||| |  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||    
T  18946091 acaaaatccattatttccgaccgtaagtccaccatctacaactagattgtgaccactaacatatttagactcatcacttcccaaatacaaagcagcttca 18946190  T
Q  504 gccacatcttttggcacaagattagcaccctttaggttagaataaacatctagaacatcatcatcatcatcgagcttaaagtatttcttaaccaacggag 603  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||||||| | |||||| |||||||||    
T  18946191 gccacatcttttggcaaaagattagcaccctttaggttagaataaacatctagaactccatcatcatca---agcttaaagaaattcttagccaacggag 18946287  T
Q  604 ttgcaacaatataaggtgacacacaattcacccgaataccaaaccgtccaagctcgatggccgtgttcctcatcagcccaacaacggcgtgctttgcact 703  Q
    || | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  18946288 ttccgacaacataaggtgacacacaattcactcgaataccgtacggtccaagctcgatggccgtatttttcattagcccaacaacggcgtgctttgaact 18946387  T
Q  704 tgtgtaggcatgtggagcgacaccacctatgc 735  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  18946388 tgtgtaggcatgtgaagccacaccacctatgc 18946419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 379 - 738
Target Start/End: Original strand, 18929207 - 18929563
Alignment:
Q  379 atatttagacagattctccaaacacacaaaacccattatttacaaccgtgaatcctccatcgatgacaagattgtgaccactaacatacttagactcatc 478  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||| | ||  ||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  18929207 atattcagacagattgttcaaacacacaaaatccattgtttgcgacactgactcctccatctatgacaagattaagaccactaacatacttagactcatc 18929306  T
Q  479 acttcccaagtatagagcagcttcagccacatcttttggcacaagattagcaccctttaggttagaataaacatctagaacatcatcatcatcatcgagc 578  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |  || ||||||||   |||    
T  18929307 acttcccaaatacaaagcagcttcagccacatcttttggcacaagattagtaccctttaggttagaaaaaatatctagagctccaccatcatca---agc 18929403  T
Q  579 ttaaagtatttcttaaccaacggagttgcaacaatataaggtgacacacaattcacccgaataccaaaccgtccaagctcgatggccgtgttcctcatca 678  Q
    |||||| | ||  |||||| |||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  18929404 ttaaagaaatttgtaaccatcggagtcgcaagaaaataaggcgacacacaattcacccgaataccgaatggcccaagctcgatagccgtgtttctcatca 18929503  T
Q  679 gcccaacaacggcgtgctttgcacttgtgtaggcatgtggagcgacaccacctatgcttc 738  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||| |||||||    
T  18929504 gcccaacaacggcgtgctttgaacttgtgtaggcatgtggagcacaaccaccaatgcttc 18929563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 376 - 738
Target Start/End: Original strand, 18938562 - 18938921
Alignment:
Q  376 cacatatttagacagattctccaaacacacaaaacccattatttacaaccgtgaatcctccatcgatgacaagattgtgaccactaacatacttagactc 475  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||    ||  ||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18938562 cacatatttagacagattgtccaaacacagaaaatccattgttagagacactgactgctccatctacgacaagattgtgaccactaacatacttagattc 18938661  T
Q  476 atcacttcccaagtatagagcagcttcagccacatcttttggcacaagattagcaccctttaggttagaataaacatctagaacatcatcatcatcatcg 575  Q
     ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||   | |||||||||       
T  18938662 gtcactgcccaagtaaagagaagcttcagccacatctttaggcacaagattagtaccctttaggttagaataaagccctagaagcccttcatcatca--- 18938758  T
Q  576 agcttaaagtatttcttaaccaacggagttgcaacaatataaggtgacacacaattcacccgaataccaaaccgtccaagctcgatggccgtgttcctca 675  Q
    ||||| ||| | |||||| ||| ||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  18938759 agctttaagaagttcttagccatcggtgtggcgacaatataaggtgaaacacaattcacccgaatactgaacggtccaagttcgattgccgtgtttctca 18938858  T
Q  676 tcagcccaacaacggcgtgctttgcacttgtgtaggcatgtggagcgacaccacctatgcttc 738  Q
    ||||||| | ||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  18938859 tcagccccaaaacagcatgctttgaacttgtgtaggcatgtgaagccataccacctatgcttc 18938921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University