View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9787_low_1 (Length: 534)

Name: NF9787_low_1
Description: NF9787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9787_low_1
NF9787_low_1
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (3-495)||(36526186-36526659)
chr1 (21-462)||(37923557-37923996)
chr1 (37-492)||(37871803-37872260)
chr1 (221-452)||(35051609-35051840)
chr1 (315-433)||(8237318-8237434)
chr1 (338-374)||(19023346-19023382)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (3-495)||(23269746-23270237)
chr5 (3-340)||(4430479-4430817)
chr5 (223-495)||(26917294-26917566)
chr5 (342-495)||(4431011-4431164)
chr5 (252-422)||(14964904-14965074)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (3-486)||(29468266-29468749)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (138-480)||(9252262-9252603)
chr2 (21-282)||(40728311-40728566)
chr2 (20-192)||(10785850-10786022)
chr2 (49-417)||(37490630-37490999)
chr2 (72-377)||(13018965-13019258)
chr2 (311-452)||(19920791-19920932)
chr2 (177-490)||(8294968-8295281)
chr2 (221-419)||(24588542-24588736)
chr2 (336-374)||(13923026-13923064)
chr2 (338-451)||(36359621-36359734)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (36-439)||(18603-18998)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (278-453)||(5460873-5461048)
chr7 (165-414)||(28283782-28284031)
chr7 (328-490)||(29443757-29443918)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (312-453)||(43000413-43000554)
chr4 (359-450)||(43381919-43382010)
chr4 (222-259)||(43381799-43381836)
chr4 (342-381)||(29135150-29135189)
chr4 (320-380)||(35762788-35762849)
chr4 (340-452)||(39079649-39079761)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (336-421)||(9738634-9738720)
chr3 (344-480)||(46107349-46107485)
chr3 (337-392)||(21330778-21330833)
chr3 (335-379)||(43059104-43059148)
chr3 (337-420)||(35529008-35529090)
chr3 (336-378)||(47798396-47798438)
chr3 (179-292)||(17571196-17571309)
chr3 (334-423)||(46016235-46016324)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 36526659 - 36526186
Alignment:
Q  3 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatc 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526659 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgacgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatc 36526560  T
Q  103 gatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttgg 202  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |                 
T  36526559 gatgggagttcattaaagcgaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagctagaggtctaaaagaagcta------------- 36526473  T
Q  203 tactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgatt 302  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526472 ------gaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgatt 36526379  T
Q  303 ctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgt 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  36526378 ctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttagctcgggcgt 36526279  T
Q  403 cattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36526278 cattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgtcatcttgtattacaactaccattagaaatgaaatgagttaaatttgtttctgtc 36526186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 21 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 37923996 - 37923557
Alignment:
Q  21 ggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaag 120  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  37923996 ggggaagtgaagtgcaatgttgatgcaacaatttttaaggaacaaggttgtta--gagtcggtatgtgtctaagaggggatcgaggggagttcattaaag 37923899  T
Q  121 caaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccag 220  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||| |       
T  37923898 caaagacaacatagtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataaaatggcttggtaccttgaggtttccttc 37923799  T
Q  221 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 320  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  |    
T  37923798 ggtgtctatagaacttgattgcaagcaagtggttgatggcatctcaagcaatctcagcaccaattccatgttcggcgcaattctgaatacttgcaaagtt 37923699  T
Q  321 tcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagtt 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  37923698 tcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttagttagggcgtcattatcttatgctagtt 37923599  T
Q  421 cccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactacta 462  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37923598 cccaagatcatgattatatgccatcttgtattaaaactacta 37923557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 37 - 492
Target Start/End: Original strand, 37871803 - 37872260
Alignment:
Q  37 atgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggta 136  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||||  ||| ||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| | |||||| |||||  |  |||| | | ||||     
T  37871803 atgttgatgcggcaaatttcaaggagcaagtatgttatggggtcagcatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattagggagaagaaatcttggtt 37871902  T
Q  137 caaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaactt 236  Q
     ||||| ||||||||||||||  | |  |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||   | |||||| |    ||||| |||||| ||    
T  37871903 taaaggcctcccacaacccaacaaggtggaagcaagaggtttaaaagaagcgacaatctgacttggtaaattaaggtttccttctgtgtccatcgaaatt 37872002  T
Q  237 gattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatc 336  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||  ||| || |||||||||| | |  |  ||||| | |  ||||||| |||||||| ||||| |||    
T  37872003 gattgtaagcaagtggtttacgacatctctagcaatctcaacatcaattccatgctcgtggt-attctgattggttgcaaagcttcacttctgaataatc 37872101  T
Q  337 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttc---atga 433  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   || |   | |||||||||| |||||||  |||||   ||||    
T  37872102 aaaactttaagataagttttattaggagacaaacaaataatgtttcccacttattagtcagagttgcgttatcttatggtagttccaaagttcatgatga 37872201  T
Q  434 ttatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttct 492  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   | |||  ||||||||||||| ||| |||||||    
T  37872202 ttatatgccatcttgtattacgaccgttgttattaatgaaatgagttgagtatgtttct 37872260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 221 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 35051840 - 35051609
Alignment:
Q  221 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 320  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||  |||| |   ||| |||||||| || ||||| ||| ||| |  ||| ||| ||||||    
T  35051840 ggtgtctatcaaacttgattacaagcaagtggttgacaacataactaggagactcaacaccaatttcaagtttgacgcaattattgatatttgaaaaact 35051741  T
Q  321 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 419  Q
    ||| ||| ||| | | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||| ||| ||| |||||| | | | ||||||||| ||||||||||    
T  35051740 tcagtta-gaacctaccaaaactttaagaaaagtttcattagaagacaagaaaataatattggccatttgttagcaatgacgtcattattttatgctagt 35051642  T
Q  420 tcccgagttcatgattatatgccatcttgtatt 452  Q
    ||||   ||| |||| |||| ||||||||||||    
T  35051641 tcccacattcttgataatattccatcttgtatt 35051609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 433
Target Start/End: Original strand, 8237318 - 8237434
Alignment:
Q  315 aaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 414  Q
    |||||||||||||  | | | ||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||    
T  8237318 aaaacttcacttagaatttaccaaaattttaagataagtttcattag--gacaagcaaataatattgccgacttgttagctaggacgacaatatcttatg 8237415  T
Q  415 ctagttcccgagttcatga 433  Q
     | ||||||  ||||||||    
T  8237416 ttggttcccatgttcatga 8237434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 338 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 19023382 - 19023346
Alignment:
Q  338 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 374  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  19023382 aaactttaagataagttttgttaggagacaaacaaat 19023346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 3 - 495
Target Start/End: Original strand, 23269746 - 23270237
Alignment:
Q  3 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatc 102  Q
    ||||||||| |  |||||| |||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||||||| |||| ||||||||| | | ||||||  | | ||| ||||    
T  23269746 tggattagatcgttagctgcggaagtgaagtgtaatgtcgacgcgacaatctttaaggatcaaggttgttatgggattgatatgtgcttgacaggggatc 23269845  T
Q  103 gatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttgg 202  Q
    || |||||||||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  23269846 gaggggagttcatgagagcgaagacagcttggtacagaggtctctctcaacccaatgaggcggaagcaagaggtctaaaagaagcgagaaagtggcttgg 23269945  T
Q  203 tactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgatt 302  Q
    |||| | || | | |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||| |||| ||| | ||| |||    
T  23269946 tactttaagatatacatcggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa-tggttgacgacatctctagcaatctcaacaccaaatccacgttcgacgctatt 23270044  T
Q  303 ctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgt 402  Q
    || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||    
T  23270045 ctgaacacttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattagaagacaagcaaataatgttgctcacttgttagctagggagt 23270144  T
Q  403 cattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 495  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||    
T  23270145 cattatcttatgctagttcccaagttcatgattatatgccatcttgtattacaaatgctattaatagtgaaatgaattaactttgtttctgtc 23270237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 3 - 340
Target Start/End: Original strand, 4430479 - 4430817
Alignment:
Q  3 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtg-at 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4430479 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgttgatgcgacaatttttaaggatcaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgtat 4430578  T
Q  102 cgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttg 201  Q
    |||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  4430579 cgagaggagttcatttaagcaaatacatcatggtacaaaagtctcccacaacccaaagaagcataagcagaaggtctaaaataagcgataatatggcttg 4430678  T
Q  202 gtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgat 301  Q
     |||||||||| ||| ||  ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4430679 atactatgaggattttcaaagtgtctatcgaactgaattgcaagtaagtggttgacggcatttctagcaacttcagcaccaatttcatgtttggcgcgat 4430778  T
Q  302 tctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaa 340  Q
    | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4430779 tatgaatacttgcaaaacttcacttgtgaatcatcaaaa 4430817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 223 - 495
Target Start/End: Original strand, 26917294 - 26917566
Alignment:
Q  223 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttc 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||     ||| || |||||| ||||||| ||| |||||  ||| ||||||| ||||    
T  26917294 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatagctaggggactcaacaacaattcaatgtttgacgctattcttgatatttgcaaagcttc 26917393  T
Q  323 acttatgaatcatcaaaa-ctttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 421  Q
    ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||  |  || | ||||||||||||||||||||| || |    
T  26917394 actta-gaatctacaaaaactttaagataagttttattaggagacaagcaaatagtgttgcccatctactagcaagggcgtcattatcttatgcttgtcc 26917492  T
Q  422 ccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 495  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||| |||   |||  |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26917493 ccatgttcatgatcatatgccatcttgcattgagactgttattattaatgaaatgagttaagtttgtttttgtc 26917566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 342 - 495
Target Start/End: Original strand, 4431011 - 4431164
Alignment:
Q  342 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgc 441  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||| | | |||||| ||  ||||    
T  4431011 tttaagataagttttattaggagagaagcaaataatgtttcccacttgttagctagggcggaattatcttatgctaattctcaaattcatggttgcatgc 4431110  T
Q  442 catcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 495  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4431111 catcttgtattacaattattattagaattgaaatgagttaagtttgtttctgtc 4431164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 252 - 422
Target Start/End: Original strand, 14964904 - 14965074
Alignment:
Q  252 gttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataa 351  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  || ||   || |||| | || |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  14964904 gttgacgacatctctaacaatttcagcaccaattttatattcaacgagattttaaacacttgcaaaatttaatttatgaatcatcaaaactttaagataa 14965003  T
Q  352 gtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcc 422  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  14965004 gtttcatcaagagacaatcaaataatgttgcccacttattagttagggcgccattatcttatactagttcc 14965074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 3 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 29468749 - 29468266
Alignment:
Q  3 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaattttt-aaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgat 101  Q
    ||||||||||| |||||  | || ||| | ||||||||||| |||| ||||||| |||||| || ||||||||||| || | ||||| |||||||| |      
T  29468749 tggattagaccggtagccagtgaggtggattgcaatgtcgacgcagtaattttttaaggatcaatgatgttatggg-tcagaatgtgcctaagaggggtg 29468651  T
Q  102 cgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttg 201  Q
    ||| |||||||||||  ||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| |||  |||| ||||||||    
T  29468650 cgaggggagttcattggagcgaagacaacttggtataaaggtctcccacaacctaaagaagcgaaagcacgaggtctaaaaaaagaaataaagtggcttg 29468551  T
Q  202 gtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgat 301  Q
    ||||| |||||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||| ||    
T  29468550 gtactttgaggtttccttcggtatctatcgaacttgattgcaagcaagtagttgattgcatctctagcaactttagcaccaggtccatgttcggcgcaat 29468451  T
Q  302 tctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcg 401  Q
     || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||  |    
T  29468450 cctgaatatttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattatgagacaaacaaataatgttgcatacttgttagctaggatg 29468351  T
Q  402 tcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagttt 486  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  29468350 tcattatgttatgctagttctcaagttcatgattacatgtcatcttgtattacaactactattattaatgaaatgagttgagttt 29468266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 111; Significance: 9e-56; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 138 - 480
Target Start/End: Original strand, 9252262 - 9252603
Alignment:
Q  138 aaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttg 237  Q
    |||||| |||||||| |||| || |  |||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||| || | ||||||||||   | |||||||| ||||||    
T  9252262 aaaggtatcccacaatccaacgaggtggaagcaagagatttaaaagaagcgataaattggtttgataatttgaggttttcttcg-tgtctatcaaacttg 9252360  T
Q  238 attgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatca 337  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||  |||| ||||| |||  | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  9252361 attgtaagcaagtggttgacggcatctctagcaatctaagcaccaatttcatgttcagcgctattctgaatggtggcaaagcttcacttttgaatcatca 9252460  T
Q  338 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattat 437  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| |||||| |  || ||| |||||||||| ||||||| |  ||| ||||||||    
T  9252461 aaactttaacataagtttcattaaaagacaaacgaataatgttacccatttgttagcctggacgttattatcttatcctagttctcatgttaatgattat 9252560  T
Q  438 atgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagtt 480  Q
    ||| |||||| |||||| |||  | ||| | ||||||||||||    
T  9252561 atgtcatcttatattacgactgttgttatatatgaaatgagtt 9252603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 40728566 - 40728311
Alignment:
Q  21 ggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatg---ttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcatta 117  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||||||||| ||||| ||||||||      ||   |||||||||    
T  40728566 ggggaggtgaagtacaatgtagatgcaacaatttttaaggatcaaggaggcggttatggggtcggaatgtgcctaagagg------at---agttcatta 40728476  T
Q  118 aagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttc 217  Q
     ||| |||||| | ||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||| |||||||| |||||||| |    
T  40728475 gagccaagacatcttggtatacaggtctccaataacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaggaagcgacaaaatggtttggtactttgaggtttac 40728376  T
Q  218 cagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcacca 282  Q
       | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40728375 ttcgttgtctatcgaacttgattgcaagcaagtatttgacgacatctctagcaacttcagcacca 40728311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 192
Target Start/End: Original strand, 10785850 - 10786022
Alignment:
Q  20 tggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaa 119  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||| |    
T  10785850 tggggaagtgaagtgtaatgttgatacaacaatttttaaggaacaaggttgttatgggatcggtatgtgtttgagaggggatcgaggggagttcattaga 10785949  T
Q  120 gcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataa 192  Q
    || |||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10785950 gcgaagacaacttggtacaaaggcatcccacaacccaaagaagtaaaagcaagaggtctaaaagaaacgataa 10786022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 49 - 417
Target Start/End: Original strand, 37490630 - 37490999
Alignment:
Q  49 caatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctccc 148  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||   ||| |||| || | ||||||| |||||| ||||  ||| |||||| | | ||  ||||| || ||    
T  37490630 caatttttaaagagtaaggatgttatgggatcaacatgggtcttagcgatgatcgaggggagtacattggagcgaagacaacttcgtttaaaggccttcc 37490729  T
Q  149 acaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa 248  Q
    |||| |||| |  |  ||||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||| | |||||||| |   | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  37490730 acaatccaacgtggaggaagcaaaaggtttaaaagaagcgataaattgtcttggtaatttgaggtttccttcgttgtctatcaaacttgattgtaagcaa 37490829  T
Q  249 gtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgt-ttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaag 347  Q
     | ||||||| ||||||||||||  |||  ||||||| ||||| ||| |   ||| | |||  ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  37490830 atcgttgacgacatctctagcaatctcaataccaatttcatgtgttgacattattttgaatgattgcaaagcttcactactgaatcatcaaaactttcag 37490929  T
Q  348 ataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgcta 417  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  37490930 ataagtttcattagaagacaagtaaataatgttgtccacttgttagctaggacgtcattatctcatgcta 37490999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 72 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 13019258 - 13018965
Alignment:
Q  72 tatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaa 171  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| || ||||||||||||  || |||||| | ||||  ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||    
T  13019258 tatggggtcggcatgcgtcttagaggggattgaggggagttcattagggcgaagacaacttggtttaaaggcctcccacaatccaacgaggcagaagcaa 13019159  T
Q  172 gaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaa 271  Q
    | ||| |||||||||||||||  | | |||| | |  ||| |||||   |||||||||||||||| |||| |||    ||||||| | ||||||||||||    
T  13019158 gtggtttaaaagaagcgataaattcgtttggcaattcgagattttcttcggtgtctatcgaacttaattgtaag----tggttgatgccatctctagcaa 13019063  T
Q  272 cttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaaca 371  Q
    |        | |||||||||||||||| ||||| |||  ||  ||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13019062 c--------ccattccatgtttggcgctattcttaatggttataaagcttcacatctgaatcatcaaaattttaagataagtttcattaggagacaatca 13018971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 311 - 452
Target Start/End: Original strand, 19920791 - 19920932
Alignment:
Q  311 ttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatc 409  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||| ||||  ||| |||||| | ||| ||||||||||    
T  19920791 ttgcaaaacatcactta-gaatctatcaaaactttaagctaggtttcattaggaaacaagcaaatagtgtttgccatttgttagcaaggacgtcattatc 19920889  T
Q  410 ttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtatt 452  Q
    |||| | |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  19920890 ttataccagttcccacattcatgattatatgccatcttgtatt 19920932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 177 - 490
Target Start/End: Original strand, 8294968 - 8295281
Alignment:
Q  177 ctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttca 276  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| | ||||||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  || |     |||    
T  8294968 ctaaaagaggcgataaaatggcttggaagtatgagtctatctaaggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtgatttacggcatagcttggggactca 8295067  T
Q  277 gcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaata 375  Q
     || ||||| |||||||||||   ||||  ||| ||||||| ||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  8295068 acatcaatttcatgtttggcgttgttcttgatatttgcaaagcttcactta-gaatctgccaaaactttaagataagttttattaagagacaaataaata 8295166  T
Q  376 atgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaat 475  Q
     |||||| || ||| || | |    |||||||||||||| || |  |   ||||||||  |||| ||||||||||||   | | ||||||  ||||||||    
T  8295167 gtgttgctcatttgctaacaaatttgtcattatcttatgttaatctctacgttcatgaacatataccatcttgtattgagattgctattaataatgaaat 8295266  T
Q  476 gagttaagtttgttt 490  Q
    |||||||||||||||    
T  8295267 gagttaagtttgttt 8295281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 221 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 24588736 - 24588542
Alignment:
Q  221 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||     ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||| ||    
T  24588736 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgacataactaggggactcaacaccaattccatgtttggcgctattcttgatatttgtaaagct 24588637  T
Q  321 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 419  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||     ||||||| ||||| | |||| |||||| ||||||||| |   ||   ||||||||||||||||||||||||    
T  24588636 tcactta-gaatctaacaaaactt----gtaagttttattagaacacaatcaaatagtgttgcccattcactagaaagggcgtcattatcttatgctagt 24588542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 336 - 374
Target Start/End: Original strand, 13923026 - 13923064
Alignment:
Q  336 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  13923026 caaaactttaagataagtttcattaggaaacaagcaaat 13923064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 338 - 451
Target Start/End: Original strand, 36359621 - 36359734
Alignment:
Q  338 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattat 437  Q
    |||||||||||||||||| || ||  ||||| |||| ||||| ||  | |||||| | ||||| ||||| || |||||||| || | |  ||||||| ||    
T  36359621 aaactttaagataagttttatcagacgacaagcaaacaatgtggctaatttgttagcaagggcttcattgtcatatgctaggtctcaatgtcatgatcat 36359720  T
Q  438 atgccatcttgtat 451  Q
    ||||||||||||||    
T  36359721 atgccatcttgtat 36359734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 83; Significance: 4e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 36 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 18998 - 18603
Alignment:
Q  36 aatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaa-agcaaagacagcgtgg 134  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||| | ||||||  |||||||| ||||| |||| | |||||| ||||   ||| |||||| | |||    
T  18998 aatgtcgatacaacaatttt-aaggagtaaggatgttgttgggtcgacatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattgggagcgaagacaacttgg 18900  T
Q  135 tacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaac 234  Q
    |  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||       ||||||||| | | |||||| |   ||||||||| ||||    
T  18899 tttaaaggtctcccacaacccaatgaggcgtaagcaagaggtttaaaagaagcg-------ggcttggtaatttaaggtttccgtcggtgtctattgaac 18807  T
Q  235 ttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatca 334  Q
    ||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||  ||| ||||||||||| ||||   || ||| | |||  ||||||| |||||||| |||||||    
T  18806 ttgattgtaaacaagtggttgacgacatatctagaaatctcaacaccaattccacgtttat-gctattttgaatggttgcaaagcttcacttctgaatca 18708  T
Q  335 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 434  Q
    |||||| || |||| ||||||||||| || | ||| ||||||| |||||||||||||| | | |  ||||||| || ||||||| |||  ||||||||||    
T  18707 tcaaaatttgaagacaagtttcattaagaaaaaaagaaataattttgcccacttgttagccaagttgtcattacctcatgctagctccaaagttcatgat 18608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 278 - 453
Target Start/End: Original strand, 5460873 - 5461048
Alignment:
Q  278 caccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataa 376  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||| |||| |||  ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  5460873 caccaattccatgttcggcgctattctagagacttgcaaagcttc-cttgagaatttaccaaaactttaagataagtttcattaggagacaagcaaatat 5460971  T
Q  377 tgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtatta 453  Q
    ||||||  |||||||| ||||  | |||||||||||||||||| | | | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  5460972 tgttgctgacttgttagctagaacatcattatcttatgctagtcctcaaattcatgatcatatgccatcttgtatta 5461048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 165 - 414
Target Start/End: Original strand, 28283782 - 28284031
Alignment:
Q  165 gaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatct 264  Q
    |||||||| | | |||||||||| ||||  |||||| ||| | |||||||| |    |||||||| ||||||||| | |||||||||  ||| | |||||    
T  28283782 gaagcaagggttttaaaagaagcaataaattggcttagtaatttgaggtttccttctgtgtctattgaacttgatcgtaagcaagtgcctgatgacatct 28283881  T
Q  265 ctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 364  Q
    |||||||  ||| |||  |||| |||||   | | ||||| |||   ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28283882 ctagcaatctcaacactgattctatgttcaacactattctgaatggctgctaagcttcacttctgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 28283981  T
Q  365 acaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 414  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  28283982 acaaacaaataatgatgttcacttgttagtcagggtgtcattatcttatg 28284031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 328 - 490
Target Start/End: Original strand, 29443757 - 29443918
Alignment:
Q  328 tgaatcatcaaaactttaagataagttt-cattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgag 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| |||||||  |||  ||||||||| | ||||| | ||||||||||| | |||| |  |    
T  29443757 tgaatcatcaaaactttaagataagttttcattt--agacaagcaaataaatttgttcacttgttagcaagggcattattatcttatgtttgttctcatg 29443854  T
Q  427 ttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgttt 490  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||| | |||| |||  ||||||||||||| |||||||||    
T  29443855 ttcatgattatatgtcatattgtattacgattactgttattaatgaaatgagttgagtttgttt 29443918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 312 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 43000554 - 43000413
Alignment:
Q  312 tgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatctt 411  Q
    |||||| |||||||||  ||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||| || | || |||||  ||| || |||||||||||    
T  43000554 tgcaaagcttcacttaaaaaaaatcaaaactttaatataagttttattaggagacaagcaaacaatattactcatttgtttgctaaggtgtcattatctt 43000455  T
Q  412 atgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtatta 453  Q
    |||||| || || |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  43000454 atgctaatttccaagttcatgattatatgtcatcttgcatta 43000413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 450
Target Start/End: Original strand, 43381919 - 43382010
Alignment:
Q  359 taggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgta 450  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||||| |||| | ||||||||    
T  43381919 taggagacaaacaaatagtgttgctcatttgttaacaaggacgtcattatcttatgctagtttccacattcatgatcatattctatcttgta 43382010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 222 - 259
Target Start/End: Original strand, 43381799 - 43381836
Alignment:
Q  222 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43381799 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 43381836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 381
Target Start/End: Original strand, 29135150 - 29135189
Alignment:
Q  342 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttg 381  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  29135150 tttaagataagtttcgttaggagacaaataaataatgttg 29135189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 380
Target Start/End: Original strand, 35762788 - 35762849
Alignment:
Q  320 ttcacttatgaatcatcaaaactttaaga-taagtttcattaggagacaaacaaataatgtt 380  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| |||| | |||||||||||||||||    
T  35762788 ttcacttgtgaatcatcaaaactttaatattaaattttattatgggacaaacaaataatgtt 35762849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 340 - 452
Target Start/End: Original strand, 39079649 - 39079761
Alignment:
Q  340 actttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatat 439  Q
    |||||||||||||||| ||||   || ||| ||||||||| |  || |||||| ||||   ||||||||||||||||||||  | | |||||||| ||||    
T  39079649 actttaagataagttttattacacgaaaaataaataatgtcgttcatttgttagctagaaagtcattatcttatgctagttttcaaattcatgatcatat 39079748  T
Q  440 gccatcttgtatt 452  Q
     | ||||||||||    
T  39079749 actatcttgtatt 39079761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 336 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 9738720 - 9738634
Alignment:
Q  336 caaaactttaagataagttt-cattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 421  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9738720 caaaactttaagatattttttcattaggtgacaaccaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatcttatgttagttc 9738634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 344 - 480
Target Start/End: Original strand, 46107349 - 46107485
Alignment:
Q  344 taagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgcca 443  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||| || |||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||  | ||||  || ||||||||    
T  46107349 taagatacgtttcattaggtgacaagtaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatattatgttagttcctaaattcacaatcatatgcca 46107448  T
Q  444 tcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagtt 480  Q
     ||||||| || ||   |||||  |||||||||||||    
T  46107449 acttgtatcacgacagttattactaatgaaatgagtt 46107485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 337 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 21330833 - 21330778
Alignment:
Q  337 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgtta 392  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  21330833 aaaactttaagataagttttattcggagacaaataaataatgttgctcatttgtta 21330778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 335 - 379
Target Start/End: Original strand, 43059104 - 43059148
Alignment:
Q  335 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgt 379  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  43059104 tcaaaattttaagataagtttcattataagacaaacaaataatgt 43059148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 337 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 35529090 - 35529008
Alignment:
Q  337 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagtt 420  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| || |||||| ||||   |||||||||||||| |||||    
T  35529090 aaaattttaaaataagtttcattaagcgacaaacaaatgatgttgctca-ttgttagctagaatgtcattatcttatgttagtt 35529008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 336 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 47798438 - 47798396
Alignment:
Q  336 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatg 378  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  47798438 caaaactttaagataagttttattaagagacaaataaataatg 47798396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 292
Target Start/End: Original strand, 17571196 - 17571309
Alignment:
Q  179 aaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagc 278  Q
    ||||||||||||||  |  ||| ||| | ||||||||||   ||| |||||||||||| | || ||| | |||||||||| ||||||||||||  ||| |    
T  17571196 aaaagaagcgataaactaacttagtaatttgaggttttcttcggtctctatcgaacttaactgtaagtatgtggttgacgacatctctagcaatctcaac 17571295  T
Q  279 accaattccatgtt 292  Q
    ||||||| ||||||    
T  17571296 accaattacatgtt 17571309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 334 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 46016324 - 46016235
Alignment:
Q  334 atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttccc 423  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |  ||||| |||| |||||||| || ||||||  ||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  46016324 atcaaaactataatataagtttcatttgaggacaatcaaacaatgttgctcatttgttagttagagcatcattatcttatgtttgttccc 46016235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University