View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9790_low_13 (Length: 374)

Name: NF9790_low_13
Description: NF9790
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9790_low_13
NF9790_low_13
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (44-362)||(34302276-34302594)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (47-360)||(34645621-34645934)
chr5 (47-360)||(34665315-34665628)
chr5 (60-363)||(19649608-19649911)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (50-362)||(40717328-40717640)
chr8 (47-362)||(14182566-14182881)
chr8 (59-364)||(14191518-14191823)
chr8 (47-346)||(14200520-14200819)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (138-362)||(45644907-45645132)
chr4 (47-337)||(1389902-1390194)
chr4 (59-111)||(45644854-45644906)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (233-363)||(28402634-28402764)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 44 - 362
Target Start/End: Original strand, 34302276 - 34302594
Alignment:
Q  44 caagctctaagcaacggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcg 143  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34302276 caagctgtaagcaacggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcg 34302375  T
Q  144 atgcagtacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatat 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34302376 atgcagtacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcactctaacaaaaattctcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatat 34302475  T
Q  244 catgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgt 343  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34302476 catgagctattcagttggcaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgt 34302575  T
Q  344 tacaatcaaaccactccta 362  Q
    |||||||||||||||||||    
T  34302576 tacaatcaaaccactccta 34302594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 47 - 360
Target Start/End: Original strand, 34645621 - 34645934
Alignment:
Q  47 gctctaagcaacggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcgatg 146  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||  |||| |||||||||||  |||||||||    
T  34645621 gctctaagcaatggttttagtgttgaactcatccaccgtgactccccaaaatcaccatactacaaacctaccgaaaataaataccaacactttgtcgatg 34645720  T
Q  147 cagtacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatatcat 246  Q
    ||| || |||||| |||||||||| |||||| |||   ||| ||| |    |||||||||||||||||||||||||| |  ||  ||||| |||| ||||    
T  34645721 cagcacgtcgttccatcaatcgtgccaatcatttctttaaagattctgacacaagtacacctgaatcaactgtaatccccgataggggtggttatctcat 34645820  T
Q  247 gagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttac 346  Q
    || |||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34645821 gacctattcagttggtacccctccaactaagatatatggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtgaacaatgttac 34645920  T
Q  347 aatcaaaccactcc 360  Q
    || |||||||||||    
T  34645921 aaccaaaccactcc 34645934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 47 - 360
Target Start/End: Original strand, 34665315 - 34665628
Alignment:
Q  47 gctctaagcaacggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcgatg 146  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||  |||| |||||||||||  |||||||||    
T  34665315 gctctaagcaatggttttagtgttgaactcatccaccgtgactccccaaaatcaccatactacaaacctaccgaaaataaataccaacactttgtcgatg 34665414  T
Q  147 cagtacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatatcat 246  Q
    ||| || |||||| |||||||||| |||||| |||   ||| ||| |    |||||||||||||||||||||||||| |  ||  ||||| |||| ||||    
T  34665415 cagcacgtcgttccatcaatcgtgccaatcatttctttaaagattctgacacaagtacacctgaatcaactgtaatccccgataggggtggttatctcat 34665514  T
Q  247 gagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttac 346  Q
    || |||||||||||||||||| |||| ||||  ||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  34665515 gacctattcagttggtacccctccaactaagatatacggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgtgagccttgtgaacaatgttac 34665614  T
Q  347 aatcaaaccactcc 360  Q
    || |||||||||||    
T  34665615 aaccaaaccactcc 34665628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 60 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 19649911 - 19649608
Alignment:
Q  60 gttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcgatgcagtacatcgttc 159  Q
    |||||||| ||||||| || ||||| || || |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||| | || ||| ||    
T  19649911 gttttagttttgaactcatccaccgcgattcttcaaaatcaccactctacaaacctgcacaaaacaaattccagcatgttgtcaatgctgcacgtcggtc 19649812  T
Q  160 gatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgta-atctcttatgagggtgattatatcatgagctattcagt 258  Q
     |||||||||| |||||  ||    ||| |||  ||  | | ||||||||||||||| ||| || ||  |||  ||||| ||| | ||||  ||||| ||    
T  19649811 catcaatcgtgccaatcgtttatttaaagattccctctccaatacacctgaatcaaccgtatatgtca-atggaggtgagtatttgatgacttattcggt 19649713  T
Q  259 tggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttacaatcaaaccact 358  Q
    |||||| || ||  ||||   ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  19649712 tggtacacctccgtttaatgtatatggtgttgttgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgtaagccttgtgaacaatgctacaagcaaaccact 19649613  T
Q  359 cctat 363  Q
    |||||    
T  19649612 cctat 19649608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 50 - 362
Target Start/End: Original strand, 40717328 - 40717640
Alignment:
Q  50 ctaagcaacggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcgatgcag 149  Q
    |||| ||| ||||||||  |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||  |||| |    
T  40717328 ctaaacaatggttttagcgttgaacttatccaccgcgactcttcaaaatcaccattctaccaacctacacaaaacaagtaccaaaaagttgtgaatgccg 40717427  T
Q  150 tacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatatcatgag 249  Q
     || |||||| ||||| ||||  ||||| ||| |||||||||  ||| ||||| |||||||||||| ||||||| || || | ||||| ||| | ||||     
T  40717428 cacgtcgttctatcaaccgtgctaatcatttctacaaaaattcacttacaagttcacctgaatcaaatgtaatccctgataatggtgagtatctgatgac 40717527  T
Q  250 ctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttacaat 349  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  40717528 ctattcaattggtagcccaccatttaagttatatggcattgttgacacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtgaacaatgttacaac 40717627  T
Q  350 caaaccactccta 362  Q
    |||||||||||||    
T  40717628 caaaccactccta 40717640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 47 - 362
Target Start/End: Original strand, 14182566 - 14182881
Alignment:
Q  47 gctctaagcaacggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcgatg 146  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  14182566 gctctaaacaatggttttagtgttgaactcatccaccgcgactcctcaaaatcaccactataccaacctacacaaaacaaataccaacatattgtcaatg 14182665  T
Q  147 cagtacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatatcat 246  Q
    | | ||  ||||| |||||||||| |||||| ||| |||||| |   ||  |||  |||||| |||||||||||||| |  || | || || ||| ||||    
T  14182666 ccgcacgccgttctatcaatcgtgccaatcatttctacaaaactgccctcacaaacacacctcaatcaactgtaatccccgatcatggcgagtatctcat 14182765  T
Q  247 gagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttac 346  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  || ||||||||    
T  14182766 gacctattcagttggtaccccaccatttaagttatatggcattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgcaaagaatgttac 14182865  T
Q  347 aatcaaaccactccta 362  Q
    |||||||| |||||||    
T  14182866 aatcaaacaactccta 14182881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 59 - 364
Target Start/End: Original strand, 14191518 - 14191823
Alignment:
Q  59 ggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcgatgcagtacatcgtt 158  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| | |||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||| | || |||||    
T  14191518 ggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaaataaataccaatattttgtcgatgccgcacgtcgtt 14191617  T
Q  159 cgatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatatcatgagctattcagt 258  Q
    | ||||| |||| |||||| ||  ||||| |||  ||||||| || |||| |||||||||||||| |  ||   || || ||| | |||| |||||||||    
T  14191618 ccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaatccccgatatcggcgagtatctaatgacctattcagt 14191717  T
Q  259 tggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttacaatcaaaccact 358  Q
    |||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  14191718 tggtacaccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaaccact 14191817  T
Q  359 cctatg 364  Q
    ||||||    
T  14191818 cctatg 14191823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 47 - 346
Target Start/End: Original strand, 14200520 - 14200819
Alignment:
Q  47 gctctaagcaacggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcgatg 146  Q
    ||||||| ||| ||||| | | ||||||| || || || ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||   ||| | |||    
T  14200520 gctctaaacaatggtttcactcttgaactcatccatcgcgactcttcaaaatcaccattctaccaacctacacaaaacaaatacgaacgcattgccaatg 14200619  T
Q  147 cagtacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatatcat 246  Q
    | || | |||||| ||||| |||||||| || ||| ||||| ||| |||  | ||||||||| |||||||||||| |||| || | ||||| ||| ||||    
T  14200620 cggtgcgtcgttccatcaaccgtgtcaaccatttctacaaatattctctcactagtacacctcaatcaactgtaaactctgataaaggtgagtatctcat 14200719  T
Q  247 gagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttac 346  Q
    ||| |||||| ||||||| |||||| |||||  || |||  |||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  14200720 gagttattcaattggtactccaccatttaaggtatttggctttgttgatacaggtagtgaccttgtttggcttcaatgtgagccttgtaaacaatgttac 14200819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 138 - 362
Target Start/End: Original strand, 45644907 - 45645132
Alignment:
Q  138 ttgtcgatgcagtacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtga 237  Q
    ||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |  ||   |||      
T  45644907 ttgtcaatgcagcacatcgttccatcattcgtgtcaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttc 45645006  T
Q  238 ttatatcatgagctattcagttggtaccccaccaattaagtc-atatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtga 336  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |    
T  45645007 ttatctcatgaactattgagttggtaccccaccatttaagtttatatggtattatcgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaa 45645106  T
Q  337 acaatgttacaatcaaaccactccta 362  Q
    |||||||||||| |||||||||||||    
T  45645107 acaatgttacaaccaaaccactccta 45645132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 337
Target Start/End: Original strand, 1389902 - 1390194
Alignment:
Q  47 gctctaagcaacggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcgatg 146  Q
    ||||||| ||| || |||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||| || |||| |||    
T  1389902 gctctaaacaatggctttagtgttgaactcatccaccgtgactcttcaaaatcaccactctaccaacctacacaaaataaataccaacgtg-tgtcaatg 1390000  T
Q  147 cagtacatcgttcgatcaatcgtgtcaatcacttcaacaaaaattatcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatatcat 246  Q
    |  | |||||||| ||  |||||||| |||| ||| || || |||  ||| | |  | |||| |||| ||||| ||| |   | | ||||| | | | ||    
T  1390001 ccatgcatcgttccattgatcgtgtcgatcatttctactaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatccccgctaaaggtgagtttcttat 1390100  T
Q  247 gagctattcagttggtaccccaccaattaag---tcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaa 337  Q
    || ||||||||| |||||||||||| | |||   | |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||||    
T  1390101 gacctattcagtcggtaccccaccattaaagttattatatggtattgttgatacaggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaa 1390194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 111
Target Start/End: Original strand, 45644854 - 45644906
Alignment:
Q  59 ggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaa 111  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  45644854 ggttttagtgttgaacttattcaccgcgactcctcaaaatcaccactctacaa 45644906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 363
Target Start/End: Original strand, 28402634 - 28402764
Alignment:
Q  233 ggtgattatatcatgagctattcagttggtaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagcctt 332  Q
    ||||| ||| |||| || || |||||||||||||||||  ||||    |||||| || | |||||||||||| |||| || ||||| |||||| ||||||    
T  28402634 ggtgagtatctcattagttactcagttggtaccccaccctttaaagtttatggttttatggatacaggtagtaacatagtttggcttcaatgccagcctt 28402733  T
Q  333 gtgaacaatgttacaatcaaaccactcctat 363  Q
    || |   ||||| |||||||||| |||||||    
T  28402734 gtcatacatgtttcaatcaaacctctcctat 28402764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University