View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9791_low_18 (Length: 237)

Name: NF9791_low_18
Description: NF9791
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9791_low_18
NF9791_low_18
[»] chr4 (49 HSPs)
chr4 (1-224)||(27501227-27501450)
chr4 (1-225)||(27498324-27498548)
chr4 (1-220)||(27526119-27526338)
chr4 (8-220)||(27486894-27487109)
chr4 (1-219)||(27513783-27514004)
chr4 (1-220)||(27557394-27557622)
chr4 (7-220)||(27554225-27554436)
chr4 (1-220)||(27505709-27505931)
chr4 (1-225)||(27516616-27516840)
chr4 (7-220)||(27479812-27480028)
chr4 (7-223)||(27444807-27445032)
chr4 (8-220)||(27523417-27523632)
chr4 (8-220)||(27476601-27476813)
chr4 (7-150)||(27431161-27431304)
chr4 (8-175)||(27469419-27469586)
chr4 (76-223)||(27500420-27500567)
chr4 (7-218)||(27473808-27474019)
chr4 (1-211)||(27466744-27466954)
chr4 (8-220)||(27502821-27503030)
chr4 (11-153)||(27506679-27506821)
chr4 (11-112)||(27412686-27412787)
chr4 (54-175)||(27425771-27425892)
chr4 (58-169)||(27566015-27566126)
chr4 (11-153)||(27478900-27479042)
chr4 (11-153)||(27485960-27486102)
chr4 (11-153)||(27497339-27497481)
chr4 (20-150)||(27527145-27527275)
chr4 (22-169)||(27415589-27415733)
chr4 (11-175)||(27570066-27570230)
chr4 (7-150)||(27421944-27422091)
chr4 (8-66)||(27502149-27502207)
chr4 (7-105)||(27585717-27585815)
chr4 (11-111)||(27489983-27490083)
chr4 (11-150)||(17970283-17970422)
chr4 (11-92)||(27468344-27468425)
chr4 (11-92)||(27503964-27504045)
chr4 (161-220)||(27507980-27508036)
chr4 (11-104)||(27563363-27563456)
chr4 (8-150)||(27424528-27424670)
chr4 (11-92)||(27524566-27524647)
chr4 (7-123)||(27460489-27460605)
chr4 (11-150)||(27423206-27423345)
chr4 (11-90)||(27508896-27508975)
chr4 (8-150)||(27414318-27414460)
chr4 (11-92)||(27475596-27475677)
chr4 (11-92)||(27514933-27515014)
chr4 (170-211)||(27563543-27563584)
chr4 (171-223)||(27412563-27412615)
chr4 (187-223)||(27420301-27420337)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-220)||(1754248-1754467)
chr5 (23-150)||(1756786-1756913)
chr5 (11-153)||(1754669-1754811)
chr5 (7-123)||(1759259-1759379)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (11-135)||(55084785-55084909)
chr3 (11-150)||(38024892-38025031)
chr3 (11-150)||(38031344-38031483)
chr3 (18-123)||(38043914-38044019)
chr3 (11-150)||(50911886-50912025)
chr3 (11-150)||(50904809-50904948)
chr3 (18-150)||(38033803-38033935)
chr3 (18-150)||(38028790-38028922)
chr3 (18-150)||(38036817-38036949)
chr3 (18-150)||(38040105-38040237)
chr3 (54-150)||(48840771-48840867)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-150)||(21607313-21607452)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-150)||(3073553-3073692)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 49)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27501450 - 27501227
Alignment:
Q  1 aatagcgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27501450 aatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 27501351  T
Q  101 acaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27501350 acaaaccgtttcatttcctctccaacatatactgctagacatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaac 27501251  T
Q  201 gaaaacccattcttgtatgtgttg 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  27501250 gaaaacccattcttgtatgtgttg 27501227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 27498548 - 27498324
Alignment:
Q  1 aatagcgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 100  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27498548 aatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatatagggatc 27498449  T
Q  101 acaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaac 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  || || ||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||    
T  27498448 acaaaacgtttcatttcctctccaacatatactgctagatatccctttggcatgtccacgccttttgaagacgatgtccttctgatgatacctggtaaac 27498349  T
Q  201 gaaaacccattcttgtatgtgttga 225  Q
    ||||||||||| | |||||||||||    
T  27498348 gaaaacccattttcgtatgtgttga 27498324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 27526119 - 27526338
Alignment:
Q  1 aatagcgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||  | | |||||| ||||||||||  || |||    
T  27526119 aatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatc 27526218  T
Q  101 acaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaac 200  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | | ||||| ||||||||    
T  27526219 acaaaccgcttcattttctctccaacatacactgctagatatccctttggaacatcgacaccttttgaagatgatgcccttttgatgatactaggtaaac 27526318  T
Q  201 gaaaacccattcttgtatgt 220  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  27526319 gaaaacccattgttgtatgt 27526338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 8 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27487109 - 27486894
Alignment:
Q  8 agaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaacc 107  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  27487109 agaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataaagggatcacaaacc 27487010  T
Q  108 gtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtcct---tcttaggataccaggtaaacgaaa 204  Q
    | ||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||   ||| | |||||  |||||||| ||    
T  27487009 gcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttgaagatgatgcccttgatctgatgatacttggtaaacggaa 27486910  T
Q  205 acccattcttgtatgt 220  Q
    ||||||| ||||||||    
T  27486909 acccattgttgtatgt 27486894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 27513783 - 27514004
Alignment:
Q  1 aatagcgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 100  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||| ||| | | |||||| ||||||||||||||||||    
T  27513783 aatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttcaacaattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatattgggatc 27513882  T
Q  101 acaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtcct---tcttaggataccaggta 197  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || ||| ||||||||||||||  |||   ||| | |||||  ||||    
T  27513883 acaaaccgcttcattttctctcctacatacactgctagatatccttttggcacgtcaacagcttttgaagatgatacccttgatctgatgatacttggta 27513982  T
Q  198 aacgaaaacccattcttgtatg 219  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  27513983 aacgaaaacccattgttgtatg 27514004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27557622 - 27557394
Alignment:
Q  1 aatagcgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 100  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27557622 aatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggtttaagtatgacattgggatc 27557523  T
Q  101 acaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaaga---------tgatgtccttcttaggatac 191  Q
    |||||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||| || || ||||| ||||||||         ||||| |||||| | ||||     
T  27557522 acaaacctcttcatttcctctccaacatatacggcaagatatccccttggcacatccacaccctttgaagatgcttggtttgatgcccttctgatgataa 27557423  T
Q  192 caggtaaacgaaaacccattcttgtatgt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27557422 caggtaaacgaaaacccattcttatatgt 27557394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 7 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27554436 - 27554225
Alignment:
Q  7 gagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaac 106  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||| |||||||| ||||  | || ||||  |||||||||    
T  27554436 gagactacccgttggatgatcatatccaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaacgatggttggcttaacaaagaaattgatatcacaaac 27554337  T
Q  107 cgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaacgaaaac 206  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || || ||||||||||||| | |  || | ||||||||||||||||||||||    
T  27554336 cgcttcatttcctctccaacatatactgcaaggtatccctttggcacatccactccttttgaagatgct-tggtt-tgaggataccaggtaaacgaaaac 27554239  T
Q  207 ccattcttgtatgt 220  Q
    ||||||||||||||    
T  27554238 ccattcttgtatgt 27554225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 27505709 - 27505931
Alignment:
Q  1 aatagcgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 100  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  | | |||||| ||||||||||  || |||    
T  27505709 aatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatc 27505808  T
Q  101 acaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtcct---tcttaggataccaggta 197  Q
    |||||||| ||||||| |||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||| | |   ||| | |||||  ||||    
T  27505809 acaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatacccctttggcacctccaaaccttttgaagatgatgcctttgatctgatgatacttggta 27505908  T
Q  198 aacgaaaacccattcttgtatgt 220  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  27505909 aacgaaaacccattgttgtatgt 27505931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 27516616 - 27516840
Alignment:
Q  1 aatagcgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 100  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||  ||| || || |||||||| ||||||    
T  27516616 aatagtgagaccccccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatc 27516715  T
Q  101 acaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaac 200  Q
    ||||| |  ||||| |||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||  | |||  |||||||||||||| |||| | | ||||| ||||||||    
T  27516716 acaaatctcttcatgtcctttcctacatacacagctagatatccctttggaacgcccacagattttgaagatgatgaccttttgatgatactaggtaaac 27516815  T
Q  201 gaaaacccattcttgtatgtgttga 225  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  27516816 gaaaacccattgttgtatgtgttga 27516840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27480028 - 27479812
Alignment:
Q  7 gagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaac 106  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||  ||| |||||| ||||||||||  || ||||||||     
T  27480028 gagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaa 27479929  T
Q  107 cgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtcct---tcttaggataccaggtaaacgaa 203  Q
    || ||||||| |||||| || |||||||||||||| || ||||| || || | ||||||||||||||||| |||   ||| | |||||  ||||||||||    
T  27479928 cgcttcattttctctcctacgtatactgctagatagccttttggcacgtccaaaccttttgaagatgatgcccttgatctgatgatacttggtaaacgaa 27479829  T
Q  204 aacccattcttgtatgt 220  Q
    |||||||| ||||||||    
T  27479828 aacccattgttgtatgt 27479812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Original strand, 27444807 - 27445032
Alignment:
Q  7 gagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaac 106  Q
    |||||||||| ||||||| || ||| | ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||  ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  27444807 gagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaac 27444906  T
Q  107 cgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgat---------gtccttcttaggataccaggta 197  Q
    |  |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||||| |         | |||||| | |||||| | ||    
T  27444907 ctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgcagcccttctgatgataccggtta 27445006  T
Q  198 aacgaaaacccattcttgtatgtgtt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  27445007 aacgaaaacccattcttgtatgtgtt 27445032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 8 - 220
Target Start/End: Original strand, 27523417 - 27523632
Alignment:
Q  8 agaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaacc 107  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||  | | |||||| || |||||||  || ||||||||||    
T  27523417 agaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaagtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaacc 27523516  T
Q  108 gtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtcct---tcttaggataccaggtaaacgaaa 204  Q
    | ||||||| |||||| || || ||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||   ||| | ||||| | ||||||||||    
T  27523517 gcttcattttctctcctacgtacactgctagatagccctttggaacgtccacagcttttgaagatgatgcccttgatctgatgatactacgtaaacgaaa 27523616  T
Q  205 acccattcttgtatgt 220  Q
    ||||||| ||||||||    
T  27523617 acccattgttgtatgt 27523632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 8 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27476813 - 27476601
Alignment:
Q  8 agaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaacc 107  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||| ||  ||||| ||  | | |||||| ||||||||||  || ||||||||||    
T  27476813 agaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaacc 27476714  T
Q  108 gtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaacgaaaacc 207  Q
    | ||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||   ||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||| |||||    
T  27476713 gcttcattttctcaccaacatacactgctagatatccctttggaacgtccacggtttttgaagatgatgtccttttgatgatactaggtaaacggaaacc 27476614  T
Q  208 cattcttgtatgt 220  Q
    |||| ||||||||    
T  27476613 cattgttgtatgt 27476601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 7 - 150
Target Start/End: Original strand, 27431161 - 27431304
Alignment:
Q  7 gagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaac 106  Q
    ||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27431161 gagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaac 27431260  T
Q  107 cgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |  |||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||    
T  27431261 ctcttcatttcatccccaacatatactgcaatatatccctttgg 27431304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 27469586 - 27469419
Alignment:
Q  8 agaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaacc 107  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||||||| || |||||| ||||||  ||||| ||  ||| ||| || || |||||||| |||||||||||||    
T  27469586 agaccacccattggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggctcaacagttcttgtaatgatgtttgcttcaaatatgatatagggatcacaaacc 27469487  T
Q  108 gtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgat 175  Q
    | ||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  27469486 gcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttgaagatgat 27469419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 223
Target Start/End: Original strand, 27500420 - 27500567
Alignment:
Q  76 ttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgat 175  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| || || |||||||||||||| ||||| || || |||  |||||||||||||    
T  27500420 ttggtttaagtatgatatagggatcacaaatcgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccttttggtacgtccacagattttgaagatgat 27500519  T
Q  176 gtccttcttaggataccaggtaaacgaaaacccattcttgtatgtgtt 223  Q
    | |||| | | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  27500520 gaccttttgatgatactaggtaaacgaaaacccattgttgtacgtgtt 27500567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 27474019 - 27473808
Alignment:
Q  7 gagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaac 106  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||| ||| ||||| ||  ||  ||| || || |||||||| |||||||||||     
T  27474019 gagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaat 27473920  T
Q  107 cgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaacgaaaac 206  Q
    |  ||||| |||||||| || || || ||||||||||||||||||||  | |||  |||||||||||||| |||| | | |||||  |||||||||||||    
T  27473919 ctcttcatctcctctcctacgtacacagctagatatccctttggaacacccacagattttgaagatgatgcccttttgatgatacttggtaaacgaaaac 27473820  T
Q  207 ccattcttgtat 218  Q
    ||||| ||||||    
T  27473819 ccattgttgtat 27473808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 27466954 - 27466744
Alignment:
Q  1 aatagcgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 100  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||| ||  ||||| || |||  ||| || || |||||||| ||||||    
T  27466954 aatagtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaataatttttgcttcaaatatgatatagggatc 27466855  T
Q  101 acaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaac 200  Q
    ||||| |  ||||| |||| ||| || || |||||||||||||||||||||||  | |||  |||||||||||||| |||| | | ||||| ||||||||    
T  27466854 acaaatctcttcatctcctttcctacgtacactgctagatatccctttggaacgcccacagattttgaagatgatgaccttttgatgatactaggtaaac 27466755  T
Q  201 gaaaacccatt 211  Q
    | |||||||||    
T  27466754 ggaaacccatt 27466744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 220
Target Start/End: Original strand, 27502821 - 27503030
Alignment:
Q  8 agaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaacc 107  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| |||||| |||| | |||||| ||| ||||||||||||  | | ||| || || ||||| ||||| ||||||||||    
T  27502821 agaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcagcaagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattggaatcacaaacc 27502920  T
Q  108 gtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaacgaaaacc 207  Q
    | ||||| | |||||| ||||| || || |||||||| ||||| || || |  |||||||||||||||| |||| |   |||||| |||||| |||||||    
T  27502921 gcttcatcttctctcctacataaacggcaagatatccttttggcacatccaagccttttgaagatgatgacctttt---gatacctggtaaatgaaaacc 27503017  T
Q  208 cattcttgtatgt 220  Q
    |||||||||||||    
T  27503018 cattcttgtatgt 27503030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 11 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 27506821 - 27506679
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| | |||||||| ||| |||||| ||| || ||||| |  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  27506821 ccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgcg 27506722  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaac 153  Q
    ||  || |||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  27506721 tctgtttctctccgacatatactgcaacatagccctttggaac 27506679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 27412787 - 27412686
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||| | ||| || |||||  |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27412787 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 27412688  T
Q  111 tc 112  Q
    ||    
T  27412687 tc 27412686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 54 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 27425892 - 27425771
Alignment:
Q  54 tcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaac 153  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||   || |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  27425892 tcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggatcacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 27425793  T
Q  154 ctcgacaccttttgaagatgat 175  Q
     || ||| |||| |||| ||||    
T  27425792 gtccacagctttcgaagctgat 27425771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 58 - 169
Target Start/End: Original strand, 27566015 - 27566126
Alignment:
Q  58 caagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcg 157  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||   || |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||     
T  27566015 caagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaatcgcttttgtttctctccaacatacactgcaagatatccctttggcacgtcc 27566114  T
Q  158 acaccttttgaa 169  Q
    ||| ||||||||    
T  27566115 acaacttttgaa 27566126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 153
Target Start/End: Original strand, 27478900 - 27479042
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| | |||||||| ||| |||||| ||| || ||||| |  | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |    
T  27478900 ccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgct 27478999  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaac 153  Q
    ||  || |||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||    
T  27479000 tctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 27479042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 153
Target Start/End: Original strand, 27485960 - 27486102
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| | |||||||| ||| |||||| ||| || ||||| |  | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |    
T  27485960 ccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgct 27486059  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaac 153  Q
    ||  || |||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||    
T  27486060 tctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 27486102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 153
Target Start/End: Original strand, 27497339 - 27497481
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    ||||| || |||||||| ||| |||| | |||||| |||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  27497339 ccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgct 27497438  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaac 153  Q
    |   ||  ||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||    
T  27497439 tttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 27497481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 20 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 27527275 - 27527145
Alignment:
Q  20 ggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcct 119  Q
    |||||||| ||| |||| | |||||| |||||  ||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||  |    
T  27527275 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccgtttctgtttat 27527176  T
Q  120 ctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |||| ||||| || || ||||| ||||||||    
T  27527175 ctccaacatacaccgcaagatagccctttgg 27527145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 27415733 - 27415589
Alignment:
Q  22 atgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctct 121  Q
    |||||| ||| |||| | |||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||   | |||  | |    
T  27415733 atgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgatatggggatcacaaatcg---cttttgtttt 27415637  T
Q  122 cccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaa 169  Q
    || ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||| ||||||||    
T  27415636 ccaacatacactgcaagatatccctttggcacatccacaacttttgaa 27415589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 11 - 175
Target Start/End: Original strand, 27570066 - 27570230
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| | |||||||| ||| | || | |||||| |||||  ||| ||||||||||||  | |||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||      
T  27570066 ccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcg 27570165  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgat 175  Q
    ||  || |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||| ||||||||| ||||    
T  27570166 tctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacatccacagcttttgaagctgat 27570230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 150
Target Start/End: Original strand, 27421944 - 27422091
Alignment:
Q  7 gagaccacccgttggatgatcgtattca----aattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcac 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||    |||| ||| || ||||| || |  || |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  27421944 gagaccacccgttggatgatcgtatccatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaataatggttggttcaagtatgatactggaatcac 27422043  T
Q  103 aaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
     ||||||||||||   ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||    
T  27422044 gaaccgtttcattctatctccaacatagactgcgagatagccttttgg 27422091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 66
Target Start/End: Original strand, 27502149 - 27502207
Alignment:
Q  8 agaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttg 66  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  27502149 agaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttg 27502207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 27585815 - 27585717
Alignment:
Q  7 gagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaa 105  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||| |||| | ||| ||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  27585815 gagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcatcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgatacggggatcacaaa 27585717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 27490083 - 27489983
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||| |  ||||  ||||||||||    
T  27490083 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatgacacagggactacaaaccgtt 27489984  T
Q  111 t 111  Q
    |    
T  27489983 t 27489983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 17970422 - 17970283
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||||||||||||| | |||| |||||| ||  |  ||| ||||| ||||||  | | |||||| ||||||||  | |||||||||||||| |    
T  17970422 ccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttcaagtatgacgtagggatcacaaaccgct 17970323  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    ||||||||||||| || || || || ||||||||||||||    
T  17970322 tcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttgg 17970283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 92
Target Start/End: Original strand, 27468344 - 27468425
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgata 92  Q
    |||||| | |||||||| ||| |||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  27468344 ccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgata 27468425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 27504045 - 27503964
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgata 92  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||    
T  27504045 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 161 - 220
Target Start/End: Original strand, 27507980 - 27508036
Alignment:
Q  161 ccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaacgaaaacccattcttgtatgt 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27507980 ccttttgaagatgatgcccttct---gataccaggtaaatgaaaacccattcttgtatgt 27508036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 104
Target Start/End: Original strand, 27563363 - 27563456
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaa 104  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||| | ||| ||||||||  ||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  27563363 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgatacggggatcacaa 27563456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 8 - 150
Target Start/End: Original strand, 27424528 - 27424670
Alignment:
Q  8 agaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaacc 107  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| || ||| ||| || | ||| || | ||| ||||||||  | |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  27424528 agaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatactggaatcacaaacc 27424627  T
Q  108 gtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |  ||||||  ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||    
T  27424628 gcctcatttgatctccaacatagactgcgagatagccttttgg 27424670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 27524647 - 27524566
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgata 92  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||| | |||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||| || |||||||    
T  27524647 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgata 27524566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 27460605 - 27460489
Alignment:
Q  7 gagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaac 106  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||| ||| ||||| ||  ||  ||| || || |||||||| |||||||||||     
T  27460605 gagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaat 27460506  T
Q  107 cgtttcatttcctctcc 123  Q
    |  ||||| ||||||||    
T  27460505 ctcttcatgtcctctcc 27460489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 27423345 - 27423206
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| | ||||||| |||  |||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||  ||||||||  ||||     
T  27423345 ccacccatgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatatgcggatcacatgccgtg 27423246  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    ||  || || ||| |||||||| || ||||||| ||||||    
T  27423245 tctgtttctatccaacatatacagcaagatatctctttgg 27423206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 11 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 27508975 - 27508896
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatga 90  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| | |||||| || || |||||||||||||||||  | |||||||| || |||||    
T  27508975 ccacccgttggatgatcatatccaaactcttcctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatga 27508896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 150
Target Start/End: Original strand, 27414318 - 27414460
Alignment:
Q  8 agaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaacc 107  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||| || | ||| || |  || ||||||||  | |||||||| ||||||||||  || ||||||||||    
T  27414318 agaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagtatgatacaggaatcacaaacc 27414417  T
Q  108 gtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    || ||||||  ||||| || || ||||| ||||| || |||||    
T  27414418 gtctcattttatctccaacgtagactgcaagatagccttttgg 27414460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 11 - 92
Target Start/End: Original strand, 27475596 - 27475677
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgata 92  Q
    |||||| | |||||||| ||| |||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||    
T  27475596 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27475677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 11 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 27515014 - 27514933
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgata 92  Q
    |||||| | |||||||| ||| |||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||    
T  27515014 ccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27514933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 170 - 211
Target Start/End: Original strand, 27563543 - 27563584
Alignment:
Q  170 gatgatgtccttcttaggataccaggtaaacgaaaacccatt 211  Q
    ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  27563543 gatgatgaccttctaatgataccaggtaaacgaaaacccatt 27563584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 27412615 - 27412563
Alignment:
Q  171 atgatgtccttcttaggataccaggtaaacgaaaacccattcttgtatgtgtt 223  Q
    |||||| |||||| | ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  27412615 atgatgcccttctgatgataccagagaaacgaaaacccatttttgtatgtgtt 27412563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 27420337 - 27420301
Alignment:
Q  187 gataccaggtaaacgaaaacccattcttgtatgtgtt 223  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  27420337 gataccagggaaacgaaaacccattgttgtatgtgtt 27420301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 1754248 - 1754467
Alignment:
Q  1 aatagcgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatc 100  Q
    ||||| |||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||| | || ||| | ||| | ||||||  | | |||||| ||||||||||  ||||||    
T  1754248 aatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttagcaatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacggggatc 1754347  T
Q  101 acaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgatgtccttcttaggataccaggtaaac 200  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||  | || || |||||||  |||||||||||| | | ||||| ||||||||    
T  1754348 acaaaccgcttcatttcttctccaacatatacagctagatatccttttggctcgtccacgccttttggggatgatgtccttttgatgatactaggtaaac 1754447  T
Q  201 gaaaacccattcttgtatgt 220  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  1754448 gaaaacccattgttgtatgt 1754467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 150
Target Start/End: Original strand, 1756786 - 1756913
Alignment:
Q  23 tgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctc 122  Q
    ||||| ||| |||||| ||| || |||||  ||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  || |||||    
T  1756786 tgatcatatccaaattcttcttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgcttctgtttctctc 1756885  T
Q  123 ccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    | ||||  ||||| ||||| ||||||||    
T  1756886 caacattcactgcaagatagccctttgg 1756913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 1754811 - 1754669
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||| | |||| | |||||  ||||||||  ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||    
T  1754811 ccacccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcacatgccgtt 1754712  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttggaac 153  Q
    ||  || |||||| | ||| ||||| | ||| |||||||||||    
T  1754711 tctgtttctctccaatatacactgcaacatagccctttggaac 1754669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 7 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 1759379 - 1759259
Alignment:
Q  7 gagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctc----ggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcac 102  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||     |||||| ||||||| ||||| ||  ||| ||||||||| |||||||  || |||||    
T  1759379 gagaccacccattggatggttgtattcaaattgttcctcagcttgcttggctcaacaattcttggaatgatgtttggtttaaatatgatacaggaatcac 1759280  T
Q  103 aaaccgtttcatttcctctcc 123  Q
    |||||| ||||||| ||||||    
T  1759279 aaaccgcttcattttctctcc 1759259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 11 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 55084909 - 55084785
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||  |  ||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || || |||||||||||||| |    
T  55084909 ccacccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaaccgct 55084810  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgc 135  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||    
T  55084809 tcattttctctccaacatacactgc 55084785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Original strand, 38024892 - 38025031
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||| ||||| ||| |||||| |||||| |||||  |||| |||| ||||||  | | |||||| |||||||| || ||||| |||||||| |    
T  38024892 ccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgct 38024991  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  38024992 tcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttgg 38025031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Original strand, 38031344 - 38031483
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||| ||||| ||| |||||| |||||| |||||  |||| |||| ||||||  | | |||||| |||||||| || ||||| |||||||| |    
T  38031344 ccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgct 38031443  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  38031444 tcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttgg 38031483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 38044019 - 38043914
Alignment:
Q  18 ttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttc 117  Q
    |||||||||| ||| |||||| |||||| |||||  ||| ||||||||||||| | | ||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  38044019 ttggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatgacatagggatcacaaaccgcttcatttc 38043920  T
Q  118 ctctcc 123  Q
    ||||||    
T  38043919 ctctcc 38043914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Original strand, 50911886 - 50912025
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||| ||||| ||| |||||| |||||| |||||  ||||||||| ||||||  | | |||||| ||||||||  | ||||||||||||||||    
T  50911886 ccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacttggggatcacaaaccgtt 50911985  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |||| |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  50911986 tcatcttgtctccaacatataccgcaagatagccctttgg 50912025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Original strand, 50904809 - 50904948
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||||||||| ||| | ||||  ||||| ||| |  ||||||||||||||||  | | |||||| ||||| || ||  ||||||||||||| |    
T  50904809 ccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagtaggacatatggatcacaaaccgct 50904908  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    ||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||    
T  50904909 tcatttcttctccaacgtacactgcaagatatccctttgg 50904948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 150
Target Start/End: Original strand, 38033803 - 38033935
Alignment:
Q  18 ttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttc 117  Q
    ||||||| || ||| |||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||  | | |||||| ||||||||  | ||||| |||||||| |||||||     
T  38033803 ttggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgcttcatttg 38033902  T
Q  118 ctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |||||| |  || ||||| ||||| ||||||||    
T  38033903 ctctccaatgtacactgcaagatagccctttgg 38033935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 150
Target Start/End: Original strand, 38028790 - 38028922
Alignment:
Q  18 ttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttc 117  Q
    ||||||| || ||| |||||| ||||||||||||  |||||| || ||||||  | | |||||| ||||||||  | ||||| ||||| || |||||||     
T  38028790 ttggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttg 38028889  T
Q  118 ctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |||||| || || ||||| ||||| ||||||||    
T  38028890 ctctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 38028922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 150
Target Start/End: Original strand, 38036817 - 38036949
Alignment:
Q  18 ttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttc 117  Q
    ||||||| || ||| | |||| ||||||||||||  ||||||| | ||||||  | | |||||| |||||||  || ||||  ||||||||||||||||     
T  38036817 ttggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtatggcatggggacaacaaaccgtttcatttg 38036916  T
Q  118 ctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |||||| || || ||||| ||||| ||||||||    
T  38036917 ctctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 38036949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 150
Target Start/End: Original strand, 38040105 - 38040237
Alignment:
Q  18 ttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttc 117  Q
    ||||||| || ||| | |||| ||||||||||||  |||||| || ||||||  | | |||||| ||||||||  | ||||| ||||| || |||||||     
T  38040105 ttggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttg 38040204  T
Q  118 ctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |||||| || || ||||| ||||| ||||||||    
T  38040205 ctctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 38040237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 150
Target Start/End: Original strand, 48840771 - 48840867
Alignment:
Q  54 tcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    ||||||||||||||||  | | |||||| |||||||  || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || || | ||| ||||||||||||||    
T  48840771 tcaacaagtcttgaaatgaggcttggttcaagtatggcatggggattacaaatcgcttcatctcctctccgacgtacaatgcaagatatccctttgg 48840867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Original strand, 21607313 - 21607452
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||| ||||| ||| |||||| |||||| |||||  |||| |||| ||||||  | | | |||| |||||||| || ||||| |||||||| |    
T  21607313 ccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaagtatgacatggggataacaaaccgct 21607412  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    |||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  21607413 tcatttgctctccaacatataccgcaagatatccctttgg 21607452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 3073692 - 3073553
Alignment:
Q  11 ccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtt 110  Q
    |||||| |||||||||||||| | |||| |||||| ||  |  ||| ||||| ||||||  | | |||||| ||||||||  | |||||||||||||| |    
T  3073692 ccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttcaagtatgacgtagggatcacaaaccgct 3073593  T
Q  111 tcatttcctctcccacatatactgctagatatccctttgg 150  Q
    ||||||||||||| || || || || ||||||||||||||    
T  3073592 tcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttgg 3073553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University