View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9794_high_1 (Length: 867)

Name: NF9794_high_1
Description: NF9794
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9794_high_1
NF9794_high_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-857)||(33367131-33367986)
chr4 (1-548)||(33371640-33372187)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 857
Target Start/End: Complemental strand, 33367986 - 33367131
Alignment:
Q  1 ctcacccaagagtcccttctctggtctgcactgaataacaatggccgcactgttttcatcgatgaaaacgaatatattatctcaaaattcgaacagtcca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33367986 ctcacccaagagtcccttctctggtctgcactgaataacaatggtcgcactgttttcatcgatgaaaacgaatatattatctcaaaattcgaacagtcca 33367887  T
Q  101 acccaggtatcgaagcttacgatgttcagttcacaagcaaagttagtgagtatccaaagttgctttctcatgcaaaagaagagtccaaacgtgatggtaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33367886 acccaggtatcgaagcttacgatgttcagttcacaagcaaagttagtgagtatccaaagttgctttctcatgcaaaagaagagtccaaacgtgattgtaa 33367787  T
Q  201 gccggtacaaaatttgttattctcagaatgtaaactcggaatcaatgatatgccgaaccacatttaccaagtctcttgggacgtgattctagttgatggg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33367786 gccggtacaaaatttgttattctcagaatgtaaactcggaatcaatgatatgccgaaccacatttaccaagtctcttgggacgtgattctagttgatggg 33367687  T
Q  301 ccaagagggtactttccggcagcttcagggagaatgtcggcaatatttactgcggcagtgttggctcgtagcaagaaagtgggaaaaactcacgtttttg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33367686 ccaagagggtactttccggcagctccagggagaatgtcggcaatatttactgcggcagtgttagctcgtagcaagaaagtgggaaaaactcacgtttttg 33367587  T
Q  401 ttcatgatttttggagagaagtggagaagattttcagctatgagtttctttgtgaagagaatttggttaacaatgtagatcagttaaggcattttgtgat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33367586 ttcatgatttttggagagaagtggagaagattttcagctatgagtttctttgtgaagagaatttggttaacaatgtagatcagttaaggcattttgtgat 33367487  T
Q  501 aaagagtgaaaccgaaaatggtgagagttttgagttttgcaaaagttcgagctcccagtaaaattgtgtaggagtattannnnnnnnnnnnnnnnnnnna 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||                    |    
T  33367486 aaagagtgaaaccgaaaatggtgagagttttgagttttgcaaaagttcaagc-cccagtaaaattgtgtaggagtactattttaagtttttcctttttta 33367388  T
Q  601 tatctcttaaattcttaataatagaacaaaagtgttaattttcttttccaatccaccttataactctgcatgggttagaaaacatgttcacgaatcacga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33367387 tatctcttaaattcttaataatagaacaaaagtgttaattttcttttccaatccaccttataactctgcatgggttagaaaacatgttcacgaatcacga 33367288  T
Q  701 gtatcctgttgcataaattgaatttcacatttaaatgcctccagggaatgattgaaggaattaaattggtagggcccttagaaaaaccagataattaaat 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33367287 gtatcctgttgcataaattgaatttcacatttaaatgcctccagggaatgattgaaggaattaaattggtagggcccttagaaaaaccagataattaaat 33367188  T
Q  801 ccacttttttcctgtcttgatttgaatttgagtttcaagctatttactcctatgcta 857  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33367187 ccacttttttcctgtcttgatttgaatttgagtttcaagctatttactcctatgcta 33367131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 33372187 - 33371640
Alignment:
Q  1 ctcacccaagagtcccttctctggtctgcactgaataacaatggccgcactgttttcatcgatgaaaacgaatatattatctcaaaattcgaacagtcca 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  33372187 ctcacccatgagtcacttctctggtctgcactaaaccaaaatggccgcactgttttcatcgacgaaaacgaatacatgatctcaaaatttgaacagtcca 33372088  T
Q  101 acccaggtatcgaagcttacgatgttcagttcacaagcaaagttagtgagtatccaaagttgctttctcatgcaaaagaagagtccaaacgtgatggtaa 200  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| | |||| ||||  ||| ||||    
T  33372087 acccaggaatagaagcttatgatgttcagttcacaaccaaagttagtgagtatcctaagcttctttctcatgcaaaagcaaagtctaaacacgattgtaa 33371988  T
Q  201 gccggtacaaaatttgttattctcagaatgtaaactcggaatcaatgatatgccgaaccacatttaccaagtctcttgggacgtgattctagttgatggg 300  Q
     || || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  33371987 acctgtgcagaatttgttattctcagagtgtaaactcggaatcaacgatttgccgaatcacatttaccaagtctcttgggatgtgattcttgttgatggg 33371888  T
Q  301 ccaagagggtactttccggcagcttcagggagaatgtcggcaatatttactgcggcagtgttggctcgtagcaagaaagtgggaaaaactcacgtttttg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||| || |||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  33371887 ccaagagggtactttccggcagctccggggagaatgtcggcgatctttacagcagcagtgttggctaggagcaagaaaatgggaaaaactcacatatttg 33371788  T
Q  401 ttcatgatttttggagagaagtggagaagattttcagctatgagtttctttgtgaagagaatttggttaacaatgtagatcagttaaggcattttgtgat 500  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  33371787 ttcatgattttggaagagaagtggagaagattttcagctatgagtttctttgtgaagagaatttggttaacaatgtagatcagttagggcattttgtggt 33371688  T
Q  501 aaagagtgaaaccgaaaatggtgagagttttgagttttgcaaaagttc 548  Q
     |||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  33371687 gaagagtgaaaccgacagtggtgaaagttctgagttttgcagaagttc 33371640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University