View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9795_low_2 (Length: 628)

Name: NF9795_low_2
Description: NF9795
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9795_low_2
NF9795_low_2
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (9-454)||(34565802-34566247)
chr7 (14-454)||(34291314-34291747)
chr7 (451-611)||(34565582-34565742)
chr7 (451-611)||(34291094-34291254)
chr7 (507-610)||(34553912-34554015)
chr7 (27-267)||(34554315-34554555)
chr7 (507-604)||(34372517-34372614)
chr7 (36-79)||(34371977-34372020)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (21-454)||(15895492-15895925)
chr5 (461-608)||(15895275-15895422)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (495-610)||(130769-130884)
chr1 (28-379)||(130242-130590)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 34566247 - 34565802
Alignment:
Q  9 agcagagaacataagctcttccttatgctttgtggattgtatccagaagactttgacattcctattgaaagtttattgtgtcatggttttggcttgggtc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566247 agcagagaacataagctcttccttatgctttgtggattgtatccagaagactttgacattcccattgaaagtttattgtgtcatggttttggcttgggtc 34566148  T
Q  109 cgttcaaagacatcagtgcatcatgggaagccagaaatcgagtgcatacattggtggaagatctaaggagaaagtttttattgttggacagcagtgtgcc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34566147 cgttcaaagacatcagtgcatcatgggaagcaagaaatcgagtgcatacattggtggaagatctaaggagaaagtttttattgttggatagcagtgtgcc 34566048  T
Q  209 agggtgtgtgaagatgcatgatatggtgtgtaatgttgttatatcagtagcatttaaaaatgcagaagataaattcatggtaaagtacacctttaagagt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566047 agggtgtgtgaagatgcatgatattgtgcgtaatgttgttatatcagtagcatttaaaaatgcagaagataaattcatggtaaagtacacctttaagagt 34565948  T
Q  309 ctaaaagaagagcaattgaacgagatcaatgcaatatcacttattttggacgatactaaagagttagaaaatggcttacactgtccgacacttaaaattt 408  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34565947 ctaaaagaagagaaattgaacgagatcaatgcaatatcacttattttggatgatactaaagagttagaaaatggcttacactgtccgacacttaaaattt 34565848  T
Q  409 tacaagtaagttcaaaaagcaaggaaccaatgttttggcctgaact 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34565847 tacaagtaagttcaaaaagcaaggaaccaatgttttggcctgaact 34565802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 14 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 34291747 - 34291314
Alignment:
Q  14 agaacataagctcttccttatgctttgtggattgtatccagaagactttgacattcctattgaaagtttattgtgtcatggttttggcttgggtccgttc 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||   ||||    
T  34291747 agaacataagctcttgcttatgctttgtggattatttccagaagactttgacattcctattgaaagtttattgtatcatgcttttggcttgggattgttc 34291648  T
Q  114 aaagacatcagtgcatcatgggaagccagaaatcgagtgcatacattggtggaagatctaaggagaaagtttttattgttggacagcagtgtgccagggt 213  Q
    ||| |||| | |||||||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||| |||||          
T  34291647 aaatacattaatgcatcattgaaagcaagaaaccgagtgcatacattggtggaagatctaagacgaaagttcttgttgttggacagcaatgtgc------ 34291554  T
Q  214 gtgtgaagatgcatgatatggtgtgtaatgttgttatatcagtagcatttaaaaatgcagaagataaattcatggtaaagtacacctttaagagtctaaa 313  Q
     |||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  34291553 -tgtgaagatgcacgatattgtgcgcaatgttgttatatctatagcatttaaaaatgcagaagataaatttatggtacaatacacctttaagagtctaaa 34291455  T
Q  314 agaagagcaattgaacgagatcaatgcaatatcacttattttggacgatactaaagagttagaaaatggcttacactgtccgacacttaaaattttacaa 413  Q
    ||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  34291454 agaagataaattgagcgagatcaacgcaatatcacttattttggatgatacaaaagtgttagaaaatggcttacactgtccgacgcttaaacttttacaa 34291355  T
Q  414 gtaagttcaaaaagcaaggaaccaatgttttggcctgaact 454  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  34291354 gtaagtacaaaaggcaagaaaccattgtcttggcctgaact 34291314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 451 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 34565742 - 34565582
Alignment:
Q  451 aactgccatatctatcccaagcttcagtcaatctccacacattgcaagtagaacactgtgatgttggagatatatctataatcggtaaggaacttaaaca 550  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34565742 aactgccatatttatcccaagcttcagtcaatctccacacattgcaagtagaacactgtgatgttggagatatatctataatcggtaaggaacttaaaca 34565643  T
Q  551 cctagaagtcctaagttttgcacattctaatattaaagaactcccaattgaaataggaaat 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34565642 cctagaagtcctaagttttgcacattctaatattaaagaactcccaattgaaataggaaat 34565582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 451 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 34291254 - 34291094
Alignment:
Q  451 aactgccatatctatcccaagcttcagtcaatctccacacattgcaagtagaacactgtgatgttggagatatatctataatcggtaaggaacttaaaca 550  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34291254 aactgccatatttatcccaagcttcactcaatctccacacgttgcaagtggaacattgtgatgttggagatatatctataattggtaaggaacttaaaca 34291155  T
Q  551 cctagaagtcctaagttttgcacattctaatattaaagaactcccaattgaaataggaaat 611  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  34291154 cctagaagtcctaagttttgcagattctaatattaaagagctcccatttgaaataggaaat 34291094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 507 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 34554015 - 34553912
Alignment:
Q  507 tgtgatgttggagatatatctataatcggtaaggaacttaaacacctagaagtcctaagttttgcacattctaatattaaagaactcccaattgaaatag 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
T  34554015 tgtgatgttggagatatatctataattggtaaggaacttatacacctagaagtcttaagttttgcacactctaaaattaaagaacttccagttgaaatag 34553916  T
Q  607 gaaa 610  Q
    ||||    
T  34553915 gaaa 34553912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 27 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 34554555 - 34554315
Alignment:
Q  27 ttccttatgctttgtggattgtatccagaagactttgacattcctattgaaagtttattgtgtcatggttttggcttgggtccgttcaaagacatcagtg 126  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |   | ||||||||   ||||||||  ||| |||    
T  34554555 ttccttatgctttgtggattgtttccggaagactttgacatacctattgaaagtttattatgtcacgcaatgggcttgggattgttcaaagctatcggtg 34554456  T
Q  127 catcatgggaagccagaaatcgagtgcatacattggtggaagatctaaggagaaagtttttattgttggacagcagtgtgccagggtgtgtgaagatgca 226  Q
       ||||| |||| ||||| |||||| |||  || ||||| ||||||| ||||   || || |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  34554455 agccatggaaagcaagaaaccgagtgaatagttttgtggacgatctaaagagatgcttcttgttgttggatagcaatgtcccagggtgtgtgaagataca 34554356  T
Q  227 tgatatggtgtgtaatgttgttatatcagtagcatttaaaa 267  Q
    |||||| ||  || ||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  34554355 tgatattgtacgtgatgttgtcatattagttgcatttaaaa 34554315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 507 - 604
Target Start/End: Original strand, 34372517 - 34372614
Alignment:
Q  507 tgtgatgttggagatatatctataatcggtaaggaacttaaacacctagaagtcctaagttttgcacattctaatattaaagaactcccaattgaaat 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  | ||  | |||||| |||| || |||||  ||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  34372517 tgtgatgttggagatatatctataattggtaaagagttaaataaactagaaatcctgagctttgccaattctaatattgaagaacttccacttgaaat 34372614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 79
Target Start/End: Original strand, 34371977 - 34372020
Alignment:
Q  36 ctttgtggattgtatccagaagactttgacattcctattgaaag 79  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  34371977 ctttgtggattgtttccagaggactttgacattcctatagaaag 34372020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 21 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 15895925 - 15895492
Alignment:
Q  21 aagctcttccttatgctttgtggattgtatccagaagactttgacattcctattgaaagtttattgtgtcatggttttggcttgggtccgttcaaagaca 120  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||  |||||   | || |||||   ||||||| |||    
T  15895925 aagctattccttatgctttgtggattgtttcctgaagactttgatattcctattgaatgtttgttgcatcatgcagtgggtttgggaatgttcaaacaca 15895826  T
Q  121 tcagtgcatcatgggaagccagaaatcgagtgcatacattggtggaagatctaaggagaaagtttttattgttggacagcagtgtgccagggtgtgtgaa 220  Q
    | | ||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||| ||| |||| || | ||||| ||| ||||| ||    
T  15895825 ttactgcatcatgggaagcaagagaccaagtgcatacattggtagataatctaaagagaaagtttttgttgctggaaagtaatgtgcgaggatgtgtaaa 15895726  T
Q  221 gatgcatgatatggtgtgtaatgttgttatatcagtagcatttaaaaatgcagaagataaattcatggtaaagtacacctttaagagtctaaaagaagag 320  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |   |||||||| || |||| ||||||| |||||  | |||| |||||||||| |||||||||||    
T  15895725 gatgcatgatattgtgcgaaatgttgttatatcatttttatttaaaagtgaagaacataaatttatggtgcaatacaactttaagagtttaaaagaagag 15895626  T
Q  321 caattgaacgagatcaatgcaatatcacttattttggacgatactaaagagttagaaaatggcttacactgtccgacacttaaaattttacaagtaagtt 420  Q
     ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | ||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||| |||||||| |    
T  15895625 aaattgaatgacatcaaagcaatatcacttatcttggatgattcaaacaagttagaaagtggcttagagtgtccgacacttaaactttttcaagtaaggt 15895526  T
Q  421 caaaaagcaaggaaccaatgttttggcctgaact 454  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  15895525 caaaaagcaaggaaccaatctcttggcccgaact 15895492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 461 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 15895422 - 15895275
Alignment:
Q  461 tctatcccaagcttcagtcaatctccacacattgcaagtagaacactgtgatgttggagatatatctataatcggtaaggaacttaaacacctagaagtc 560  Q
    ||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||  |||||||||    
T  15895422 tctatcccaagccccattcaatctccacacattgaaagtagaacattgtgatgttggagatatatctataattggtaagaaacttttacttctagaagtc 15895323  T
Q  561 ctaagttttgcacattctaatattaaagaactcccaattgaaatagga 608  Q
    ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15895322 ctaagtttgtcacattccaatgttaaagaactcccaattgaaatagga 15895275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 495 - 610
Target Start/End: Original strand, 130769 - 130884
Alignment:
Q  495 caagtagaacactgtgatgttggagatatatctataatcggtaaggaacttaaacacctagaagtcctaagttttgcacattctaatattaaagaactcc 594  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  130769 caagtagaatattgtgatgttggtgatatatctataattggtaaggaacttacacacatagaagtcctaagttttgcacactctaatattaaagaacttc 130868  T
Q  595 caattgaaataggaaa 610  Q
    ||||||||||||||||    
T  130869 caattgaaataggaaa 130884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 28 - 379
Target Start/End: Original strand, 130242 - 130590
Alignment:
Q  28 tccttatgctttgtggattgtatccagaagactttgacattcctattgaaagtttattgtgtcatggttttggcttgggtccgttcaaagacatcagtgc 127  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||   | ||||||||   |||||||| | |  |||     
T  130242 tccttatgctttgtggattatttccagaagactttgatattcctattgaaattttattgcgtcatgcaataggcttgggattgttcaaagccgttggtga 130341  T
Q  128 atcatgggaagccagaaatcgagtgcatacattggtggaagatctaaggagaaagtttttattgttggacagcagtgtgccagggtgtgtgaagatgcat 227  Q
      ||| | |||| ||||||||||||| ||  |||||||  ||||||| ||||   || || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||     
T  130342 gccattgaaagcaagaaatcgagtgcgtagtttggtgggcgatctaaagagatgtttcttgttgttggacagcaatgttccagggtgtgtgaagatgcac 130441  T
Q  228 gatatggtgtgtaatgttgttatatcagtagcatttaaaaatgcagaagataaattcatggtaaagtacacctttaagagtctaaaagaagagcaattga 327  Q
    || || ||  || ||||||| || | |||  |||||||||   | ||| | || || ||||| || ||   | | ||||| || ||||||||  ||||||    
T  130442 gacattgtacgtgatgttgtcatcttagtttcatttaaaa---ctgaacacaagtttatggtgaaatatgacatgaagaggctgaaagaagaaaaattga 130538  T
Q  328 acgagatcaatgcaatatcacttattttggacgatactaaagagttagaaaa 379  Q
    | || |||||||||||||||||||| |||||  | |||| ||||||||||||    
T  130539 atgacatcaatgcaatatcacttatcttggatcacactatagagttagaaaa 130590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University