View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9799_low_2 (Length: 444)

Name: NF9799_low_2
Description: NF9799
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9799_low_2
NF9799_low_2
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (34-427)||(37911547-37911954)
chr1 (16-427)||(37881587-37882005)
chr1 (23-427)||(37867554-37867971)
chr1 (44-427)||(37855387-37855783)
[»] scaffold0187 (4 HSPs)
scaffold0187 (23-426)||(6470-6876)
scaffold0187 (34-427)||(27121-27530)
scaffold0187 (23-427)||(16793-17204)
scaffold0187 (34-93)||(1-63)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (24-194)||(9239670-9239849)
chr7 (175-263)||(45759321-45759409)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 427
Target Start/End: Original strand, 37911547 - 37911954
Alignment:
Q  34 ctcagtagtaaaatgggaggaaacaa---tcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagc 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37911547 ctcagtagtaaaatgggaggaaacaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagc 37911646  T
Q  131 aaagagg---------gtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgt 221  Q
    |||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37911647 aaagaggaggaggagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggtagttggggtgtagctgatcctgt 37911746  T
Q  222 tattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatctctgaatctcgaattcattgccaagctcaacctgatcagtagg--agacga 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||    
T  37911747 tattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcagtaggatatacga 37911846  T
Q  320 acaatcttttctgttaatccatccacttttaatttgtttatacctctgttgtaattagttattgattatcatttgtgaaccatgccaagtaatgttaata 419  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37911847 acattattttctgttaatccatccacttttaatttgtttatacctctgttgtaattagttattgattatcatttgtgaaccatgccaagtaatgtaaata 37911946  T
Q  420 tgaataat 427  Q
    ||||||||    
T  37911947 tgaataat 37911954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 16 - 427
Target Start/End: Original strand, 37881587 - 37882005
Alignment:
Q  16 aagagtgaccactctatactcagtagtaaaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaat 115  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37881587 aagagtcaccactctatactaactagtgaaatgggaggaaacagtcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaat 37881686  T
Q  116 ctagcagtaacaagcaaagagg---------gtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttgggg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37881687 ctagcagtaacaagcaaagaggaggaggagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggtagttgggg 37881786  T
Q  207 tgtagctgatcctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatctctgaatctcgaattcattgccaagctcaacctgat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37881787 tgtagctgatcctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgat 37881886  T
Q  307 cagtaggagacgaacaatcttttctgttaatccatccacttttaatttgtttatac--ctctgttgtaattagttattgattatcatttgtgaaccatgc 404  Q
    |||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||    ||||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37881887 cagtaggatacgaacattattttctgtttatccat----ttttaatttgtatgtacttctctgttgtaattagttattgattatcatttgtgaaccatgc 37881982  T
Q  405 caagtaatgttaatatgaataat 427  Q
    |||||||||| ||||||||||||    
T  37881983 caagtaatgtaaatatgaataat 37882005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 23 - 427
Target Start/End: Original strand, 37867554 - 37867971
Alignment:
Q  23 accactctatactcagtagtaaaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcag 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37867554 accactctatactcagtagtaaaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcag 37867653  T
Q  123 taacaagcaaagagg---------gtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagct 213  Q
    |||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37867654 taacaagcaaagaggaggaggagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggtagttggggtgtagct 37867753  T
Q  214 gatcctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatctctgaatctcgaattcattgccaagctcaacctgatcagtagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37867754 gatcctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcagtagg 37867853  T
Q  314 --agacgaacaatcttttctgttaatccatccacttttaatttgtttatac--ctctgttgtaattagt---tattgattatcatttgtgaaccatgcca 406  Q
      | ||||||| | ||||||||| ||||||    ||||||||||||| | |  ||||||||||| | ||   ||||||||||||||||| ||| |||  |    
T  37867854 atatacgaacattattttctgtttatccat----ttttaatttgtttgtgcctctctgttgtaaatggtcactattgattatcatttgtaaactatgata 37867949  T
Q  407 agtaatg-ttaatatgaataat 427  Q
    | ||||| ||||||||||||||    
T  37867950 aataatgtttaatatgaataat 37867971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 44 - 427
Target Start/End: Original strand, 37855387 - 37855783
Alignment:
Q  44 aaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaagagg------ 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  37855387 aaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagcaaagaggaggagg 37855486  T
Q  138 ---gtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgttattgacatgaga 234  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37855487 agggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggtagttggggtgtagctgatcctgttattgacatgaga 37855586  T
Q  235 gctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatctctgaatctcgaattcattgccaagctcaacctgatcagtagg--agacgaacaatcttttctg 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| | |||||||    
T  37855587 gctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcagtaggatatacgaacattattttctg 37855686  T
Q  333 ttaatccatccacttttaatttgtttatac--ctctgttgtaattagt---tattgattatcatttgtgaaccatgccaagtaatg-ttaatatgaataa 426  Q
    || ||||||    ||||||||||||| | |  ||||||||||| | ||   ||||||||||||||||| ||| |||  |||||||| |||||||||||||    
T  37855687 tttatccat----ttttaatttgtttgtgcctctctgttgtaaatggtcactattgattatcatttgtaaactatgataagtaatgtttaatatgaataa 37855782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 4)
Name: scaffold0187
Description:

Target: scaffold0187; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 23 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 6876 - 6470
Alignment:
Q  23 accactctatactcagtagtaaaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcag 122  Q
    ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||| ||||||||||| || |||||||| ||    
T  6876 accactctatactaactagtgaaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcttctaaatcatcat---tcaggtctgttttcaacatttttaaatctagtag 6780  T
Q  123 taacaagcaaagagggt------attattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgat 216  Q
    |||||||||||||||        | ||||||||| ||| | | |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  6779 taacaagcaaagaggtggaggagagtattatgatcatggtgcttatgctaacaaagtatggccaagtgatgaagatagaggaagttggggtgtagctgat 6680  T
Q  217 cctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatctctgaatctcgaattcattgccaagctcaacctgatcagtaggaga 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6679 cctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgaatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcagtaggata 6580  T
Q  317 cgaacaatcttttctgttaatccatccacttttaatttgtttatacctctgttgtaattagttattgattatcatttgtgaaccatgccaagtaatgtta 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6579 cgaacaatcttttctgttaatccatccacttttaatttgtttatacctctgttgtaattagttattgattatcatttgtgaaccatgccaagtaatgtaa 6480  T
Q  417 atatgaataa 426  Q
    ||||||||||    
T  6479 atatgaataa 6470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 34 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 27530 - 27121
Alignment:
Q  34 ctcagtagtaaaatgggaggaaacaa---tcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagc 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27530 ctcagtagtaaaatgggaggaaacaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagtaacaagc 27431  T
Q  131 aaagagg---------gtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgt 221  Q
    |||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27430 aaagaggaggaggagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggtagttggggtgtagctgatcctgt 27331  T
Q  222 tattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatctctgaatctcgaattcattgccaagctcaacctgatcagtagg--agacga 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||    
T  27330 tattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaaggtcaacctgatcagtaggatatacga 27231  T
Q  320 acaatcttttctgttaatccatccacttttaatttgtttatac--ctctgttgtaattagt---tattgattatcatttgtgaaccatgccaagtaatg- 413  Q
    ||| | ||||||||| ||||||    ||||||||||||| | |  ||||||||||| | ||   ||||||||||||||||| ||| |||  || |||||     
T  27230 acattattttctgtttatccat----ttttaatttgtttgtgcctctctgttgtaaatggtcactattgattatcatttgtaaactatgataattaatgt 27135  T
Q  414 ttaatatgaataat 427  Q
    ||||||||||||||    
T  27134 ttaatatgaataat 27121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 23 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 17204 - 16793
Alignment:
Q  23 accactctatactcagtagtaaaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcag 122  Q
    ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||| ||||||||||| || |||||||| ||    
T  17204 accactctatactaactagtgaaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcttctaaatcatcat---tcaggtctgttttcaacatttttaaatctagtag 17108  T
Q  123 taacaagcaaagagggt------attattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgat 216  Q
    |||||||||||||||        | ||||||||| ||| | | |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  17107 taacaagcaaagaggtggaggagagtattatgatcatggtgcttatgctaacaaagtatggccaagtgatgaagatagaggaagttggggtgtagctgat 17008  T
Q  217 cctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatctctgaatctcgaattcattgccaagctcaacctgatcagtagg--a 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  17007 cctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaaacgtatttctgaatctcaaattcattgccaagctcaacctgatcagtaggata 16908  T
Q  315 gacgaacaatcttttctgttaatccatccacttttaatttgtttatac--ctctgttgtaattagt---tattgattatcatttgtgaaccatgccaagt 409  Q
     ||||||| | ||||||||| ||||||    ||||||||||||| | |  ||||||||||| | ||   ||||||||||||||||| ||| |||  || |    
T  16907 tacgaacattattttctgtttatccat----ttttaatttgtttgtgcctctctgttgtaaatggtcactattgattatcatttgtaaactatgataaat 16812  T
Q  410 aatg-ttaatatgaataat 427  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  16811 aatgtttaatatgaataat 16793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 34 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 63 - 1
Alignment:
Q  34 ctcagtagtaaaatgggaggaaacaa---tcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcagg 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  63 ctcagtagtaaaatgggaggaaacaacaatcagaggaagtcatctaaatcatcatcattcagg 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 24 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 9239849 - 9239670
Alignment:
Q  24 ccactctatactcagtagtaaaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcagt 123  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9239849 ccactctatactcggtagtaaaatgggaggaaacaatcaaaggaagtcatctaaatcatcatcattcaggtcagttttcaacatattcaaatctagcaat 9239750  T
Q  124 aacaagcaaa---------gagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggccaagtgatgaagacag 194  Q
    ||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9239749 aacaagcaaagaggaggaggagggtattattatgataatgcttcatatgataacaaagtgtggcctagtgatgaagacag 9239670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 175 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 45759409 - 45759321
Alignment:
Q  175 tggccaagtgatgaagacagaggcagttggggtgtagctgatcctgttattgacatgagagctacagcattcattgctcaatacaagaa 263  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  45759409 tggcctagtgatgaagacaaaggtacatggggggtagctgatcctgttattgacatgagagctacagcttttattgctcgatacaagaa 45759321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University