View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9805_low_2 (Length: 445)

Name: NF9805_low_2
Description: NF9805
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9805_low_2
NF9805_low_2
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (20-434)||(3618801-3619215)
chr7 (26-434)||(29101838-29102246)
chr7 (26-434)||(29115983-29116391)
chr7 (26-426)||(29072883-29073283)
chr7 (26-425)||(29071363-29071762)
chr7 (26-425)||(3617442-3617841)
chr7 (26-425)||(29058135-29058534)
chr7 (31-433)||(28956604-28957006)
chr7 (31-425)||(29110852-29111246)
chr7 (31-425)||(29078101-29078495)
chr7 (31-425)||(29068906-29069300)
chr7 (49-413)||(29098135-29098499)
chr7 (307-422)||(29113378-29113493)
chr7 (28-349)||(29066632-29066953)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (26-434)||(11849885-11850293)
chr4 (26-425)||(11851410-11851809)
chr4 (31-425)||(11854124-11854518)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (68-173)||(24241097-24241202)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 3619215 - 3618801
Alignment:
Q  20 gaacatccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3619215 gaacatccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtc 3619116  T
Q  120 gcactcatcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3619115 gcactcatcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagt 3619016  T
Q  220 gcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3619015 gcaacaacaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccgcctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgctt 3618916  T
Q  320 tagtgtgagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaagg 419  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3618915 tagtgtgagtagacgctgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaagg 3618816  T
Q  420 agctttttctccttt 434  Q
    |||||||||||||||    
T  3618815 agctttttctccttt 3618801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 26 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 29102246 - 29101838
Alignment:
Q  26 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactc 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     | || || |||||    
T  29102246 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttgataatcatgttctttatcgcatcctgctctcgaatcacactc 29102147  T
Q  126 atcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaaca 225  Q
    |||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||| || ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29102146 atcaacaactttggccaccacgcttcttccgttcgcactaatcttaattttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccagtagaaagtgcaaca 29102047  T
Q  226 acaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgt 325  Q
    || || |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  29102046 accggggtgtcatcggaatgatattgattatcacacgctgaaggtccacctccatctccaccttcttgaaaactattgagcgtgagatacgctttagtgt 29101947  T
Q  326 gagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  29101946 gagtagatactgatggtgagcatttatatgttgtgtacatttttccctgtacacaacaatcagagtcattctcctggttacattgtccggaaggagtttt 29101847  T
Q  426 ttctccttt 434  Q
    |||||||||    
T  29101846 ttctccttt 29101838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 26 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 29116391 - 29115983
Alignment:
Q  26 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactc 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     | || || |||||    
T  29116391 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttgataatcatgttctttatcgcatcctgctctcgaatcacactc 29116292  T
Q  126 atcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaaca 225  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| || ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29116291 atcaacaactttggccaccacacttcttccgttcgcactaatcttaattttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccagtagaaagtgcaaca 29116192  T
Q  226 acaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgt 325  Q
    || || ||||| || ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  29116191 accggggtgtcgtcggaatgatattgattatcacacgctgaaggaccacctccatctccaccttcttcaaaactattgagcgtgagatatgctttagtgt 29116092  T
Q  326 gagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29116091 gagtagatactgatggtgagcatttataagttgtgtacatttttccttgcacacaacaatctgaatcattttcctggttgcattgtccggaaggagcttt 29115992  T
Q  426 ttctccttt 434  Q
    |||||||||    
T  29115991 ttctccttt 29115983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 26 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 29073283 - 29072883
Alignment:
Q  26 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactc 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     | || || |||||    
T  29073283 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttgataatcatgttctttatcgcatcctgctctcgaatcacactc 29073184  T
Q  126 atcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaaca 225  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| || ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  29073183 atcaacaactttggccaccacacttcttccgttcgcactaatcttaattttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccactagaaagtgcaaca 29073084  T
Q  226 acaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgt 325  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| | ||  ||||||||    
T  29073083 actggagtgtcatcagaatgatattgattatcacacgctgaaggaccacctccatctccaccttcttgaaaactatttagcgtgataaattctttagtgt 29072984  T
Q  326 gagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  29072983 gagtagatactgatggtgaacatttataagttgtgtacatttttccctgtacacaacaatcagagtcattctcctgattacattgtccggaaggagcttt 29072884  T
Q  426 t 426  Q
    |    
T  29072883 t 29072883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 26 - 425
Target Start/End: Original strand, 29071363 - 29071762
Alignment:
Q  26 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactc 125  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  29071363 ccaaggctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttgtttggacaaggaggttggtaatcatgttcttcatcacatcccatcgtagagtcacactc 29071462  T
Q  126 atcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaaca 225  Q
    |||||| || ||||| || |||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  29071463 atcaaccacagtggccactacacttcttccattggcacttatggtaatcttgttgagacatctgctcttgtcgttgaaccatccggtggaaagtgcaaca 29071562  T
Q  226 acaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgt 325  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||  ||||| |    
T  29071563 actggagtgtcatcagaatgatattgattatcacacgctgaaggtccgcctccatctccacctttctggaaactgttaagtgtgaggtatgccttagtat 29071662  T
Q  326 gagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||    
T  29071663 gagtagacactgatggtgaacattcataagttgtgtacatctttccttgtacacaacaatcagagtcattctctttgttgcattgtcccgatggagcttt 29071762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 26 - 425
Target Start/End: Original strand, 3617442 - 3617841
Alignment:
Q  26 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactc 125  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  3617442 ccaaggctttccacacagccttagaagcatcaacaatgttgtttggacaaggaggttggtaatcatgttcttcatcacatcccattgtagagtcacactc 3617541  T
Q  126 atcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaaca 225  Q
    |||||| |||||||| || |||||| ||||||| || || |||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  3617542 atcaaccaccgtggccactacactttttccattggcacttatggtaatcttgttcagacatctgctcttgtcgttgaaccatcctgtggaaagtgcaacg 3617641  T
Q  226 acaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgt 325  Q
    || || || ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||  ||||| |    
T  3617642 actggtgtatcatcagaatgatactgattatcacatgctgaagggccacctccatctccacctttctgaaaactattaagtgtgaggtatgccttagtat 3617741  T
Q  326 gagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| || ||||||||    
T  3617742 gagtagatactgatggtgaacattcataagttgtgtacatctttccttgtacacaacaatcagagtcattctctttgttacattgtccagatggagcttt 3617841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 26 - 425
Target Start/End: Original strand, 29058135 - 29058534
Alignment:
Q  26 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactc 125  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||    
T  29058135 ccaaggctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttgtttgggcaaggaggttgataatcatgttcttcatcacatcccattgttgagtcacactc 29058234  T
Q  126 atcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaaca 225  Q
    |||||| |||||||| || |||||| ||||||| || || |||||||||||||| |||||||| || || | |||||||||||| ||||||||||||||     
T  29058235 atcaaccaccgtggccactacactttttccattggcacttatggtaattttgttgagacatctgctcttatcgttgaaccatcctgtggaaagtgcaacg 29058334  T
Q  226 acaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgt 325  Q
    || ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||| |    
T  29058335 actggagtgtcatcagaatgatactgattatcacatgctgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttaagtgtgaggtatgctttagtat 29058434  T
Q  326 gagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    ||| |||||| || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||    
T  29058435 gagcagacaccgatggtgaacattcataagttgtgtacatctttccttgtacacaacaatcagagtcattctctttgttgcattgtccagatggagcttt 29058534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 31 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 28957006 - 28956604
Alignment:
Q  31 gctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactcatcaa 130  Q
    |||| ||||||||| || || |||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||| ||||||||||    
T  28957006 gcttcccacacagccttggaagcatcaacaatgttgtttggacaaggaggttggtaatcatgttcttcatcacatccctttgtggagtcacactcatcaa 28956907  T
Q  131 caaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacagg 230  Q
    ||||| |||| ||||||||| | |||||||| || || ||||| || || ||||| || || | || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  28956906 caaccatggccaccacacttttcccattcgcactaattgtaatgtttttgagacacctgctctcgtggttgaaccatccggtggaaagtgcaacaactgg 28956807  T
Q  231 agtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagta 330  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||  || |||| ||||    
T  28956806 agtgtcatcagaatggtattgattatcacattctgaagggccacctccatcaccaccattttgaaaactattaagagtgagatatgccttggtgtaagta 28956707  T
Q  331 gacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagctttttctc 430  Q
    |||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| | |||||| |||| ||    
T  28956706 gacactgctggagaacattcataagttgtgtacattttttcttgtacacaacaatcagaatcgttctcttgattacattgtcctggaggagcattttttc 28956607  T
Q  431 ctt 433  Q
    |||    
T  28956606 ctt 28956604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Original strand, 29110852 - 29111246
Alignment:
Q  31 gctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactcatcaa 130  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||   ||| || |||||||| ||||| | || |||||||||| |  |||| |||||||| ||||    
T  29110852 gctttccacacagctttggaagcatcaacaatgttgtttggacacggtggttggtagtcatgctgttcatcacatccctttctagaatcgcactcgtcaa 29110951  T
Q  131 caaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacagg 230  Q
    ||||| |||| || ||| |||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29110952 caaccatggccacgacatttcttccattagcactgattgtaatgttgtttagacacctgcttttatggttgaaccatccggtggaaagtgcaacaacagg 29111051  T
Q  231 agtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagta 330  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| ||| ||||||||     
T  29111052 agtgtcatcagaatgatactgcttgtcacattctgaaggaccacctccatctccacccttttgaaaactattaagagtgagatatgctttggtgtgagtg 29111151  T
Q  331 gacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||| | |||||||||    
T  29111152 gacactgatggtgaacatacataagttgtgtacatttttccttgtacgcaacaatcagaatcattctcttgattgcattttcctggaggagcttt 29111246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Original strand, 29078101 - 29078495
Alignment:
Q  31 gctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactcatcaa 130  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||  ||||||| |||||||| ||||| | || |||||||||| |  |||| |||||||| || |    
T  29078101 gctttccacacagctttggaagcatcaacaatgttgtttgtacaaggtggttggtagtcatgctgttcatcacatccctttctagaatcgcactcgtcga 29078200  T
Q  131 caaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacagg 230  Q
    ||||| |||| || ||| |||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29078201 caaccatggccacgacatttcttccattagcactgattgtaatgttgtttagacacctgcttttatggttgaaccatccggtggaaagtgcaacaacagg 29078300  T
Q  231 agtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagta 330  Q
    ||||||||| ||||| ||||| || |||||| | ||||| || |||||||||||||| |||| |||||| || || |||||||||| ||| ||||||||     
T  29078301 agtgtcatctgaatgatattgcttgtcacattctgaaggaccgcctccatctccacccttttcaaaactattaagagtgagatatgctttggtgtgagtg 29078400  T
Q  331 gacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    |||||  | |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| | |||||||||    
T  29078401 gacacatatggtgaacatacataagttgtgtacatttttccttctacacaacaatcagaatcattctcttgattgcattgtcctggaggagcttt 29078495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Original strand, 29068906 - 29069300
Alignment:
Q  31 gctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactcatcaa 130  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||   ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |  | ||||| ||||||||||    
T  29068906 gctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttatttggacaaggaggttggtaatcatgttgttcatcacatccctttctggagtcacactcatcaa 29069005  T
Q  131 caaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacagg 230  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||| || || || || |||  |||||||||||| || || ||||||||||| ||    
T  29069006 caaccatggccaccacactttttccattcgcacttatggtaatgttgttgaggcacctgctcttgcggttgaaccatccggttgagagtgcaacaacggg 29069105  T
Q  231 agtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagta 330  Q
    ||||||||| ||||| || || || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| || || |||||||||| ||| |||||||||    
T  29069106 agtgtcatcggaatgatactgcttgtcacattctgaaggaccacctccatctccacccttttcaaaactattaagagtgagatatgcttttgtgtgagta 29069205  T
Q  331 gacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    |||||||| || ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| | |||||||||    
T  29069206 gacactgatggagaacatacatatgttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagaatcgttctcttgattacattgtcctggaggagcttt 29069300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 49 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 29098499 - 29098135
Alignment:
Q  49 gaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactcatcaacaaccgtggcaaccacac 148  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | |||||| || ||| |||| |||||||    
T  29098499 gaggcatcaactatgttgttgcgacaaggaggttggtaatcatgatctttatcacatctcattgtagagtcacgctcatcgactaccatggccaccacac 29098400  T
Q  149 ttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacaggagtgtcatcagaatggta 248  Q
    |||||||||| ||  | |  ||||| ||||  ||||||||||| ||||| | ||||||||   |||||||||||||||| | ||| || |||||||| ||    
T  29098399 ttcttccatttgcattcactgtaatgttgtgaagacatctactcttgttatcgaaccatcagatggaaagtgcaacaactgaagtatcgtcagaatgata 29098300  T
Q  249 ttggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacat 348  Q
    ||| ||||||||   |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  29098299 ttgattatcacaatacgaaggaccaccaccatcaccacctttttgaaaactattaagtatgagatatgctttagtgtaagtagacactgatggcgaacat 29098200  T
Q  349 tgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtcc 413  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  29098199 tcataagttgtatacatttgtccttgtacacaacaatcagaatcattctcttgattgcattgtcc 29098135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 307 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 29113493 - 29113378
Alignment:
Q  307 gtgagatatgttttagtgtgagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgc 406  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| ||||| || ||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||    
T  29113493 gtgagatatgctttagtgtaagtagatactgatggcgaacattcataagttgtacacatttgtccttgtacccaacaatcagaatcattctcttgattgc 29113394  T
Q  407 attgtccggaaggagc 422  Q
    ||||| | ||||||||    
T  29113393 attgtgcagaaggagc 29113378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 29066953 - 29066632
Alignment:
Q  28 aaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactcat 127  Q
    |||||||||||||||||  | || |||||||| ||||| |||  ||| |||||||| || |||||||||  |||||| ||| | |  ||||| || ||||    
T  29066953 aaggctttccacacagccattgaagcatcaacaatgttattggcacatggaggttgatactcatgttctgcatcacacccctttgatgagtcacattcat 29066854  T
Q  128 caacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaac 227  Q
    |||| ||| | ||||||||||||   |||||  | || ||||| || ||||  ||||| || || ||  | ||||||||||||||||||||||| || ||    
T  29066853 caactaccattgcaaccacactttgaccatttccacttatggtgatgttgtgaagacaccttctcttagtattgaaccatccagtggaaagtgccaccac 29066754  T
Q  228 aggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtga 327  Q
    ||| || ||||| ||||  || | ||| ||||| |  ||||||||    ||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||  || ||||||    
T  29066753 aggcgtatcatcggaataatacttgttgtcacaagttgaagggccgttaccatctccacctttttcgaaactgttaagagtgagatatgccttcgtgtga 29066654  T
Q  328 gtagacactgacggtgaacatt 349  Q
     |||| || | |||||||||||    
T  29066653 ctagataccggcggtgaacatt 29066632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 26 - 434
Target Start/End: Original strand, 11849885 - 11850293
Alignment:
Q  26 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactc 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     | || || |||||    
T  11849885 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttgataatcatgttctttatcgcatcctgctctcgaatcacactc 11849984  T
Q  126 atcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaaca 225  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| || ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11849985 atcaacaactttggccaccacacttcttccgttcgcactaatcttaattttgttgagacatctactcttgttgttgaaccatccagtagaaagtgcaaca 11850084  T
Q  226 acaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgt 325  Q
    || || |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | | ||||||||    
T  11850085 actggggtgtcatcagaatgatattgattatcacacgctgaaggaccacctccatctccaccttcttgaaaactattgagcgtgagaaacgctttagtgt 11850184  T
Q  326 gagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  11850185 gagtagatactgatggtgaacatttataagttgtgtacatttttccctgtacacaacaatcaaagtcattctcctggttacattgtcttgaaggagcttt 11850284  T
Q  426 ttctccttt 434  Q
    |||||||||    
T  11850285 ttctccttt 11850293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 26 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 11851809 - 11851410
Alignment:
Q  26 ccaaggctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactc 125  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  11851809 ccaaggctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttgtttggacaaggaggttggtaatcatgttcttcatcacatcccatcgtagagtcacactc 11851710  T
Q  126 atcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaaca 225  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  11851709 atcaaccacagtggccaccacacttcttccattggcacttatggtaatcttgttgagacatctgctcttgtcgttgaaccatccggtggaaagtgcaaca 11851610  T
Q  226 acaggagtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgt 325  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||  ||||| |    
T  11851609 actggagtgtcatcagaatgatattgattatcacacgctgaaggtccgcctccatctccacctttctggaaactgttaagtgtgaggtatgccttagtat 11851510  T
Q  326 gagtagacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||    
T  11851509 gagtagacactgatggtgaacattcataagttgtgtacatctttccttgtacacaacaatcagagtcattctctttgttgcattgtcccgatggagcttt 11851410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 31 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 11854518 - 11854124
Alignment:
Q  31 gctttccacacagctttagaggcatcaactatgttgttgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactcatcaa 130  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||   ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |  | ||||| ||||||||||    
T  11854518 gctttccacacagccttggaagcatcaacaatgttatttggacaaggaggttggtaatcatgttgttcatcacatccctttctggagtcacactcatcaa 11854419  T
Q  131 caaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgatggtaattttgttcagacatctacttttgttgttgaaccatccagtggaaagtgcaacaacagg 230  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||| || || || || |||| |||||||||||| || || ||||||||||| ||    
T  11854418 caaccatggccaccacactttttccattcgcacttatggtaatgttgttgaggcacctgctcttgtggttgaaccatccggttgagagtgcaacaacggg 11854319  T
Q  231 agtgtcatcagaatggtattggttatcacatgccgaagggccacctccatctccacctttttgaaaactgttgagcgtgagatatgttttagtgtgagta 330  Q
    ||||||||| ||||| || || || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| || || |||||||||| ||| |||||||||    
T  11854318 agtgtcatcggaatgatactgcttgtcacattctgaaggaccacctccatctccacccttttcaaaactattaagagtgagatatgcttttgtgtgagta 11854219  T
Q  331 gacactgacggtgaacattgataagttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagagtcattctcctggttgcattgtccggaaggagcttt 425  Q
    |||||||| || ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| | |||||||||    
T  11854218 gacactgatggagaacatacatatgttgtgtacatttttccttgtacacaacaatcagaatcgttctcttgattgcattgtcctggaggagcttt 11854124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 68 - 173
Target Start/End: Original strand, 24241097 - 24241202
Alignment:
Q  68 tgttacaaggaggttggtaatcatgttctttatcacatcccatcgtagagtcgcactcatcaacaaccgtggcaaccacacttcttccattcgcgctgat 167  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||  |||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24241097 tgttacaaggaggctggtaatcatgctcttcatcacatcccattgtgaagtcacactcatcaacaaacatggccaccacacttctaccattggcgctgat 24241196  T
Q  168 ggtaat 173  Q
    ||||||    
T  24241197 ggtaat 24241202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University