View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9808_low_1 (Length: 850)

Name: NF9808_low_1
Description: NF9808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9808_low_1
NF9808_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-833)||(43408381-43409215)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 778; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 778; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 43409215 - 43408381
Alignment:
Q  1 agcgtgtaagccaaacatgttggcatggtgagcaagtggatattcagatttgctgaaggcagtaatatcaatagcaaaacaaggtttggttgttgtgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409215 agcgtgtaagccaaacatgttggcatggtgagcaagtggatattcagatttgctgaaggcagtaatatcaatagcaaaacaaggtttggttgttgtgaag 43409116  T
Q  101 gctgttcctactattccttgtccattaaaaaggtgatactcactgcacgcttcttggaatcccaatacatccatgtcaccaacataacaagctgaatcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409115 gctgttcctactattccttgtccattaaaaaggtgatactcactgcacgcttcttggaatcccaatacatccatgtcaccaacataacaagctgaatcaa 43409016  T
Q  201 ccgttgatatgcagcaactcatagttgaaacaccacaacctgatgcaccactacttccctttcctcctccttgttgttgttgtaggcaaggagcccatgt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409015 ccgttgatatgcagcaactcatagttgaaacaccacaacctgatgcaccactacttccctttcctcctccttgttgttgttgtaggcaaggagcccatgt 43408916  T
Q  301 tagtgctaatggtaaattgtgcgtcttgcacactgaagccaacacttccattatctcgttcacggctgcttcatatagctcttcaaatacctaattattc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408915 tagtgctaatggtaaattgtgcgtcttgcacactgacgccaacacttccattatctcgttcaccgctgcttcatatagctcttcaaatacctaattattc 43408816  T
Q  401 attatcatatcatttttagaaacaattttatttagtttttgttgatttaatcaaatccagtactatgatctga---tgattgtttgc---ttacctttac 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||   ||||||||||    
T  43408815 attatcatatcatttttagaaacaattttatatagtttttgttgatctaatcaaatccagtactatgatctgatgatgattgtttgctaattacctttac 43408716  T
Q  495 tgcttgtgggatattcatgttgtgactacttctaaaatcaacagcctgcatcagcaaaagatggatccatattcaatctcatgtatgtttctaacatttg 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408715 tgcttgtgggatattcatgttgtgactacttctaaaatcaacagcctgcatcagcaaaagatggatccatattcaatctcatgtatgtttctaacatttg 43408616  T
Q  595 ttaatttaatttcaagaagaagtaacaaacatatatacctcaagagcattagagagatgatcaagttgtggacggtaattgatgagggtttgattggaga 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408615 ttaatttaatttcaagaagaagtaacaaac----atacctcaagagcattagagagatgatcaagttgtggacggtaattgatgagggtttgattggaga 43408520  T
Q  695 taacaaactcaataacaccaaggcatgtcccacttcctctctcaaaaactggaagtgctagaagagatccatattgctgttgctgctgatgacgcggata 794  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408519 taacaaactcaataacaccaaggcatgtcccacttcctctctcaaaaactggaagtgctagaagagatccatattgctgttgctgctgatgacgcggata 43408420  T
Q  795 gtcatggcttctaaagaaacgaacatgaacgttcatgtt 833  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408419 gtcatggcttctaaagaaacgaacatgaacgttcatgtt 43408381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University