View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9821_high_1 (Length: 745)

Name: NF9821_high_1
Description: NF9821
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9821_high_1
NF9821_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-739)||(45068202-45068922)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 739
Target Start/End: Original strand, 45068202 - 45068922
Alignment:
Q  19 tcacatggggtcaagaagcagatgtagatctttgtgatggcatattcttaattcttaatatgtataatacatttgaccttgaataggtcatatgtaacca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45068202 tcacatggggtcaagaagcagatgcagatctttgtgatggcatattcttaattcttaatatgtataatacatttgaccttgaataggtcataggtaacca 45068301  T
Q  119 catatataggaagtcaacgaatgccagcacataggtaataataggatatgatatagggtcaatgtatttgtctgcaagtactatcaccatgcctatcaaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068302 catatataggaagtcaacgaatgccagcacataggtaataataggatatgatatagggtcaatgtatttgtctgcaagtactatcaccatgcctatcaaa 45068401  T
Q  219 tggataacattgtagggtatatagcataggcatgaaagttattggatcaagtctcaatctctttgcttagaggttgaggttgaggttagtatacgtcaaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068402 tggataacattgtagggtatatagcataggcatgaaagttattggatcaagtctcaatctcttcgctttgaggttgaggttgaggttagtatacgtcaaa 45068501  T
Q  319 caaatatcgacaatgtcttcgacggtgtagcccaatgataagggttaggaaaccgaaggagttctatgtagcaagttcagagttcgatccctgcgacaaa 418  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068502 caaatatcgacaatgtctttgacggtgtagcccaatgataagggttaggaaaccgaaggagttctatgtagcaagttcagagttcgatccctgcgacaaa 45068601  T
Q  419 catttctccctcctcttaactaattaatcactaacatttgcctatnnnnnnngaatatcaacaattaatgttaaaagaaattgtatttggtcaatactca 518  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068602 catttctccctccccttaactaattaatcactaacatttgcctataaaaaaagaatatcaacaattaatgttaaaagaaattgtatttggtcaatactca 45068701  T
Q  519 atgacaagttctgttttgatgagtgatgagttcgtgctacttgtaggccaatgttttgtctcttgttctaagtggagaatcatcaccatgaatgaggcca 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068702 atgacaagttctgttttgatgagtgatgagttcgtgctacttgtaggccaatgttttgtctcttgttctaagtggagaatcatcaccatgaatgaggcca 45068801  T
Q  619 aaaccaattgcattgattgttcaaatcaatgcactggaagggaaaggggttactgtgtgtgtgaagtgcccttatcggcaataccttagttcaaggaagg 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45068802 aaaccaattgcattgattgttcaaatcaatgcactggaagggaaaggggttactgtgagtgtgaagtgcccttatcggcaataccttagttcaaggaagg 45068901  T
Q  719 aatattgattctctgcttctc 739  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  45068902 aatattgattttctgcttctc 45068922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University