View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9826_low_5 (Length: 523)

Name: NF9826_low_5
Description: NF9826
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9826_low_5
NF9826_low_5
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (1-383)||(30394700-30395082)
chr2 (5-523)||(30384270-30384808)
chr2 (59-353)||(30483753-30484047)
chr2 (49-383)||(30424721-30425055)
chr2 (10-365)||(30475743-30476098)
chr2 (164-389)||(30437124-30437349)
chr2 (181-383)||(8379531-8379733)
chr2 (165-383)||(30430870-30431088)
chr2 (19-389)||(30468790-30469160)
chr2 (185-383)||(23783715-23783913)
chr2 (185-383)||(23768158-23768356)
chr2 (59-119)||(23768032-23768092)
chr2 (254-320)||(30403917-30403983)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (206-383)||(41627759-41627936)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Original strand, 30394700 - 30395082
Alignment:
Q  1 atatttgtgcataggaagatgaatgaaattgacaaagaaataacctcttcgcttaaacatatgattaacaagagggagaaggaattaaaggctggtgaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30394700 atatttgtgcataggaagatgaatgaaattgacaaagaaataacctcttcgcttaaagatatgattaacaagagggagaaagaattaaaggctggtgaat 30394799  T
Q  101 ccactaagaatgacttattgagtattcttcttgaatcaaatcataaggaaattgaaaataacaacaacaataagagtgttggaatgagtcttgatcatgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30394800 ccactaagaatgacttattgagtattcttcttgaatcaaatcataaggaaattgaaaataacaacaacaataagagtgttggaatgagtcttgatcatgt 30394899  T
Q  201 agtcgaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttgtacaatgatattattgagtaggatccctgattggcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  30394900 agtcgaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttggacaatgatattgttgagtaggtaccctgattggcaa 30394999  T
Q  301 acacgtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggctaaataacctaaagatcgtaag 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30395000 acacgtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacaaaaaaccagattttgatgggctaaataacctaaagattgtaag 30395082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 5 - 523
Target Start/End: Original strand, 30384270 - 30384808
Alignment:
Q  5 ttgtgcataggaagatgaatgaaattgacaaagaaataacctcttcgcttaaacatatgattaacaagagggagaaggaattaaaggctggtgaatccac 104  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||  ||||    
T  30384270 ttgtccatagaaagatgaataaaatcgacaaagaaataacctcttcgcttaaagatatgattaacaagagggaaaaagcattaaaggcaggtgagcccac 30384369  T
Q  105 taagaatgacttattgagtattcttcttgaatcaaatcataaggaaattgaaaataacaacaacaataagagtgttggaatgagtcttgatcatgtagtc 204  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||  | ||  | ||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  30384370 taggaatgacttattgagcattcttcttgagtcaaatcgcaaggaaattgacgaaaatgaaaacaacaaggatgtgggaatgagtcttgatgatgtagtc 30384469  T
Q  205 gaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttgtacaatgatattattgagtaggatccctgattggcaaacac 304  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  30384470 gaggaatgcaagttgttccactttgcaggtcaagagactacttcggttttgcttgtttggacaatgatattattgagtaggtaccctgattggcaaaccc 30384569  T
Q  305 gtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggctaaataacctaaagatcgtaagaattgtt-------------- 390  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||                  
T  30384570 gtgcaagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagattttgatgggctaaataacctaaagatcgtaagtattgttttattatcttcaca 30384669  T
Q  391 ------gtatgagtttcattttcgtagaattttaatcaacagttgcatcttttgtccggaaatactaacactaatcttgtattcagtataagcctcaaga 484  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30384670 ctcatgatatgagtttcattttcgtagaattttaatcaagagttgcatcttttgtccggaaattctaacactaatcttgtattcactataagcctcaaga 30384769  T
Q  485 caaactggttttgttgtttatcgagactattttgttgct 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30384770 caaactggttttgttgtttatcgagacttttttgttgct 30384808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 59 - 353
Target Start/End: Original strand, 30483753 - 30484047
Alignment:
Q  59 atatgattaacaagagggagaaggaattaaaggctggtgaatccactaagaatgacttattgagtattcttcttgaatcaaatcataaggaaattgaaaa 158  Q
    |||| ||||||||||| || |  ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||| || |    
T  30483753 atattattaacaagagagaaagagaaataaaggcaggtgaagccactaagaatgacttattaggtattcttcttgagtcaaatcacaaggaaattaaaga 30483852  T
Q  159 taacaacaacaataagagtgttggaatgagtcttgatcatgtagtcgaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgctt 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| | ||| |  |||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  30483853 taacaacaacaataagaatgttggaatgaatcttgatgatgtaatcaaggaatgcaagctattctaccttgcaggggaagaaaccacttcagttttgctt 30483952  T
Q  259 gtttgtacaatgatattattgagtaggatccctgattggcaaacacgtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagattt 353  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||| || ||||||||| |||| || |||||||||| | ||||||||||    
T  30483953 gtttggacaattgtattattgagtaggcaccctaattggcaagcacgtgcaagagaggaagtgctacaagtttttggcaacaaacaaccagattt 30484047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 49 - 383
Target Start/End: Original strand, 30424721 - 30425055
Alignment:
Q  49 tcgcttaaacatatgattaacaagagggagaaggaattaaaggctggtgaatccactaagaatgacttattgagtattcttcttgaatcaaatcataagg 148  Q
    ||||||| | |||||||||||||||| || |  | | ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||  |||| ||| | || |||||||| || |    
T  30424721 tcgcttacagatatgattaacaagagagaaagagcactaaaggcaggtgaagccactaaggatgacttattaggtatacttttagagtcaaatcacaaag 30424820  T
Q  149 aaattgaaaataacaacaacaataagagtgttggaatgagtcttgatcatgtagtcgaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttc 248  Q
    |||| ||| |  ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | ||| | |||||||| ||||| || |||||    
T  30424821 aaatggaagaacacggcaacaataagaatgttggaatgagtcttgatgatgtaatagaggaatgcaagctcttctactttgcaggccaagagaccacttc 30424920  T
Q  249 ggttttgcttgtttgtacaatgatattattgagtaggatccctgattggcaaacacgtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaacca 348  Q
     |||||||||||||| |||||| | || |||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||  |||||     
T  30424921 tgttttgcttgtttggacaatggtgttgttgagtaggtaccctgattggcaagaacgtgcaagggaagaagtattacaagtttttggcaacaataaacct 30425020  T
Q  349 gatttagatgggctaaataacctaaagatcgtaag 383  Q
    || || || ||||||| | | || |||||||||||    
T  30425021 gactttgacgggctaagtcatcttaagatcgtaag 30425055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 365
Target Start/End: Original strand, 30475743 - 30476098
Alignment:
Q  10 cataggaagatgaatgaaattgacaaagaaataacctcttcgcttaaacatatgattaacaagagggagaaggaattaaaggctggtgaatccactaaga 109  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||   |||| ||||   |||||||||||||||| ||||  | | ||||||| |||||| | ||||||     
T  30475743 cataggaggatgaaggaaattgacagagaaataaaagcttcacttactgatatgattaacaagagagagatcgcactaaaggcgggtgaagcaactaagg 30475842  T
Q  110 atgacttattgagtattcttcttgaatcaaatcataaggaaattgaaaataacaacaacaataagagtgttggaatgagtcttgatcatgtagtcgagga 209  Q
    |||| |||||  |||| ||| | || |  ||||| || ||||| ||| |  || |||||||||||  ||| ||||||||||||||  ||||| | || ||    
T  30475843 atgatttattaggtatacttttggagttgaatcacaaagaaatggaagaacacgacaacaataaggatgtcggaatgagtcttgacgatgtaatagaaga 30475942  T
Q  210 atgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttgtacaatgatattattgagtaggatccctgattggcaaacacgtgct 309  Q
    ||||||| | ||| | |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||  ||||||| || |||||||||   |||||||||||| | |||||     
T  30475943 atgcaagctattctactttgcagggcaagagaccacttctgttttgcttgtttgggcaatgatgttgttgagtaggtatcctgattggcaagctcgtgca 30476042  T
Q  310 agggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggctaaa 365  Q
    ||||||||||| || || ||||| ||||| | |||||||||||| ||||| |||||    
T  30476043 agggaggaagtattgcaagtcttcggcaataaaaaaccagattttgatggactaaa 30476098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 164 - 389
Target Start/End: Original strand, 30437124 - 30437349
Alignment:
Q  164 acaacaataagagtgttggaatgagtcttgatcatgtagtcgaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttg 263  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||| | ||| | ||||||||   ||| || ||||| ||||||||||||||    
T  30437124 acaacaataagaatgttggaatgagtcttgacgatgtaatagaggaatgcaagctattctactttgcaggtgcagagacaacttctgttttgcttgtttg 30437223  T
Q  264 tacaatgatattattgagtaggatccctgattggcaaacacgtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggcta 363  Q
     |||||  | || |||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||  ||||| ||||| |||||||||    
T  30437224 gacaatagtgttgttgagtaggtaccctgattggcaagcacgtgcaagggaggaagtattacaagtatttggcaacaataaacccgattttgatgggcta 30437323  T
Q  364 aataacctaaagatcgtaagaattgt 389  Q
    | | | || ||||| ||||| |||||    
T  30437324 agtcatcttaagattgtaagtattgt 30437349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 181 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 8379733 - 8379531
Alignment:
Q  181 ggaatgagtcttgatcatgtagtcgaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttgtacaatgatattattga 280  Q
    ||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||| ||| | || |||||||||||| |||||||   | |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  8379733 ggaatgagtcttgaagatgtagtgggggaatgcaagttattctacttggcagggcaagaatctacttcaactatgcttgtttggacaatgatattgttga 8379634  T
Q  281 gtaggatccctgattggcaaacacgtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggctaaataacctaaagatcgt 380  Q
    |||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||  | |||||||||| ||||||||| |  || || |||||||| || ||||| ||    
T  8379633 gtaggtaccctgattggcaagaacgtgctagggaggaagtattacaaatatttggcaacaaaaaaccagactatgaaggactaaataaacttaagattgt 8379534  T
Q  381 aag 383  Q
    |||    
T  8379533 aag 8379531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 165 - 383
Target Start/End: Original strand, 30430870 - 30431088
Alignment:
Q  165 caacaataagagtgttggaatgagtcttgatcatgtagtcgaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttgt 264  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | ||| | |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  30430870 caacaataagaatgttggaatgagtcttgatgatgtaatagaggaatgcaagctcttctactttgcaggacaagagaccacttctgttttgcttgtttgg 30430969  T
Q  265 acaatgatattattgagtaggatccctgattggcaaacacgtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggctaa 364  Q
    |||||| | || |||||||||   || |||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||  |||||||| || || |||||||    
T  30430970 acaatggtgttgttgagtaggtaaccagattggcaagaacgtgcaagggaagaagtattacaagtatttggcaacaataaaccagaatttgacgggctaa 30431069  T
Q  365 ataacctaaagatcgtaag 383  Q
     | | || |||||||||||    
T  30431070 gtcatcttaagatcgtaag 30431088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 389
Target Start/End: Original strand, 30468790 - 30469160
Alignment:
Q  19 atgaatgaaattgacaaagaaataacctcttcgcttaaacatatgattaacaagagggagaaggaattaaaggctggtgaatccactaagaatgacttat 118  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||   ||||||||| | ||||||||||||| || || |  | | ||||||| |||||| | |||||| |||| || |    
T  30468790 atgaaagaaattgacagagacataaaagcttcgcttacagatatgattaacaacagagaaagagcactaaaggcaggtgaagcaactaaggatgatttgt 30468889  T
Q  119 tgagtattcttcttgaatcaaatcataaggaaattgaaaataacaacaacaataagagtgttggaatgagtcttgatcatgtagtcgaggaatgcaagtt 218  Q
    |  |||| ||| | || |||||||| || ||||| ||| |  |   ||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||||||| |    
T  30468890 taggtatacttttagagtcaaatcacaaagaaatggaagaacatggcaacaataaggatgtcggaatgagtcttgatgatgtgatagaggaatgcaagct 30468989  T
Q  219 gttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttgtacaatgatattattgagtaggatccctgattggcaaacacgtgctagggaggaa 318  Q
     ||| | |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||  ||| ||||||||| | ||||| ||||| |||    
T  30468990 attctactttgcaggccaagagaccacttctgttttgcttgtttggacaatggtgttattgagtaggtaccccgattggcaagcgcgtgcaagggaagaa 30469089  T
Q  319 gtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggctaaataacctaaagatcgtaagaattgt 389  Q
    || ||||| |||||||||||||  ||||| ||||| || ||||||| | | || ||||| ||||| |||||    
T  30469090 gtattacaggtctttggcaacaataaacctgattttgacgggctaagtcatcttaagattgtaagtattgt 30469160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 185 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 23783913 - 23783715
Alignment:
Q  185 tgagtcttgatcatgtagtcgaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttgtacaatgatattattgagtag 284  Q
    ||||||||||  | ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| || ||| | || ||||||||    
T  23783913 tgagtcttgaagaagtagtcggggaatgcaggttattccatgttgcagggcaagagactacttcagatttgcttgtttggacgatggtgttgttgagtag 23783814  T
Q  285 gatccctgattggcaaacacgtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggctaaataacctaaagatcgtaag 383  Q
    |  |||||||||||||  |||||| ||| ||||||| ||| |  | ||||||||   |||||| || || ||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  23783813 gtaccctgattggcaagaacgtgcaaggaaggaagtattagagatatttggcaatgaaaaacccgactttgatggactaaataaacttaagattgtaag 23783715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 185 - 383
Target Start/End: Original strand, 23768158 - 23768356
Alignment:
Q  185 tgagtcttgatcatgtagtcgaggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttgtacaatgatattattgagtag 284  Q
    ||||||||||  | ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| || ||| | || ||||||||    
T  23768158 tgagtcttgaagaagtagtcggggaatgcatgttattccatattgcagggcaagagactacttcagatttgcttgtttggacgatggtgttgttgagtag 23768257  T
Q  285 gatccctgattggcaaacacgtgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggctaaataacctaaagatcgtaag 383  Q
    |  ||| |||||||||  ||||||  || ||||||| ||| |  | ||||||||   ||||||||| || ||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  23768258 gcacccagattggcaagaacgtgcccggaaggaagtattagagatatttggcaatgaaaaaccagactttgatggactaaataaacttaagattgtaag 23768356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 119
Target Start/End: Original strand, 23768032 - 23768092
Alignment:
Q  59 atatgattaacaagagggagaaggaattaaaggctggtgaatccactaagaatgacttatt 119  Q
    |||| ||||||||||||||||| | | ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  23768032 atataattaacaagagggagaaagcaataaaggcaggtgaagccactgagaatgacttatt 23768092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 254 - 320
Target Start/End: Original strand, 30403917 - 30403983
Alignment:
Q  254 tgcttgtttgtacaatgatattattgagtaggatccctgattggcaaacacgtgctagggaggaagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||    |||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  30403917 tgcttgtttggacaatgatattgttgagtagatatcctgattggcaagcacgagctagagaggaagt 30403983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 206 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 41627936 - 41627759
Alignment:
Q  206 aggaatgcaagttgttccattttgcagggcaagaaactacttcggttttgcttgtttgtacaatgatattattgagtaggatccctgattggcaaacacg 305  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||| |||||| || |    
T  41627936 aggaatgcaagttgttctactttgcagggcaagagactacttcaactttacttgtttggacaatggtattattgagtaggtaccctgagtggcaagcaag 41627837  T
Q  306 tgctagggaggaagtgttacatgtctttggcaacagaaaaccagatttagatgggctaaataacctaaagatcgtaag 383  Q
     || ||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  41627836 ggcaagggaggaagtattacaaatctttggcaacaaaaaacctaattttgatgggctaaataacttgaagattgtaag 41627759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University