View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9828_low_1 (Length: 783)

Name: NF9828_low_1
Description: NF9828
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9828_low_1
NF9828_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-776)||(6623060-6623819)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 740; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 740; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 6623819 - 6623060
Alignment:
Q  17 acatatcatcagaaaacaaatggcaccaagtacttactcacatattctgtgacctggggtgataacatttcaaatatcgctacaagattcaatgtaccag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  6623819 acatatcatcagaaaacaaatggcaccaagtacttactcacatattctgtgacctggggtgataacatttcaaatattgctacaagattcaatataccag 6623720  T
Q  117 tgggtaatctaattgatgccaatggtttttccacacaaactgaactcctttttccattcactactgttctgattcctttggcaagcgaaccagtgagttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623719 tgggtaatctaattgatgccaatggtttttccacacaaactgaactcctttttccattcactactgttctgattcctttggcaagcgaaccagtgagttt 6623620  T
Q  217 aacaactatagttgctaatgatccaccaaaccctcttggttgcagcttcaaaaagtgcaagtcaaacacaaaagtactcctcattgctttaaccacctca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623619 aacaactatagttgctaatgatccaccaacccctcttggttgcagcttcaaaaagtgcaagtcaaacacaaaagtactcctcattgctttaaccacctca 6623520  T
Q  317 ctgctggttctgtgtgttttcttgtttgtgctgtttctgattcggtttctactcagaaagagatcagcaaggtttgttaagcgatgtttggaagttaaca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623519 ctgctggttctgtgtgttttcttgtttgtgctgtttctgattcggtttctactcagaaagagatcagcaaggtttgttaagcgatgtttggaagttaaca 6623420  T
Q  417 ataaaaatggtgtattttcagaagagatccgtgaggagatagcaatcattgaacatctctccaaagtgtatagctttgaggaaataaaagaagcaactga 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623419 ataaaaatggtgtattttcagaagagatccgtgaggagatagcaatcattgaacatctctccaaagtgtatagctttgaggaaataaaagaagcaactga 6623320  T
Q  517 gaattttagttcaaagaatagaatcaaaggttctttatttcgcggcatattcaacaatggcaaggaagtattggctgttaaaagaatgagaggagatgct 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623319 gaattttagttcaaagaatagaatcaaagattctttatttcgcggcatattcaacaatggcaaggaagtgttggctgttaaaagaatgagaggagatgct 6623220  T
Q  617 tccaaagaagtcaatttgctgaaaaggatcaatcatttcaacctgataaagctgcaaggttactgtgaaaacgatgcttgcatctatcttgtttatgaat 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623219 tccaaagaagtcaatttgctgaaaaggatcaatcatttcaacctgataaagctgcaaggttactgtgaaaacgatgcttgcatctatcttgtttatgaat 6623120  T
Q  717 acatggaaaatgggtctttaagggaatggctttgcaaggataattcaattgaacaccaaa 776  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623119 acatggaaaatgggtctttaagggaatggctttgcaaggataattcaattgaacaccaaa 6623060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University