View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9828_low_9 (Length: 389)

Name: NF9828_low_9
Description: NF9828
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9828_low_9
NF9828_low_9
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (137-376)||(19881471-19881714)
chr3 (137-376)||(53972647-53972889)
chr3 (150-332)||(37982941-37983124)
chr3 (42-110)||(52127734-52127803)
[»] scaffold0596 (1 HSPs)
scaffold0596 (137-376)||(1172-1413)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (137-376)||(12742206-12742449)
chr2 (137-376)||(23348341-23348583)
chr2 (150-376)||(10328387-10328613)
chr2 (150-376)||(18354668-18354895)
chr2 (42-109)||(17468010-17468079)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (137-376)||(9044320-9044564)
chr5 (150-376)||(7472845-7473073)
chr5 (137-376)||(30441906-30442149)
chr5 (42-119)||(40163732-40163811)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (137-376)||(43070743-43070985)
chr7 (42-110)||(24760299-24760368)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (255-372)||(33688103-33688222)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 137 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 19881714 - 19881471
Alignment:
Q  137 ttgaagatgctactatatat--cctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  19881714 ttgaagatgctactatatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgat 19881615  T
Q  233 gatatttaaatagattttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  19881614 gatatttaaatagattttaccatcatgtattatgctgttaataaattgattgatactttaaaatcatgtgtttttttttttttcaaacacaccaatatgt 19881515  T
Q  333 cgattgatgctgacctttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19881514 ccattgatgctgacctttaatgattgtgctttcctcttcgctct 19881471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 137 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 53972889 - 53972647
Alignment:
Q  137 ttgaagatgctactatatat--cctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  53972889 ttgaagatgctactatatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgat 53972790  T
Q  233 gatatttaaatagattttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  53972789 gatatttaaatagattttaccatcatgtattatgctgttaataaattgattgatactttaaaatcatgtgtatttttt-ttttcaaacacaccaatatgt 53972691  T
Q  333 cgattgatgctgacctttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  53972690 ccattgatgctgacctttaatgattgtgctttcctcttcgctct 53972647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 150 - 332
Target Start/End: Original strand, 37982941 - 37983124
Alignment:
Q  150 tatatatcctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgatgatatttaaatagat 247  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37982941 tatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgatgatatttaaatagat 37983040  T
Q  248 tttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgt 332  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37983041 tttaccatcatgtattatgctgttaataaattgattgatactttaaaatcatgtgtatttttt-ttttcaaacacaccaatatgt 37983124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 110
Target Start/End: Original strand, 52127734 - 52127803
Alignment:
Q  42 ttcattgagttcccaaaggatttacatgtaaggaattg-ttttaaagccctttttaattatgtgatttaa 110  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  52127734 ttcattaagttctcaaaggatttacatgtaagaaattgtttttaaccccctttttaattacgtgatttaa 52127803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0596 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0596
Description:

Target: scaffold0596; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 137 - 376
Target Start/End: Original strand, 1172 - 1413
Alignment:
Q  137 ttgaagatgctactatatat--cctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  1172 ttgaagatgctactatatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgat 1271  T
Q  233 gatatttaaatagattttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  1272 gatatttaaatagattttaccatcatgtattatgctgttaataaattgattgatattttaaaatcatgtgtattttt--ttttcaaacacaccaatatgt 1369  T
Q  333 cgattgatgctgacctttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1370 ccattgatgctgacctttaatgattgtgctttcctcttcgctct 1413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 137 - 376
Target Start/End: Original strand, 12742206 - 12742449
Alignment:
Q  137 ttgaagatgctactatatat--cctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  12742206 ttgaagatgctactatatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgat 12742305  T
Q  233 gatatttaaatagattttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||    
T  12742306 gatatttaaatagattttaccatcatgtattatgctgttaataaattgattgatactttaaaatcatatgtgtatttttttttcaaacacaccaatatgt 12742405  T
Q  333 cgattgatgctgacctttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  12742406 ccattgatgctgacctttaatgattgtgctttccacttcgctct 12742449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 137 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 23348583 - 23348341
Alignment:
Q  137 ttgaagatgctactatatat--cctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  23348583 ttgaagatgctactatatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgat 23348484  T
Q  233 gatatttaaatagattttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  23348483 gatatttaaatagattttaccatcatgtattatgctgttaataaattgattgatactttaaaatcatgtgtgtttttt-tttttaaacacaccaatatgt 23348385  T
Q  333 cgattgatgctgacctttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    | ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  23348384 ccattaatgctgacctttaatgattgtgctttccacttcgctct 23348341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 10328613 - 10328387
Alignment:
Q  150 tatatatcctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgatgatatttaaatagat 247  Q
    |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10328613 tatatatcctaaatcgttgttcatgtatcttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgatgatatttaaatagat 10328514  T
Q  248 tttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgtcgattgatgctgacc 347  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  10328513 tttaccatcatgtattatgctgttaataaattgattgatactttaaaatcatgtgtattttt--ttttcaaacacaccaatatgtccattgatgttgacc 10328416  T
Q  348 tttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10328415 tttaatgattgtgctttcctcttcgctct 10328387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 150 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 18354895 - 18354668
Alignment:
Q  150 tatatatcctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgatgatatttaaatagat 247  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18354895 tatatatcctaaatcgttgttcctgtagcttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgatgatatttaaatagat 18354796  T
Q  248 tttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgtcgattgatgctgacc 347  Q
    |||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18354795 tttaccatcatgtattatgctcttaataaattgattgatactttaaaatcatatgtgtatttt-ttttcaaacacaccaatatgtccattgatgctgacc 18354697  T
Q  348 tttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  18354696 tttaatgattgtgctttccacttcgctct 18354668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 109
Target Start/End: Original strand, 17468010 - 17468079
Alignment:
Q  42 ttcattgagttcccaaaggatttacatgtaaggaattgttttaaagcccttt--ttaattatgtgattta 109  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||  ||||||||||||||||    
T  17468010 ttcattgttttctcaaaggatttacatgtaaggagttgtttttaaccccttttcttaattatgtgattta 17468079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 137 - 376
Target Start/End: Original strand, 9044320 - 9044564
Alignment:
Q  137 ttgaagatgctactatatat--cctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  9044320 ttgaagatgctactatatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgat 9044419  T
Q  233 gatatttaaatagattttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatc--atgtgtattttttcttttcaaacacaccaatat 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9044420 gatatttaaatagattttaccatcatgtattatgctgttaataaattgattgatactttaaaatcatatgtgtatttttt-ttttcaaacacaccaatat 9044518  T
Q  331 gtcgattgatgctgacctttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  9044519 gtccattgatgctgacctttaatgattgtgctttccacttcgctct 9044564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 150 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 7473073 - 7472845
Alignment:
Q  150 tatatatcctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgatgatatttaaatagat 247  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7473073 tatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgatgatatttaaatagat 7472974  T
Q  248 tttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgtcgattgatgctgacc 347  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7472973 tttaccatcatgtattatgctgttaataaattgattgatactttaaaatcatatgtgtatttttttttcaaacacaccaatatgtccattgatgctgacc 7472874  T
Q  348 tttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  7472873 tttaatgattgtgctttccacttcgctct 7472845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 137 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 30442149 - 30441906
Alignment:
Q  137 ttgaagatgctactatatat--cctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  30442149 ttgaagatgctactatatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgat 30442050  T
Q  233 gatatttaaatagattttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||    
T  30442049 gatatttaaatagattttaccatcatgtattatgttgttaataaattgattgatactttaaaatcatatgtttatttttttttcaaacacaccaatatgt 30441950  T
Q  333 cgattgatgctgacctttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  30441949 ccattgatgctgacctttaatgattgtgctttccacttcgctct 30441906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 119
Target Start/End: Original strand, 40163732 - 40163811
Alignment:
Q  42 ttcattgagttcccaaaggatttacatgtaaggaattgttttaaagc--cctttttaattatgtgatttaaaaactttgt 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||  | |  || ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  40163732 ttcattgagttctcaaaggatttacatgtaagaaattgtgtttgacctccccttttaattatgtgatttaagaacattgt 40163811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 137 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 43070985 - 43070743
Alignment:
Q  137 ttgaagatgctactatatat--cctaaatcgttgttcctttaacttttccctaacttt--tattccattacaattttggtttgtttgttagtgaattgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  43070985 ttgaagatgctactatatatatcctaaatcgttgttcctgtaacttttccctaactttgttattccattacatttttggtttgtttgtaagtgaattgat 43070886  T
Q  233 gatatttaaatagattttaccatcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||    
T  43070885 gatatttaaatagattttaccatcatgtattatgctcttaataaattgattgatactttaaaatcatatgtgtatttt-ttttcaaacacaccaatatgt 43070787  T
Q  333 cgattgatgctgacctttaatgattgcgctttcctcttcgctct 376  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  43070786 ccattgatgctgacctttaatgattgtgctttccacttcgctct 43070743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 110
Target Start/End: Original strand, 24760299 - 24760368
Alignment:
Q  42 ttcattgagttcccaaaggatttacatgtaaggaattg-ttttaaagccctttttaattatgtgatttaa 110  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  24760299 ttcattaagttctcaaaggatttacatgtaagaaattgtttttaaccccctttttaattacgtgatttaa 24760368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 255 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 33688222 - 33688103
Alignment:
Q  255 tcatgtattgtactgttaataaattgattgataccttaaaat--catgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgtcgattgatgctgacctttaa 352  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33688222 tcatgttttataatgttaataaattgattgatactttaaaatatcatgtgtattttttcttttcaaacacaccaatatgtcgattgatgttgacctttaa 33688123  T
Q  353 tgattgcgctttcctcttcg 372  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  33688122 tgattgtgctttcctcttcg 33688103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University