View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9830_low_5 (Length: 442)
Name: NF9830_low_5
Description: NF9830
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9830_low_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 431
Target Start/End: Original strand, 22603201 - 22603587
Alignment:
| Q |
45 |
tgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttatcaaacaattattcagagaaaggcccttcaatgacactgtttgcttctaa |
144 |
Q |
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| T |
22603201 |
tgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttattaaacaattattcagagaaaggcccctcaatgacaccgtttgcttctaa |
22603300 |
T |
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| Q |
145 |
cttctccatcactttttggtacgtcatgtttaaattttgcaatggaatacttgatcctttcttatgatcttgttgctaactcaaatggacatctcttata |
244 |
Q |
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| T |
22603301 |
cttctccatcactttttggtacgtcatgtttaaattttgcaatggaatacttgatcctttcttatgatcttgttgctaactcaaatggacatctcttata |
22603400 |
T |
|
| Q |
245 |
ttgctaattacagtaatttataagcacatacttaatattactctcctgtcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctgaatgttccatggtgcat |
344 |
Q |
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| T |
22603401 |
ttgctaattacagaaatttataagcacatacttaatattgctctcctgtcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctgagtgttccatggtgcat |
22603500 |
T |
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| Q |
345 |
gcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatccttcat |
431 |
Q |
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|
| T |
22603501 |
gcatttttcttttgatttttgtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatatttatccattgtttctattatatccttcat |
22603587 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 431
Target Start/End: Original strand, 45621680 - 45622066
Alignment:
| Q |
45 |
tgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttatcaaacaattattcagagaaaggcccttcaatgacactgtttgcttctaa |
144 |
Q |
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| T |
45621680 |
tgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttattaaacaattattcagagaaaggcccctcaatgacattgtttgcttctaa |
45621779 |
T |
|
| Q |
145 |
cttctccatcactttttggtacgtcatgtttaaattttgcaatggaatacttgatcctttcttatgatcttgttgctaactcaaatggacatctcttata |
244 |
Q |
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| T |
45621780 |
cttctccatcactttttggtacgtcatgtttaaattttgcaatggaatacttgatcatttattatgatcttgttgctaactcaaatggacatctcttata |
45621879 |
T |
|
| Q |
245 |
ttgctaattacagtaatttataagcacatacttaatattactctcctgtcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctgaatgttccatggtgcat |
344 |
Q |
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| T |
45621880 |
ttgctaattacagtaatttataagcacatacttaatattgctctcatgtcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctgaatgttccatggtgcat |
45621979 |
T |
|
| Q |
345 |
gcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatccttcat |
431 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
45621980 |
gcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaactctttagcgaatttatatttatccattgtttctattatatccttcat |
45622066 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 431
Target Start/End: Original strand, 20188004 - 20188394
Alignment:
| Q |
41 |
caattgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttatcaaacaattattcagagaaaggcccttcaatgacactgtttgctt |
140 |
Q |
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|
|
| T |
20188004 |
caattgcttccattctatttctcacaattaaatggtttagttctacacaatttattaaacaattgttcagagaagggcccctcaatgacactgtttgctt |
20188103 |
T |
|
| Q |
141 |
ctaacttctccatcactttttggtacgtcatgtttaaattttgcaatggaatacttgatcctttcttatgatcttgttgctaactcaaatggacatctct |
240 |
Q |
| |
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|
|
| T |
20188104 |
ctaacttctccatcactttttggtacgtcatgtttaaattttgcaatggaatacttgatcctttcttatgatcctgttgctaactcaaatggacatctct |
20188203 |
T |
|
| Q |
241 |
tatattgctaattacagtaatttataagcacatacttaatattactctcctgtcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctgaatgttccatggt |
340 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
20188204 |
tatattgctaattacagtaatttataagcacgtatttaatattgctctcctatcatgaagaaacaccccaccaatagcggtttcctgaatgttccatggt |
20188303 |
T |
|
| Q |
341 |
gcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatccttcat |
431 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20188304 |
gcatgcatttttcttttgatttcagtttcactgcaataaacaattctttagtgattttatatttatgcattgtttctattatatccttcat |
20188394 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 319 - 427
Target Start/End: Original strand, 51091591 - 51091705
Alignment:
| Q |
319 |
ggtttcctgaatgttccat--ggtgcatgcatttttcttttgatt----tcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattg |
412 |
Q |
| |
|
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|
| T |
51091591 |
ggtttcatgaatgttccttaaggtgcatgcatttttcttttaattaatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatattcatcaattg |
51091690 |
T |
|
| Q |
413 |
tttctattatatcct |
427 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |
|
|
| T |
51091691 |
tttctattatatcct |
51091705 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 41 - 104
Target Start/End: Original strand, 25613502 - 25613565
Alignment:
| Q |
41 |
caattgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttatcaaacaatt |
104 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
25613502 |
caattgcttccattctatttctcacaatttcatggtttacttctacacaatttattaaacaatt |
25613565 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 15214694 - 15214311
Alignment:
| Q |
45 |
tgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttatcaaacaattattcagagaaaggcccttcaatgacactgtttgcttctaa |
144 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15214694 |
tgcttccattctatttttcacaattgaatggtttagttctacacaatttattaaacaattgttcagagaaaggcccctcaatgacactgtttgcttctaa |
15214595 |
T |
|
| Q |
145 |
cttctccatcactttttggtacgtcatgtttaaattttgcaatggaatacttgatcctttcttatgatcttgttgctaactcaaatggacatctcttata |
244 |
Q |
| |
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|
|
| T |
15214594 |
cttctccatcactttttggtatgtcatgtttaaatt---caatggaatacttgatcctttcttatgatcatgttgctaactcaaatggacatctcttata |
15214498 |
T |
|
| Q |
245 |
ttgctaattacagtaatttataagcacatacttaatattactctcctgtcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctgaatgttccatggtgcat |
344 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15214497 |
ttgctaattacagtaatttataagcacatatttaatattgttctcctgtcatgaagaaataacccaccaatagcgatttcctgaatgttccatggtgcat |
15214398 |
T |
|
| Q |
345 |
gcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatccttcat |
431 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15214397 |
gcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatatttatccattgtttctattatatccttcat |
15214311 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 15253913 - 15253530
Alignment:
| Q |
45 |
tgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttatcaaacaattattcagagaaaggcccttcaatgacactgtttgcttctaa |
144 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15253913 |
tgcttccattctatttttcacaattgaatggtttagttctacacaatttattaaacaattgttcagagaaaggcccctcaatgacactgtttgcttctaa |
15253814 |
T |
|
| Q |
145 |
cttctccatcactttttggtacgtcatgtttaaattttgcaatggaatacttgatcctttcttatgatcttgttgctaactcaaatggacatctcttata |
244 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15253813 |
cttctccatcactttttggtatgtcatgtttaaatt---caatggaatacttgatcctttcttatgatcatgttgctaactcaaatggacatctcttata |
15253717 |
T |
|
| Q |
245 |
ttgctaattacagtaatttataagcacatacttaatattactctcctgtcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctgaatgttccatggtgcat |
344 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15253716 |
ttgctaattacagtaatttataagcacatatttaatattgttctcctgtcatgaagaaataacccaccaatagcgatttcctgaatgttccatggtgcat |
15253617 |
T |
|
| Q |
345 |
gcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatccttcat |
431 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15253616 |
gcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatatttatccattgtttctattatatccttcat |
15253530 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 104
Target Start/End: Original strand, 7043618 - 7043681
Alignment:
| Q |
41 |
caattgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttatcaaacaatt |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
7043618 |
caattgcttccattctatttctcacaattgcatggtttacttctacacaatttattaaacaatt |
7043681 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 41 - 104
Target Start/End: Original strand, 17722294 - 17722357
Alignment:
| Q |
41 |
caattgcttccattctatttctcacaattgaatggtttagttctacacaatttatcaaacaatt |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
17722294 |
caattgcttccattctatttctcacaattgcatggtttacttctatacaatttattaaacaatt |
17722357 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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