View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9838_low_4 (Length: 820)

Name: NF9838_low_4
Description: NF9838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9838_low_4
NF9838_low_4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (26-808)||(39998748-39999530)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 747; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 747; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 808
Target Start/End: Original strand, 39998748 - 39999530
Alignment:
Q  26 ataaaagattaacacaacctggggagggtggagtaaaaagcatcagctatgtgctatcactacaatatgaaggttaatatcagttatgtctaagcagata 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39998748 ataaaagattaacacaacctggggagggtggagtaaaaagcatcagctatgtgctatcactacaatatgaaggttaatatcagttatgtctaagcagata 39998847  T
Q  126 cctatcccagactaagagcaacaaactccaagagttaggtttggtggtaaaatgtaaaatgacatgtcttggatccggaggtttcagatttgagtcagtt 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39998848 cctatcccagactaagagcaacaaactccaagagttaggtttggtggtaaaatgtaaaatgacaggtcttggatccggaggtttcagatttgagtcagtt 39998947  T
Q  226 atacctttgaagattggaagtgctctttaagggcaaaggtctttcctaccttatactggtgcatcttcccctcatcctaaatttatttcaggcacattga 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39998948 atacctttgaagattggaagtgctctttaagggcaaaggtctttcctaccttatactggtgcatcgtcccctcatcctaaatttatttcaggcacattga 39999047  T
Q  326 attagctggttgaagaataaattaattttatgtttgtaaagggcaggactggagtgcccctcaccctagacttttttattatgaaaaaatagtagggcat 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39999048 attagctggttgaagaataaattaattttatgtttgtaaagggcaggactggagtgcccctcaccctagacttttttattatgaaaaaatagtaggacat 39999147  T
Q  426 gcatgctattgaggtctagcgcaaataattggtacacatggtgtatgagtgttgtaaaactcggatagcaaatttgattcttactgataaaaaagtttag 525  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39999148 gcatgctattgaggtctagcgcaaataattggtacacatggtgtatgagtgttgtaaaactcggatagcaaatttgattcttactgataaaaaagtttag 39999247  T
Q  526 gacataatttgaaactaacctttcccataaaatttaaatgaagtaatgccattgctatttgactatatggaaatatgatactataaaaggatgggatgtc 625  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39999248 gacataatttgaaactaatctttcccataaaatttaaatgaagtaatgccattgctatttgactatatggaaatatgatactataaaaggatgggatgtc 39999347  T
Q  626 cttctagttcagcattcattctcccctttgaatacgaacagattttcactagtgccttgcatggttcttttaagtttcgttgtgacttgtcaaggaggca 725  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39999348 cttctagttcagcattcattctcccctttgaatacgaacagattttcactagtgccttgcatggtacttttaagtttcgttgtgatttgtcaaggaggca 39999447  T
Q  726 tcctgaggaagaacttctaccagcattcctgccctcgggccaatgacattattatggaaaaaaccctacagcatgtctctgct 808  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39999448 tcctggggaagaacttctaccagcattcctgccctcaggccaatgacattattatggaaaaaaccctacagtatgtctctgct 39999530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University