View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9839A_low_218 (Length: 275)

Name: NF9839A_low_218
Description: NF9839A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9839A_low_218
NF9839A_low_218
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (12-255)||(5381378-5381621)
chr3 (12-255)||(13721145-13721388)
chr3 (93-172)||(24341603-24341682)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (12-255)||(27560-27803)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-255)||(88286-88529)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (12-255)||(11713140-11713383)
chr7 (14-255)||(13162351-13162592)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (12-255)||(42377158-42377401)
chr1 (12-255)||(14474908-14475151)
chr1 (12-255)||(2795158-2795401)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-253)||(16775804-16776045)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 5381621 - 5381378
Alignment:
Q  12 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5381621 gagatgaaccagaaaaagaagaagttttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 5381522  T
Q  112 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5381521 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 5381422  T
Q  212 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5381421 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 5381378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13721388 - 13721145
Alignment:
Q  12 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13721388 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgttgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 13721289  T
Q  112 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  13721288 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactactggaaaggtttgtgatgttataatagacagtggt 13721189  T
Q  212 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13721188 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 13721145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 93 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 24341682 - 24341603
Alignment:
Q  93 tgatcagacgaagcctacacacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcacc 172  Q
    |||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  24341682 tgatcataggaaggctacacatgatgtcagcacaagaagagcattacttgaggaaaaacatttttcatactcgttgcacc 24341603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 27803 - 27560
Alignment:
Q  12 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27803 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 27704  T
Q  112 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27703 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 27604  T
Q  212 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27603 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 27560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 88286 - 88529
Alignment:
Q  12 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  88286 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 88385  T
Q  112 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  88386 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 88485  T
Q  212 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  88486 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 88529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 11713140 - 11713383
Alignment:
Q  12 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11713140 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 11713239  T
Q  112 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11713240 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 11713339  T
Q  212 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11713340 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 11713383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 13162351 - 13162592
Alignment:
Q  14 gatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacaca 113  Q
    |||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  13162351 gatgaacatgaaaaagatgtagagttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgttcagacgaagcctacacg 13162450  T
Q  114 cgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtag 213  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13162451 cgatgtcagcccaagaagagcattggttgacgaaaaacatcatccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatattataatagatagtggtag 13162550  T
Q  214 ttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13162551 ttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 13162592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Original strand, 42377158 - 42377401
Alignment:
Q  12 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42377158 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctagtgatcagacgaagcctaca 42377257  T
Q  112 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 211  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42377258 cgcgatgtcagctcaagaagagtattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 42377357  T
Q  212 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42377358 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 42377401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 14475151 - 14474908
Alignment:
Q  12 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14475151 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 14475052  T
Q  112 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14475051 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgagcaaaaacatttttcatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 14474952  T
Q  212 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  14474951 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaatttaga 14474908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 2795401 - 2795158
Alignment:
Q  12 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2795401 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctagtgatcagacgaagcctaca 2795302  T
Q  112 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 211  Q
    | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2795301 cgcgatgtcagctcaagaagaacatttgttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgccggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 2795202  T
Q  212 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2795201 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtggagaagttaga 2795158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 12 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 16776045 - 16775804
Alignment:
Q  12 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  16776045 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgaatctctagtgataagacgaagcctaca 16775946  T
Q  112 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16775945 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 16775846  T
Q  212 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagtta 253  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16775845 agttttgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagtta 16775804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University