View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9839A_low_277 (Length: 251)

Name: NF9839A_low_277
Description: NF9839A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9839A_low_277
NF9839A_low_277
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-232)||(10038623-10038854)
chr3 (8-236)||(10110579-10110817)
chr3 (52-236)||(52918045-52918229)
chr3 (8-236)||(13530018-13530256)
chr3 (8-236)||(50410151-50410389)
chr3 (48-236)||(10000386-10000574)
chr3 (10-236)||(10968785-10969021)
chr3 (48-236)||(10237535-10237722)
chr3 (48-236)||(46913050-46913238)
chr3 (8-236)||(32750-32988)
chr3 (1-236)||(11368625-11368872)
chr3 (69-236)||(47692948-47693115)
chr3 (1-234)||(11362239-11362483)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-236)||(37261294-37261527)
chr5 (1-236)||(14192807-14193052)
chr5 (8-236)||(25542795-25543033)
chr5 (8-227)||(17871639-17871868)
chr5 (8-236)||(27881063-27881301)
chr5 (9-236)||(39883162-39883399)
chr5 (8-236)||(37372915-37373153)
chr5 (8-236)||(8428576-8428814)
chr5 (89-236)||(24629954-24630101)
chr5 (89-236)||(30346637-30346784)
chr5 (89-236)||(10025042-10025189)
chr5 (9-231)||(3689961-3690193)
chr5 (9-231)||(3876594-3876826)
chr5 (193-226)||(6089199-6089232)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (1-233)||(18988-19230)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (8-236)||(5828557-5828795)
chr7 (8-236)||(21070064-21070302)
chr7 (8-227)||(22843792-22844021)
chr7 (8-236)||(9001147-9001385)
chr7 (8-236)||(7036699-7036937)
chr7 (8-236)||(12781150-12781389)
chr7 (89-236)||(42232063-42232210)
chr7 (8-236)||(12785980-12786218)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (8-236)||(24269072-24269310)
chr2 (9-236)||(27509353-27509590)
chr2 (16-236)||(17683839-17684069)
chr2 (9-228)||(24245812-24246041)
chr2 (9-236)||(27192468-27192705)
chr2 (9-236)||(27842282-27842519)
chr2 (8-236)||(21395349-21395587)
chr2 (48-236)||(35609664-35609852)
chr2 (8-236)||(41920175-41920413)
chr2 (8-236)||(28666174-28666412)
chr2 (8-236)||(37825008-37825246)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-236)||(2202174-2202419)
chr6 (12-236)||(10187523-10187757)
chr6 (8-227)||(30881315-30881544)
chr6 (8-236)||(18344104-18344342)
chr6 (48-236)||(15333622-15333810)
chr6 (48-234)||(29640080-29640266)
chr6 (48-234)||(31510251-31510437)
chr6 (81-236)||(12517367-12517522)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (9-236)||(1860656-1860893)
chr4 (8-236)||(49710152-49710389)
chr4 (8-236)||(35855886-35856124)
chr4 (8-236)||(38518075-38518313)
chr4 (8-236)||(49786830-49787068)
chr4 (89-236)||(55559131-55559278)
chr4 (8-130)||(13337320-13337452)
chr4 (8-48)||(618226-618266)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (8-236)||(5262-5499)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (8-236)||(186534-186771)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (8-236)||(18148667-18148905)
chr1 (8-236)||(2329148-2329383)
chr1 (11-236)||(36207194-36207429)
chr1 (8-236)||(2453119-2453357)
chr1 (8-236)||(16042004-16042242)
chr1 (48-236)||(48238529-48238717)
chr1 (8-233)||(37390154-37390389)
chr1 (8-236)||(6310996-6311235)
chr1 (89-236)||(52500648-52500795)
chr1 (1-236)||(48775330-48775575)
chr1 (8-95)||(48233498-48233595)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (8-232)||(983-1217)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (8-236)||(21113746-21113984)
chr8 (8-236)||(25218567-25218805)
chr8 (8-236)||(30307156-30307394)
chr8 (8-236)||(7821817-7822055)
chr8 (48-236)||(31978579-31978767)
chr8 (8-236)||(25209049-25209272)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (8-236)||(31912-32149)
scaffold0073 (12-236)||(19436-19670)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (8-236)||(17878-18109)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (8-236)||(574-812)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (8-236)||(321338-321576)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (1-232)||(182794-183035)
scaffold0003 (1-234)||(165511-165755)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (89-236)||(28727-28874)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (8-236)||(48938-49176)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (20-236)||(16663-16889)
[»] scaffold0888 (1 HSPs)
scaffold0888 (124-236)||(30-142)
[»] scaffold1424 (1 HSPs)
scaffold1424 (160-236)||(1627-1703)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (8-44)||(39937-39973)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 10038854 - 10038623
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaag 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10038854 aattttcgaagatttgcttatatcagacacaacaaatctgttgatgtctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaag 10038755  T
Q  101 aaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctga 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  10038754 aaaggggaatactcgcgccaacacttgattcaattgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatattatttaagctctca 10038655  T
Q  201 ttctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10038654 ttctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 10038623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10110817 - 10110579
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10110817 gaagatttgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 10110718  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  10110717 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctt 10110618  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10110617 tgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10110579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 52 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 52918229 - 52918045
Alignment:
Q  52 gtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaat 151  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  52918229 gtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgactcgctatttttccaagaaaggggaatacccgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaat 52918130  T
Q  152 atatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918129 atatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 52918045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 13530256 - 13530018
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13530256 gaagatttggtcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 13530157  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13530156 aagaaaggggaatactcgcaccaacacttcattcagttgagcattttaacgaatatatgatgtcactgagtccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 13530057  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    || ||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  13530056 tggttctgcttgtcgatcaggtgaaaattttggtgtcca 13530018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 50410389 - 50410151
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |    
T  50410389 gaagattttctcatatcggacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgacccactattttttc 50410290  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50410289 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacaaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 50410190  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50410189 tgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 50410151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 48 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10000574 - 10000386
Alignment:
Q  48 ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 147  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  10000574 ctttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 10000475  T
Q  148 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10000474 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10000386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 236
Target Start/End: Original strand, 10968785 - 10969021
Alignment:
Q  10 agatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaa 99  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |          |||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| ||    
T  10968785 agatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaacttcgtgacctgctatttttctaa 10968884  T
Q  100 gaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctg 199  Q
    | ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  10968885 gcaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtttagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctt 10968984  T
Q  200 attctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968985 attttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10969021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 48 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10237722 - 10237535
Alignment:
Q  48 ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 147  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  10237722 ctttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 10237623  T
Q  148 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10237622 gaatatatgatgttactgattccaggtgaagagaaagagta-ttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10237535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 48 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 46913238 - 46913050
Alignment:
Q  48 ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 147  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  46913238 ctttgtgtatcccgatttgaatgataactttggcgacccgctatttttccaagaaaggagaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 46913139  T
Q  148 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  46913138 gaatatatgatgtcaccaattccaggtgaagaaaaatagtatttaagctttgattatgtttgtcgatcggggggaaattctgatgtcca 46913050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 32988 - 32750
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  32988 gaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatggactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 32889  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||    
T  32888 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtatttaacctc 32789  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  32788 tgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 32750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 11368872 - 11368625
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgcta 90  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||          ||||| |||||  |||||||||||||| || ||||||||||     
T  11368872 aattcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcactcatagactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtgacccgctc 11368773  T
Q  91 ttttt-ccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtat 189  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  11368772 ttttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagagtat 11368673  T
Q  190 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtg-aaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  11368672 ttaagctctgattcaatttgtcgattgggtgaaaaagtctgatgtcca 11368625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 69 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 47693115 - 47692948
Alignment:
Q  69 tgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgatt 168  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||    
T  47693115 tgataaccttggtgacccacaattttcccaagaaaggggaatcctcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatacatgatgtcactaatt 47693016  T
Q  169 ccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  47693015 ccaggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctgtttgtcgatcggacgaaaattctgatgtcca 47692948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 11362483 - 11362239
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgcta 90  Q
    |||| |||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||          ||||| |||||  |||| ||||||||| || ||||||| |||    
T  11362483 aattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacattggtgacccacta 11362384  T
Q  91 tttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaata-gtat 189  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  | |    
T  11362383 tttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagattttt 11362284  T
Q  190 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtc 234  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  11362283 ttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 11362239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 37261527 - 37261294
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaag 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  37261527 aatttccgaagatttgcttatattggacacaacaa--ccgttgatgtctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttaatgacccgttattttttcaag 37261430  T
Q  101 aaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctga 200  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37261429 aaaggggaatacttgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctga 37261330  T
Q  201 ttctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37261329 ttctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 37261294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 14192807 - 14193052
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgcta 90  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  14192807 aatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccgcta 14192906  T
Q  91 tttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatt 190  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14192907 tttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 14193006  T
Q  191 taagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14193007 taagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 14193052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 25542795 - 25543033
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25542795 gaagattttctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 25542894  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25542895 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 25542994  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25542995 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 25543033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 8 - 227
Target Start/End: Original strand, 17871639 - 17871868
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17871639 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 17871738  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17871739 aagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 17871838  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 227  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  17871839 tggttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 17871868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 27881301 - 27881063
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  27881301 gaagatttgctgatatcggacccaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 27881202  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  27881201 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctc 27881102  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  27881101 tgattctatttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 27881063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 9 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 39883399 - 39883162
Alignment:
Q  9 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcca 98  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||| || |||||||| |||    
T  39883399 aagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgcccagctattttgcca 39883300  T
Q  99 agaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 198  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  39883299 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctct 39883200  T
Q  199 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  39883199 gattctgtttgtagatcgggtgacaattatgatgtcca 39883162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 37373153 - 37372915
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  |||||||||     
T  37373153 gaagatttgctgatatcagacataacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcg 37373054  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37373053 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaaccaatttatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 37372954  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||    
T  37372953 tgattctatttttagatcgggtgataattctgatgtcca 37372915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 8428576 - 8428814
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  8428576 gaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 8428675  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  8428676 aagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctc 8428775  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  8428776 tgattctatttttagatcgggtgaatattctgatgtcca 8428814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 89 - 236
Target Start/End: Original strand, 24629954 - 24630101
Alignment:
Q  89 tatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 188  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24629954 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 24630053  T
Q  189 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24630054 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24630101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 89 - 236
Target Start/End: Original strand, 30346637 - 30346784
Alignment:
Q  89 tatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 188  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30346637 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattaagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 30346736  T
Q  189 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30346737 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 30346784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 89 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10025189 - 10025042
Alignment:
Q  89 tatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 188  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  10025189 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcattgattccaagtgaagagaaagagta 10025090  T
Q  189 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10025089 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 10025042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 3690193 - 3689961
Alignment:
Q  9 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcca 98  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||          ||||| |||||  |||||||||||||| || ||||||| || ||||| ||    
T  3690193 aagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtgacccactcttttttca 3690094  T
Q  99 agaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 198  Q
    ||||| | || ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3690093 agaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaaagagtatttaagctct 3689994  T
Q  199 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgat 231  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3689993 gattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3689961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Original strand, 3876594 - 3876826
Alignment:
Q  9 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcca 98  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||          ||||| |||||  |||||||||||||| || | ||||| || ||||| ||    
T  3876594 aagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattggggacccactcttttttca 3876693  T
Q  99 agaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 198  Q
    ||||| | || ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3876694 agaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaaagagtatttaagctct 3876793  T
Q  199 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgat 231  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3876794 gattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3876826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 6089232 - 6089199
Alignment:
Q  193 agctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaatt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6089232 agctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaatt 6089199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 19230 - 18988
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgcta 90  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19230 aatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 19131  T
Q  91 tttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatt 190  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19130 tttttccaaaaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 19031  T
Q  191 taagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgt 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19030 taagctctgattctgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgt 18988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 5828557 - 5828795
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5828557 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatcttttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 5828656  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5828657 aagaaaggggaatactcgcaccaacacttgactcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 5828756  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  5828757 tgattctgtttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 5828795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 21070064 - 21070302
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| || ||| |||||||||||    
T  21070064 gaagatttgctcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtaacctgctatttttcc 21070163  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  21070164 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcctggtgaagagaaagagtatttaagctc 21070263  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  21070264 tgattctgtttgttgatcgggtgaaaatttagatgtcca 21070302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 8 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 22844021 - 22843792
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||           |||||||||   |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  22844021 gaagatttgctcatatctgacacaacaaatctgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacctgctatttttcc 22843922  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  22843921 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagttc 22843822  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 227  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  22843821 tgtttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 22843792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 9001147 - 9001385
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||          |||| |||||  || ||| |||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  9001147 gaagatttgttgatatcggacacaacaaatccgttgatgtctcttatagactttgtttatcccgatctgattgataaccttggtgaccaactatttttcc 9001246  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  9001247 aagaaaggggaatactcgcactaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaagctc 9001346  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9001347 tgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 9001385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 7036937 - 7036699
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||| ||||||    
T  7036937 gaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactacttttcc 7036838  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  7036837 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctc 7036738  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7036737 tgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7036699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 12781150 - 12781389
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  12781150 gaagatttgctgatataagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 12781249  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  12781250 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctc 12781349  T
Q  198 tgattctgtttgt-cgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  12781350 tgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 12781389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 89 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 42232210 - 42232063
Alignment:
Q  89 tatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 188  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42232210 tatttttccaagaaaggggaatactctcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 42232111  T
Q  189 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42232110 tttaaactctgattttgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 42232063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 12785980 - 12786218
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          | |||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  12785980 gaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 12786079  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  12786080 aagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacctc 12786179  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  12786180 tgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 12786218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 24269072 - 24269310
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24269072 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 24269171  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  24269172 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactc 24269271  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24269272 tgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24269310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 27509590 - 27509353
Alignment:
Q  9 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcca 98  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||          |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  27509590 aagatttgctcatgtcggacacaacaaattcgttgatatcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacctgctatttttcca 27509491  T
Q  99 agaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 198  Q
    |||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27509490 agaaaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctct 27509391  T
Q  199 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27509390 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctaatgtcca 27509353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 236
Target Start/End: Original strand, 17683839 - 17684069
Alignment:
Q  16 gctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaagg 105  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17683839 gctcatattggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaagg 17683938  T
Q  106 ggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctg 205  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  17683939 ggaatactcgctccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctatgattttg 17684038  T
Q  206 tttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17684039 tttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 17684069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 24246041 - 24245812
Alignment:
Q  9 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcca 98  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||           ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  24246041 aagatttgctcataacggacacaacaaatccgtggatgtcacttatagaccttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctattttttca 24245942  T
Q  99 agaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 198  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  24245941 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagatct 24245842  T
Q  199 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattct 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24245841 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattct 24245812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 27192705 - 27192468
Alignment:
Q  9 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcca 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  27192705 aagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccctctatttttcca 27192606  T
Q  99 agaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 198  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27192605 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaagctct 27192506  T
Q  199 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||    
T  27192505 gattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27192468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 27842519 - 27842282
Alignment:
Q  9 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcca 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  27842519 aagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccctctatttttcca 27842420  T
Q  99 agaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 198  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27842419 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaagctct 27842320  T
Q  199 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||    
T  27842319 gattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27842282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 21395587 - 21395349
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          ||||| |||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  21395587 gaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtatatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 21395488  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21395487 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 21395388  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21395387 tgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 21395349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 48 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 35609852 - 35609664
Alignment:
Q  48 ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 147  Q
    |||||||||| |  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||     
T  35609852 ctttgtgtattccgatttgaatgataacattggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagtatgttaac 35609753  T
Q  148 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35609752 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattatgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgtcca 35609664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 41920175 - 41920413
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  41920175 gaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 41920274  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| || || ||||||||| || ||||| |||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||    
T  41920275 aagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattaagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaggtgaagataaagagtatttaacctc 41920374  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  41920375 tgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 41920413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 28666174 - 28666412
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          | |||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  28666174 gaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 28666273  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  28666274 aagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacctc 28666373  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  28666374 tgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 28666412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 37825008 - 37825246
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          | |||||||||  || | |||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  37825008 gaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 37825107  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  37825108 aagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacctc 37825207  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  37825208 tgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 37825246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 2202174 - 2202419
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgcta 90  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2202174 aattcccgaagatttgctcatatcgaacacaataaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 2202273  T
Q  91 tttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatt 190  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2202274 tttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtagaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 2202373  T
Q  191 taagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2202374 taagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 12 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10187757 - 10187523
Alignment:
Q  12 atttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaaga 101  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10187757 atttgctcatattggacacaaaaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaaga 10187658  T
Q  102 aaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgat 201  Q
    || |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  10187657 aaagggaatactcgctccaacacttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctatgat 10187558  T
Q  202 tctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10187557 tctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 10187523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 8 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 30881544 - 30881315
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30881544 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 30881445  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30881444 aagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 30881345  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 227  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  30881344 tggttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 30881315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18344342 - 18344104
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  18344342 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccatctatttttcc 18344243  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  18344242 aagaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttgacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagctt 18344143  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18344142 tgattctatttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 18344104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 48 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 15333810 - 15333622
Alignment:
Q  48 ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 147  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||     
T  15333810 ctttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaacaaatgggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaac 15333711  T
Q  148 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  15333710 gaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaggctctgattctgtttgtagatcaggtgaaaattctgatgtcca 15333622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 48 - 234
Target Start/End: Original strand, 29640080 - 29640266
Alignment:
Q  48 ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 147  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  29640080 ctttgtgtatcctgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 29640179  T
Q  148 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtc 234  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  29640180 gaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtc 29640266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 48 - 234
Target Start/End: Original strand, 31510251 - 31510437
Alignment:
Q  48 ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 147  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  31510251 ctttgtgtatcctaatctgaatgataaccttggtgaccaactattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 31510350  T
Q  148 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtc 234  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  31510351 gaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtc 31510437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 81 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 12517522 - 12517367
Alignment:
Q  81 tgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagag 180  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| || | || ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12517522 tgaccagctatttttccaagaaaggggaatatttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagag 12517423  T
Q  181 aaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  12517422 aaagagtatttaagctctgattctgtttgatgatggggtgaaaattctgatgtcca 12517367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 9 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 1860893 - 1860656
Alignment:
Q  9 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcca 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1860893 aagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcca 1860794  T
Q  99 agaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 198  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  1860793 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattctgggtgaagagaaagagtatttaagctct 1860694  T
Q  199 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1860693 gattctgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 1860656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 49710389 - 49710152
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  49710389 gaagatttgctgatatcggacacaacaaatcc-ttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttcc 49710291  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49710290 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 49710191  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49710190 tgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 49710152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 35856124 - 35855886
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  35856124 gaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 35856025  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  35856024 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctc 35855925  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  35855924 tgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 35855886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 38518313 - 38518075
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || | |||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  38518313 gaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 38518214  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38518213 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 38518114  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  38518113 tgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 38518075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 49786830 - 49787068
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          | |||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  49786830 gaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 49786929  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| || || ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  49786930 aagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatattaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctc 49787029  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  49787030 tgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49787068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 89 - 236
Target Start/End: Original strand, 55559131 - 55559278
Alignment:
Q  89 tatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 188  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55559131 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 55559230  T
Q  189 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  55559231 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 55559278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 13337452 - 13337320
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  13337452 gaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgtttatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 13337353  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgatt 130  Q
    ||||||||||| |||||||  |||| |||||||    
T  13337352 aagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgatt 13337320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 8 - 48
Target Start/End: Original strand, 618226 - 618266
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc 48  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  618226 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtc 618266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 5262 - 5499
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  5262 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatctattgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttt-cc 5360  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  5361 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgatttcaggtgaagagaaagagtatttaagctc 5460  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5461 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 5499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 186771 - 186534
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  186771 gaagatttgctcatatcgtacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 186672  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    || |||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  186671 aataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 186572  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  186571 tgattctgtttgtcgatcgggtg-aaattctgatgtcca 186534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18148905 - 18148667
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||          ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18148905 gaagattttctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatcgactttgtgtatctcaatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 18148806  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18148805 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcatttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 18148706  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  18148705 ttattctgtttgtcgatcggatgaaaattcttatgtcca 18148667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 2329383 - 2329148
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcttt-------gtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaag 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |       ||||||||  ||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||    
T  2329383 gaagattttctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccactattttttcaag 2329284  T
Q  101 aaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctga 200  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2329283 aaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctga 2329184  T
Q  201 ttctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2329183 ttctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2329148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 11 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 36207429 - 36207194
Alignment:
Q  11 gatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaag 100  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  36207429 gattttctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctattttttcaag 36207330  T
Q  101 aaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctga 200  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  36207329 aaaggggaatactcgccccaacaattgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttga 36207230  T
Q  201 ttctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36207229 ttatgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 36207194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 2453119 - 2453357
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||          |||||| || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2453119 gaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgaattccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 2453218  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  2453219 aagaaaggggaatactcgcaccaacgctttattgagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactaattccaggtgaagagaaagagtatttaggctc 2453318  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2453319 tgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2453357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16042242 - 16042004
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| || |||||||| ||    
T  16042242 gaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtgtatcccaatctgaatgataaccttggtgcccagctattttgcc 16042143  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  16042142 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctc 16042043  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16042042 tgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 16042004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 48 - 236
Target Start/End: Original strand, 48238529 - 48238717
Alignment:
Q  48 ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 147  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  48238529 ctttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 48238628  T
Q  148 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  48238629 gaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaactttgatgtcca 48238717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 233
Target Start/End: Original strand, 37390154 - 37390389
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  37390154 gaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 37390253  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  37390254 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctc 37390353  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgt 233  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  37390354 tgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgt 37390389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 6310996 - 6311235
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  6310996 gaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 6311095  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  6311096 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctc 6311195  T
Q  198 tgattctgtttgt-cgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  6311196 tgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 6311235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 89 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 52500795 - 52500648
Alignment:
Q  89 tatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 188  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52500795 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 52500696  T
Q  189 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52500695 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 52500648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 48775330 - 48775575
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgcta 90  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||          ||||| |||||  ||| |||||||||| || |||||| |||     
T  48775330 aattcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaattctttgatgtcactaatacactttgtatatcccgattagaatgataacattggtgacctgctc 48775429  T
Q  91 tttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatt 190  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  48775430 tttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtaaatgattccaggtgaagagaaagagtatt 48775529  T
Q  191 taagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  48775530 taagctctgattcagtttgtcgatcgggcaaaaagtctgatgtcca 48775575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 48233595 - 48233498
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgt----------ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttt 95  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||          ||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||    
T  48233595 gaagatttactcatatcgaacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctctattttt 48233498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 8 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 1217 - 983
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1217 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 1118  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  1117 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctc 1018  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 232  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  1017 tgattttgtttgtcaatcgggcgaaaattctgatg 983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 21113746 - 21113984
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21113746 gaagatttgcttatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 21113845  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    || |||||||| |||| || ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  21113846 aaaaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactc 21113945  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21113946 tgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 21113984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 25218567 - 25218805
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  25218567 gaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 25218666  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25218667 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 25218766  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25218767 tgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 25218805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 30307394 - 30307156
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||| ||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  30307394 gaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaacgataaccttggtgaccaactatttttcc 30307295  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30307294 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 30307195  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
     |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30307194 cgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 30307156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 7822055 - 7821817
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          ||||||||| |  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  7822055 gaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtattccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 7821956  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  7821955 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgatttcaggtgaagagaaagagtatttaagctc 7821856  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7821855 tgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7821817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 48 - 236
Target Start/End: Original strand, 31978579 - 31978767
Alignment:
Q  48 ctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 147  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||| | ||     
T  31978579 ctttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaac 31978678  T
Q  148 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  31978679 aaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggggaaaattcagatgtcca 31978767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 25209049 - 25209272
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtctttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaagggg 107  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||  |   |||  | | || |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  25209049 gaagatttgctgatgtcagacacaacaaatccgttgatgtcact---tat--agactttaatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaagggg 25209143  T
Q  108 agtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtt 207  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  25209144 aatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatt 25209243  T
Q  208 tgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    | | ||||||| |||||||||||||||||    
T  25209244 tttagatcgggcgaaaattctgatgtcca 25209272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 32149 - 31912
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  32149 gaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttcc 32050  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  32049 aagaaagggga-tacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgttgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaaactc 31951  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31950 tgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 31912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 12 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 19670 - 19436
Alignment:
Q  12 atttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaaga 101  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  19670 atttgctgatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 19571  T
Q  102 aaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgat 201  Q
    ||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||| | ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19570 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 19471  T
Q  202 tctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19470 tctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 19436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 17878 - 18109
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||       |    
T  17878 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccgct-------c 17970  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  17971 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgatttagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctt 18070  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  18071 tgattctgtttgccgatcgggtgaaaattatgatgtcca 18109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 574 - 812
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||          |||||||||||  || | |||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  574 gaagatttgctgatatcagacacaacaaacccgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccagctatttttcc 673  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    || |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||    
T  674 aataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaatgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaaaagaaagagtatttaacctc 773  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  774 tgattctgtttgtagattgggtgaaaattctgatgtcca 812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 321338 - 321576
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||          ||| |||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  321338 gaagatttgctgatatcggacaaaacaaatccgttgatgtcacttatagactttttgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 321437  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || |||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  321438 aagaaaggggaatactcgcaccaatgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatatcgctgatttcaggtgaagagaaagagtatttaagctc 321537  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  321538 tgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 321576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 183035 - 182794
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgcta 90  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||          ||||| |||||  |||||||||||| | || ||||||| ||     
T  183035 aattcccgaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttgaatgatatcattggtgacccactc 182936  T
Q  91 tttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatt 190  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  182935 tttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtgaagagaaagagtatt 182836  T
Q  191 taagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatg 232  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  182835 taagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaaatctgatg 182794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 165755 - 165511
Alignment:
Q  1 aatttccgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgcta 90  Q
    |||| |||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||          ||||| |||||  |||| ||||||||| || ||||||| |||    
T  165755 aattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacattggtgacccacta 165656  T
Q  91 tttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaata-gtat 189  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  | |    
T  165655 tttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagattttt 165556  T
Q  190 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtc 234  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  165555 ttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 165511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 89 - 236
Target Start/End: Original strand, 28727 - 28874
Alignment:
Q  89 tatttttccaagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 188  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28727 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaaaagta 28826  T
Q  189 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  28827 tttaaactctgattctgtttgtcgcttgggtgaaaattttgatgtcca 28874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 236
Target Start/End: Original strand, 48938 - 49176
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttcc 97  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          | |||||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  48938 gaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttcc 49037  T
Q  98 aagaaaggggagtactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 197  Q
    ||||||||||| ||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  49038 aagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacctc 49137  T
Q  198 tgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  49138 tgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16889 - 16663
Alignment:
Q  20 atatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatccaaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaaggggag 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  16889 atatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaa 16790  T
Q  110 tactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttg 209  Q
    ||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| || |||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||     
T  16789 tactcgcaccaacgcttaatttagtggagtatgttaacgcatatatgatttcactgattctaggtgaagagaaagagtttttaagctatgattctgtttt 16690  T
Q  210 tcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    || |||| | |||||||||||||||||    
T  16689 tcaatcgagcgaaaattctgatgtcca 16663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 124 - 236
Target Start/End: Original strand, 30 - 142
Alignment:
Q  124 cttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaa 223  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  30 cttgattcagttgagcatgttaacgaatatacgatgtcactgatttcaggtggcgagaaagagtatttaagctctgattttgtatgtcgatcgggtgaaa 129  T
Q  224 attctgatgtcca 236  Q
    |||||||| ||||    
T  130 attctgatttcca 142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 160 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 1703 - 1627
Alignment:
Q  160 tcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  1703 tcactgattccaggtgaagagaaagcgtatttaaactctgattatgtttatcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 1627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 44
Target Start/End: Complemental strand, 39973 - 39937
Alignment:
Q  8 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttga 44  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39973 gaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttga 39937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University