View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9839A_low_62 (Length: 394)
Name: NF9839A_low_62
Description: NF9839A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9839A_low_62 |
 | |
|
| [»] chr5 (5 HSPs) |
| |
|
| [»] chr2 (5 HSPs) |
| |
|
| [»] chr8 (2 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 10228543 - 10228157
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10228543 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
10228444 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10228443 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtaatgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
10228344 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10228343 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatcttcgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaagtaagtactagccatgctgactttaa |
10228244 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10228243 |
aacctttggtatactgactttg-aaaaaaaataccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
10228157 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 5056861 - 5056476
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5056861 |
tttggtgttgactagaacttgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatgtcaaatgtaacataaaactctatataggacaaagaact |
5056762 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
5056761 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgaaatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacatgggattc |
5056662 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
5056661 |
cggcatataatttcagacacaaccatattatctccgagacataatttttccactattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctcactttca |
5056562 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5056561 |
aacctttggtatactgactttggaaaaaatgt--cggattcattttgtttaacttctccattgtagtacataaaaacgtttatatttg |
5056476 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 20171789 - 20171403
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20171789 |
tttggtgttgactagaacttgatgggtaatttaacttaacattagatgttggattcttcatctcaaacataacataaagctctatataggacaaagaact |
20171690 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
20171689 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtgcattgtggtagttccaacaaacatgggattc |
20171590 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
|| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
20171589 |
cggcatataatttcagacacaaccatgttatctccgagacataacttttccactattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctcactttaa |
20171490 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
20171489 |
aacctttggtatactgactttg-gaaaaaaatgccggattcattttgtttaacttctcctttgtagtacataaaaatgtttatatttg |
20171403 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 6 - 394
Target Start/End: Original strand, 20087658 - 20088045
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
20087658 |
tttggtgttgactagaacttgaggggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatgtaggacaacgaact |
20087757 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
20087758 |
atgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtggattgcggtagctccaacaaacatgggattc |
20087857 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20087858 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatattttctccgcaattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctgactttaa |
20087957 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20087958 |
aacctttggtatactgactttg-aaaaaaaataccggaatcattttgtttaacttcaccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
20088045 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 6 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 30824124 - 30823737
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
30824124 |
tttggtgttgactagaacttgaggggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatgtaggacaacgaact |
30824025 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
30824024 |
atgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtggattgcggtagctccaacaaacatgggattc |
30823925 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30823924 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatgtccgagacatattttctccgcaattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctgactttaa |
30823825 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30823824 |
aacctttggtatactgactttg-aaaaaaaataccggaatcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
30823737 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 6 - 394
Target Start/End: Original strand, 19422773 - 19423160
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
19422773 |
tttggtgttgactagaacttgaggggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatgtaggacaacgaact |
19422872 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
19422873 |
atgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtggattgcggtagctccaacaaacatgggattc |
19422972 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19422973 |
cggcacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatattttctccgcaattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctgactttaa |
19423072 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19423073 |
aacctttggtatactgactttg-aaaaaaaataccggaatcattttttttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
19423160 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Original strand, 19681723 - 19682109
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19681723 |
tttggtgttgactagaacttgatgggtaatttaactcaacattagatgttggattcttcatctcaaacataacataaagctctatataggacaaagaact |
19681822 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
19681823 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatctgttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacatgggattc |
19681922 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
|| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
19681923 |
cggcatataatttcagacacaaccatgttatctccgagacataacttttccactattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctcactttaa |
19682022 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
19682023 |
aacctttggtatactgactttg-gaaaaaaatgtcggattcattttgtttaacttctccattgtagtacataaaaatgtttatatttg |
19682109 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Original strand, 30664710 - 30664887
Alignment:
| Q |
13 |
ttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaactgtgattt |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
30664710 |
ttgactagaacttgatgggtaatttaactcaagattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatgtaggacaaagaactgtgactc |
30664809 |
T |
|
| Q |
113 |
ttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttcca |
190 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
30664810 |
ttatgtacgtcaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttagtcttaacgcctggtagtgaattgtgctagctcca |
30664887 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 6 - 394
Target Start/End: Original strand, 11747850 - 11748237
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
11747850 |
tttggtgttgactagaacttgaggggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatgtaggacaacgaact |
11747949 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
11747950 |
atgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtggattgcggtagctccaacaaacatgggattc |
11748049 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11748050 |
cggcacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatattttctccgcaattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctgactttaa |
11748149 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11748150 |
aacctttggtatactgactttg-aaaaaaaataccggaatcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
11748237 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 6 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 37017361 - 37016974
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
37017361 |
tttggtgttgactagaacttgaggggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatgtaggacaacgaact |
37017262 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37017261 |
atgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtggattgcggtagctccaacaaacatgggattc |
37017162 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37017161 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatgtccgagacatattttctccgcaattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctgactttaa |
37017062 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37017061 |
aacctttggtatactgactttg-aaaaaaaataccggaatcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
37016974 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Original strand, 44335452 - 44335838
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44335452 |
tttggtgttgactagaacttgatgggtaatttaactcaacattagatgttggattcttcatctcaaacataacataaagctctatataggacaaagaact |
44335551 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
44335552 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacatgggattc |
44335651 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
44335652 |
cgacatataatttcagacacaaccatgttatctccgagacataacttttccactattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctcactttaa |
44335751 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
44335752 |
aacctttggtatactgactttg-gaaaaaaatgccggattcattttgtttaacttctccattgtagtacataaaaatgtttatatttg |
44335838 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Original strand, 36628335 - 36628721
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36628335 |
tttggtgttgactagaacttgatgggtaatttaactcaacattagatgttggattcgtcatctcaaacataacataaagctctatataggacaaagaact |
36628434 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
36628435 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatctgttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacatgggattc |
36628534 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
|| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
36628535 |
cggcatataatttcagacacaaccatgttatctccgagacataactttttcactattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctcactttaa |
36628634 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
36628635 |
aacctttggtatactgactttg-gaaaaaaatgccggattcattttgtttaacttctccattgtagtacataaaaatgtttatatttg |
36628721 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 6003649 - 6003266
Alignment:
| Q |
13 |
ttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaactgtgattt |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
6003649 |
ttgactagaacttgatgggtaatttaactcaggattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatgtaggacaaagaactgtgaatc |
6003550 |
T |
|
| Q |
113 |
ttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattccgacaca |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| | |
|
|
| T |
6003549 |
ttatgtacgtcaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtgctagctccaacaaacatgggattccgacata |
6003450 |
T |
|
| Q |
213 |
taatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattc----ttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaaaac |
308 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| || ||||||||||||| ||| ||||| |||| || || ||||||| |
|
|
| T |
6003449 |
aaatttcagacacaaccatattatctccgatacatactttttctgctattctttttttttttgagatgcaagtaagtactacccatactcaccttaaaac |
6003350 |
T |
|
| Q |
309 |
ctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| ||||| | || |||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
6003349 |
ctttggtgtactggctttg-aaaaaaaatcccagattcattttgtttaacttcgccgttgtagtacacataaacgtttatatttg |
6003266 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 6 - 394
Target Start/End: Original strand, 42610642 - 42611029
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
42610642 |
tttggtgttgactagaacttgaggggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatgtaggacaacgaact |
42610741 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
42610742 |
atgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtggattgcggtagctccaacaaacatgggattc |
42610841 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42610842 |
cggcacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatattttctccgcaattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctgactttaa |
42610941 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42610942 |
aacctttggtatactgactttg-aaaaaaaataccagaatcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttga |
42611029 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Original strand, 8592023 - 8592409
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8592023 |
tttggtgttgactagaacttgatgggtaatttaactaaacattagatgttggattcttcatctcaaacataacataaagctctatataggacaaagaact |
8592122 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
8592123 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacatgggattc |
8592222 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
8592223 |
cgacatataatttcagacacaaccatgttatctccgagacataacttttccactattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctcactttaa |
8592322 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
8592323 |
aacctttggtatactgactttggaaaaaaatga-cggattcattttgtttaacttctccattgtagtacacaaaaatgtttatatttg |
8592409 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Original strand, 13050035 - 13050421
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13050035 |
tttggtgttgactagaacttgatgagtaatttaactcgaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
13050134 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
13050135 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcatttattcttaacgcctggtagtgaattgtgctagttccaacaaacatgagattc |
13050234 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
13050235 |
cgacatataatttcagacacgaccatattatctccgagacatactttttccgctattctttttttgagatgcaagtaagtcctagccatgctcactttta |
13050334 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
13050335 |
aacctttggtatactgactttg-aaaaaaaatgccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaatgtttatatttg |
13050421 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Original strand, 22025344 - 22025730
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22025344 |
tttggtgttgactagaacttgatgggtaatttaactcaacattagatgttggattcttcatctcaaacataacataaagctctatataggacaaagaact |
22025443 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
22025444 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcagttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacatgggattc |
22025543 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
22025544 |
cgacatataatttcagacacaaccatgttatctccgagacataacttttccactattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctcactttaa |
22025643 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
22025644 |
aacctttggtatactgactttg-gaaaaaaatgccggattcattttgtttaacttctccattgtagtacataaaaatgtttatatttg |
22025730 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Original strand, 26524253 - 26524639
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26524253 |
tttggtgttgactagaacttgatgggttatttaactcaagattagatgttggattcttcatctcaaacataacataaagctctatataggacaaagaact |
26524352 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
26524353 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatctgttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacatgggattc |
26524452 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26524453 |
cgacatataatttcagacacaaccatgttatctccgagacataacttttccactattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctcactttaa |
26524552 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
26524553 |
aacctttggtatactgactttg-gaaaaaaatgccggattcattttgtttaacttctccattgtagtacataaaaatgtttatatttg |
26524639 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 6 - 393
Target Start/End: Original strand, 46487125 - 46487511
Alignment:
| Q |
6 |
tttggtgttgactagaactcgatgggtaatttaactcaaaattagatgttggattcttcatctcaaacgtaacataaagctctatataggacaaagaact |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46487125 |
tttggtgttgactagaacttgatgggtaatttaactcaacattagatgttggattcttcatctcaaacataacataaagctctatataggacaaagaact |
46487224 |
T |
|
| Q |
106 |
gtgatttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatcggttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacataggattc |
205 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
46487225 |
gtgacttttatgtacgttaaacataaactcgacatcgtcgttatctgttattcttaacgcctggtagtgaattgtggtagttccaacaaacatgggattc |
46487324 |
T |
|
| Q |
206 |
cgacacataatttcagacacaaccatattatctccgagacatactttttccgcaattcttcttttgagatgcaactaactactagccatgctgactttaa |
305 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
46487325 |
cgacatataatttcagacacaaccatgttatctccaagacataacttttccactattctttttttgagatgcaagtaagtactagccatgctcactttaa |
46487424 |
T |
|
| Q |
306 |
aacctttggtatactgactttgnnnnnnnnntaccggattcattttgtttaacttctccattatagtacacaaaaacgtttatatttg |
393 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
46487425 |
aacctttggtatactgactttg-gaaaaaaatgtcggattcattttgtttaacttctccattgtagtacataaaaatgtttatatttg |
46487511 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University