View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9850_low_1 (Length: 489)

Name: NF9850_low_1
Description: NF9850
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9850_low_1
NF9850_low_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (41-472)||(39511262-39511693)
chr4 (43-431)||(39525007-39525395)
chr4 (41-404)||(39576153-39576516)
chr4 (20-405)||(39521487-39521872)
chr4 (20-432)||(39544280-39544692)
chr4 (20-375)||(39580672-39581016)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (123-472)||(3331350-3331696)
chr7 (78-123)||(3331271-3331316)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 41 - 472
Target Start/End: Original strand, 39511262 - 39511693
Alignment:
Q  41 aatcggggattaaatgaacagggagcataaagagttctattgcattaacaaatgcaaatgatgatttttgaggtatgaaagtgattttgaatctttttct 140  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39511262 aatcagggattaaatgaacggggagcacaaagagttctattgcgttaacaaatgcgagtgatgatttttgaggtgtgaaagtgattttgaatctttttct 39511361  T
Q  141 gatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgtttttagcatcgaaattagttaacagaaggaaaccgggaacagaaatgttgaat 240  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||   |||||||| |||||| ||||| ||||   |||||    
T  39511362 gatgatttgaacgtagtattcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaattttgtaacagaatgaaaccaggaactgaaacagtgaat 39511461  T
Q  241 tttgcagtggaaaggttagttggggaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtattgtttgggatggtagagaatttgtaccaagatttgg 340  Q
    |||||||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   ||||| ||||||||||| ||    
T  39511462 tttgcagtggaaagtttagttggtgtagagaatgaaaggaaatggaaacgtaccatataggtgttgtttgggatggttttgaattcgtaccaagattcgg 39511561  T
Q  341 aatggaatatccttgctgtttgataaagaggtgaaggaactgatgattgatttgtttctatggagcttttcctgaaacttgttttagggtaaatatgatg 440  Q
    || |||| |||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39511562 aacggaaaatccttgcagtttggtagagagatgaaggaactgatgattgatttgtttctatggagcttttgctgaaacttgttatagggtaaatatgatg 39511661  T
Q  441 ttgagattctcctatataaactttgttacttt 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39511662 ttgagattctcctatataaactttgttacttt 39511693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 43 - 431
Target Start/End: Original strand, 39525007 - 39525395
Alignment:
Q  43 tcggggattaaatgaacagggagcataaagagttctattgcattaacaaatgcaaatgatgatttttgaggtatgaaagtgattttgaatctttttctga 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||    
T  39525007 tcggggattaaatgaacagggagcataaagagttctattgcattagcaaaggcaaatgatgctttttgaggtgtgaacgtgattttgaatttttttctga 39525106  T
Q  143 tgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgtttttagcatcgaaattagttaacagaaggaaaccgggaacagaaatgttgaattt 242  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||| |||||| || || |||| | |||||||    
T  39525107 tgattttaaggtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttttgcatcgaaattttgtaacagaatgaaaccagggactgaaacggtgaattt 39525206  T
Q  243 tgcagtggaaaggttagttggggaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtattgtttgggatggtagagaatttgtaccaagatttggaa 342  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||   ||| | |||  |||||| ||||    
T  39525207 tgcagtggaaaggttaagtggtgaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtgttgtttggtacggttttgaactcgtataaagattcggaa 39525306  T
Q  343 tggaatatccttgctgtttgataaagaggtgaaggaactgatgattgatttgtttctatggagcttttcctgaaacttgttttagggta 431  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39525307 tgaaatatccttgctgtttggtagagaggtgaaggcactgatgattgactggtttctatggagcttttgctgaaacttgttttagggta 39525395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 41 - 404
Target Start/End: Original strand, 39576153 - 39576516
Alignment:
Q  41 aatcggggattaaatgaacagggagcataaagagttctattgcattaacaaatgcaaatgatgatttttgaggtatgaaagtgattttgaatctttttct 140  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  39576153 aatcagggattaaatgaaccggaagcataaagagttctattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaatatgattttgaatctttttct 39576252  T
Q  141 gatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgtttttagcatcgaaattagttaacagaaggaaaccgggaacagaaatgttgaat 240  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| | |||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  39576253 aatgattttaacgtaatactcttttactaaagcagatttggtggtgttttcagcgttgaaattatgtaacagaaggaaaccaggaacggaaatgttgaat 39576352  T
Q  241 tttgcagtggaaaggttagttggggaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtattgtttgggatggtagagaatttgtaccaagatttgg 340  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||| |||  | ||||  |    
T  39576353 tttgcagtggaaagtttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatataagtgttgtttggtatggtagaaaattcgtaggaggattcag 39576452  T
Q  341 aatggaatatccttgctgtttgataaagaggtgaaggaactgatgattgatttgtttctatgga 404  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||    
T  39576453 aatggaaaattcttgctgtttggtaaagaggtgaagacactgatgatggattggtttctatgga 39576516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 405
Target Start/End: Original strand, 39521487 - 39521872
Alignment:
Q  20 tgtaattgaaacgtgagattaaatcggggattaaatgaacagggagcataaagagttctattgcattaacaaatgcaaatgatgatttttgaggtatgaa 119  Q
    |||||||||||||||  | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  39521487 tgtaattgaaacgtgctactgaatcggggattaaatgaagagggagcataaagagttcaattgcattaacaaacgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaa 39521586  T
Q  120 agtgattttgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgtttttagcatcgaaattagttaacagaaggaaa 219  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||  |||||||||||||    
T  39521587 agtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaattatgtaacagaaggaaa 39521686  T
Q  220 ccgggaacagaaatgttgaattttgcagtggaaaggttagttggggaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtattgtttgggatggtag 319  Q
    || ||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| | |||      
T  39521687 ccaggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaagtgttgcttggaacggttt 39521786  T
Q  320 agaatttgtaccaagatttggaatggaatatccttgctgtttgataaagaggtgaaggaactgatgattgatttgtttctatggag 405  Q
     |||||  ||  |||| |||||| |||| || ||||||||||| |  ||||||||||  |||| ||||||| ||||| || |||||    
T  39521787 tgaattcataggaagaattggaaaggaaaattcttgctgtttggttgagaggtgaagacactggtgattgacttgttactttggag 39521872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 432
Target Start/End: Original strand, 39544280 - 39544692
Alignment:
Q  20 tgtaattgaaacgtgagattaaatcggggattaaatgaacagggagcataaagagttctattgcattaacaaatgcaaatgatgatttttgaggtatgaa 119  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||| ||| |||||||| ||| |||||||| ||||    
T  39544280 tgtaattgaaacgagctattgaattgggtattaaatgaagagggagaataaagagttcaaatgcattaaaaaacgcaaatgaagatgtttgaggtgtgaa 39544379  T
Q  120 agtgattttgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgtttttagcatcgaaattagttaacagaaggaaa 219  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||   |||||||| ||||    
T  39544380 agtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaagaagagttggtggtgttttcagagttgaaattttgtaacagaatgaaa 39544479  T
Q  220 ccgggaacagaaatgttgaattttgcagtggaaaggttagttggggaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtattgtttgggatggtag 319  Q
    || || || ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  39544480 ccagggactgaaacattgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatggaaacataccatgtaggtgttgtttggtatggtag 39544579  T
Q  320 agaatttgtaccaagatttggaatggaatatccttgctgtttgataaagaggtgaaggaactgatgattgatttgtttctatggagcttttcctgaaact 419  Q
    | ||||  ||  |||| | |||||||||||||||||||||||| || |||||||||   |||| ||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||    
T  39544580 aaaattcataggaagactcggaatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaaaacactggtgattgacttgttactttggagctttttctgaaact 39544679  T
Q  420 tgttttagggtaa 432  Q
    |||||| ||||||    
T  39544680 tgtttttgggtaa 39544692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 375
Target Start/End: Original strand, 39580672 - 39581016
Alignment:
Q  20 tgtaattgaaacgtgagattaaatcggggattaaatgaacagggagcataaagagttctattgcattaacaaatgcaaatgatgatttttgaggtatgaa 119  Q
    ||||||||||| ||| || | | |||||||| ||||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||    
T  39580672 tgtaattgaaatgtgtgactgattcggggatgaaatgagtggggagtataaagagttccattgcattaacaaacgcaaatgatgaggtttgaggtgtgaa 39580771  T
Q  120 agtgattttgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgtttttagcatcgaaattagttaacagaaggaaa 219  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||| | |||| ||||| | | || | |        | |||| || ||   |||||   |||||||  ||||    
T  39580772 agtgattttgaatcttttacgggtgattttaaagaaatattctttaattgaaagcg--------gagtttatatca---aaattttgtaacagagagaaa 39580860  T
Q  220 ccgggaacagaaatgttgaattttgcagtggaaaggttagttggggaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtattgtttgggatggtag 319  Q
    || ||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||      
T  39580861 cctggaaaggaaacgttgaattttgcagtggaaagattagttggtaaagagaatagaaagaaatggaaacgtaccatgtaagtgttgtttggtacggttt 39580960  T
Q  320 agaatttgtaccaagatttggaatggaatatccttgctgtttgataaagaggtgaa 375  Q
     ||||| |||  ||||||||||| |||||||  |||||||||| || |||||||||    
T  39580961 tgaattcgtagaaagatttggaagggaatataattgctgtttggtagagaggtgaa 39581016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 123 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 3331696 - 3331350
Alignment:
Q  123 gattttgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgtttttagcatcgaaattagttaacagaaggaaaccg 222  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3331696 gattgtgaatctttttatgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgtttttagcgtcgaaattagttaacagaaggaaaccg 3331597  T
Q  223 ggaacagaaatgttgaattttgcagtggaaaggttagttggggaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtattgtttgggatggtagaga 322  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||    
T  3331596 gaaacagaaatgttgaa-tttgcagtggaaaggttaattggtgaagagaatgaaaggaaatggaaacgtaccatgtaggtgttgtttgggataatagtga 3331498  T
Q  323 atttgtaccaagatttggaatggaatatccttgctgtttgataaagaggtgaaggaactgatgattgatttgtttctatggagcttttcctgaaacttgt 422  Q
    |  | ||||||||||  |||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  3331497 a--tctaccaagattcagaatggaaaattcttgctctttggtaaagaggtgaaggaactgattattgatttgtttctacggagcttttgctgaaacttgt 3331400  T
Q  423 tttagggtaaatatgatgttgagattctcctatataaactttgttacttt 472  Q
    | | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  3331399 tcttggttaaatatgatgttgagattctcctatataaattttgctacttt 3331350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 3331316 - 3331271
Alignment:
Q  78 tattgcattaacaaatgcaaatgatgatttttgaggtatgaaagtg 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  3331316 tattgcattaacaaatgcaaatgatgatgtttgaggtgtgaaagtg 3331271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University