View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9853_low_1 (Length: 856)

Name: NF9853_low_1
Description: NF9853
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9853_low_1
NF9853_low_1
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-838)||(712390-713227)
chr6 (56-838)||(702266-703048)
chr6 (33-836)||(710512-711306)
chr6 (56-621)||(717568-718133)
chr6 (54-573)||(716513-717029)
chr6 (191-583)||(722384-722779)
chr6 (761-838)||(718264-718341)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (73-519)||(35313394-35313843)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (182-318)||(20353897-20354033)
chr5 (169-306)||(20357809-20357946)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (169-297)||(5278442-5278570)
chr4 (169-297)||(5286423-5286551)
chr4 (182-318)||(5282505-5282641)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (152-318)||(6235378-6235544)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 713227 - 712390
Alignment:
Q  1 aaagaacaaatttaacaataaatttagtgattcaagcacatatcacagcctgcaattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  713227 aaagaacaaatttaacaataaatttagtgattcaagcacatatcacagcctgcaattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattatccact 713128  T
Q  101 atattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggatttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  713127 atattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagaaatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacaccaggatttt 713028  T
Q  201 ggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  713027 ggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatacccaacattcaattgaaagtgaatgaggccaattggaaacacaaacacatctcctttgttcag 712928  T
Q  301 tacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagta 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  712927 tacttttgtaatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatagagagtaccctccaacactataagaatctcagtggctctagggtgagta 712828  T
Q  401 tgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcactt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  712827 tgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaactgtaaccggtgtcactt 712728  T
Q  501 ttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatcatttggtgtagcaagctttggatccttgcagactttgccattcacaaa 600  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  712727 ttgaacccagtggatttgatatgtttccttctttcactgagaaaaaaaaatcatttggtgtagcaagctttggatccttgcaaaatttgccattcacaaa 712628  T
Q  601 aactgcaaaacaaaatcattagataattaaataatatgttgtacttatatatgtatatatcattgttgtcaaacatgagatcgaacccgtgaaacttttg 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  712627 aactgcaaaacaaaatcattagataattaaataatatgttctacttatatatgtatatatcaaagttgtcatacatgagatcaaacccgtgaaacttttg 712528  T
Q  701 tatcatagtttaattggttcaacagattcaaccaaacgagtaaaaataaataaagaagtgttaaaaaagtatacataccaccattcctggtgtcattgat 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  712527 tatcatagtttaattggttcaacagattcaaccaaacgagtaaaaataaataaagaagtgttaaaaaagtatacataccaccattcttggtgtcattgat 712428  T
Q  801 atccacacaaaagtcctgtaaagggctgggatcaaagg 838  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  712427 agccacacaaaagtcctgtaaagggctgggatcaaagg 712390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 715; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 56 - 838
Target Start/End: Original strand, 702266 - 703048
Alignment:
Q  56 ttctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 155  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702266 ttctagtagttgtccacccagaattgtttttgaagattgtccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 702365  T
Q  156 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702366 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 702465  T
Q  256 gtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702466 gtgaatgagaccaattggaaacacaaacacatctcctttgttcagtacttttgtaatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 702565  T
Q  356 gtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagataccta 455  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702566 gtaccctctaacactataagtatctcagtggctctagggtgagtatgtggaggatttagtccccttgatgcgaagtcaatgcgagcaagagagataccta 702665  T
Q  456 aagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatcatt 555  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  702666 aagtgtttagtcctagtatatcattaactgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttcttttactgagaaaaagaaatcatt 702765  T
Q  556 tggtgtagcaagctttggatccttgcagactttgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcattagataattaaataatatgttgtacttatatatgta 655  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  702766 tggtgtagcaagctttggatccttgcaaaatttgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcattagataattagataatatgttctgcttatatatgta 702865  T
Q  656 tatatcattgttgtcaaacatgagatcgaacccgtgaaacttttgtatcatagtttaattggttcaacagattcaaccaaacgagtaaaaataaataaag 755  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702866 tatatcaatgttgtcaaacatgagatcgaacccgtgaaacttttgtatcatagtttaattggttcaacagattcaaccaaacgagtaaaaataaataaag 702965  T
Q  756 aagtgttaaaaaagtatacataccaccattcctggtgtcattgatatccacacaaaagtcctgtaaagggctgggatcaaagg 838  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702966 aagtgttaaaaaagtatacataccaccattcttggtgtcattgatagccacacaaaagtcctgtaaagggctgggatcaaagg 703048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 836
Target Start/End: Original strand, 710512 - 711306
Alignment:
Q  33 caagcacatatcacagcctgcaattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgag 132  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710512 caagtacatatcacgacctgcaattctagttgttgtccacccaaaattgtttttgaagattgtccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgag 710611  T
Q  133 aacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcattt 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710612 aacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacaccaggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcattt 710711  T
Q  233 ccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattag 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710712 ccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaacacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattag 710811  T
Q  333 aagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtc 432  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  710812 aagtaacaaacccgacatagagagtaccctccaacactataagaatctcagtggctctagggtgagtatgtgggggatttagtccccttgatgcgaagtc 710911  T
Q  433 aatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttct 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710912 aatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttct 711011  T
Q  533 ttcactgagaaaaagaaatcatttggtgtagcaagctttggatccttgcagactttgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcattagataattaaat 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  711012 ttcactgagaaaaagaaatcatttggtgtagcaagctttggattcttacagaatttgccgttcacaaacactgcaaaa-aaaatcatcatataattaaat 711110  T
Q  633 aatatgttgtacttatatatgtatatatcattgttgtcaaacatgagatcgaacccgtgaaacttttgtatcatagtttaattggttcaacagattcaac 732  Q
    ||||           |||||| |||||| | |||||| | ||||||||||  |||||||||  | ||||||||||||| ||| |||| | ||| || |||    
T  711111 aata---------cctatatggatatatgaatgttgttagacatgagatc--acccgtgaagttattgtatcatagttcaatcggtttatcaggttaaac 711199  T
Q  733 caaacgagt----aaaaataaataaagaagtgttaaaaaagtatacataccaccattcctggtgtcattgatatccacacaaaagtcctgtaaagggctg 828  Q
    ||| |||||    | ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||  |  |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||     
T  711200 caaccgagtcaaaataaataaataaaaaagtatt-aaaaagtatacataccacccgttttggtgtcattgatagccacacaaaagtcttgtagagggcta 711298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 56 - 621
Target Start/End: Original strand, 717568 - 718133
Alignment:
Q  56 ttctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717568 ttctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 717667  T
Q  156 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717668 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacaccaggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 717767  T
Q  256 gtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717768 gtgaatgagaccaattggaaacacaaacacatctcctttgtttagtacttttgttatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 717867  T
Q  356 gtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagataccta 455  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717868 gtaccctctaacactataagtatctcagtggctctagggtgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagataccta 717967  T
Q  456 aagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatcatt 555  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  717968 aagtgtttagtcctagtatatcattaactgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttcttttactgagaaaaagaaatcatt 718067  T
Q  556 tggtgtagcaagctttggatccttgcagactttgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcatta 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  718068 tggtgtagcaagctttggatccttgcagactttgccattcacaaaaactgcaaaacaaattcatta 718133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 54 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 717029 - 716513
Alignment:
Q  54 aattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttgg 153  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||   |    
T  717029 aattctaattgttgtccaaccagaattgtttctgaagattgtcaactatgttattgtccacttgaagagccttggtgagaagttctgaagaaattt---g 716933  T
Q  154 attagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattgg 253  Q
    |||||| ||||||||  | |||  ||| ||||| || | || ||| |||||| ||||||||| |||  |||| ||||||||||  |||| |||   ||||    
T  716932 attagacccaaatacctccttaataatagtgataactcttgaattatggctgttaagtccagaaatgacaaccgcatttccatcccccatattatgttgg 716833  T
Q  254 aagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatata 353  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |    
T  716832 aagtgaataagaccaattggaaacacaaagacatctcctttgttaagaacttttgtaatgagacggttttctgggttagaagtaacaaaaccgacattga 716733  T
Q  354 gtgtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacc 453  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||| ||| | | ||| || ||||| ||||||| |||||||||    
T  716732 gagtaccctccaacactataagtatctcagctgctctagggtgagcatgtggaggatttagaccctttggtgcaaaatcaatacgagcaaaagagatacc 716633  T
Q  454 taaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatca 553  Q
     | ||| |||| ||||| ||| ||| |||| ||     |||||||||  ||||| ||| || ||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  716632 aagagtatttaatcctaatatctcactaactgtgggtagtgtcacttgcgaaccaagttgacttgatatgttttcttcttttattgagaaaaagaaatca 716533  T
Q  554 tttggtgtagcaagctttgg 573  Q
    | ||||||| |||| |||||    
T  716532 tctggtgtaacaagttttgg 716513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 191 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 722779 - 722384
Alignment:
Q  191 cctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctc 290  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||| |||   |||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  722779 cctggattttgactgctaaatccagaaattgcaaccgcatttccatctcctgtattatgctcgaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctc 722680  T
Q  291 ctttgttcagtacttttgtgatgaga---cggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacactataagaatctcagtggc 387  Q
    ||||||| ||  ||||||| ||| ||   |   ||||| |||||||||||  ||| || ||||  || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  722679 ctttgttgagatcttttgtaatgggagtactactttcttgattagaagtataaaagccaacattgagagtaccatctaacaccataagtatctcagtggc 722580  T
Q  388 tctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgta 487  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||  ||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| ||| |||||||| ||     
T  722579 tctagggtgagtgtgtggaggatttatacccttaggtgcaaagtcaatacgagcaagagagacaccaagagtgtttaatcctaatatctcattaactgtg 722480  T
Q  488 accggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatcatttggtgtagcaagctttggatccttgcag 583  Q
    ||   ||||||||  | ||| | |||| | |||     ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| |||| |||||||| ||||||    
T  722479 actaatgtcacttgagtaccaactggactcgatacaactccttcttttactgagaaaaagaaatcatctgctgtaacaagttttggatctttgcag 722384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 761 - 838
Target Start/End: Original strand, 718264 - 718341
Alignment:
Q  761 ttaaaaaagtatacataccaccattcctggtgtcattgatatccacacaaaagtcctgtaaagggctgggatcaaagg 838  Q
    |||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  718264 ttaaaagagcatacataccaccattcttggtgtcattgatagccacacaaaagtcttgtagagggctgggatcaaagg 718341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 73 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 35313843 - 35313394
Alignment:
Q  73 ccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagca 172  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| | || ||| || || |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||  ||| ||||||||||| ||||||    
T  35313843 ccagaattgcttttgaagatagtcgattacatttttatccacttgaaaggctttggtgagaacttccaaagaaattggtggtttagatccaaacacagca 35313744  T
Q  173 ttagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattg 272  Q
    || ||||| || || || || || |||||||| ||||| |||||||| ||||  || |  ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35313743 tttgcaatggtaatcactccagggttttggctactaagaccagcaatggcaatagcctccccataaccaacgttcaattggaagtgaatgagaccgattg 35313644  T
Q  273 gaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacgg---ttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacac 369  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||   || ||| |||| || | |||||| || || || ||||| || || || ||    
T  35313643 gaaacacaaatacatcacctttgttcaatactttggtgaagagacggttattgtcttgatttgaggaaacaaatccaacgtaaagtgtgccttccaaaac 35313544  T
Q  370 tataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcct 469  Q
    || ||||||||| ||| |||| || || || || ||||||||||| ||  | | ||| || || | |||||| | ||| ||||| |  ||||| ||||||    
T  35313543 tacaagaatctcggtgcctcttgggtgggtgtgaggaggatttagaccttttggtgcaaaatcgacgcgagccaaagatataccaagtgtgttgagtcct 35313444  T
Q  470 agtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttga 519  Q
    | ||| ||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||    
T  35313443 aatatttcattaaccgtcactggagtcacttttgatccgagtggatttga 35313394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 182 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 20354033 - 20353897
Alignment:
Q  182 gtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaa 281  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  20354033 gtgattactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagaccaattgggaacacaa 20353934  T
Q  282 aaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacg 318  Q
    | ||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||    
T  20353933 acacatcacccttgttgagcactttggtgaagagacg 20353897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 169 - 306
Target Start/End: Original strand, 20357809 - 20357946
Alignment:
Q  169 agcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagacca 268  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  20357809 agcatttgcaacggtgataactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacggcattgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagacca 20357908  T
Q  269 attggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttt 306  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||    
T  20357909 attgggaacacaaacacatcacccttgttgagcacttt 20357946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 1e-25; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 169 - 297
Target Start/End: Original strand, 5278442 - 5278570
Alignment:
Q  169 agcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagacca 268  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  5278442 agcatttgcaacagtgataactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagacca 5278541  T
Q  269 attggaaacacaaaaacatctcctttgtt 297  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  5278542 attgggaacacaaacacatcacccttgtt 5278570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 169 - 297
Target Start/End: Original strand, 5286423 - 5286551
Alignment:
Q  169 agcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagacca 268  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  5286423 agcatttgcaacagtgataactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacggcgttgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagacca 5286522  T
Q  269 attggaaacacaaaaacatctcctttgtt 297  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  5286523 attgggaacacaaacacatcacccttgtt 5286551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 182 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 5282641 - 5282505
Alignment:
Q  182 gtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaa 281  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||  || || ||||| |||||||| || |||||||    
T  5282641 gtgataactcctgggttttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacattcagctgaaaatgaataagaccaatcgggaacacaa 5282542  T
Q  282 aaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacg 318  Q
    | ||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||    
T  5282541 acacatcacccttgttgagcactttggtgaagagacg 5282505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 152 - 318
Target Start/End: Original strand, 6235378 - 6235544
Alignment:
Q  152 ggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaatt 251  Q
    |||||||||  ||| | |||||| ||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| | ||    
T  6235378 ggattagatttaaacaaagcatttgcaacggtgataactcctgggttttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacatttagtt 6235477  T
Q  252 ggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacg 318  Q
    | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||    
T  6235478 gaaaatgaataagaccaattgggaacacaaacacatcacccttgtttagcactttggtgaagagacg 6235544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University