View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9853_low_6 (Length: 546)

Name: NF9853_low_6
Description: NF9853
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9853_low_6
NF9853_low_6
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-528)||(43702477-43703004)
chr2 (2-524)||(43713305-43713827)
chr2 (2-517)||(43685988-43686503)
chr2 (3-524)||(43727207-43727734)
chr2 (224-270)||(43734931-43734977)
[»] scaffold0236 (1 HSPs)
scaffold0236 (11-461)||(24202-24652)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-461)||(25273070-25273520)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (170-398)||(2689707-2689935)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 43703004 - 43702477
Alignment:
Q  1 cgattctatataccttagtttatcagttggaacaacgagttctgagtctttttgttgatggtaaaattcaggagaggttttaggtggcaatggaagtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43703004 cgattctatataccttagtttatcagttggaacaacgagttctgagtctttttgttgatggtaaaattcaggagaggttttaggtggcaatggaagtttt 43702905  T
Q  101 ctgttcttataggcagcaacagatacttgtgcaaaaccagtgaataagctggttttttgtttaattttcacataaagaggagaagcaagaaagaataaga 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43702904 ctgttcttgtaggcagcaacagatacttgtgcaaaaccagtgaataagctggttttttgtttaattttcacataaagaggagaagcaagaaagaataaga 43702805  T
Q  201 cagtggatataagcatgagtattgctggaacaccaaaaccaactttccaaccaagatgatcttggatatatactattccggtgagagctattatgacagc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43702804 cagtggatataagcatgagtattgctggaacaccaaaaccaactttccaaccaagatgatcttggatatatactattccagtgagagctattatgacagc 43702705  T
Q  301 tatagttgtgaaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctgcgattattaggattatcttttctattaacttggtctgcaccaaatgctaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43702704 tatagttgtgaaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctgcggttattagggttatcttttctattaacttggtctgcaccaaatgctaaa 43702605  T
Q  401 gaacatgaaataccaccatttccaattgctatcagaattagggcagagaataacattgccaattgacctggtgttgctgattcacagccttcagatggat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43702604 gaacatgaaataccaccatttccaattgctatcagaattagggcagagaataacattgccaattgacctggtgttgctgattcacaaccttcagatggat 43702505  T
Q  501 ggttgcaagcaggaggccgtgccgacgg 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43702504 ggttgcaagcaggaggccgtgccgacgg 43702477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 43713827 - 43713305
Alignment:
Q  2 gattctatataccttagtttatcagttggaacaacgagttctgagtctttttgttgatggtaaaattcaggagaggttttaggtggcaatggaagttttc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  43713827 gattctatataccttagtttatcagttggaataacaaggtctgagtctttcttgtgatggtaaaattcaggagatgttttaggtggcaatgaaagttttc 43713728  T
Q  102 tgttcttataggcagcaacagatacttgtgcaaaaccagtgaataagctggttttttgtttaattttcacataaagaggagaagcaagaaagaataagac 201  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  43713727 tgtttttataggcagcaacagatacttgtgcaaaaccagtgagcaagctggttctttgtgtaattttcacataaagtggagaagcaagaaagaacaagac 43713628  T
Q  202 agtggatataagcatgagtattgctggaacaccaaaaccaactttccaaccaagatgatcttggatatatactattccggtgagagctattatgacagct 301  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43713627 agtggatataagcatgagtgctgctggaacaccaaaaccaattctccaaccaagatgatcttggatatatactattccggtgagagctattatgacagct 43713528  T
Q  302 atagttgtgaaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctgcgattattaggattatcttttctattaacttggtctgcaccaaatgctaaag 401  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43713527 atagttatgaaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctatagttattgggattatcttttctattaacttggtctgcaccaaatgctaaag 43713428  T
Q  402 aacatgaaataccaccatttccaattgctatcagaattagggcagagaataacattgccaattgacctggtgttgctgattcacagccttcagatggatg 501  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43713427 aacatgtaataccaccatttccaattgctatcagaattaaggcagagaataacattgccaattgacctggtgttgctgattcacaaccttcagatggatg 43713328  T
Q  502 gttgcaagcaggaggccgtgccg 524  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  43713327 gttgcaagcagaaggccgtgccg 43713305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 2 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 43686503 - 43685988
Alignment:
Q  2 gattctatataccttagtttatcagttggaacaacgagttctgagtctttttgttgatggtaaaattcaggagaggttttaggtggcaatggaagttttc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  43686503 gattctatataccttagtttatcagttggaacaacaaggactgagtcttttttgtgatggtaaaattcaggtgaggttttcggtggcaatgaaagttttc 43686404  T
Q  102 tgttcttataggcagcaacagatacttgtgcaaaaccagtgaataagctggttttttgtttaattttcacataaagaggagaagcaagaaagaataagac 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  43686403 tgttcttaaaggcagcaacagatacttgtgcaaaaccagtgagcaagctggttctttgtgtaattttcacataaagtggagaagcaagaaagaacaagac 43686304  T
Q  202 agtggatataagcatgagtattgctggaacaccaaaaccaactttccaaccaagatgatcttggatatatactattccggtgagagctattatgacagct 301  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||    
T  43686303 agtggatataagcatgagtgctgctggaacaccaaaaccaattctccaaccaagatgatcttggatatatactattccaaatagagctgctatgacagct 43686204  T
Q  302 atagttgtgaaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctgcgattattaggattatcttttctattaacttggtctgcaccaaatgctaaag 401  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||    ||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43686203 atagttgtggaagcataataccaagtgaagaatatttccaaagctctattgttattggaattttcttttcttttaacttggtctgcaccaaatgctaaag 43686104  T
Q  402 aacatgaaataccaccatttccaattgctatcagaattagggcagagaataacattgccaattgacctggtgttgctgattcacagccttcagatggatg 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||     
T  43686103 aacatgaaataccaccatttccaattcctatcagaatcaacgcagagagtaacattgccatttgacctggttttgctgatatacagccttcaggtggatt 43686004  T
Q  502 gttgcaagcaggaggc 517  Q
    | ||||||||||||||    
T  43686003 gctgcaagcaggaggc 43685988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 3 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 43727734 - 43727207
Alignment:
Q  3 attctatataccttagtttatcagttggaacaacgagttc------tgagtctttttgttgatggtaaaattcaggagaggttttaggtggcaatggaag 96  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||      |||||| ||||  ||||||||||||| ||| ||| | |||||||| ||| ||||    
T  43727734 attctatataccttagtttatcagttggaataacaagatcaagatctgagtcctttttgtgatggtaaaattgaggtgagttcttaggtggtaattgaag 43727635  T
Q  97 ttttctgttcttataggcagcaacagatacttgtgcaaaaccagtgaataagctggttttttgtttaattttcacataaagaggagaagcaagaaagaat 196  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||  ||||||||||||||||| |  ||||||||| ||| | | || || ||||||||||||||||||||||||||     
T  43727634 ttttctgttcttataagcagcagtagtgacttgtgcaaaaccagtaatcaagctggttctttttgtgatcttgacataaagaggagaagcaagaaagaaa 43727535  T
Q  197 aagacagtggatataagcatgagtattgctggaacaccaaaaccaactttccaaccaagatgatcttggatatatactattccggtgagagctattatga 296  Q
     ||| ||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||| |||||    
T  43727534 cagatagtagataaaagcatgagtgctgctggaacaccaaaaccaattttccaaccaagatgctcttggatatatacaattacagtgagagctagtatga 43727435  T
Q  297 cagctatagttgtgaaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctgcgattattaggattatcttttctattaacttggtctgcaccaaatgc 396  Q
     ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43727434 tagaaatagttgtgaaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctatgattattgggattatcttttctattcacttggtctgcaccaaatgc 43727335  T
Q  397 taaagaacatgaaataccaccatttccaattgctatcagaattagggcagagaataacattgccaattgacctggtgttgctgattcacagccttcagat 496  Q
    ||  |||||||||| |||||||||||| ||||  || |||   | ||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  | |    
T  43727334 tatggaacatgaaagaccaccatttcctattgacatgagaccaaaggcggagagtaacattgccatttgacctgttgttgctgatttacagccttttgtt 43727235  T
Q  497 ggatggttgcaagcaggaggccgtgccg 524  Q
    |||| |||||| | ||| ||||||||||    
T  43727234 ggattgttgcacggaggcggccgtgccg 43727207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 224 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 43734977 - 43734931
Alignment:
Q  224 gctggaacaccaaaaccaactttccaaccaagatgatcttggatata 270  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  43734977 gctggaacaccaaaacctagtttccaaccaagatgatcttggatata 43734931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0236 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:

Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 11 - 461
Target Start/End: Original strand, 24202 - 24652
Alignment:
Q  11 taccttagtttatcagttggaacaacgagttctgagtctttttgttgatggtaaaattcaggagaggttttaggtggcaatggaagttttctgttcttat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || | |||||| || |  ||||||||||||| ||| ||  ||||||| || |||| |||||||||||| |||     
T  24202 taccttagtttatcagttggaaccacaagatttgagtccttgttgtgatggtaaaattgaggtgaatttttaggcggtaatgtaagttttctgttgttac 24301  T
Q  111 aggcagcaacagatacttgtgcaaaaccagtgaataagctggttttttgtttaattttcacataaagaggagaagcaagaaagaataagacagtggatat 210  Q
    ||| |||||||| |||||| ||||||| || ||| ||| ||||| ||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||     
T  24302 aggaagcaacagttacttgcgcaaaactagcgaacaagttggttcttttttgaatctttacataaagaggagaagcaagaaagaataacaatgtggataa 24401  T
Q  211 aagcatgagtattgctggaacaccaaaaccaactttccaaccaagatgatcttggatatatactattccggtgagagctattatgacagctatagttgtg 310  Q
    || |||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||  ||| |||      
T  24402 aaacatgagtgctgctggaactccaaaaccaattttccaaccaagatgatcttggatatatactattacagtgagagctattatggcagagatacttgca 24501  T
Q  311 aaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctgcgattattaggattatcttttctattaacttggtctgcaccaaatgctaaagaacatgaaa 410  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||    |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  24502 aaagcataataccagctgaaaaacatttccaagaccctattgttattagggttatcttttatatttacttggtctgcaccaaatgccatggaacatgaaa 24601  T
Q  411 taccaccatttccaattgctatcagaattagggcagagaataacattgcca 461  Q
     ||||||| || ||||||  || ||||| | |||||| | |||||||||||    
T  24602 caccaccacttgcaattgaaatgagaataaaggcagatattaacattgcca 24652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 155; Significance: 5e-82; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 11 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 25273520 - 25273070
Alignment:
Q  11 taccttagtttatcagttggaacaacgagttctgagtctttttgttgatggtaaaattcaggagaggttttaggtggcaatggaagttttctgttcttat 110  Q
    |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| || |  ||||||||||||| ||| ||  ||||||| || ||||||||||||| |||  |||    
T  25273520 taccttagtttatctgttggaactacaagatctgagtccttgttgtgatggtaaaattgaggtgaatttttaggcggtaatggaagttttcggttgctat 25273421  T
Q  111 aggcagcaacagatacttgtgcaaaaccagtgaataagctggttttttgtttaattttcacataaagaggagaagcaagaaagaataagacagtggatat 210  Q
    ||| ||||||   ||||||  |||||| || ||| ||| ||||| ||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |     
T  25273420 aggaagcaacgattacttgcccaaaactagcgaacaagttggttcttttttgaatctttacataaagaggagaagcaagaaagaataacagtgtggacaa 25273321  T
Q  211 aagcatgagtattgctggaacaccaaaaccaactttccaaccaagatgatcttggatatatactattccggtgagagctattatgacagctatagttgtg 310  Q
    || |||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||  ||| |||      
T  25273320 aaacatgagtgctgctggaactccaaaaccaattttccaaccaagatgatcttggatatatactattacagtgagagctattatggcagagatacttgca 25273221  T
Q  311 aaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctgcgattattaggattatcttttctattaacttggtctgcaccaaatgctaaagaacatgaaa 410  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||    |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  25273220 aaagcataataccagctgaaaaacatttccaagaccctattgttattagggttatcttttatatttacttggtctgcaccaaatgccatggaacatgaaa 25273121  T
Q  411 taccaccatttccaattgctatcagaattagggcagagaataacattgcca 461  Q
     ||||||| || ||||||  || ||||| | |||||| | |||||||||||    
T  25273120 caccaccacttgcaattgaaatgagaataaaggcagatattaacattgcca 25273070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 170 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 2689935 - 2689707
Alignment:
Q  170 acataaagaggagaagcaagaaagaataagacagtggatataagcatgagtattgctggaacaccaaaaccaactttccaaccaagatgatcttggatat 269  Q
    |||||||| |||||||||||||| || |||| |||||| |  | ||| |||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  2689935 acataaagtggagaagcaagaaaaaagaagaaagtggaaaagaacataagtgctgctggaacaccaaaaccaagtttccatccaagatgatcttggatat 2689836  T
Q  270 atactattccggtgagagctattatgacagctatagttgtgaaagcataataccaactgaagaatatttccaaaaccctgcgattattaggattatcttt 369  Q
    |||||||||| ||||  || ||||||||||  ||||  | | ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||  | |||| |||||| |||||    
T  2689835 atactattcctgtgaatgcaattatgacagaaatagccgaggaagcatagtaccaactgaagaatatttccaaggccctttggttatcaggattgtcttt 2689736  T
Q  370 tctattaacttggtctgcaccaaatgcta 398  Q
    |||||| || ||||| || ||||| ||||    
T  2689735 tctattcacctggtccgcgccaaacgcta 2689707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University