View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9856_low_9 (Length: 423)

Name: NF9856_low_9
Description: NF9856
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9856_low_9
NF9856_low_9
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (20-413)||(33057158-33057551)
chr6 (20-281)||(33644563-33644836)
chr6 (20-265)||(9166489-9166737)
chr6 (20-263)||(33304214-33304469)
chr6 (20-262)||(33262357-33262611)
chr6 (129-265)||(33285322-33285458)
chr6 (20-272)||(33387875-33388139)
chr6 (20-237)||(33398828-33399039)
chr6 (20-206)||(33271582-33271777)
chr6 (139-262)||(28870323-28870446)
chr6 (144-270)||(31562983-31563109)
chr6 (20-262)||(33409709-33409957)
chr6 (21-101)||(33285501-33285581)
chr6 (211-270)||(33358656-33358715)
chr6 (26-102)||(28870198-28870274)
chr6 (20-108)||(31562841-31562935)
chr6 (52-102)||(33358799-33358849)
chr6 (130-171)||(33358714-33358755)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-270)||(17440903-17441147)
[»] scaffold1408 (1 HSPs)
scaffold1408 (20-270)||(367-629)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (20-270)||(6113-6375)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (20-262)||(31472570-31472827)
chr4 (129-270)||(31499199-31499340)
chr4 (26-182)||(31148108-31148267)
chr4 (20-262)||(31479031-31479285)
chr4 (19-115)||(31504215-31504311)
chr4 (20-109)||(31157122-31157211)
chr4 (134-265)||(31156951-31157082)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 33057551 - 33057158
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33057551 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgttc 33057452  T
Q  120 ctcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctatt 219  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  33057451 ctcttctgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaatagcaatagaccgatctcctatt 33057352  T
Q  220 aggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcatttacgacggcaccctatcgtgaaagtttttgttcgtcgaagttgatgtatc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||| |||    
T  33057351 aggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcatttacgatggcaccctatcgtgaaattttttattcctcggagttgatgaatc 33057252  T
Q  320 tggctttcaagcgtattgattccaatgagaggttgttgaatatgagagttccagtaaatctcagtcttgttaccaccaaatcaagtcacctatg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33057251 tggctttcaagcgtattgattccaatgagaggttgttgaaaatgagagttccagtaaagctcagtcttgttacgaccaaatcaagtcacctatg 33057158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 281
Target Start/End: Original strand, 33644563 - 33644836
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtt- 118  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |     
T  33644563 gattggtcattttcaactgttcaaaattgggtgagagggaacgttgcaggagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaaacctacaatc 33644662  T
Q  119 -----------actcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 207  Q
               ||| | ||  || |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||    
T  33644663 ctacccaacctactttgataggactcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcaaagtgtgggttattcaatacaaatagac 33644762  T
Q  208 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcatttacgacggcacc 281  Q
       |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | ||||||    
T  33644763 gaatctcctattatgcatgacaataacaataatatcattggatttgtatgttgtgcagtatttaccatggcacc 33644836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 9166737 - 9166489
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtt- 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||||| ||| ||||||||||||  |     
T  9166737 gattggtcattttcaactgtccagaattgagtgataaggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgatgcaatttattcaggcaaacccaccatc 9166638  T
Q  119 --actcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcct 216  Q
      ||| | ||  ||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |  ||| |||||||||||||   |||||    
T  9166637 ccactttgataggattcaaattgttacgccaggaattgaaataccaagttggatcaacaatcggagcgtggatggttcgataccaatagacctaactcct 9166538  T
Q  217 attaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcag 265  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  9166537 attatgcatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcag 9166489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 33304469 - 33304214
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |||||||| |||  |     
T  33304469 gattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaatc 33304370  T
Q  120 ct----------ctt--atgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 207  Q
    ||          |||  ||  ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||| |||||||    
T  33304369 ctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatagac 33304270  T
Q  208 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgc 263  Q
    || |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||  || ||||||||||    
T  33304269 cgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgc 33304214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 33262611 - 33262357
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| || |||||||||| | ||| ||| ||  |     
T  33262611 gattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggacgacacaattcattcaagcataccaacaatc 33262512  T
Q  120 ct------cttat------gagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 207  Q
    ||      |||||      ||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  33262511 ctaccctacttatttggatgagtttcaaattgttagtccaggaaatgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcaataccagtagac 33262412  T
Q  208 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtg 262  Q
    |   ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||  || |||||||||    
T  33262411 caaactcctattatgcatgataataacaataatatcattggctttctatgttgtg 33262357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 129 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 33285458 - 33285322
Alignment:
Q  129 gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgac 228  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||  |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||    
T  33285458 gattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaataatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctcctattatgcatgac 33285359  T
Q  229 aatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcag 265  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  33285358 aataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcag 33285322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 33388139 - 33387875
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacg--- 116  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||   |||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||        
T  33388139 gattgatcgttttcaactgtccaaaactgggtgatagggagtgttgcagtagcatgacattttcatggatgacacaatttattaaggcaaaccgacaaac 33388040  T
Q  117 ------ttactcttatga---gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 207  Q
          |  || || |||   ||||||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  33388039 ctaccctgcctattttgatacgattcaaattgttactacaggaagtgaaataccgagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcaatactaatagac 33387940  T
Q  208 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcatttac 272  Q
       |  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||| ||||||    
T  33387939 aaattgcctattatgcatgacaataacaataatatcattggctttctatgttgtgcagtatttac 33387875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 33399039 - 33398828
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 119  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||  ||| || ||||  |     
T  33399039 gattggtcattttcaactgttcaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggatgatacaattcattctggccaatccacaatc 33398940  T
Q  120 ctcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctatt 219  Q
    | | |       |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||  |    
T  33398939 cacct------ctcaaattgttattccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagtgtgtgggtgattcaatacaaatagacctatctcctgct 33398846  T
Q  220 aggcatgacaatgacaat 237  Q
    | |||||| ||| |||||    
T  33398845 atgcatgataataacaat 33398828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 20 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 33271777 - 33271582
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgg------gtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaaccc 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||      |||||||||||| |||||| ||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  33271777 gattggtcattttcaactgtccaaaattggctgactgtgagagggaacgttgcagtagcttgacattttcatggatgatacaattcattatggcaaaccc 33271678  T
Q  114 acgttactctt---atgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaataga 206  Q
     |  |  | ||   ||||| |||| ||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  33271677 gcaatcttatttgaatgagtttcatattataactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcgataccaataga 33271582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 139 - 262
Target Start/End: Original strand, 28870323 - 28870446
Alignment:
Q  139 gttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgacaatgacaata 238  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||   ||||||||||   |||||||| ||||||    
T  28870323 gttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcatgggtggttcaatacaaatagacgaatctcctattataaatgacaataacaata 28870422  T
Q  239 atatcattggtattgtatgttgtg 262  Q
    ||||||||||  ||||||||||||    
T  28870423 atatcattggctttgtatgttgtg 28870446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 144 - 270
Target Start/End: Original strand, 31562983 - 31563109
Alignment:
Q  144 tccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatc 243  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    ||||||  || ||||||||||  |||| |||||    
T  31562983 tccaggaagtgaaataccgaattggatcaacaatcatagcatgggtgattcaataccaatagagttctctcctcctatgcatgacaatatcaatgatatc 31563082  T
Q  244 attggtattgtatgttgtgcagcattt 270  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||    
T  31563083 attggctttgtatgttgtgcagtattt 31563109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 20 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 33409957 - 33409709
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccac---- 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||| ||| |||||||  ||| |||||| ||||||||| ||        
T  33409957 gattgttcattttcaactgtccaaaattggttgagagggaacgttgcagtagcatcacaatttcatggatggcacatttcattcaggcaaaccaacaacc 33409858  T
Q  116 --gttactcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtct 213  Q
         | |  |  | | ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||| |||| ||    |||    
T  33409857 caacaaattgtcggcgcttcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcgtgggtgcttcaatatcaattgatgaatct 33409758  T
Q  214 cctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtg 262  Q
    ||| |||   |||||||| |||||||||| |||||  ||||| ||||||    
T  33409757 cctgttataaatgacaataacaataatattattggctttgtaagttgtg 33409709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 21 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 33285581 - 33285501
Alignment:
Q  21 attgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcat 101  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||| |||||||| |||||||||    
T  33285581 attggtcattttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcat 33285501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 211 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 33358715 - 33358656
Alignment:
Q  211 tctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 270  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  33358715 tctcctattaggcatgacaataacaataatgtcattggttttgtatgttgtgcagtattt 33358656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Original strand, 28870198 - 28870274
Alignment:
Q  26 tcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcatt 102  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||  | |||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  28870198 tcattttcaactgtccaaatttaggtgagagggaacgttgttgtagcatggcattttcatggatgaaacaattcatt 28870274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 108
Target Start/End: Original strand, 31562841 - 31562935
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgg------gtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggca 108  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||||      |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  31562841 gattggtcatttttaactgtccgaaattggctgagagtgagagggagcattgcaggagcatgacattttcatggatggcacaattcattaaggca 31562935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 52 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 33358849 - 33358799
Alignment:
Q  52 gagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcatt 102  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33358849 gagagggaacgttgcagtagcatgacactttcatggatgaaacaattcatt 33358799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 33358755 - 33358714
Alignment:
Q  130 attcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatc 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  33358755 attcaaatagttactccaggaagtgaaatgctaagttggatc 33358714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 270
Target Start/End: Original strand, 17440903 - 17441147
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 119  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    ||    
T  17440903 gattgttcatcttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttacagtagcatgacattttcatggatgatgcaattcattaaggcaaaccctttcta 17441002  T
Q  120 ctcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctatt 219  Q
     |   ||  |||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  17441003 tttgaataggattcatattgttagtccaggaagcgaaataccaagttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaataagaatagaccaatctcctatt 17441102  T
Q  220 aggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 270  Q
    | ||      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  17441103 aagc------atgacaataatatcattggttttgtatgttgtgcagtattt 17441147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 20 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 629 - 367
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccac---- 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||        
T  629 gattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaatc 530  T
Q  116 -----gt---tactcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 207  Q
         ||   || |  |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||    
T  529 ctacggtccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccaggaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttcaatactaatagac 430  T
Q  208 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 270  Q
       |||||| |||  ||||||||| | ||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||    
T  429 gaatctcctgttatacatgacaataagaataatatcattggctttgtattttgtgcagtattt 367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 20 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 6375 - 6113
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccac---- 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||        
T  6375 gattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaatc 6276  T
Q  116 -----gt---tactcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 207  Q
         ||   || |  |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||    
T  6275 ctacggtccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccaggaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttcaatactaatagac 6176  T
Q  208 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 270  Q
       |||||| |||  ||||||||| | ||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||    
T  6175 gaatctcctgttatacatgacaataagaataatatcattggctttgtattttgtgcagtattt 6113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 262
Target Start/End: Original strand, 31472570 - 31472827
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattg---caggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacg 116  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||   ||  | ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| ||||||| ||||     
T  31472570 gattgctcattttcaactgtcctaatttgggtgagagggaacattgttgcactaacatgacattttcatggatgatacaactcattcaggcaaatccaca 31472669  T
Q  117 tt---------actcttatgagat---tcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaata 204  Q
     |         ||| |||||| ||   ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | |||| |||| |||| | ||    
T  31472670 atccttccctgactgttatgatataattcagattgttactccaggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagaacaagggtgattcgatacgatta 31472769  T
Q  205 gaccggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtg 262  Q
    |||   ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||    
T  31472770 gactcatctcccattatgcatgacaataacaataatatcattggttgtatatgttgtg 31472827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 129 - 270
Target Start/End: Original strand, 31499199 - 31499340
Alignment:
Q  129 gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgac 228  Q
    |||||| || |||| |||||||||||||||| |||||||| | || |||||||| | |||| ||||||||| |||||||   ||||| ||||  ||||||    
T  31499199 gattcatattgttactccaggaagtgaaatatcaagttggtttaagaatcagagcaagggtgattcaatacgaatagactcatctcccattatccatgac 31499298  T
Q  229 aatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 270  Q
    ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  31499299 aataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtattt 31499340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 31148267 - 31148108
Alignment:
Q  26 tcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgttactctta 125  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |  ||||||| | ||| |||||||| |||| |||||  ||| |||||||  | ||| |     
T  31148267 tcattttcaactgtcctaaattgggtgagagggaatgttggaatagcatgatattttcatggatgatacaactcattcgggcgaacccacaatcctcatc 31148168  T
Q  126 tga---gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagag 182  Q
    |||   ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31148167 tgatgtgattcaaattgttactccgggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagag 31148108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 20 - 262
Target Start/End: Original strand, 31479031 - 31479285
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 119  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||| || ||||||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |     
T  31479031 gattgttcattttcaactgtcctaaattgggtgaaacggaacgttggagtagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaaaccgacaatt 31479130  T
Q  120 ctcttatga------------gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 207  Q
    |||  ||||            | ||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||| ||| ||||| ||||||     
T  31479131 ctcccatgactcctctgatagggttcaaattgttactccaggtagtgaaatgccaagttggttcaacaatcagagcaagggtaatttaatacgaatagat 31479230  T
Q  208 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtg 262  Q
       ||||| |||| ||| |||||| ||||||||||| ||||   |||||||||||    
T  31479231 tcttctccgattatgcacgacaataacaataatatcgttggctgtgtatgttgtg 31479285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 115
Target Start/End: Original strand, 31504215 - 31504311
Alignment:
Q  19 agattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccac 115  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||   | ||  || |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31504215 agattgcttattttcaactgtcctaaattggatgagagggaatgctacattagaatgacattttcatggatgatacaattcattaaggcaaacccac 31504311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 31157211 - 31157122
Alignment:
Q  20 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaa 109  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||  |||||| || ||| |||||||| |||||| ||| ||||||    
T  31157211 gattggtcattttcaactgtcctaaattgggtgagagtgaagattgcaatagcatggcattttcatggatgatacaattgattcaggcaa 31157122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 31157082 - 31156951
Alignment:
Q  134 aaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgacaatga 233  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||   |||| ||||||||  ||| ||||  ||||  |||| | |  |||||||    
T  31157082 aaattgttattcctggaagtgaaataccaatttggttcaacaatcagagcgagggtgattcaataagaatggacctatctcagattatggacaacaatga 31156983  T
Q  234 caataatatcattggtattgtatgttgtgcag 265  Q
    |||| || ||||||| ||||  ||||||||||    
T  31156982 caatgatttcattggcattgcttgttgtgcag 31156951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University