View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9857_low_1 (Length: 820)

Name: NF9857_low_1
Description: NF9857
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9857_low_1
NF9857_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-813)||(34437083-34437887)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 34437887 - 34437083
Alignment:
Q  18 gttagagctgtcagtggaacaccagtatgttgctttacctacctacttatcaattattcttgttcttgtgtaattttataaatcatat------atatat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||    
T  34437887 gttagagctgtcagtggaacaccagtatgttgctttacctacctacttttcaattattcttgttcttgtgtaattttataaatcatatatatatatatat 34437788  T
Q  112 nnnnnnnnnnnnntacatac----ttgataaatcattactttataagtgtaatgttacaattgtatatcaaataatgatttaaatgtttggaatttggat 207  Q
                  ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437787 acacacacacacacacatacagacttgataaatcattactttataagtgtaatgttacaattgtatatcaaataatgatttaaatgtttggaatttggat 34437688  T
Q  208 t------------ctctacagtcnnnnnnnnttccaatcaaacaatctagaccgtcctattaagatcgtacatctcagttgacttattaattggtatcgg 295  Q
    |            |||||| |||        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437687 ttggatttggattctctacggtcaaaaaaaattccaatcaaacaatctagaccgacctattaagatcgtacatctcagttgacttattaattggtatcgg 34437588  T
Q  296 gcaaggaccgactaatctagcggcacaatccctggtactttgatttataaatatagtatgatggtctggattgcatgtctatagcatttgagtaaacttt 395  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437587 gcaaggaccgactaatctagcggaacaatccctggtactttgatttataaatatagtatgatggtctggattgcatgtctatagcatttgagtaaacttt 34437488  T
Q  396 cagatagtataaatagtacaaaagagtggctaattcctaagtagaactgatactttagattaaagtcgtgtctagtgtctaacatgtatttgtctcatac 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437487 cagatagtataaatagtacaaaagagtggctaattcctaagtagaactgatact-------------gtgtctagtgtctaacatgtatttgtctcatac 34437401  T
Q  496 accaacatgctaccgacacatgtgttgacttacattcaataatttaattttcttaaatgattaccaatgtctacgtattagtgtcatgtccgatgtgact 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437400 accaacatgctaccgacacatgtgttgacttacattcaataatttaattttcttaaatgattaccaatgtctacgtattagtgtcatgtccgatgtgact 34437301  T
Q  596 cataggataatactgtgatattgcagttgagtttgaatagctctggagcagtagcttcagttccaaattcatcattctttggaaccagcttaaagaaagt 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34437300 cataggataatactgtgatattgcagttgagtttgaatagctctggagcagtagcttcagttccaagttcatcattctttggaaccagcttaaagaaagt 34437201  T
Q  696 tacctcgaggttaccaaacacaaaggtttcatctggaagattcaaaattgttgctgctgagattgatgaaagcaagcaaactgacaaagacaaatggaga 795  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34437200 tacctcgaggttaccaaacacaaaggtttcatctggaagattcaaaattgttgctgctgagattaatgaaagcaagcaaactgacaaagacagatggaga 34437101  T
Q  796 ggtttggcctatgctact 813  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  34437100 ggtttggcctatgatact 34437083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University