View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9858_low_1 (Length: 573)

Name: NF9858_low_1
Description: NF9858
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9858_low_1
NF9858_low_1
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (392-559)||(32916140-32916308)
chr8 (92-208)||(32916032-32916148)
chr8 (1-80)||(32915340-32915419)
chr8 (305-386)||(41075693-41075774)
chr8 (305-392)||(2599530-2599617)
chr8 (305-386)||(31774729-31774810)
chr8 (303-391)||(45413632-45413720)
chr8 (303-391)||(28897995-28898083)
chr8 (208-390)||(43065904-43066085)
chr8 (207-392)||(14342185-14342372)
chr8 (321-386)||(16465724-16465789)
chr8 (311-390)||(27497174-27497252)
chr8 (321-383)||(8368483-8368545)
chr8 (303-392)||(10391399-10391488)
chr8 (312-389)||(11904855-11904932)
chr8 (208-289)||(4076768-4076849)
chr8 (247-360)||(45502693-45502806)
chr8 (238-391)||(1993668-1993822)
chr8 (238-292)||(5749058-5749112)
chr8 (2-56)||(24945367-24945421)
chr8 (328-389)||(31523631-31523692)
chr8 (325-389)||(12142083-12142147)
chr8 (300-388)||(35200559-35200647)
chr8 (341-392)||(4077093-4077144)
chr8 (312-357)||(10592010-10592055)
chr8 (322-390)||(44081068-44081136)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (208-391)||(51579581-51579763)
chr4 (208-391)||(24059134-24059315)
chr4 (238-391)||(5817409-5817562)
chr4 (300-388)||(51579323-51579411)
chr4 (238-390)||(25164500-25164652)
chr4 (238-392)||(45995924-45996077)
chr4 (207-391)||(17044003-17044186)
chr4 (238-392)||(37605720-37605874)
chr4 (303-386)||(41277220-41277303)
chr4 (207-392)||(55281207-55281392)
chr4 (306-391)||(20107110-20107196)
chr4 (303-392)||(42179231-42179320)
chr4 (303-392)||(50498209-50498298)
chr4 (317-389)||(48525328-48525400)
chr4 (205-391)||(43749092-43749280)
chr4 (326-390)||(32290215-32290279)
chr4 (238-289)||(39631039-39631090)
chr4 (342-391)||(39631271-39631320)
chr4 (312-391)||(22364564-22364643)
chr4 (317-392)||(25784016-25784091)
chr4 (326-388)||(3287087-3287149)
chr4 (238-284)||(3287186-3287232)
chr4 (238-392)||(32525051-32525205)
chr4 (344-392)||(9118622-9118670)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (238-391)||(47480043-47480194)
chr7 (208-391)||(46576241-46576424)
chr7 (303-389)||(42974472-42974558)
chr7 (207-391)||(33496499-33496683)
chr7 (238-391)||(38754926-38755077)
chr7 (321-391)||(31741043-31741113)
chr7 (303-384)||(11752604-11752685)
chr7 (304-385)||(13768379-13768460)
chr7 (321-389)||(28713679-28713747)
chr7 (238-289)||(30922739-30922790)
chr7 (321-391)||(48460659-48460729)
chr7 (321-389)||(38349571-38349639)
chr7 (241-284)||(48460759-48460802)
chr7 (498-559)||(23603426-23603487)
chr7 (1-62)||(43805405-43805466)
chr7 (332-392)||(51937-51997)
chr7 (303-343)||(42601711-42601751)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (205-392)||(13988246-13988433)
chr5 (207-391)||(36890377-36890560)
chr5 (305-392)||(15285328-15285415)
chr5 (321-392)||(35905993-35906064)
chr5 (208-289)||(11247294-11247375)
chr5 (317-360)||(6043035-6043078)
chr5 (345-392)||(8378343-8378390)
chr5 (312-389)||(12248275-12248352)
chr5 (312-389)||(43100311-43100388)
chr5 (239-388)||(1447777-1447926)
chr5 (321-389)||(33687649-33687717)
chr5 (238-289)||(20151476-20151527)
chr5 (322-392)||(20151383-20151453)
chr5 (326-391)||(11247192-11247257)
chr5 (303-343)||(35799190-35799230)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (238-388)||(38247801-38247951)
chr3 (303-390)||(23004757-23004844)
chr3 (204-391)||(48034803-48034991)
chr3 (3-56)||(9359433-9359486)
chr3 (239-392)||(50989202-50989355)
chr3 (239-392)||(51092334-51092487)
chr3 (341-392)||(9271109-9271160)
chr3 (307-391)||(8330690-8330774)
chr3 (321-389)||(36674631-36674699)
chr3 (238-390)||(12224033-12224184)
chr3 (321-391)||(8496706-8496776)
chr3 (321-387)||(33288136-33288202)
chr3 (307-360)||(40725878-40725931)
chr3 (321-385)||(39947269-39947333)
chr3 (307-387)||(46135531-46135611)
chr3 (211-284)||(8496814-8496887)
chr3 (341-392)||(29915091-29915142)
chr3 (341-392)||(29964244-29964295)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (238-391)||(14314015-14314168)
chr6 (207-392)||(9045832-9046016)
chr6 (305-392)||(23915971-23916058)
chr6 (238-392)||(34792680-34792834)
chr6 (303-385)||(12748217-12748299)
chr6 (303-385)||(29429590-29429672)
chr6 (341-391)||(9521949-9521999)
chr6 (238-388)||(1244585-1244735)
chr6 (341-390)||(16717991-16718040)
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (204-390)||(13696960-13697146)
chr2 (238-391)||(40095263-40095416)
chr2 (303-392)||(33299978-33300067)
chr2 (238-391)||(17823579-17823732)
chr2 (305-392)||(3121609-3121696)
chr2 (204-388)||(36272656-36272840)
chr2 (205-392)||(32599244-32599431)
chr2 (303-391)||(14945830-14945918)
chr2 (303-389)||(40216411-40216497)
chr2 (303-392)||(24475795-24475884)
chr2 (321-390)||(42061343-42061412)
chr2 (204-289)||(14242519-14242604)
chr2 (317-392)||(25333143-25333218)
chr2 (10-56)||(41195215-41195261)
chr2 (238-392)||(4434621-4434773)
chr2 (347-392)||(23860302-23860347)
chr2 (320-392)||(14242626-14242698)
chr2 (208-289)||(33555361-33555442)
chr2 (321-391)||(5562936-5563006)
chr2 (498-559)||(44731775-44731836)
chr2 (344-392)||(33555498-33555546)
[»] chr1 (27 HSPs)
chr1 (238-384)||(19989246-19989390)
chr1 (305-392)||(46845752-46845839)
chr1 (206-391)||(27325624-27325810)
chr1 (305-392)||(526995-527082)
chr1 (208-392)||(2402924-2403108)
chr1 (303-389)||(33502618-33502704)
chr1 (208-391)||(1994953-1995135)
chr1 (303-392)||(39858346-39858435)
chr1 (2-62)||(2308149-2308209)
chr1 (321-389)||(7178223-7178291)
chr1 (239-391)||(44797497-44797648)
chr1 (321-391)||(6487728-6487798)
chr1 (303-389)||(26040972-26041058)
chr1 (323-392)||(40294845-40294914)
chr1 (204-289)||(40030888-40030973)
chr1 (303-390)||(13276558-13276645)
chr1 (303-388)||(15225085-15225170)
chr1 (303-392)||(49430558-49430647)
chr1 (238-391)||(1673369-1673522)
chr1 (303-389)||(47571657-47571743)
chr1 (238-391)||(32267494-32267647)
chr1 (321-387)||(29637322-29637388)
chr1 (303-385)||(29731194-29731276)
chr1 (341-391)||(40030838-40030888)
chr1 (303-388)||(40314095-40314180)
chr1 (238-287)||(15066049-15066099)
chr1 (312-385)||(48489455-48489528)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (238-392)||(10260-10414)
[»] scaffold0933 (2 HSPs)
scaffold0933 (238-284)||(3085-3131)
scaffold0933 (321-386)||(3165-3231)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (1-52)||(520164-520215)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 392 - 559
Target Start/End: Original strand, 32916140 - 32916308
Alignment:
Q  392 tccgttttatatacagcgtcatttttgtattgtgttttcagttgtggctagttccgcacatccggtccatgctttaataatattttgcccgttct-nnnn 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||         
T  32916140 tccgttttatatacagcgtcatttttgtattgtgttttcagttgtggctagttccgcgcatccggtctatgctttaataatattttgcatgttctaaaaa 32916239  T
Q  491 nnnncaataaaatcacatcaataaacttaattgtctagagcaaaagaaaggagtaatcaagagcaaagt 559  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32916240 aaaacaataaaatcacatcaataaacttaattgcctagagcaaaagaaaggagtgatcaagagcaaagt 32916308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 92 - 208
Target Start/End: Original strand, 32916032 - 32916148
Alignment:
Q  92 aagaggtgggggaaatggtggtggaaattaaggtattatcgtggaattgcaactattttgtttatggggttgttagtggcagcttattgtttttgaggtg 191  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32916032 aagaggtgggggaaatggtggaggatattaagttattatggtggaattgcaactattttgtttatggggttgttagtggcagcttattgtttttgaggtg 32916131  T
Q  192 cttggtgttccgtttta 208  Q
    |||||||||||||||||    
T  32916132 cttggtgttccgtttta 32916148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 80
Target Start/End: Original strand, 32915340 - 32915419
Alignment:
Q  1 aaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaaacctttcaaattatctacttcctc 80  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32915340 aaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaaacctttcaaattatctacttcctc 32915419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 305 - 386
Target Start/End: Original strand, 41075693 - 41075774
Alignment:
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcac 386  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  41075693 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 305 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 2599617 - 2599530
Alignment:
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  2599617 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 2599530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 305 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 31774810 - 31774729
Alignment:
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcac 386  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  31774810 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 303 - 391
Target Start/End: Original strand, 45413632 - 45413720
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  45413632 tgtgtggggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 45413720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 303 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 28898083 - 28897995
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  28898083 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 28897995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 208 - 390
Target Start/End: Original strand, 43065904 - 43066085
Alignment:
Q  208 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 307  Q
    |||||||||||||||| |||||        |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || ||||     
T  43065904 aggataatgttttatgtacacatttttttccatacatacattgtaccattccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 43066003  T
Q  308 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
    |||| ||| | | |||| ||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  43066004 ggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 207 - 392
Target Start/End: Original strand, 14342185 - 14342372
Alignment:
Q  207 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt-aagnnnnnnngtatgt 305  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||        || | |    
T  14342185 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtat 14342284  T
Q  306 gtgggaaccatatgaacacatgtc-acaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    | ||| |||| | | |||| |||| | |||||| | |||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  14342285 ggggggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 14342372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 321 - 386
Target Start/End: Original strand, 16465724 - 16465789
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcac 386  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  16465724 acacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 311 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 27497252 - 27497174
Alignment:
Q  311 aaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  27497252 aaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct-tgtatcactact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 383
Target Start/End: Original strand, 8368483 - 8368545
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtat 383  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  8368483 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 303 - 392
Target Start/End: Original strand, 10391399 - 10391488
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || ||||  || ||||||||||| ||||||    
T  10391399 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactct 10391488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 312 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 11904932 - 11904855
Alignment:
Q  312 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  11904932 accacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 208 - 289
Target Start/End: Original strand, 4076768 - 4076849
Alignment:
Q  208 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 289  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  4076768 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 4076849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 247 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 45502806 - 45502693
Alignment:
Q  247 attgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||        | ||| |||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  45502806 attgtaccactctatgtgagagtgtctaagaggcaataaatatgagtttttttttgtgtatggagaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatg 45502707  T
Q  347 tacaagtggtacat 360  Q
    ||||||||||||||    
T  45502706 tacaagtggtacat 45502693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 391
Target Start/End: Original strand, 1993668 - 1993822
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaa--ccatatgaacacatgtcacaatt 335  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||| | |||||||||| |||| ||        |||||||||| |  ||| | | |||| ||||| ||||    
T  1993668 catacacacattgtaccatttcatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagttttttt-tatgtgtggggagaccacaaggacacttgtcaaaatt 1993766  T
Q  336 gtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    || | |||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  1993767 gtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1993822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 292
Target Start/End: Original strand, 5749058 - 5749112
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaag 292  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5749058 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtaag 5749112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 24945421 - 24945367
Alignment:
Q  2 aatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaa 56  Q
    ||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24945421 aatgatttctagcttgccaaattgaccaaatagttgcatgccaaataatccacaa 24945367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 328 - 389
Target Start/End: Original strand, 31523631 - 31523692
Alignment:
Q  328 tcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31523631 tcacaattatatatagatgtacaagtgatacatgtcatctaagatggtctatctatcactac 31523692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 325 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 12142147 - 12142083
Alignment:
Q  325 atgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  12142147 atgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12142083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 300 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 35200647 - 35200559
Alignment:
Q  300 gtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 388  Q
    |||||||| || |||  ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||  || ||| || |||| ||||| ||||||||||||    
T  35200647 gtatgtgtagggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 392
Target Start/End: Original strand, 4077093 - 4077144
Alignment:
Q  341 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  4077093 tgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactct 4077144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 10592055 - 10592010
Alignment:
Q  312 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggta 357  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  10592055 accacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggta 10592010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 322 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 44081136 - 44081068
Alignment:
Q  322 cacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
    ||||||||||||||   | ||| ||||||| || |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  44081136 cacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 8e-41; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 208 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 51579763 - 51579581
Alignment:
Q  208 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 307  Q
    |||||||||||||||| | ||||       ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||    
T  51579763 aggataatgttttatgtaaacactttctttcatacacacattgtaccaccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtgagtttttttgtatgtgt 51579664  T
Q  308 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||    
T  51579663 gggaatcacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactc 51579581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 208 - 391
Target Start/End: Original strand, 24059134 - 24059315
Alignment:
Q  208 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 307  Q
    |||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||  |        ||  ||||    
T  24059134 aggataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccaccccatgtaagagtgtgtaagagacaataaatgatattttttttgt--gtgt 24059231  T
Q  308 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24059232 gggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 24059315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 238 - 391
Target Start/End: Original strand, 5817409 - 5817562
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| | |||||||| |||||||||||| | ||       || |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  5817409 catacacacattgtaccaccccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgt 5817508  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
     | ||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||    
T  5817509 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 5817562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 300 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 51579411 - 51579323
Alignment:
Q  300 gtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 388  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  51579411 gtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 238 - 390
Target Start/End: Original strand, 25164500 - 25164652
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || ||||  ||||||| | | |||| ||||| ||||||    
T  25164500 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggaggaaccacaaggacacttgtcaaaattgt 25164599  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  25164600 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 238 - 392
Target Start/End: Original strand, 45995924 - 45996077
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtggga-accatatgaacacatgtcacaattg 336  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       ||  |||||||| |||| | |||||| ||||| |||||    
T  45995924 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgt--gtgtgggagaccacaagaacacttgtcaaaattg 45996021  T
Q  337 tatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    | | ||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||    
T  45996022 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactct 45996077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 207 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 17044186 - 17044003
Alignment:
Q  207 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 306  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||  |        || ||||    
T  17044186 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtgtg 17044087  T
Q  307 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
     |||||||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  17044086 -gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 17044003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 238 - 392
Target Start/End: Original strand, 37605720 - 37605874
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||| |        || |||| ||| |||| | | |||| ||||| ||||||    
T  37605720 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 37605819  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  37605820 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 37605874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 303 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 41277303 - 41277220
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcac 386  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  41277303 tgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 207 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 55281392 - 55281207
Alignment:
Q  207 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 306  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||| |        || ||||    
T  55281392 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 55281293  T
Q  307 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
     ||| |||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  55281292 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 55281207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 306 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 20107196 - 20107110
Alignment:
Q  306 gtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatggg-tgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  20107196 gtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 20107110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 303 - 392
Target Start/End: Original strand, 42179231 - 42179320
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  42179231 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcattactct 42179320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 303 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 50498298 - 50498209
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||   | |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  50498298 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactactct 50498209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 317 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 48525400 - 48525328
Alignment:
Q  317 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  48525400 atgaacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 205 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 43749280 - 43749092
Alignment:
Q  205 tttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 304  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||       |||||| | |||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||| |||| ||       || ||    
T  43749280 tttaggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccactccatgtaagagtgtgtgagggacaatatatgtgagcttttttgtgtg 43749181  T
Q  305 tgtgg--gaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||  | |||| | | |||| ||||| |||| | | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  43749180 tgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 43749092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 326 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 32290279 - 32290215
Alignment:
Q  326 tgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||    
T  32290279 tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 289
Target Start/End: Original strand, 39631039 - 39631090
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 289  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  39631039 catatacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 39631090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 342 - 391
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631320
Alignment:
Q  342 gggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39631320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 312 - 391
Target Start/End: Original strand, 22364564 - 22364643
Alignment:
Q  312 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||  || | |||||||||||||||    
T  22364564 accacatggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactactc 22364643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 317 - 392
Target Start/End: Original strand, 25784016 - 25784091
Alignment:
Q  317 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||| ||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| || ||||  || ||||||||||||||||||    
T  25784016 atgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactactct 25784091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 326 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 3287149 - 3287087
Alignment:
Q  326 tgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 388  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  3287149 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 3287232 - 3287186
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 284  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  3287232 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagataata 3287186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 238 - 392
Target Start/End: Original strand, 32525051 - 32525205
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    ||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||  ||       || |||||| | | || ||  |||||| ||||||||||    
T  32525051 catacacacattgtatcaccccatatgagagtgtgtgagagataataaatgacagtttttgtgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgt 32525150  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
     | ||| |||| |||||||| ||| || ||||  |||||||||||||||||||||    
T  32525151 gtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactactct 32525205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 344 - 392
Target Start/End: Original strand, 9118622 - 9118670
Alignment:
Q  344 gtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||||| || |||| || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  9118622 gtgtacaagttgtgcatgccacctaaagtggtttatgtatcactactct 9118670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 238 - 391
Target Start/End: Original strand, 47480043 - 47480194
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattg 336  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47480043 catacacacattgtaccacccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagtttttttgt--gtgtgggaaccatatggacacatgtcacaattg 47480140  T
Q  337 tatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  47480141 tat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 47480194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 208 - 391
Target Start/End: Original strand, 46576241 - 46576424
Alignment:
Q  208 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 307  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |        || ||||     
T  46576241 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 46576340  T
Q  308 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||||| | | |||| ||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  46576341 gggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 46576424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 303 - 389
Target Start/End: Original strand, 42974472 - 42974558
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  42974472 tgtgtggggaccatatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 207 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 33496683 - 33496499
Alignment:
Q  207 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 306  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| || | ||       || ||||    
T  33496683 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtg 33496584  T
Q  307 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
     ||| | || |   |||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  33496583 gggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactc 33496499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 238 - 391
Target Start/End: Original strand, 38754926 - 38755077
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||       ||  ||||||| | || ||| |||||||||| |||| |    
T  38754926 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttttgt--gtgtggggatcacatggacacatgtcataattat 38755023  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
     ||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  38755024 gtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 38755077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 321 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 31741113 - 31741043
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  31741113 acacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 31741043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 303 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 11752685 - 11752604
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatc 384  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||    
T  11752685 tgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 304 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 13768460 - 13768379
Alignment:
Q  304 gtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 385  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13768460 gtgtaggaaccatatggacacatatcacaattatatgtaggtgtgcaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatca 13768379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 321 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 28713747 - 28713679
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  28713747 acacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 289
Target Start/End: Original strand, 30922739 - 30922790
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 289  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  30922739 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 30922790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 321 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 48460729 - 48460659
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  48460729 acacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 48460659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 321 - 389
Target Start/End: Original strand, 38349571 - 38349639
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || ||||  |||| |||||||||||||    
T  38349571 acacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 241 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 48460802 - 48460759
Alignment:
Q  241 acacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 284  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  48460802 acacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaata 48460759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 498 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 23603487 - 23603426
Alignment:
Q  498 taaaatcacatcaataaacttaattgtctagagcaaaagaaaggagtaatcaagagcaaagt 559  Q
    |||||| ||| |||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  23603487 taaaattacaacaatgaacttaaatgtgtagagaaaaagaaaggagtaatcaaaatcaaagt 23603426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 43805466 - 43805405
Alignment:
Q  1 aaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaaaccttt 62  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  43805466 aaatgatttctcacttgccagataccctaaagagttgcatgccaaataatccataaaccttt 43805405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 332 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 51997 - 51937
Alignment:
Q  332 aattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||||| | ||||||| | ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  51997 aattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactct 51937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 303 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 42601751 - 42601711
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgg 343  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  42601751 tgtgtggggaccatatcaacaaatgtcacaattgtatatgg 42601711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 205 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 13988433 - 13988246
Alignment:
Q  205 tttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 304  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |        || ||    
T  13988433 tttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 13988334  T
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    || ||| |||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  13988333 tggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 13988246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 207 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 36890560 - 36890377
Alignment:
Q  207 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 306  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||| ||       || ||||    
T  36890560 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 36890461  T
Q  307 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
     |||| ||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  36890460 gggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 36890377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 305 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 15285415 - 15285328
Alignment:
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15285415 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactct 15285328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 321 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 35906064 - 35905993
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  35906064 acacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactct 35905993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 208 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 11247375 - 11247294
Alignment:
Q  208 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 289  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11247375 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 11247294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 317 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 6043078 - 6043035
Alignment:
Q  317 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacat 360  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6043078 atgaacatatgtcacaattatatatgggtgtacaagtggtacat 6043035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 345 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 8378390 - 8378343
Alignment:
Q  345 tgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  8378390 tgtacaaatggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcaccactct 8378343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 312 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 12248352 - 12248275
Alignment:
Q  312 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| || |||| ||| | |||||||||||||    
T  12248352 accacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 312 - 389
Target Start/End: Original strand, 43100311 - 43100388
Alignment:
Q  312 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  || ||||  |||| |||||||||||||    
T  43100311 accacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 239 - 388
Target Start/End: Original strand, 1447777 - 1447926
Alignment:
Q  239 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 338  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||||| | ||        | ||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||     
T  1447777 atacacacgttgtaccatccaatgtgagagtgtatgagagacaataaatatgagtttttttttttgtgtgggaactacatggacatatgtcacaattgtg 1447876  T
Q  339 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 388  Q
      ||| |||| |||||||||||| || ||||||| |||||| ||| ||||    
T  1447877 cgtggatgtataagtggtacatgccacctaaagttgtctatatataacta 1447926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 321 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 33687717 - 33687649
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| || ||||  || | |||||||||||||    
T  33687717 acacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 20151527 - 20151476
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 289  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20151527 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgt 20151476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 322 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 20151453 - 20151383
Alignment:
Q  322 cacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||||||| |||| | | ||||||| ||||||||| |||  | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  20151453 cacatgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactct 20151383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 326 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 11247257 - 11247192
Alignment:
Q  326 tgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    ||||| |||||| | ||| ||||||||| ||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  11247257 tgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactc 11247192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 303 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 35799230 - 35799190
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgg 343  Q
    |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  35799230 tgtgtgggaaccatatcaataaatgtcacaattgtatatgg 35799190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 238 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 38247951 - 38247801
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |        || |||| |||||||| | | |||| ||||| ||||||    
T  38247951 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgt 38247852  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 388  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  38247851 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 303 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 23004844 - 23004757
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  23004844 tgtgtggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 204 - 391
Target Start/End: Original strand, 48034803 - 48034991
Alignment:
Q  204 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtat 303  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| || | ||       || |    
T  48034803 tttttggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgt 48034902  T
Q  304 gtgtggga-accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    ||| |||  |||| | | |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||    
T  48034903 gtgggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactc 48034991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 3 - 56
Target Start/End: Original strand, 9359433 - 9359486
Alignment:
Q  3 atgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaa 56  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9359433 atgattcctagcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaataatccacaa 9359486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 50989355 - 50989202
Alignment:
Q  239 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 338  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       |  | |  ||| |||| | | |||| ||||| ||||||     
T  50989355 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 50989256  T
Q  339 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  50989255 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 50989202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 51092487 - 51092334
Alignment:
Q  239 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 338  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       |  | |  ||| |||| | | |||| ||||| ||||||     
T  51092487 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 51092388  T
Q  339 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  51092387 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 51092334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 341 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 9271160 - 9271109
Alignment:
Q  341 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9271160 tgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactct 9271109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 307 - 391
Target Start/End: Original strand, 8330690 - 8330774
Alignment:
Q  307 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||| |||| ||| ||| || |||||||||| | ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8330690 tggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 321 - 389
Target Start/End: Original strand, 36674631 - 36674699
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  36674631 acacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 390
Target Start/End: Original strand, 12224033 - 12224184
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    ||||||||| ||||||||||  | |||||||||||| |||||||||| |||| ||       || |||| ||| |||| | | |||| ||||| ||||||    
T  12224033 catacacac-ttgtaccacttcaggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 12224131  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
     | ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  12224132 gtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 321 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 8496776 - 8496706
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  8496776 acacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactc 8496706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 321 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 33288202 - 33288136
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcact 387  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||    
T  33288202 acacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 307 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 40725931 - 40725878
Alignment:
Q  307 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacat 360  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40725931 tggggaccatataaacacatgtaacaattgtatatggatgtacaagtggtacat 40725878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 321 - 385
Target Start/End: Original strand, 39947269 - 39947333
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 385  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||    
T  39947269 acacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatca 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 307 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 46135611 - 46135531
Alignment:
Q  307 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcact 387  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||| ||| |||  ||||||||||||||||    
T  46135611 tgggaaccatgcggacacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 8496887 - 8496814
Alignment:
Q  211 ataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 284  Q
    ||||||||| ||||||||||       |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  8496887 ataatgtttcatgcacacactttttttcatacacacattctaccactccatgtgagagtatgtgagagacaata 8496814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 392
Target Start/End: Original strand, 29915091 - 29915142
Alignment:
Q  341 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  29915091 tgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactct 29915142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 392
Target Start/End: Original strand, 29964244 - 29964295
Alignment:
Q  341 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  29964244 tgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactct 29964295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 238 - 391
Target Start/End: Original strand, 14314015 - 14314168
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |        || |||| |||||||| | | |||| ||||| ||||||    
T  14314015 catacacacattgtaccactttatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgt 14314114  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  14314115 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14314168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 207 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 9046016 - 9045832
Alignment:
Q  207 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 306  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||       || ||||    
T  9046016 taggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttgtgtgtgtg 9045917  T
Q  307 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
     | | |||| | |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  9045916 -gaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 9045832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 305 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 23916058 - 23915971
Alignment:
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  23916058 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactct 23915971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 238 - 392
Target Start/End: Original strand, 34792680 - 34792834
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || |||   |  |||| | | |||| ||||| |||| |    
T  34792680 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtagagagaccacaaggacacttgtcaaaattat 34792779  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    || ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  34792780 atgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 34792834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 12748299 - 12748217
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 385  Q
    ||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||    
T  12748299 tgtgtaggaaccacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 29429672 - 29429590
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 385  Q
    |||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| || |||| |||||||    
T  29429672 tgtgaggggaccatgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 341 - 391
Target Start/End: Original strand, 9521949 - 9521999
Alignment:
Q  341 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||| |||||||    
T  9521949 tgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactc 9521999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 388
Target Start/End: Original strand, 1244585 - 1244735
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    |||||||||||||||| |||  || |||||||||   |||||||||| |||| ||       || |||| ||| |||| | | |||| || || ||||||    
T  1244585 catacacacattgtactacttcatatgagagtgttcgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgccaaaattgt 1244684  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 388  Q
     | ||| ||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||    
T  1244685 gtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 16718040 - 16717991
Alignment:
Q  341 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
    ||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  16718040 tgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 204 - 390
Target Start/End: Original strand, 13696960 - 13697146
Alignment:
Q  204 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtat 303  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |        || |    
T  13696960 tttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgt 13697059  T
Q  304 gtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
    ||| |||||||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  13697060 gtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 238 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 40095416 - 40095263
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||       || |||| ||| |||| |   |||| ||||| ||||||    
T  40095416 catacatacactgtaccactctatgcgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttttgtgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgt 40095317  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40095316 atgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactc 40095263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 303 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 33300067 - 33299978
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  33300067 tgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactct 33299978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 238 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 17823732 - 17823579
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || |||| ||| |||| | | |||| | ||| ||||||    
T  17823732 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggggaccacaaggacacttatcaaaattgt 17823633  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    || |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  17823632 atgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactc 17823579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 305 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 3121696 - 3121609
Alignment:
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3121696 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactct 3121609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 204 - 388
Target Start/End: Original strand, 36272656 - 36272840
Alignment:
Q  204 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtat 303  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||       |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||| ||       || |    
T  36272656 tttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgt 36272755  T
Q  304 gtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 388  Q
    ||||||| |||| | | |||| ||||| |||||| | |||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  36272756 gtgtggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 205 - 392
Target Start/End: Original strand, 32599244 - 32599431
Alignment:
Q  205 tttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 304  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||| ||       || ||    
T  32599244 tttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtg 32599343  T
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||  || |||| | | |||| ||||| |||| | | ||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  32599344 tggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 32599431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 303 - 391
Target Start/End: Original strand, 14945830 - 14945918
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||||| |||| || ||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  14945830 tgtgtggggaccaaataaacacatgttacatttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14945918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 40216497 - 40216411
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  40216497 tgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 303 - 392
Target Start/End: Original strand, 24475795 - 24475884
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||| || | ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||  || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  24475795 tgtgtggggactacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactct 24475884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 321 - 390
Target Start/End: Original strand, 42061343 - 42061412
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||    
T  42061343 acacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgtatcactact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 204 - 289
Target Start/End: Original strand, 14242519 - 14242604
Alignment:
Q  204 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 289  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||| ||||| ||||    
T  14242519 ttttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtctgagaggcaatacatgt 14242604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 317 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 25333218 - 25333143
Alignment:
Q  317 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||||||||||||||| ||| | | | |||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||| ||||||||    
T  25333218 atgaacacatgtcacaaatgtgtgttgatgtacaagtggtacatgcgatccaaggtggtctatgtataactactct 25333143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 56
Target Start/End: Original strand, 41195215 - 41195261
Alignment:
Q  10 ctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaa 56  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  41195215 ctcgcttgccaaataacccaaatagtagcatgccaaataatccacaa 41195261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 238 - 392
Target Start/End: Original strand, 4434621 - 4434773
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||||||||||||         ||||| ||||  | | ||| |||||||||||||| ||    
T  4434621 catacacacattgtaccacctcatgtgagaatgtgtgagagacaataaatgtaaaaaaaaat-tatgtatggggtc-acatggacacatgtcacaatagt 4434718  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
     | |||  |||||||||||||||| ||  ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  4434719 gtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactct 4434773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 347 - 392
Target Start/End: Original strand, 23860302 - 23860347
Alignment:
Q  347 tacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  23860302 tacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 23860347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 392
Target Start/End: Original strand, 14242626 - 14242698
Alignment:
Q  320 aacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||| ||||| |||||| | |||||||||| |||||||||  || ||||  |||||||||||||||||||||    
T  14242626 aacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactct 14242698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 208 - 289
Target Start/End: Original strand, 33555361 - 33555442
Alignment:
Q  208 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 289  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||    
T  33555361 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgt 33555442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 321 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 5563006 - 5562936
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||||||| |||| ||||||  |||| || ||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||    
T  5563006 acacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactc 5562936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 498 - 559
Target Start/End: Original strand, 44731775 - 44731836
Alignment:
Q  498 taaaatcacatcaataaacttaattgtctagagcaaaagaaaggagtaatcaagagcaaagt 559  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||  ||| ||||||||| | ||||||    
T  44731775 taaaatcacatcaataaacttagatatctagagcaaaatgaagtagtaatcaaaatcaaagt 44731836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 344 - 392
Target Start/End: Original strand, 33555498 - 33555546
Alignment:
Q  344 gtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  33555498 gtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactct 33555546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 63; Significance: 4e-27; HSPs: 27)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 238 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 19989390 - 19989246
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattg 336  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||        ||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||    
T  19989390 catacacacattgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacacaaaatgtaagttttt---tatgtgtggaaaccacatggacacatgtcacacttg 19989294  T
Q  337 tatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatc 384  Q
    ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19989293 tatgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 305 - 392
Target Start/End: Original strand, 46845752 - 46845839
Alignment:
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46845752 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactct 46845839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 206 - 391
Target Start/End: Original strand, 27325624 - 27325810
Alignment:
Q  206 ttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtga-gagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 304  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||| |        || ||    
T  27325624 ttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 27325723  T
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    || |||||||| | | |||| | ||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  27325724 tgggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 27325810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 305 - 392
Target Start/End: Original strand, 526995 - 527082
Alignment:
Q  305 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  526995 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 527082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 208 - 392
Target Start/End: Original strand, 2402924 - 2403108
Alignment:
Q  208 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 307  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       |||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||| |||| ||        | ||||     
T  2402924 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtgg 2403023  T
Q  308 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||| |||| | |||||| | ||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  2403024 ggggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactct 2403108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 303 - 389
Target Start/End: Original strand, 33502618 - 33502704
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    |||||||  ||||| |||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33502618 tgtgtggagaccatgtgaacatatgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactac 33502704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 208 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 1995135 - 1994953
Alignment:
Q  208 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 307  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || ||||     
T  1995135 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 1995036  T
Q  308 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
     ||| ||| |   |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  1995035 agga-ccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1994953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 303 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 39858435 - 39858346
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  39858435 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 39858346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 2 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 2308209 - 2308149
Alignment:
Q  2 aatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaaaccttt 62  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2308209 aatggttcctcgcttgccaaatagcccatatagttgcatgccaaatgatccacaaaccttt 2308149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 321 - 389
Target Start/End: Original strand, 7178223 - 7178291
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  7178223 acacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactac 7178291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 239 - 391
Target Start/End: Original strand, 44797497 - 44797648
Alignment:
Q  239 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 338  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || | || |||| ||| | | |||| | ||| ||||||     
T  44797497 atacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtttggggga-ccacaaggacacttatcaaaattgtg 44797595  T
Q  339 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  44797596 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 44797648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 321 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 6487798 - 6487728
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  6487798 acacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactc 6487728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 303 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 26041058 - 26040972
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||| | |||||||||||    
T  26041058 tgtgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 323 - 392
Target Start/End: Original strand, 40294845 - 40294914
Alignment:
Q  323 acatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  40294845 acatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactct 40294914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 204 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 40030973 - 40030888
Alignment:
Q  204 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 289  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  40030973 ttttaggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 40030888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 303 - 390
Target Start/End: Original strand, 13276558 - 13276645
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 390  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||    
T  13276558 tgtgtgggtaccacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 303 - 388
Target Start/End: Original strand, 15225085 - 15225170
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 388  Q
    |||||||| ||||| || ||| |||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  15225085 tgtgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 303 - 392
Target Start/End: Original strand, 49430558 - 49430647
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    |||||||  |||| ||| ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||    
T  49430558 tgtgtggagaccagatggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactct 49430647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 238 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 1673522 - 1673369
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| ||||||| | |||||||||| || | ||       ||||||  |||||||| | | |||| | ||| ||||||    
T  1673522 catacacacattgtaccatttcatgtaagagtgtatgagagacaatacatatgagtttttttgtatgtaggggaaccacaaggacacttatcaaaattgt 1673423  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
     | ||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||    
T  1673422 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 1673369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 303 - 389
Target Start/End: Original strand, 47571657 - 47571743
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 389  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||| |||| ||||| ||| |||||||||    
T  47571657 tgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 391
Target Start/End: Original strand, 32267494 - 32267647
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||| |||| ||       |||||||   | |||| | | |||| ||||| ||||||    
T  32267494 catacacacattgtactactccatgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttttgtatgtggaaggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 32267593  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
     | ||||||||||| | ||||||| ||  |||  ||||||||||||||||||||    
T  32267594 gtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactc 32267647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 387
Target Start/End: Original strand, 29637322 - 29637388
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcact 387  Q
    |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||    
T  29637322 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 303 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 29731276 - 29731194
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 385  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||    
T  29731276 tgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 40030888 - 40030838
Alignment:
Q  341 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 391  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||    
T  40030888 tgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 303 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 40314180 - 40314095
Alignment:
Q  303 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 388  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||   | |||| ||||| ||||||||||||    
T  40314180 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 287
Target Start/End: Original strand, 15066049 - 15066099
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtaagagacaataaat 287  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  15066049 catacatacaatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacaataaat 15066099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 48489528 - 48489455
Alignment:
Q  312 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 385  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| || |||| ||| | |||||||||    
T  48489528 accacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatca 48489455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 392
Target Start/End: Original strand, 10260 - 10414
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 337  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||| ||       || |||| | | |||| | | |||| ||||| |||| |    
T  10260 catacacacattgtaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgagaggaccacaaggacacttgtcaaaattat 10359  T
Q  338 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 392  Q
    || ||  | ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  10360 atgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactactct 10414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 284
Target Start/End: Original strand, 3085 - 3131
Alignment:
Q  238 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 284  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  3085 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtatgagagacaata 3131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 386
Target Start/End: Original strand, 3165 - 3231
Alignment:
Q  321 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtc-tatgtatcac 386  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  3165 acacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Original strand, 520164 - 520215
Alignment:
Q  1 aaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatcc 52  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||    
T  520164 aaatgatttctcgcttgccaaattgaccaaatagttgcatcccaaataatcc 520215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University