View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9859_low_1 (Length: 762)

Name: NF9859_low_1
Description: NF9859
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9859_low_1
NF9859_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-762)||(47053691-47054442)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 732; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 732; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 762
Target Start/End: Original strand, 47053691 - 47054442
Alignment:
Q  11 agcaaaggcaaagagacacacgagccaagctggaagagcacacactcttctctaagaagaaactaaaccctaatagagcttagggaacttagacgacgct 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47053691 agcaaaggcaaagagacacacgagccaagctggaagagcacacactcttctctaagaagaaactaaaccctaacagagcttagggaacttagacgacgct 47053790  T
Q  111 gagttatgaaattctaagtttctaaccaatgttatcttctgagaaacaatcactaagctttctccaaacattggcagcttcatcagtctacaaaatgctt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47053791 gagttatgaaattctaagtttctaaccaatgttatcttctgagaaacaatcactaagctttctccaaacattggcagcttcatcagtctacaaaatgctt 47053890  T
Q  211 gtggcagcgctagctgacatgcaatgaccgactcacaaaagcaccaacaggtttcatcttttccatttgtccaaggtagaggcatcatagtaaagttcct 310  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47053891 gtggcagcgctagctgacacgcaatgaccgactcacaaaagcaccaacaggtttcatcttttccatttgtccaaggtagaggcatcatagtaaagttcct 47053990  T
Q  311 aaatagtttatttctactttatagggacatagtcatggcacatgatcaacactaaaaattttaaccttgaagcattggaaagtaattaggagggaatggt 410  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47053991 aaatagattatttctactttatagggacatagtcatggcacatgatcaacactaaaatttttaaccttgaagcattggaaagtaattaggagggaatggt 47054090  T
Q  411 tttcatctgggtgagaatgtagagaagaaaggggacgaaggtgatagaagtagaattatttacatctgataccaaatgaaatattaaagcaaaacattct 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054091 tttcatctgggtgagaatgtagagaagaaaggggacgaaggtgatagaagtagaattatttacatctgataccaaatgaaatattaaagcaaaacattct 47054190  T
Q  511 tactctcaaccatgaatcgtatatcaacttgaaactaaagaacctaaatgcaaactaacacagaataaaagtaacataattaactactttcaaaggagat 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054191 tactctcaaccatgaatcgtatatcaacttgaaactaaagaacctaaatgcaaactaacacagaataaaagtaacataattaactactttcaaaggagat 47054290  T
Q  611 taacacttctgtttatagttgattttgaataaaaaatgcaaatatatggtgtgatgccttaaattccgtcttcacccaacactaaaaaagtggtacttaa 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054291 taacacttctgtttatagttgattttgaataaaaaatgcaaatatatggtgtgatgccttaaattccatcttcacccaacactaaaaaagtggtacttaa 47054390  T
Q  711 aatctaaggagctttgtggatcaagtatctaaagatagaaaaggctctaatt 762  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054391 aatctaaggagctttgtggatcaagtatctaaagatagaaaaggctctaatt 47054442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University