View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9861_low_3 (Length: 287)

Name: NF9861_low_3
Description: NF9861
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9861_low_3
NF9861_low_3
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (2-278)||(1668023-1668299)
chr8 (2-278)||(16658738-16659014)
chr8 (2-278)||(38521151-38521424)
chr8 (3-196)||(6786356-6786550)
chr8 (109-278)||(22014860-22015029)
chr8 (1-203)||(22432291-22432504)
chr8 (1-203)||(29182575-29182788)
chr8 (1-203)||(27576669-27576888)
chr8 (1-203)||(774680-774894)
chr8 (74-218)||(43916091-43916235)
chr8 (89-215)||(11472344-11472476)
chr8 (104-201)||(42808687-42808784)
chr8 (1-56)||(18068481-18068536)
chr8 (148-203)||(780362-780417)
chr8 (104-196)||(33360397-33360489)
chr8 (1-56)||(780493-780548)
chr8 (81-140)||(34212961-34213020)
chr8 (1-53)||(22014750-22014802)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (2-278)||(3935297-3935573)
chr2 (9-194)||(38978382-38978567)
chr2 (1-203)||(25697567-25697780)
chr2 (144-218)||(32339602-32339678)
chr2 (226-274)||(38978335-38978383)
chr2 (87-128)||(8485531-8485572)
chr2 (81-133)||(20917027-20917079)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (2-278)||(23218145-23218421)
chr4 (15-248)||(13740207-13740440)
chr4 (1-258)||(21355775-21356041)
chr4 (2-209)||(45143890-45144097)
chr4 (2-209)||(45152659-45152866)
chr4 (1-203)||(47825815-47826027)
chr4 (1-203)||(21604332-21604545)
chr4 (1-203)||(46164366-46164579)
chr4 (1-203)||(8432980-8433193)
chr4 (1-205)||(54785186-54785401)
chr4 (21-222)||(33753942-33754142)
chr4 (89-218)||(38115443-38115578)
chr4 (216-278)||(45144082-45144144)
chr4 (216-278)||(45152851-45152913)
chr4 (104-201)||(14799999-14800096)
chr4 (143-209)||(3187580-3187646)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (2-278)||(2338741-2339015)
chr3 (2-209)||(52893349-52893556)
chr3 (55-209)||(21239406-21239560)
chr3 (1-203)||(9456320-9456533)
chr3 (216-278)||(52893541-52893603)
chr3 (104-199)||(40922976-40923071)
chr3 (104-199)||(2733793-2733888)
chr3 (216-253)||(21239545-21239582)
chr3 (81-140)||(4329855-4329916)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-278)||(3174070-3174358)
chr5 (1-203)||(32863554-32863763)
chr5 (1-203)||(10572609-10572822)
chr5 (74-218)||(19209097-19209241)
chr5 (74-218)||(23737872-23738016)
chr5 (98-218)||(43300188-43300308)
chr5 (83-208)||(41958594-41958717)
chr5 (153-208)||(18739398-18739453)
chr5 (104-199)||(22273148-22273243)
chr5 (2-128)||(18739449-18739581)
[»] scaffold0393 (1 HSPs)
scaffold0393 (2-229)||(11143-11367)
[»] scaffold1160 (1 HSPs)
scaffold1160 (1-210)||(2384-2587)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (1-203)||(6472244-6472457)
chr7 (1-203)||(9371713-9371926)
chr7 (74-203)||(21358022-21358155)
chr7 (1-199)||(35012978-35013188)
chr7 (83-218)||(44660309-44660443)
chr7 (104-191)||(31419280-31419367)
chr7 (81-140)||(12003038-12003099)
chr7 (1-31)||(21358172-21358202)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (1-203)||(29599251-29599464)
chr1 (1-203)||(324585-324798)
chr1 (1-203)||(48184145-48184352)
chr1 (81-218)||(17480972-17481109)
chr1 (2-203)||(26354912-26355125)
chr1 (109-218)||(6165022-6165133)
chr1 (121-203)||(26014504-26014586)
chr1 (109-215)||(16764513-16764621)
chr1 (111-213)||(10801546-10801650)
chr1 (1-56)||(26014432-26014487)
chr1 (1-53)||(6165191-6165243)
chr1 (15-53)||(10801711-10801749)
chr1 (1-51)||(16764681-16764731)
chr1 (179-218)||(20727516-20727554)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (74-203)||(32397218-32397352)
chr6 (74-175)||(9302995-9303095)
chr6 (104-199)||(7171047-7171142)
chr6 (1-47)||(16497344-16497390)
chr6 (81-140)||(14654645-14654704)
chr6 (1-56)||(32397138-32397193)
chr6 (81-140)||(32397747-32397808)
chr6 (21-53)||(9302935-9302967)
[»] scaffold1084 (1 HSPs)
scaffold1084 (89-218)||(1208-1340)
[»] scaffold1300 (2 HSPs)
scaffold1300 (67-218)||(908-1067)
scaffold1300 (185-218)||(769-802)
[»] scaffold0285 (2 HSPs)
scaffold0285 (109-215)||(8359-8467)
scaffold0285 (1-50)||(8528-8577)
[»] scaffold0054 (2 HSPs)
scaffold0054 (109-215)||(2888-2996)
scaffold0054 (1-53)||(2778-2830)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (104-201)||(39631-39728)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Original strand, 1668023 - 1668299
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1668023 caccaccgccggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 1668122  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1668123 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 1668222  T
Q  202 gttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1668223 gttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgtggttctttgcccctttg 1668299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Original strand, 16658738 - 16659014
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16658738 caccaccgccggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 16658837  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16658838 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 16658937  T
Q  202 gttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16658938 gttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgtccctttg 16659014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 38521424 - 38521151
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||    
T  38521424 caccaccgccggtgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcactgccgccgcgattactctcctccttc---agtttagagagttatctccatc 38521328  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38521327 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 38521228  T
Q  202 gttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38521227 gttgattgccatgagttctttagttgattttcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 38521151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 3 - 196
Target Start/End: Original strand, 6786356 - 6786550
Alignment:
Q  3 accactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatct 102  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  6786356 accaccgccgtcgaaccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagttttgaaagctatctccatct 6786455  T
Q  103 ctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaa-ttgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgtt 196  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  6786456 ctctccacaaaccctaattgctgtaacttgtaaggtaatgtgaaatttgaatgtaacttccttcaattctgattttgatttgatgattacatgtt 6786550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 109 - 278
Target Start/End: Original strand, 22014860 - 22015029
Alignment:
Q  109 acaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctttagttgatt 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22014860 acaaaccctaattgttgtaacttgtaagttaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattattgtttgatgattacatattctttagttgatt 22014959  T
Q  209 gccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22014960 tccatgagttctttagttgattgttaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 22015029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 22432504 - 22432291
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  22432504 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 22432405  T
Q  94 tctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  22432404 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 22432305  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  22432304 acatgttctttagt 22432291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 29182788 - 29182575
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  29182788 acaccactgctggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 29182689  T
Q  94 tctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  29182688 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 29182589  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  29182588 acatgttctttagt 29182575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 27576669 - 27576888
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  27576669 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 27576768  T
Q  94 tctcca----tctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttca------attatgattatgatttg 183  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||| ||||| |||||||    
T  27576769 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgattctgatttg 27576868  T
Q  184 atgattacatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  27576869 atgattacatgttctttagt 27576888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 774894 - 774680
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  774894 acaccaccgccggcgaaccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgcatcctcctccatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 774795  T
Q  94 tctccatc--tc--tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaatt-gaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgat 188  Q
    ||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||    
T  774794 tctccatccatccttctccacaaaccctaattgttgtaacttataaggtaatgtgaaatttgaatgtaatttccttcaattctgattctgatatgataat 774695  T
Q  189 tacatgttctttagt 203  Q
    |||||||||||||||    
T  774694 tacatgttctttagt 774680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 74 - 218
Target Start/End: Original strand, 43916091 - 43916235
Alignment:
Q  74 ttcttcagtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatga 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| | |||    
T  43916091 ttcttcagtttagagagctatctccatctctctccataaaccctgattgttgtaaattgtaaggaaatgtgaattttaatgtaatttccttcaaatctga 43916190  T
Q  174 ttatgatttgatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    || |  ||| | |||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  43916191 ttcttctttaacgattgcatgttatttagttgattgccatgagtt 43916235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 89 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11472476 - 11472344
Alignment:
Q  89 agctatctccatctctctccaca---aaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttca----attatgattatgatt 181  Q
    |||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||     
T  11472476 agctatcttcatctctctccacagaaaaccctaattgttgtaatttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattaattatgattctgata 11472377  T
Q  182 tgatgattacatgttctttagttgattgccatga 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11472376 tgatgattacatgttcttta-ttgattgccatga 11472344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 104 - 201
Target Start/End: Original strand, 42808687 - 42808784
Alignment:
Q  104 tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  42808687 tctccacaaaccctaattcttgtaaattgcaaggtaatatgaaattgaatgtattttccttcaaatatgattattctctgatgattacatgttcttta 42808784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Original strand, 18068481 - 18068536
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18068481 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc 18068536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 148 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 780417 - 780362
Alignment:
Q  148 ttgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctttagt 203  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  780417 ttgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgattacatgttctttagt 780362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 196
Target Start/End: Original strand, 33360397 - 33360489
Alignment:
Q  104 tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgtt 196  Q
    |||||||||||||||||| | |||| ||| ||| |||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||  | |||||||||||||||    
T  33360397 tctccacaaaccctaattctggtaaattgcaagttaatatgaaattgaatgtattttccttcaaatatgattattctctgatgattacatgtt 33360489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 780548 - 780493
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc 56  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  780548 acaccaccgccggcgaaccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgc 780493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 81 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 34213020 - 34212961
Alignment:
Q  81 gtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaa 140  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  34213020 gtttaaagagctatctccatctctctccacaaaccctagttcttgtaaattgtaaggtaa 34212961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Original strand, 22014750 - 22014802
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgc 53  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22014750 acaccaccgctggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgc 22014802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 253; Significance: 1e-141; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 3935573 - 3935297
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3935573 caccaccgccggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctacttcttcagtttagagagctatctccatc 3935474  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3935473 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattataatttgatgattacatgttcttta 3935374  T
Q  202 gttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3935373 gttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 3935297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 9 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 38978567 - 38978382
Alignment:
Q  9 gccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatctctctcc 108  Q
    ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38978567 gccggtgagccgcgatcactctcctccttctccatccatcaccgccgccgcaattactctcctccttcttcagtttagaaagctatctccatctctctcc 38978468  T
Q  109 acaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatg 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38978467 acaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtagtgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatg 38978382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 25697780 - 25697567
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc--cgcgattactctcctcc-----ttcttcagtttagagagcta 93  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |  | | ||| ||       ||||| ||||||||||||||    
T  25697780 acaccactgctggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtatagattctttagtttagagagcta 25697681  T
Q  94 tctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  25697680 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgttacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 25697581  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  25697580 acatgttctttagt 25697567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 144 - 218
Target Start/End: Original strand, 32339602 - 32339678
Alignment:
Q  144 gaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacat--gttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||    
T  32339602 gaaattgaatgtaattttcttcaattatgattctgatttgatgattacatgagttctttagttgatttccataagtt 32339678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 226 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 38978383 - 38978335
Alignment:
Q  226 tgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccc 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  38978383 tgattgtcaactctaattgttaaacatgttgagtgttgttctttgcccc 38978335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 87 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 8485572 - 8485531
Alignment:
Q  87 agagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaa 128  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8485572 agagctatctctatctctctccacaaaccctaattcttgtaa 8485531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 133
Target Start/End: Original strand, 20917027 - 20917079
Alignment:
Q  81 gtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgt 133  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||||    
T  20917027 gtttaaagagctatctccatctctctccacaaaccttagttcttgtaaattgt 20917079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 23218421 - 23218145
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23218421 caccaccgccggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcactgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagttatctccatc 23218322  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23218321 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 23218222  T
Q  202 gttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23218221 gttgattgccatgagttctttagttgattttcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 23218145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13740440 - 13740207
Alignment:
Q  15 gagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatctctctccacaaac 114  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13740440 gagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatctctctccacaaac 13740341  T
Q  115 cctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctttagttgattgccatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13740340 cctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctttagttgatttccatg 13740241  T
Q  215 agttctttagttgattgtcaactctaattgttaa 248  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13740240 agttctttagttgattttcaactctaattgttaa 13740207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 21355775 - 21356041
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgatta---------ctctcctccttcttcagtttagagagc 91  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||    
T  21355775 acaccaccgcgggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactttcattactctcctccttcttcagtttagagagc 21355874  T
Q  92 tatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattac 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  21355875 tatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaacgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgattac 21355974  T
Q  192 atgttctttagttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgac 258  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21355975 atgttctttagttgatttccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgac 21356041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 209
Target Start/End: Original strand, 45143890 - 45144097
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  45143890 caccaccgccggtgagccgcgatcactctcctccttctccatccatcaccgcctccgcgattactctcctcctccttcagtttagaaagctatctccatc 45143989  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45143990 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 45144089  T
Q  202 gttgattg 209  Q
    ||||||||    
T  45144090 gttgattg 45144097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 209
Target Start/End: Original strand, 45152659 - 45152866
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  45152659 caccaccgccggtgagccgcgatcactctcctccttctccatccatcaccgcctccgcgattactctcctcctccttcagtttagaaagctatctccatc 45152758  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45152759 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 45152858  T
Q  202 gttgattg 209  Q
    ||||||||    
T  45152859 gttgattg 45152866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 47825815 - 47826027
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc-----cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagctat 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     | | || | || |  |  ||||| |||||||||||||||    
T  47825815 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcaccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagctat 47825914  T
Q  95 ctcca----tctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatta 190  Q
    |||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  47825915 ctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatta 47826014  T
Q  191 catgttctttagt 203  Q
    |||||||||||||    
T  47826015 catgttctttagt 47826027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 21604332 - 21604545
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  21604332 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 21604431  T
Q  94 tctcca----tctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  21604432 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 21604531  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  21604532 acatgttctttagt 21604545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 46164579 - 46164366
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  46164579 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctctatcttctatattgattctttagtttagagagcta 46164480  T
Q  94 tctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  46164479 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 46164380  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  46164379 acatgttctttagt 46164366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 8433193 - 8432980
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| |||||||| |||||    
T  8433193 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagaaagcta 8433094  T
Q  94 tctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  8433093 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgttacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgttatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 8432994  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  8432993 acatgttctttagt 8432980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 54785401 - 54785186
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||      | |||| | || |  |  ||||| ||||||| |||||     
T  54785401 acaccaccgccggcgagccgcaaccactctcctccttctccatccatcaccgccgcatcctcctcgatcttctgtattgattctttagtttagggagctg 54785302  T
Q  94 tctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54785301 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattctgatttgatgatt 54785202  T
Q  190 acatgttctttagttg 205  Q
    |||||||||| |||||    
T  54785201 acatgttcttaagttg 54785186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 33754142 - 33753942
Alignment:
Q  21 cgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaat 120  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||     ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33754142 cgaccactcacctacttctccatccatcaccgacgta---attactctcatccttcttcagttttgagagttatctccatctctttccacaaaccctaat 33754046  T
Q  121 tgttgtaacttgtaaggt-aaggtgaaat--tgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacat--gttctttagttgattgccatga 215  Q
    ||||||||   |||| || ||  ||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  33754045 tgttgtaa---gtaatgtgaaattgaaatattgaatgtaattttcttcaattatgattttgatttgatgattacatgagttctttagttgattgccatga 33753949  T
Q  216 gttcttt 222  Q
    | |||||    
T  33753948 gctcttt 33753942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 89 - 218
Target Start/End: Original strand, 38115443 - 38115578
Alignment:
Q  89 agctatctccatctctctccacaa---accctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttc----aattatgattatgatt 181  Q
    |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||| ||||     
T  38115443 agctatcttcatctctctccacaacaaaccctaattgttgtaatttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattaattatgattctgata 38115542  T
Q  182 tgatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  38115543 tgatgattacatgtttttta-ttgattgccatgagtt 38115578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 216 - 278
Target Start/End: Original strand, 45144082 - 45144144
Alignment:
Q  216 gttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45144082 gttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 45144144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 216 - 278
Target Start/End: Original strand, 45152851 - 45152913
Alignment:
Q  216 gttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45152851 gttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 45152913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 104 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 14800096 - 14799999
Alignment:
Q  104 tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||  ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||  | |||||||||| |||||||||    
T  14800096 tctccacaaaccctaatttttgtaaatttcaaggtaatatgaaattaaatgtattttccttcaaatatgattattctctgatgattacgtgttcttta 14799999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 3187646 - 3187580
Alignment:
Q  143 tgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctttagttgattg 209  Q
    |||||||||||||| ||||||| || | ||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3187646 tgaaattgaatgtattttcctttaaatctgattcttctttgatgattacatgttctttaattgattg 3187580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 2339015 - 2338741
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2339015 caccaccgccggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcactgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagttatctccatc 2338916  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  2338915 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttg--tattacatgttcttta 2338818  T
Q  202 gttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2338817 tttgattgccatgagttctttagttgattttcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 2338741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 2 - 209
Target Start/End: Original strand, 52893349 - 52893556
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52893349 caccaccgccggtgagccgcgatcactctcctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagaaagctatctccatc 52893448  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52893449 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 52893548  T
Q  202 gttgattg 209  Q
    ||||||||    
T  52893549 gttgattg 52893556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 55 - 209
Target Start/End: Original strand, 21239406 - 21239560
Alignment:
Q  55 gccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatg 154  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21239406 gccgcgatcactctccttcttcttcagtttagaaagctatctccgtctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatg 21239505  T
Q  155 taatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctttagttgattg 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239506 taatttccttcaattctgattatgatttgatgattacatgttctttagttgattg 21239560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 9456320 - 9456533
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| |||||||| |||||    
T  9456320 acaccactgccggcgagctgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagacagcta 9456419  T
Q  94 tctcca----tctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  9456420 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgaaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 9456519  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  9456520 acatgttctttagt 9456533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 216 - 278
Target Start/End: Original strand, 52893541 - 52893603
Alignment:
Q  216 gttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52893541 gttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 52893603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 104 - 199
Target Start/End: Original strand, 40922976 - 40923071
Alignment:
Q  104 tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctt 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||   ||||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  40922976 tctccacaaaccctaattcttgtaaattgcaaggtaataagaaattgaatgtattttccttcaaatatgattattctctgatgattacatgttctt 40923071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 104 - 199
Target Start/End: Original strand, 2733793 - 2733888
Alignment:
Q  104 tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctt 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||   |||||||||| || |||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  2733793 tctccacaaaccctaattcttgtaaattgcaaggtaataagaaattgaatctattttccttcaaatatgattattctctgatgattacatgttctt 2733888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 253
Target Start/End: Original strand, 21239545 - 21239582
Alignment:
Q  216 gttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctg 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239545 gttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctg 21239582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 4329916 - 4329855
Alignment:
Q  81 gtttagagagctatctccatctctctc--cacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaa 140  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| || | |||| |||||||||||    
T  4329916 gtttaaagagctatctccatctctctctccacaaaccctagttctagtaaattgtaaggtaa 4329855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Original strand, 3174070 - 3174358
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  3174070 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 3174169  T
Q  94 tctcca----tctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3174170 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 3174269  T
Q  190 acatgttctttagttgattgccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 278  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3174270 acatgttctttagttgatttccatgagttctttagttgattgtcaactctaattgttaaacctgttgactgttgttctttgcccctttg 3174358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 32863554 - 32863763
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  32863554 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 32863653  T
Q  94 tctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacat 193  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  32863654 tctccatccatctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgattacat 32863753  T
Q  194 gttctttagt 203  Q
    ||||||||||    
T  32863754 gttctttagt 32863763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 10572609 - 10572822
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  10572609 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 10572708  T
Q  94 tctcca----tctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  10572709 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattgtgattctgatttgatgatt 10572808  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  10572809 acatgttctttagt 10572822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 74 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19209241 - 19209097
Alignment:
Q  74 ttcttcagtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatga 173  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  19209241 ttcttcagtttaaagagctatctgcatctctctccataaaccctaattgttgtaaatcgtaaggtaacgtgaaattgaatgtaatttccttcaaatctga 19209142  T
Q  174 ttatgatttgatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19209141 ttctgctttaatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 19209097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 74 - 218
Target Start/End: Original strand, 23737872 - 23738016
Alignment:
Q  74 ttcttcagtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatga 173  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  23737872 ttcttcagtttaaagagctatctgcatctctctccataaaccctaattgttgtaaattgtaaggtaacatgaaattgaatgtaatttccttcaaatctga 23737971  T
Q  174 ttatgatttgatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    || |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23737972 ttcttctttaatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 23738016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 98 - 218
Target Start/End: Original strand, 43300188 - 43300308
Alignment:
Q  98 catctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttc 197  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |  ||| ||||||||||||||    
T  43300188 catctctctccataaaccctaattgttgtaaattataaggtaatgtgaaattgaatgtaatttcgttcaattctgatttttctttaatgattacatgttc 43300287  T
Q  198 tttagttgattgccatgagtt 218  Q
    ||| ||||||| | |||||||    
T  43300288 ttttgttgatttcaatgagtt 43300308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 41958717 - 41958594
Alignment:
Q  83 ttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgattt 182  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | ||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |  |||    
T  41958717 ttagagagttatctc-atctctctccataaaccctaattgttgttaattacaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttcgttcaattctgatttttcttt 41958619  T
Q  183 gatgattacatgttctttagttgatt 208  Q
     ||||||||||||| |||||||||||    
T  41958618 aatgattacatgtt-tttagttgatt 41958594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 18739453 - 18739398
Alignment:
Q  153 tgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctttagttgatt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18739453 tgtaatttccttcaattatgattctgatttgatgattacatgttatttagttgatt 18739398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 104 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 22273243 - 22273148
Alignment:
Q  104 tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctt 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||   |||||||||| || |||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  22273243 tctccacaaaccctaattcttgtaaattgcaaggtaataagaaattgaatctattttccttcaaatatgattattctctgatgattacatgttctt 22273148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 18739581 - 18739449
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcga--ccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttc---agtttagagagctat-- 94  Q
    |||||| ||||| |||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||   | ||||||||||| |      
T  18739581 caccaccgccggtgagccgcgagaccactctcctctttctccatccatcaccgccgc---gattactctccttcttcttcttcaatttagagagctttct 18739485  T
Q  95 --ctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaa 128  Q
      || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18739484 tccttcatctctctccacaaaccctaattattgtaa 18739449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0393 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0393
Description:

Target: scaffold0393; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 2 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11367 - 11143
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccatc 101  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  11367 caccaccgacggtgagccgcgaccactttcctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttc---agtttagagagctatctccatc 11271  T
Q  102 tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11270 tctctccacaaatcctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 11171  T
Q  202 gttgattgccatgagttctttagttgat 229  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11170 gttgatttccatgagttctttagttgat 11143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1160 (Bit Score: 171; Significance: 7e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold1160
Description:

Target: scaffold1160; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 2384 - 2587
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccat 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2384 acaccaccgccggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgccgcgattactctcctccttcttcagtttagagagctatctccat 2483  T
Q  101 ctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2484 ctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttca------attatgatttgatgattacatgttcttt 2577  T
Q  201 agttgattgc 210  Q
    ||||||||||    
T  2578 agttgattgc 2587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 6472457 - 6472244
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  6472457 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 6472358  T
Q  94 tctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  6472357 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 6472258  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  6472257 acatgttctttagt 6472244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 9371713 - 9371926
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  9371713 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 9371812  T
Q  94 tctcca----tctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  9371813 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 9371912  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  9371913 acatgttctttagt 9371926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 74 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 21358155 - 21358022
Alignment:
Q  74 ttcttcagtttagagagctatctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaatt 169  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21358155 ttctttagtttagagagctatctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaatt 21358056  T
Q  170 atgattatgatttgatgattacatgttctttagt 203  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21358055 ctgattctgatttgatgattacatgttctttagt 21358022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 35013188 - 35012978
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc-------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagct 92  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | | || | || |  |  ||||| |||||||||||||    
T  35013188 acaccactgccggcgggccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcaccccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagct 35013089  T
Q  93 atctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgat 188  Q
    |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||    
T  35013088 atctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaatcctgattctgatttgataat 35012989  T
Q  189 tacatgttctt 199  Q
    |||||||||||    
T  35012988 tacatgttctt 35012978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 83 - 218
Target Start/End: Original strand, 44660309 - 44660443
Alignment:
Q  83 ttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgattt 182  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |  |||    
T  44660309 ttagagagttatctc-atctctctccataaaccctaattgttctaaattataaggtaatgtgaaattgaatgtaatttcgttcaattctgatttttcttt 44660407  T
Q  183 gatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  44660408 aatgattacatgttctttagttgatttcaatgagtt 44660443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 191
Target Start/End: Original strand, 31419280 - 31419367
Alignment:
Q  104 tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattac 191  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||   ||||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||||||||    
T  31419280 tctccacaaaccctaattcttgtaaattgcaaggtaataagaaattgaatgtattttccttcaaatatgattattctctgatgattac 31419367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 12003099 - 12003038
Alignment:
Q  81 gtttagagagctatctccatctctct--ccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaa 140  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  12003099 gtttaaagagctatctccatctctctttccacacaccctaattcttgtaaattgtaaggtaa 12003038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 31
Target Start/End: Complemental strand, 21358202 - 21358172
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactctt 31  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21358202 acaccactgccggcgagccgcgaccactctt 21358172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 29599464 - 29599251
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  29599464 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 29599365  T
Q  94 tctccatc----tctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  29599364 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 29599265  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  29599264 acatgttctttagt 29599251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 324585 - 324798
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  324585 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 324684  T
Q  94 tctcca----tctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  324685 tctccatccatctctctccacaagccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgatt 324784  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    | ||||||||||||    
T  324785 agatgttctttagt 324798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 48184145 - 48184352
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagcta 93  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||| ||||||||||||||    
T  48184145 acaccactgccggcaagccgcgaccactcttcttcttctccatccatcaccgccgcacccccctcaatcttctgtattgattctttagtttagagagcta 48184244  T
Q  94 tctcca----tctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||    
T  48184245 tctccatccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttca------attctgatttgatgatt 48184338  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  48184339 acatgttctttagt 48184352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 81 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 17481109 - 17480972
Alignment:
Q  81 gtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgat 180  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |    
T  17481109 gtttaaagagctatctccatctctctccacaaatcctaattcttgtaaattgtaaggtaatgtgaaattgaatgtattttccttcaaatatgattattct 17481010  T
Q  181 ttgatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  17481009 ttgatgattacatgttctttgattgatttccatgagtt 17480972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 203
Target Start/End: Original strand, 26354912 - 26355125
Alignment:
Q  2 caccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc------cgcgat-tactctcctccttcttcagtttagagagctat 94  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      | | || | || |  |  ||||  |||| ||||||||||    
T  26354912 caccaccgccggcgaaccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgccgcatcctcctccatcttctgtattgattctatagttcagagagctat 26355011  T
Q  95 ctccatc--tc--tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaatt-gaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgatt 189  Q
    |||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  26355012 ctccatccatccttctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaatttgaatgtaacttccttcaattctgattctgatttgatgatt 26355111  T
Q  190 acatgttctttagt 203  Q
    ||||||||||||||    
T  26355112 acatgttctttagt 26355125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 109 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6165133 - 6165022
Alignment:
Q  109 acaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattac--atgttctttagttga 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||| |||| ||||    
T  6165133 acaaaccctaattgttgtaacttgtaagttaatgtgaaattgaatgtaattgtcttcaattctgattctgatttgatgattacatatgttttttacttga 6165034  T
Q  207 ttgccatgagtt 218  Q
    ||||||||||||    
T  6165033 ttgccatgagtt 6165022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 121 - 203
Target Start/End: Original strand, 26014504 - 26014586
Alignment:
Q  121 tgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctttagt 203  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  26014504 tgttgtaacttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattctgattctgatttgatgattacatgttatttagt 26014586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 109 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 16764621 - 16764513
Alignment:
Q  109 acaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattac--atgttctttagttga 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  16764621 acaaaccctaattgttgtaacttgtaagttaatgtgaaattgaatgtaattgtcttcaattctgattctgatttgatgattacatatgttttttagttga 16764522  T
Q  207 ttgccatga 215  Q
    |||| ||||    
T  16764521 ttgcaatga 16764513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 111 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 10801650 - 10801546
Alignment:
Q  111 aaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattac--atgttctttagttgatt 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  10801650 aaaccctaattgttgtaacttgtaagttaatgtgaaattgaatgtaattgtcttcaattctgattctgatttgatgattacatatgttttttagttgatt 10801551  T
Q  209 gccat 213  Q
     ||||    
T  10801550 tccat 10801546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Original strand, 26014432 - 26014487
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc 56  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26014432 acaccactgctggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc 26014487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 6165243 - 6165191
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgc 53  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6165243 acaccaccgctggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgc 6165191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 10801749 - 10801711
Alignment:
Q  15 gagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgc 53  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10801749 gagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgc 10801711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 16764731 - 16764681
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcacc 51  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16764731 acaccaccgctggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcacc 16764681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 179 - 218
Target Start/End: Original strand, 20727516 - 20727554
Alignment:
Q  179 atttgatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20727516 atttgatgattacatgttcttta-ttgattgccatgagtt 20727554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 74 - 203
Target Start/End: Original strand, 32397218 - 32397352
Alignment:
Q  74 ttcttcagtttagagagctatctccatc--tc--tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaatt-gaatgtaatttccttcaat 168  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  32397218 ttctttagtttagagagctatctccatccatccttctccacaaaccctaattgttgtaacttataaggtaatgtgaaatttgaatgtaatttccttcaat 32397317  T
Q  169 tatgattatgatttgatgattacatgttctttagt 203  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32397318 tctgattctgatttgatgattacatgttctttagt 32397352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 74 - 175
Target Start/End: Original strand, 9302995 - 9303095
Alignment:
Q  74 ttcttcagtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatga 173  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9302995 ttctccagttcagagagttatctccatctctctccacaaaccctaattgtt-aaacttgaaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattttga 9303093  T
Q  174 tt 175  Q
    ||    
T  9303094 tt 9303095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 104 - 199
Target Start/End: Original strand, 7171047 - 7171142
Alignment:
Q  104 tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttctt 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||   |||||||||| || |||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  7171047 tctccacaaaccctaattcttgtaaattgcaaggtaataagaaattgaatctattttccttcaaatatgattattctctgatgattacatgttctt 7171142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 16497390 - 16497344
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccat 47  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16497390 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccat 16497344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 81 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 14654704 - 14654645
Alignment:
Q  81 gtttagagagctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaa 140  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  14654704 gtttaaagagctatctccatctctctccacaaaccctagttcttgtaaattgtaaggtaa 14654645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Original strand, 32397138 - 32397193
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgccgc 56  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  32397138 acaccaccgccggcgatccccgaccactctcctcctgctccatccatcaccgccgc 32397193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 140
Target Start/End: Original strand, 32397747 - 32397808
Alignment:
Q  81 gtttagagagctatctccatctc--tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaa 140  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  32397747 gtttaaagagctatctccatctctctctccacaaaccctagttcttgtaaattgtaaggtaa 32397808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 53
Target Start/End: Original strand, 9302935 - 9302967
Alignment:
Q  21 cgaccactcttctccttctccatccatcaccgc 53  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9302935 cgaccactctcctccttctccatccatcaccgc 9302967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1084 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold1084
Description:

Target: scaffold1084; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 89 - 218
Target Start/End: Original strand, 1208 - 1340
Alignment:
Q  89 agctatctccatctctctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttc----aattatgattatgatttga 184  Q
    |||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |||| |||    
T  1208 agctatcttcatctctcacaacaaacactaattgttgtaatttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttccttcaattaattatgattctgatatga 1307  T
Q  185 tgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  1308 tgattacatgtttttta-ttgattgccatgagtt 1340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1300 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 2)
Name: scaffold1300
Description:

Target: scaffold1300; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 67 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1067 - 908
Alignment:
Q  67 ctcctccttcttcagtttagag--agctatctccatctctctccacaa---accctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttc 161  Q
    ||||||| ||||| |||||||   |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1067 ctcctccatcttctgtttagattcagctatcttcatctctctccacaacaaaccctaattgttgtaatttgtaaggtaatgtgaaattgaatgtaatttc 968  T
Q  162 ct----tcaattatgattatgatttgatgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    ||    | |||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  967 ctttaattaattatgattctgatatgatgattatatgttcttta-ttgattgccatgagtt 908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1300; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 185 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 802 - 769
Alignment:
Q  185 tgattacatgttctttagttgattgccatgagtt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  802 tgattacatgttctttagttgattaccatgagtt 769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0285 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0285
Description:

Target: scaffold0285; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 109 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 8467 - 8359
Alignment:
Q  109 acaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattac--atgttctttagttga 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  8467 acaaaccctaattgttgtaacttgtaagttaatgtgaaattgaatgtaattgtcttcaattctgattctgatttgatgattacatatgttttttagttga 8368  T
Q  207 ttgccatga 215  Q
    |||| ||||    
T  8367 ttgcaatga 8359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0285; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 8577 - 8528
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcac 50  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8577 acaccaccgctggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcac 8528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 109 - 215
Target Start/End: Original strand, 2888 - 2996
Alignment:
Q  109 acaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattac--atgttctttagttga 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  2888 acaaaccctaattgttgtaacttgtaagttaatgtgaaattgaatgtaattgtcttcaattctgattctgatttgatgattacatatgttttttagttga 2987  T
Q  207 ttgccatga 215  Q
    |||| ||||    
T  2988 ttgcaatga 2996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Original strand, 2778 - 2830
Alignment:
Q  1 acaccactgccggcgagccgcgaccactcttctccttctccatccatcaccgc 53  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2778 acaccaccgctggtgagccgcgaccactctcctccttctccatccatcaccgc 2830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 104 - 201
Target Start/End: Original strand, 39631 - 39728
Alignment:
Q  104 tctccacaaaccctaattgttgtaacttgtaaggtaaggtgaaattgaatgtaatttccttcaattatgattatgatttgatgattacatgttcttta 201  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||  ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||  | |||||||||| |||||||||    
T  39631 tctccacaaaccctaatttttgtaaatttcaaggtaatatgaaattaaatgtattttccttcaaatatgattattctctgatgattacgtgttcttta 39728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University