View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9865_5 (Length: 451)

Name: NF9865_5
Description: NF9865
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9865_5
NF9865_5
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (19-451)||(53059993-53060434)
chr3 (19-450)||(53062980-53063410)
chr3 (84-451)||(53072016-53072392)
chr3 (82-442)||(37419302-37419656)
chr3 (19-251)||(53340465-53340697)
chr3 (113-224)||(53970574-53970685)
chr3 (148-263)||(53984643-53984758)
chr3 (148-356)||(53970938-53971146)
chr3 (19-91)||(53076360-53076433)
chr3 (305-346)||(50815342-50815383)
chr3 (305-346)||(50860481-50860522)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (53-442)||(6688220-6688611)
chr2 (234-277)||(44253610-44253653)
chr2 (115-154)||(44253727-44253766)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-442)||(31014583-31014988)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (297-451)||(34036391-34036545)
chr4 (19-232)||(34036536-34036747)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (113-346)||(16162316-16162549)
chr1 (147-262)||(1062002-1062117)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 53060434 - 53059993
Alignment:
Q  19 agttattgtctttcaaacaccattgactcacactagaatctaacaagaaagctagacatacaaaattatatatatcctagcctcccctagtcattcaaat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53060434 agttattgtctttcaaacaccattgactcacactagaatctaacaagaaagctagacatacaaaattatatatatcctagcctcccctagtcattcaaat 53060335  T
Q  119 ataagtttacagccccttcgacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacata 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53060334 ataagtttacagccccttggacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacata 53060235  T
Q  219 atacttttgaactgcgcataacatattctgcaaattgaagctcacactttttgcctctataattcttaaacaagtaagttttgagctgagatgaaaggca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53060234 atacttttgaactgcgcataacatattctgcaaattgaagctcgcactttttgcctctataattcttaaacaagtaagttttgagctgagatgaaaggca 53060135  T
Q  319 ttctggaacaatctttgggtcctcccaaatgtcctcatca---------tcatttccattctctatcccattttctatctcctattaacaataagtaaat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53060134 ttctggaacaatctttgggtcctcccaaatgtcctcatcatcatcgtcatcatttccattctctatcccattttctatctcctattaacaataagtaaat 53060035  T
Q  410 ttccaccaaaaacagaaaacaaaagttaagataggtagaggt 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53060034 ttccaccaaaaacagaaaacaaaagttaagataggtagaggt 53059993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 53063410 - 53062980
Alignment:
Q  19 agttattgtctttcaaacaccattgactcacactagaatctaacaagaaagctagacatacaaaattatatatatcctagcctcccctagtcattcaaat 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||      ||||  ||||| ||||||| ||||| | ||||||||| |||||| |||||| |  ||||||||||    
T  53063410 agttattgtctttgaaacaccatcgactc------gaataaaacaataaagctacacatatagaattatataaatcctaacctcccatcatcattcaaat 53063317  T
Q  119 ataagtttacagccccttcgacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacata 218  Q
    ||||||||||| |||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  53063316 ataagtttacatccccttggatacagagataatttctgtaacatctggtgcttggcagttaaatctatggaacaagcactgtgaattgtcatgttactta 53063217  T
Q  219 atacttttgaactgc--gcataacatattctgcaaattgaagctcacactttttgcctctataattcttaaacaagtaagttttgagctgagatgaaagg 316  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  53063216 atacttttgaactgcacgcatgacatattctgcaaattgaagctcgcactttttgcctctataattcttaaacaagcaagttttgagctgagatgaaagg 53063117  T
Q  317 cattctggaacaatctttgggtcctcccaaatgtcctca---tcatcatttccattctctatcccattttctatctcctattaacaataagtaaatttcc 413  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | || |||||||||||||||    
T  53063116 cattccggaatgatctttgggtcctcccaaatgtcctcatcgtcatcatttccattctctatcctattttcaatctcctgtaaataataagtaaatttcc 53063017  T
Q  414 accaaaaacagaaaacaaaagttaagataggtagagg 450  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  53063016 acccaaaacaagaaacaaaagttaagatatgtagagg 53062980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 84 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 53072392 - 53072016
Alignment:
Q  84 ttatatatatcctagcctcccctagtcattcaaatataagtttacagccccttcgacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatc 183  Q
    ||||||| |||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||| |||||||||||||| |||  || |||||||||||    
T  53072392 ttatataaatcctaacctcccatcatcattcaaatataagtttacatccccttggatacaaagatgatttctgtaacatctggtgtttggcatttaaatc 53072293  T
Q  184 tatggaacaagcactgtgaattatcatgttacataatacttttgaactgcgc--ataacatattctgcaaattgaagctcacactttttgcctctataat 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53072292 tatggaacaagcactgtgaattatcatgttacttaatacttttgaactgcgcgcatgacatattctgcaaattgaagctcgcactttttgcctctataat 53072193  T
Q  282 tcttaaacaagtaagttttgagctgagatgaaaggcattctggaacaatctttgggtcctcccaaatgtcctcatcat---------catttccattctc 372  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||         |||||||||||||    
T  53072192 tcttaaacaagcaagttttgagctgagatgaaagacattcttgaacaatctttgggccctcccaaacgtcctcatcatcattgtcatcatttccattctc 53072093  T
Q  373 tatcccattttctatctcctattaacaataagtaaatttccaccaaaaacagaaaacaaaagttaagataggtagaggt 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  53072092 tatcccattttctatctcctattaacaataagtaaatttcca-caaaaacag-aaacaaaagttaagatcggtagaggt 53072016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 82 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 37419656 - 37419302
Alignment:
Q  82 aattatatatatcctagcctcccctagtcattcaaatataagtttacagccccttcgacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaa 181  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  37419656 aattatatagatcctagcctacccttatcattcaaagataagtttacatccccttagacacaaagacaatttctgtaacatctggtactttgcatttata 37419557  T
Q  182 tctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacataatacttttgaactgcgcataacatattctgcaaattgaagctcacactttttgcctctataat 281  Q
    ||| |||||||  ||| ||||||| |||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  37419556 tctgtggaacagacacagtgaattgtcatcttggttaatacttttgaactgcgcataacataatctgcaaattgaagctcgcactttttgcctctgtaat 37419457  T
Q  282 tcttaaacaagtaagttttgagctgagatgaaaggcattctggaacaatctttgggtcctcccaaatgtcctcatcatcatttccattctctatcccatt 381  Q
    | ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||      |||  ||||||| |||    
T  37419456 ttttaaacaggcaagttttgagcttagatgaaaggcattccggaacaatttttgggtcctcccaaatgtcgtcatcat------catcgtctatcctatt 37419363  T
Q  382 ttctatctcctattaacaataagtaaatttccaccaaaaacagaaaacaaaagttaagata 442  Q
    ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||    
T  37419362 ttcaatctcctgtaaacaataagtaaatttccacccaaaacaagaaacaagagttaagata 37419302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Original strand, 53340465 - 53340697
Alignment:
Q  19 agttattgtctttcaaacaccattgactcacactagaatctaacaagaaa-gctagacatacaaaattatatatatcctagcctcccctagtcattcaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  53340465 agttattgtctttcaaacaccatcggctcacgcta-aatctaacaaaaaaagctagacatatataattatatagatcctagcctcccctcgtcattcaaa 53340563  T
Q  118 tataagtttacagccccttcgacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacat 217  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||      
T  53340564 tataagcttacatccccttagacacaaagacaatttctgtaacatctggtactttgcatttaaatatgtggaacaggcactgtgaattgtcatgttactc 53340663  T
Q  218 aatacttttgaactgcgcataacatattctgcaa 251  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53340664 aatacatttgaactgcgcataacatattctgcaa 53340697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 113 - 224
Target Start/End: Original strand, 53970574 - 53970685
Alignment:
Q  113 tcaaatataagtttacagccccttcgacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgt 212  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||      
T  53970574 tcaaatataagttcacatccccttgggcacactgataatttctgtaacatacggtactttgcatttacatgtatggaacaggcactgtgaattgtcatag 53970673  T
Q  213 tacataatactt 224  Q
    ||||||||||||    
T  53970674 tacataatactt 53970685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 148 - 263
Target Start/End: Original strand, 53984643 - 53984758
Alignment:
Q  148 taatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacataatacttttgaactgcgcataacatattct 247  Q
    |||||||| |||||| | || ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||| ||||||||| ||| |  |||||||||| |||    
T  53984643 taatttctttaacattctgtgctttgcagttaaatctatggaacacgcactgtggattgtcatggtacttaatactttcgaattttgcataacatactct 53984742  T
Q  248 gcaaattgaagctcac 263  Q
    |||||||| |||||||    
T  53984743 gcaaattgtagctcac 53984758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 148 - 356
Target Start/End: Original strand, 53970938 - 53971146
Alignment:
Q  148 taatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacataatacttttgaactgcgcataacatattct 247  Q
    |||||||| ||||||  ||| ||||||  |||||||||||||||  |||||||||||| |||||  || ||||||||||||| |  |||||||||| | |    
T  53970938 taatttctttaacatttggtgctttgcggttaaatctatggaacgcgcactgtgaattgtcatggcacgtaatacttttgaattttgcataacatactat 53971037  T
Q  248 gcaaattgaagctcacactttttgcctctataattcttaaacaagtaagttttgagctgagatgaaaggcattctggaacaatctttgggtcctcccaaa 347  Q
    ||||||| |||||||| |||  | ||| || | |  ||||||||  ||||| | |||||||||||||  |||   |||||| | | |||||||| ||||     
T  53971038 gcaaattcaagctcactcttccttcctttacagtctttaaacaaacaagttcttagctgagatgaaatacatgtcggaacattttgtgggtcctgccaat 53971137  T
Q  348 tgtcctcat 356  Q
    |||||||||    
T  53971138 tgtcctcat 53971146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 53076433 - 53076360
Alignment:
Q  19 agttattgtctttcaaacaccattgactcacactagaatctaac-aagaaagctagacatacaaaattatatat 91  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53076433 agttattgtctttcaaacaccatcgactcgcgctagaatcaaacaaaaaaagctagagatacagaataatatat 53076360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 305 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 50815383 - 50815342
Alignment:
Q  305 tgagatgaaaggcattctggaacaatctttgggtcctcccaa 346  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  50815383 tgagataaaaggcattctggaacaattgttgggtcctcccaa 50815342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 305 - 346
Target Start/End: Original strand, 50860481 - 50860522
Alignment:
Q  305 tgagatgaaaggcattctggaacaatctttgggtcctcccaa 346  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  50860481 tgagataaaaggcattctggaacaattgttgggtcctcccaa 50860522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 53 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 6688611 - 6688220
Alignment:
Q  53 agaatctaacaagaaagctagacatacaaaattatatatatcctagcctcccctagtcattcaaatataagtttacagccccttcgacacacagataatt 152  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||| ||||| ||    
T  6688611 agaatcaaacaaaaaagctagacatacaaaattataaatatcctagcctcccttcatcattcaaatacaagcttacatccccttagacacaaagatagtt 6688512  T
Q  153 tctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacataatacttttgaactgcgcataacatattctgcaaa 252  Q
    ||||||||||| |||| ||  | |||| ||||||| ||   |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  6688511 tctgtaacatctggtatttctcgtttatatctatgaaatgggcactgcgaattctcatgttacttaatacttttgaattgtgcataacatattctgcaaa 6688412  T
Q  253 ttgaagctcacactttttgcctctataattcttaaacaagtaagttttgagctgagatgaaaggcattctggaacaatctttgggtcctcccaaatgtcc 352  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||    
T  6688411 ttgaagctcgcaccttttccctctataattcttaaacaagcaagttttgagctgagatgaaaggcattctggaacaatctttggttcctcccaatagtcc 6688312  T
Q  353 tc--atcatcatttccattctctatcccattttctatctcctattaacaataagtaaatttccaccaaaaacagaaaacaaaagttaagata 442  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  6688311 tcatatcatcatttccattctctatcccattttctatctcctgtaaacaataagtaaatttccacccaaaacacaaaacaagagttaagata 6688220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 234 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 44253653 - 44253610
Alignment:
Q  234 gcataacatattctgcaaattgaagctcacactttttgcctcta 277  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44253653 gcataacatactctgcaaattgaagctcacactttctgcctcta 44253610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 44253766 - 44253727
Alignment:
Q  115 aaatataagtttacagccccttcgacacacagataatttc 154  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  44253766 aaatataagtttacagccccttgggcacacagataatttc 44253727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 31014988 - 31014583
Alignment:
Q  19 agttattgtctttcaaacaccattgactcacactagaatctaacaagaaagctagacatacaaaattatatatatcctagcctcccctagtcattcaaat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||  |||||| || ||||| |||||||  |||||||||| |||||  ||||||||||    
T  31014988 agttattgtctttcaaacaccatcgactcgcgctagaatcaaacagaaaagctcgagatacagaattataagtatcctagccacccctcatcattcaaat 31014889  T
Q  119 ataagtttacagccccttcgacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacata 218  Q
    | ||| ||||| |||||| |||||  ||| | ||||||||||||  |||| || || ||||||||||||||||      |||||||| ||||||||| ||    
T  31014888 acaagcttacatccccttagacacggagacagtttctgtaacatatggtatttcgcgtttaaatctatggaac------tgtgaattgtcatgttactta 31014795  T
Q  219 atacttttgaactgcgcataacatattctgcaaattgaagctcacactttttgcctctataattcttaaacaagtaagttttgagctgagatgaaaggca 318  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31014794 atacttttgaactgcccataacatattctgcaaattgaagctcgcacattttgcctctataattcttaaacaagcaagttttgagctgagatgaaaggca 31014695  T
Q  319 ttctggaacaatctttgggtcctcccaaatgtcctcatcatcatttccattctctatcccattttctatctcctattaacaataagtaaatttccaccaa 418  Q
    ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||             |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  31014694 ttccggaataatctttggatcctcccaattgtcct------------tattctcgatcccattttctatctcctgttaacaatatgtaaatttccaccaa 31014607  T
Q  419 aaacagaaaacaaaagttaagata 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  31014606 aaacagaaaacaaaagttaagata 31014583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 297 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 34036545 - 34036391
Alignment:
Q  297 ttttgagctgagatgaaaggcattctggaacaatctttgggtcctcccaaatgtcctcatcatcatttccattctctatcccattttctatctcctatta 396  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34036545 ttttgaactgagatgaaaggcattccggagcaatatttgggtccttccaattgtcctcatcagcatttccattctctatcccattttctatctcctgtta 34036446  T
Q  397 acaataagtaaatttccaccaaaaacagaaaacaaaagttaagataggtagaggt 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34036445 acaataagtaaatttccaccaaaaacagaaaacaaaagttaagataggtagaggt 34036391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 34036747 - 34036536
Alignment:
Q  19 agttattgtctttcaaacaccattgactcacactagaatctaacaagaaagctagacatacaaaattatatatatcctagcctcccctagtcattcaaat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  34036747 agttattgtctttcaaacaccatcgactcgtgctagaatcaaacaaaaaagctagagatacagaattataaatatcctagccacccctcatcattcaaat 34036648  T
Q  119 ataagtttacagccccttcgacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacata 218  Q
    | ||| ||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||  ||| ||  | || |||||| ||||||  | ||  |||||| ||||||| | ||    
T  34036647 acaagcttacatccccttagacacagagatagtttctgtaacatcttgtatttccctttaaaatctctggaac--ggacgctgaattgtcatgttgctta 34036550  T
Q  219 atacttttgaactg 232  Q
    ||||||||||||||    
T  34036549 atacttttgaactg 34036536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 113 - 346
Target Start/End: Original strand, 16162316 - 16162549
Alignment:
Q  113 tcaaatataagtttacagccccttcgacacacagataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgt 212  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||  |||| || |||||||||||||||  |||||||  |||||||||| ||||||||  |||| |||||| |||||     
T  16162316 tcaaatatgagtttacaggcccttccgcacatagctaatttctgtaacatttggtacttaccatttaaatcgatggaacatacactatgaattgtcatgg 16162415  T
Q  213 tacataatacttttgaactgcgcataacatattctgcaaattgaagctcacactttttgcctctataattcttaaacaagtaagttttgagctgagatga 312  Q
    |||| ||| |||||||  |  |||| ||||||| ||||||||||| ||||  |||| |||||||| |||   |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16162416 tacaaaatgcttttgagttttgcattacatattttgcaaattgaatctcattctttctgcctctaaaatctctaaacaagcaagttttgagctgagatga 16162515  T
Q  313 aaggcattctggaacaatctttgggtcctcccaa 346  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||    
T  16162516 aaggcaatgtggaacaatctgtgggtcttcccaa 16162549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 262
Target Start/End: Original strand, 1062002 - 1062117
Alignment:
Q  147 ataatttctgtaacatccggtactttgcatttaaatctatggaacaagcactgtgaattatcatgttacataatacttttgaactgcgcataacatattc 246  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||  |  |||||||||||||    
T  1062002 ataatttatgtaacatttggtacttcgcatttaaatcgatggaacacacactatgaattgtcatggtacataatgcttctgagttttgcataacatattc 1062101  T
Q  247 tgcaaattgaagctca 262  Q
     | |||||||| ||||    
T  1062102 cgaaaattgaatctca 1062117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University